水稻苗期耐低温基因COLD1的KASP标记开发及应用制造技术

本发明专利技术公开了水稻苗期耐低温基因COLD1的KASP标记开发及应用，属于基因组序列及植物生物技术领域。为鉴定或辅助鉴定水稻低温耐性的方法，包括检测待测水稻的基因型，根据待测水稻的基因型鉴定或辅助鉴定水稻低温耐性；所述基因型为水稻基因组中KASP_COLD1位点的基因型；所述记KASP_COLD1位点是水稻基因组中的一个SNP位点，其核苷酸种类为T或R，为序列表中SEQ ID No.4的第101位核苷酸。本发明专利技术提供了一种水稻苗期耐低温基因COLD1紧密连锁的KASP分子标记开发与应用，具有操作简便、成本低廉、检测周期短、标记稳定、绿色环保等优点，可精准检测水稻苗期耐低温基因COLD1，对促进耐低温水稻育种具有重要意义。稻育种具有重要意义。稻育种具有重要意义。

【技术实现步骤摘要】
水稻苗期耐低温基因COLD1的KASP标记开发及应用


[0001]本专利技术涉及水稻苗期耐低温基因COLD1的KASP标记开发及应用，属于基因组序列及植物生物


技术介绍

[0002]水稻(Oryza sativa)是我国三大主要粮食作物之一，种植面积占粮食作物种植总面积的三分之一。同时，水稻还是重要的工业加工原料，常用于制作淀粉、酿酒、制醋及医药等等(徐家安,王健康,王友霜,等."多用途"在水稻生产上的应用效果初探[C]第三届全国有机肥研究开发暨产业化应用新产品,新工艺,新设备交流研讨会.2016.)。因此，水稻对我国民生保障有着重要的战略意义，水稻产量提升是我国研究的重要方向。
[0003]水稻是一种温度敏感型作物，低温冷害会造成水稻严重减产。低温冷害在世界上许多国家均有发生，尤以澳大利亚南部、日本、朝鲜和中国的东北稻作区(辽宁、吉林和黑龙江)最为常见，灾害严重时可减产30％以上。培育耐低温水稻是解决这一问题的重要途径，利用耐低温基因连锁分子标记在水稻苗期从DNA水平对目标植株进行低温耐性选择是提高耐低温水稻育种效率的有效途径(赵明辉,张文忠,马殿荣,等.水稻耐冷基因研究进展[J].沈阳农业大学学报,2012,43(6):8.)。目前，仅克隆了部分耐低温基因，如bZIP73基因和OsCOLD1基因，并且开发了连锁分子标记(田孟祥,张时龙,何友勋,等.水稻耐低温基因bZIP73分子标记的开发与验证[J].江苏农业学报,2019,35(6):6.；杨佳,曹黎明,周继华,等.水稻耐低温基因COLD1功能标记的开发及应用[J].分子植物育种,2019,17(18):5.)。然而目前常用的标记如SSR标记、InDel标记或CAPS标记，虽然可以用于分子标记辅助选择，但检测效率低，还可能会产生气溶胶污染环境，不适用于高通量的分子检测平台。
[0004]KASP(Kompetitive Allele
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Specific PCR，竞争性等位基因特异性PCR)通过荧光探针特异性识别基因位点达到基因分型的效果，可用于检测SNP位点和InDel位点。与SSR、RFLP、InDel等分子标记相比，KASP标记具有检测快速，成本低，易于规模化应用等特点，更加适用于现阶段飞速发展的高通量分子检测平台。因此，开发适合于高通量分子检测平台的水稻粒型KASP分子标记对于推广普及分子标记技术的应用，提高我国水稻的育种效率和育种水平具有重要意义。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的是提供一种与水稻苗期耐低温基因COLD1的KASP标记开发及其应用方法。
[0006]本专利技术提供一种与水稻苗期耐低温基因COLD1紧密连锁的KASP分子标记KASP_COLD1，所述KASP_COLD1是水稻基因组中的一个SNP位点，其核苷酸种类为T或R(A/G简并碱基)，为序列表中SEQ ID No.4的第101位核苷酸。
[0007]所述与水稻苗期耐低温基因COLD1紧密连锁的KASP分子标记在C1、C2、C3或C4中的应用也应在本专利技术的保护范围之内：
[0008]C1、检测水稻基因组中KASP_COLD1位点的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定水稻低温耐性中的应用；
[0009]C2、检测水稻基因组中KASP_COLD1位点的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定耐低温水稻产品中的应用；
[0010]C3、检测水稻基因组中KASP_COLD1位点的多态性或基因型的物质在水稻辅助育种或制备水稻辅助育种产品中的应用；
[0011]C4、检测水稻基因组中KASP_COLD1位点的多态性或基因型的物质在选育耐低温的水稻资源中的应用。
[0012]本专利技术还提供一种鉴定或辅助鉴定水稻低温耐性的方法，包括检测待测水稻的基因型，根据待测水稻的基因型鉴定或辅助鉴定水稻低温耐性；所述基因型为水稻基因组中KASP_COLD1位点的基因型；所述记KASP_COLD1位点是水稻基因组中的一个SNP位点，其核苷酸种类为T或R(A/G简并碱基)，为序列表中SEQ ID No.4的第101位核苷酸。
[0013]其中，所述KASP_COLD1位点的基因型为TT基因型或者TR基因型时，水稻为耐低温或者候选为耐低温所述KASP_COLD1位点的基因型为RR基因型时，水稻为不耐低温或者候选为不耐低温；其中，所述TT基因型表示水稻基因组中所述KASP_COLD1位点的核苷酸种类为T的纯合型；所述RR基因型表示水稻基因组中所述KASP_COLD1位点的核苷酸种类为R的纯合型；所述TR基因型表示水稻基因组中所述KASP_COLD1位点的核苷酸种类为T和R的杂合型。
[0014]检测水稻基因组中KASP_COLD1位点的多态性或基因型的物质在A1、A2、A3或A4中的应用也应在本专利技术的保护范围之内：
[0015]A1、检测水稻基因组中KASP_COLD1位点的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定耐低温水稻中的应用；
[0016]A2、检测水稻基因组中KASP_COLD1位点的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定耐低温水稻产品中的应用；
[0017]A3、检测水稻基因组中KASP_COLD1位点的多态性或基因型的物质在水稻辅助育种或制备水稻辅助育种产品中的应用；
[0018]A4、检测水稻基因组中KASP_COLD1位点的多态性或基因型的物质在选育耐低温的水稻资源中的应用。
[0019]本专利技术还提供一种选育耐低温水稻资源的方法，包括选择KASP_COLD1位点的基因型TT的水稻进行育种，其中，所述KASP_COLD1位点是水稻基因组中的一个SNP位点，其核苷酸种类为T或R，为序列表中SEQ ID No.4的第101位核苷酸；所述TT基因型表示水稻基因组中所述KASP_COLD1位点的核苷酸种类为T的纯合型。
[0020]本专利技术提供一种含有检测水稻基因组中KASP_COLD1位点的多态性或基因型的物质的产品，为C1)
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C4)中任一种产品：
[0021]C1)检测与耐低温水稻相关的单核苷酸多态性或基因型的产品；
[0022]C2)鉴定或辅助鉴定耐低温水稻的产品；
[0023]C3)用于水稻辅助育种的产品；
[0024]C4)用于选育耐低温水稻资源的产品。
[0025]含有检测水稻基因组中KASP_COLD1位点的多态性或基因型的物质的产品在B1、B2、B3或B4中的应用也应在本专利技术的保护范围之内：
[0026]B1、检测水稻基因组中KASP_COLD1位点的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定水稻低温耐性中的应用；
[0027]B2、检测水稻基因组中KASP_COLD1位点的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定耐低温水稻产品中的应用；
[0028]B3、检测水稻基因组中KASP_COLD1位点的多态性或基因型的物质在水稻辅助育种或制备水稻辅助育种产品中的应用；
[0029]本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.水稻苗期耐低温基因COLD1的KASP标记开发，其特征在于：为一种鉴定或辅助鉴定水稻低温耐性的方法，包括检测待测水稻的基因型，根据待测水稻的基因型鉴定或辅助鉴定水稻低温耐性；所述基因型为水稻基因组中KASP_COLD1位点的基因型；所述记KASP_COLD1位点是水稻基因组中的一个SNP位点，其核苷酸种类为T或R，为序列表中SEQ ID No.4的第101位核苷酸。2.根据权利要求1所述的鉴定或辅助鉴定水稻低温耐性的方法，其特征在于：所述KASP_COLD1位点的基因型为TT基因型或者TR基因型时，水稻为耐低温或者候选为耐低温所述KASP_COLD1位点的基因型为RR基因型时，水稻为不耐低温或者候选为不耐低温；其中，所述TT基因型表示水稻基因组中所述KASP_COLD1位点的核苷酸种类为T的纯合型；所述RR基因型表示水稻基因组中所述KASP_COLD1位点的核苷酸种类为R的纯合型；所述TR基因型表示水稻基因组中所述KASP_COLD1位点的核苷酸种类为T和R的杂合型。3.根据权利要求1所述的与水稻苗期耐低温基因COLD1紧密连锁的KASP标记开发的应用，其特征在于：（1）检测水稻基因组中KASP_COLD1位点的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定水稻低温耐性中的应用；（2）检测水稻基因组中KASP_COLD1位点的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定耐低温水稻产品中的应用；（3）检测水稻基因组中KASP_COLD1位点的...

【专利技术属性】
技术研发人员：郑洪亮，李翀，邹德堂，王敬国，刘化龙，杨洛淼，辛威，贾琰，
申请(专利权)人：东北农业大学，
类型：发明
国别省市：