一种用于分析体液蛋白质组的方法技术

一种用于分析体液蛋白质组的方法，该方法包括：采用亲和技术去除初始样品A中的高丰度蛋白，获得低丰度蛋白富集的待测样品I；采用化学沉淀法去除初始样品B中的高丰度蛋白，获得低丰度蛋白富集的待测样品II，其中初始样品A和初始样品B来自同一受试者的同一份体液样品；对待测样品I进行蛋白质组学分析，获得蛋白质组数据集I；对待测样品II进行蛋白质组学分析，获得蛋白质组数据集II；基于所述蛋白质组数据集I和所述蛋白质组数据集II，确定体液中最终定量的蛋白质组数据集。最终定量的蛋白质组数据集。最终定量的蛋白质组数据集。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】一种用于分析体液蛋白质组的方法


[0001]本专利技术属于生化检测领域，特别涉及一种分析体液蛋白质组的方法。

技术介绍

[0002]体液中的血浆和血清因其丰富且易于获取，通常用于临床诊断和预后分析。血浆蛋白质可以用作个体健康状况的指标和临床检测的生物标志物，越来越多的研究集中在血浆蛋白质上。血浆蛋白质组学可以高通量地对临床队列中的多种蛋白质进行鉴定和定量分析，是血浆蛋白质研究的强有力的工具。
[0003]临床研究中往往需要对成百上千数量的样品进行定量蛋白质组分析，同时为了开发更多的血浆生物标志物，还需要提高蛋白质组的覆盖度。但现有技术中的各种技术难点(例如无法有效率的去除会造成干扰的高丰度蛋白)，往往限制了样品分析通量。目前文献报道的血浆蛋白质组覆盖度为500
‑
1000个蛋白，限制了血浆蛋白标志物的开发。因此，需要开放新的方法和系统，提高蛋白质组分析的通量和效率。

技术实现思路

[0004]在一些实施例中，用于分析体液蛋白质组的方法包括：
[0005]采用亲和技术去除初始样品A中的高丰度蛋白，获得低丰度蛋白富集的待测样品I；
[0006]采用化学沉淀法去除初始样品B中的高丰度蛋白，获得低丰度蛋白富集的待测样品II，其中所述初始样品A和所述初始样品B来自同一受试者的同一份体液样品；
[0007]对所述待测样品I采用经优化的数据非依赖性采集技术进行蛋白质组学分析，获得蛋白质组数据集I；
[0008]对所述待测样品II采用经优化的数据非依赖性采集技术进行蛋白质组学分析，获得蛋白质组数据集II；
[0009]基于所述蛋白质组数据集I和所述蛋白质组数据集II，确定所述体液样品最终定量的蛋白质组数据集。
附图说明
[0010]本说明书将以示例性实施例的方式进一步说明，这些示例性实施例结合附图进行详细描述。这些实施例并非限制性的，其中：
[0011]图1示出了根据本专利技术的一些实施例的用于分析体液蛋白质组的方法的流程图。
[0012]图2A
‑
图2F示出了根据本专利技术的一些实施例的采用数据非依赖性采集(data independent acquisition，DIA)技术进行血浆蛋白质组分析的结果，其中，图2A和图2B分别为15cm、25cm和50cm色谱柱和90min的梯度条件下DIA鉴定的多肽数量和蛋白数量；图2C和图2D分别为25cm色谱柱和90min、120min和150min的梯度鉴定的多肽数量和蛋白数量；图2E和图2F分别为50cm色谱柱和90min、120min和150min的梯度鉴定的多肽数量和蛋白数量。
[0013]图3A
‑
图3D示出了根据本专利技术的一些实施例的采用DIA技术进行血浆蛋白质组分析的结果，其中，图3A和图3B分别是40个、50个和60个隔离窗口下鉴定的多肽数量和蛋白数量；图3C和图3D分别是40个、50个和60个隔离窗口下鉴定的蛋白强度的变异系数(CV)分布和多肽强度的CV分布。
[0014]图4A和图4B示出了根据本专利技术的一些实施例的采用优化的DIA技术进行蛋白质组分析得到的多肽数量统计图(图4A)和蛋白数量统计图(图4B)；其中，undepleted代表采用未去除高丰度蛋白的原始血浆样品的酶切肽段；样品
①
代表采用肽段集合I；样品
②
代表采用肽段集合II。
[0015]图5A和图5B示出了根据本专利技术的一些实施例的采用优化的DIA技术进行蛋白质组分析得到的蛋白的韦恩图(图5A)和蛋白分子量的分布图(图5B)；其中，undepleted代表采用未去除高丰度蛋白的原始血浆样品的酶切肽段；样品
①
代表采用肽段集合I；样品
②
代表采用肽段集合II。
[0016]图6示出了根据本专利技术的一些实施例的采用优化的DIA技术进行蛋白质组分析得到的蛋白强度的变异系数分布图；其中，“样品
①
所有”代表采用肽段集合I
‑
优化的DIA鉴定到的所有蛋白质的蛋白强度的变异系数分布；“样品
②
所有”代表采用肽段集合II
‑
优化的DIA鉴定到的所有蛋白质的蛋白强度的变异系数分布；“样品
①
间”代表肽段集合I
‑
优化的DIA与肽段集合II
‑
优化的DIA共同鉴定到的蛋白质在肽段集合I
‑
优化的DIA中的蛋白强度的变异系数分布；“样品
②
间”代表采用肽段集合I
‑
优化的DIA与肽段集合II
‑
优化的DIA共同鉴定到的蛋白质在采用肽段集合II
‑
优化的DIA中的蛋白强度的变异系数分布；“样品
②
独有”代表采用肽段集合II
‑
优化的DIA鉴定到的独有蛋白质的蛋白强度的变异系数分布；“样品
①
所有+样品
②
独有”代表采用肽段集合I
‑
优化的DIA鉴定到的所有蛋白质加上采用肽段集合II
‑
优化的DIA鉴定到的独有蛋白质的蛋白强度的变异系数分布。
[0017]图7A
‑
图7C示出了根据本专利技术的一些实施例的用于分析体液蛋白质组的方法最终定量的蛋白质组数据集的覆盖度；其中，图7A示出了最终定量的蛋白质组数据集覆盖的FDA批准的生物标志物；图7B示出了最终定量的蛋白质组数据集覆盖的脑组织特异性蛋白质；图7C示出了最终定量的蛋白质组数据集覆盖的肝脏特异性蛋白质。
具体实施方式
[0018]血清、血浆、脑脊液等典型体液是基于质谱平台的蛋白质组学研究领域中的常用样本。这类样本含有种类丰富的蛋白质，其中高丰度蛋白(high
‑
abundantproteins，HAP)比例达到97％～99％，包括白蛋白、IgG、IgA、纤维蛋白原、转铁蛋白、触珠蛋白、抗胰蛋白酶等。而低丰度蛋白(low
‑
abundant proteins，LAP)才往往是疾病的特异性生物标记或者药物作用的靶蛋白分子。因此去除掉干扰检测的高丰度蛋白，尽可能富集更多低丰度蛋白，成为质谱鉴定数量多少的关键因素之一。
[0019]针对这一问题，目前常用的去除高丰度蛋白的方法有亲和技术、沉淀法、超滤离心法、金磁微粒法、等电捕获法、液相色谱法等。亲和技术是通过固定化的配基与靶蛋白质特异性亲和而达到将靶蛋白质从样品中分离或去除的目的。化学沉淀法是利用加入沉淀剂使蛋白质发生沉淀而去除样品中HAP，沉淀剂可以是有机溶剂，也可以是铵盐等物质。液相色谱法更多是用于蛋白质分离，常用的离子交换色谱法和尺寸排阻色谱法利用蛋白质分子尺
寸大小和所带的电荷不同进行蛋白质去除。
[0020]数据非依赖性采集(data independent acquisition，DIA)技术是近年来发展起来的本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种用于分析体液蛋白质组的方法，包括：采用亲和技术去除初始样品A中的高丰度蛋白，获得低丰度蛋白富集的待测样品I；采用化学沉淀法去除初始样品B中的高丰度蛋白，获得低丰度蛋白富集的待测样品II，其中所述初始样品A和所述初始样品B来自同一受试者的同一份体液样品；对所述待测样品I进行蛋白质组学分析，获得蛋白质组数据集I；对所述待测样品II进行蛋白质组学分析，获得蛋白质组数据集II；基于所述蛋白质组数据集I和所述蛋白质组数据集II，确定所述体液样品最终定量的蛋白质组数据集。2.根据权利要求1所述的方法，其中，对所述待测样品I进行蛋白质组学分析包括：使用数据非依赖性采集技术对所述待测样品I进行定量蛋白质组学分析。3.根据权利要求1所述的方法，其中，对所述待测样品II进行蛋白质组学分析包括：使用数据非依赖性采集技术对所述待测样品II进行定量蛋白质组学分析。4.根据权利要求1所述的方法，其中，所述体液包括血浆、血清、尿液、组织液、胸膜腔内液体、腹腔内的液体、脑脊液、精液和阴道液体中的一种或多种。5.根据权利要求1所述的方法，其中，所述采用亲和技术去除初始样品A中的高丰度蛋白包括：利用所述高丰度蛋白的抗体作为亲和配体去除所述高丰度蛋白。6.根据权利要求1
‑
5中任一项所述的方法，其中，所述高丰度蛋白包括白蛋白、IgA、IgD、IgE、IgG、IgM、α1
‑
酸性糖蛋白、α1
‑
抗胰蛋白酶、α2
‑
巨球蛋白、载脂蛋白A1、纤维蛋白原、触珠蛋白、转铁蛋白、补体C3、载脂蛋白A
‑
II、α
‑2‑
HS
‑
糖蛋白、载脂蛋白C
‑
III、α
‑1‑
抗胰凝乳蛋白酶、维生素D结合蛋白、铜蓝蛋白、补体C4
‑
A、补体C1q、血凝素、激肽原
‑
1、突触结合蛋白5、富含组氨酸的糖蛋白、玻连蛋白、补体因子H、血浆蛋白酶C1抑制剂、C4b结合蛋白、纤连蛋白中的一种或多种。7.根据权利要求5所述的方法，其中，所述高丰度蛋白的抗体被固定化至固相载体上。8.根据权利要求7所述的方法，其中，所述固相载体包括纤维素、聚丙稀酰胺、聚苯乙烯、聚乙烯、聚丙烯、交联葡聚糖、玻璃、硅橡胶、琼脂糖凝胶和凝胶树脂中的一种或多种。9.根据权利要求1
‑
5中任一项所述的方法，其中，所述采用亲和技术去除初始样品A...

【专利技术属性】
技术研发人员：成晓亮，周岳，张伟，郑可嘉，
申请(专利权)人：南京品生医疗科技有限公司，
类型：发明
国别省市：