用于纳米颗粒组合物的生物标记制造技术

本申请提供了用于治疗癌症的方法和组合物，其基于TSC1或TSC2和VHL、RBI、PBRIM1、K.DM6A、RET、SETD2ARID 1A、BAP1、BRCA2、TP53、RBI、ATRX、FLT1、NTRK1、TLX3、KDM6A、CDH4、CDKN2C、DAXX、ERBB3、GNAS、IL7R、PDGFRB、PMS2、PTEN、SMARCA4、和YY1AP1中的一个的突变状态，通过施用包含纳米颗粒的组合物治疗癌症，该纳米颗粒包含mTOR抑制剂(如莫司药物)和载体蛋白(如白蛋白)。白(如白蛋白)。白(如白蛋白)。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于纳米颗粒组合物的生物标记
相关申请的交叉引用本申请要求2019年11月11日提交的美国临时专利申请号62/933,820和2020年3月18日提交的美国临时专利申请号62/991,469的优先权权益。这些申请的全部内容通过引用并入本文。


本专利技术涉及用于治疗癌症的方法和组合物。关于联邦资助研究或开发的声明本申请的主题部分得到了FDA孤儿产品开发办公室(OOPD)授予的R01FD005749基金的支持。政府对本专利技术享有一定的权利。

技术介绍

哺乳动物雷帕霉素目标(mammalian target of rapamycin)(mTOR)是保守的丝氨酸/苏氨酸激酶，其充当细胞中信号传导的中心枢纽以整合细胞内和细胞外信号并且调节细胞生长和体内平衡。mTOR通路的活化与细胞增殖和存活有关，而mTOR信号传导的抑制导致炎症和细胞死亡。mTOR信号传导通路的失调已经牵涉越来越多的人类疾病，包括癌症和自身免疫性障碍。因此，mTOR抑制剂已广泛应用于治疗多种病理状况，如实体瘤、器官移植、再狭窄和类风湿性关节炎。然而，mTOR抑制剂应用中的紧迫问题是具有相同疾病或状况的不同个体之间治疗应答的变化性。鉴于mTOR的延伸的信号传导网络涉及大量基因，因此非常需要一组可靠的预测性生物标记以指导为个体患者选择有效的治疗计划。西罗莫司(INN/USAN)，也称为雷帕霉素，是用于预防器官移植中排斥的免疫抑制剂药物；它在肾移植中特别有用。西罗莫司洗脱支架在美国被批准以治疗冠状动脉再狭窄。此外，西罗莫司已被证明是各种细胞系和动物模型中有效的肿瘤生长抑制剂。其他莫司(利莫司，limus)药物如雷帕霉素类似物已被设计以改善西罗莫司的药代动力学和药效动力学特性。例如，坦罗莫司(Temsirolimus)在美国和欧洲被批准用于治疗肾细胞癌。依维莫司(Everolimus)在美国被批准用于治疗晚期乳腺癌、胰腺神经内分泌肿瘤、晚期肾细胞癌、和与结节性硬化症相关的室管膜下巨细胞星形细胞瘤(SEGA)。雷帕霉素的作用方式是结合胞质蛋白FK结合蛋白12(FKBP12)，而西罗莫司
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FKBP12复合物又通过直接结合到mTOR复合物1(mTORC1)来抑制mTOR通路。然而，TSC1/2和mTOR突变在响应雷帕霉素类似物(rapalogs)中的作用仍然存在争议。例如，虽然已报道TSC1/2和mTOR中的突变在对雷帕霉素类似物反应良好的肾细胞癌(RCC)患者中更为常见，但大多数雷帕霉素类似物反应者在mTOR通路中没有突变。在Kwiatkowski等人的研究中，在用mTOR抑制剂(例如，坦罗莫司或依维莫司)治疗的具有TSC1突变或拷贝数丢失的仅2/32(6.25％)患者和具有TSC2突变或拷贝数丢失的0％的患者有应答。此外，在另一项研究(Kwiatkowski，NCT02201212)中，在用依维莫司治疗的具有TSC1或TSC2突变患者中仅发现2/30(7％)有应答。参见Kwiatkowski等人Clin Cancer Res.2016；
22:2445
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52。此外，雷帕霉素类似物通常阻止细胞增殖，但不诱导细胞凋亡。尽管最初有应答，但肿瘤经常对这些药剂(试剂，agent)产生抗性。参见Hua等人，J Hematol Oncol 12，71(2019)。本文提及的所有出版物、专利、专利申请和公开的专利申请的公开内容通过引用整体并入本文。

技术实现思路

本申请提供治疗个体中癌症的方法，其包括向个体施用有效量的包含纳米颗粒的组合物，该纳米颗粒包含mTOR抑制剂(如莫司药物)和载体蛋白(如白蛋白)，其中个体基于具有mTOR活化畸变(mTOR
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activating aberration)被选择进行治疗。在一些实施方式中，mTOR活化畸变包括选自TSC1、TSC2、RPS6、PTEN、TP53、RB1、ATRX和FAT1中的一个或多个基因(如1、2、3、4、5、6或更多)处的畸变。在本申请的一个方面，提供了治疗个体中癌症的方法，其包括向个体施用有效量的包含纳米颗粒的组合物，该纳米颗粒包含mTOR抑制剂和载体蛋白，其中个体基于在TSC2或RPS6处具有mTOR活化畸变被选择进行治疗。在一些实施方式中，个体基于在TSC2和RPS6处具有mTOR活化畸变被选择进行治疗。在根据上述方法中的任何一种的一些实施方式中，在TSC2处的mTOR活化畸变包括在TSC2中的突变。在根据上述方法中的任何一种的一些实施方式中，在TSC2处的mTOR活化畸变包括单核苷酸变体(SNV)。在一些实施方式中，SNV包含选自C1503T、C2743G、C5383T、C3755G、G760T、C3442T、G880A、T707C、A4949G中的突变，或在1405
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1409、1960
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1970、4999、5002、3521、5208、5238
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5255位置处的氨基酸中的任何一个或多个的缺失。在根据上述方法中的任何一种的一些实施方式中，在TSC2处的mTOR活化畸变包括TSC2的拷贝数变异。在根据上述方法中的任何一种的一些实施方式中，在TSC2处的mTOR活化畸变是功能损失突变。在根据上述方法中的任何一种的一些实施方式中，在TSC2处的mTOR活化畸变包括TSC2的畸变(aberration)表达水平。在根据上述方法中的任何一种的一些实施方式中，在TSC2处的mTOR活化畸变包括由TSC2编码的蛋白质的异常活性水平。在根据上述方法中的任何一种的一些实施方式中，在TSC2处的mTOR活化畸变包括TSC2杂合性的损失。本申请在另一方面提供了治疗个体中癌症的方法，其包括向个体施用有效量的包含纳米颗粒的组合物，该纳米颗粒包含mTOR抑制剂和载体蛋白，其中个体基于在TSC1或RPS6处具有mTOR活化畸变被选择进行治疗。在根据上述方法中的任何一种的一些实施方式中，在RPS6处的mTOR活化畸变包含由RPS6编码的蛋白质的异常磷酸化水平。在根据上述方法中的任何一种的一些实施方式中，在RPS6处的mTOR活化畸变包括
RPS6的异常表达水平。在根据上述方法中的任何一种的一些实施方式中，癌症是晚期和/或恶性的。在根据上述方法中的任何一种的一些实施方式中，癌症是实体瘤。在根据上述方法中的任何一种的一些实施方式中，癌症是血液癌症。在根据上述方法中的任何一种的一些实施方式中，癌症选自胰腺神经内分泌癌、子宫内膜癌、乳腺癌、淋巴管平滑肌瘤病(LAM)、前列腺癌、肝细胞癌、黑色素瘤、肾细胞癌、膀胱癌、子宫内膜癌、卵巢癌、妇科癌症、肉瘤、血管周围上皮样细胞肿瘤(PEComa)、霍奇金淋巴瘤和多发性骨髓瘤。在根据上述方法中的任何一种的一些实施方式中，组合物中的纳米颗粒包含与载体蛋白缔合的mTOR抑制剂。在根据上述方法中的任何一种的一些实施方式中，组合物中的纳米颗粒具有不大于约200nm的平均直径。在根据上述方法中的任何一种的一些实施方式中，纳米颗粒中mTOR抑制剂与载体蛋白的比例为约1:1至约9:1。在根据上述方法中的任何一种的一些本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.治疗个体中癌症的方法，所述方法包括向所述个体施用有效量的包含纳米颗粒的组合物，所述纳米颗粒包含西罗莫司和白蛋白，其中所述个体基于以下被选择进行治疗：a)在TSC1或TSC2处具有mTOR失活突变；b)在选自VHL、RB1、PBRM1、KDM6A、RET、SETD2、ARID1A、BAP1、BRCA2、TP53、RB1、ATRX、FLT1、NTRK1、TLX3、KDM6A、CDH4、CDKN2C、DAXX、ERBB3、GNAS、IL7R、PDGFRB、PMS2、PTEN、SMARCA4、和YY1AP1中的基因中的任何一个处具有畸变。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述个体未用mTOR抑制剂治疗。3.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述个体先前疗法失败。4.根据权利要求3所述的方法，其中所述先前疗法包括施用基于铂的药剂、化学治疗剂、血管生成抑制剂、检查点抑制剂、RANKL配体抑制剂、或癌症的一线或标准疗法。5.根据权利要求1
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4中任一项所述的方法，其中TSC1或TSC2中的所述失活突变包括同型接合型缺失、双等位基因突变、剪接位点突变、移码突变、编码区中的无义突变、具有确定影响的错义突变、或TSC1或TSC2的损失或缺失。6.根据权利要求5所述的方法，其中TSC1或TSC2中的所述失活突变包括双等位基因突变。7.根据权利要求1
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6中任一项所述的方法，其中所述个体基于在选自TP53、RB1、ATRX、FLT1、NTRK1、TLX3、KDM6A、CDH4、CDKN2C、DAXX、ERBB3、GNAS、IL7R、PDGFRB、PMS2、PTEN、SMARCA4、和YY1AP1的基因中的任何一个处具有畸变被选择进行治疗。8.根据权利要求1
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7中任一项所述的方法，其中所述个体基于在TSC1中具有失活突变被选择进行治疗。9.根据权利要求8所述的方法，其中所述个体基于在选自NTRK1、RB1、TP53、和PBRM1的基因中的任何一个处具有畸变被选择进行治疗。10.根据权利要求1
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9中任一项所述的方法，其中所述个体基于在TSC2中具有失活突变被选择进行治疗。11.根据权利要求10所述的方法，其中所述个体基于在选自TP53、ATRX、DAXX、ERBB3、FLT1、GNAS、KDM6A、PMS2、PTEN、RB1、和TLX3的基因中的任何一个处具有畸变被选择进行治疗。12.根据权利要求1
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11中任一项所述的方法，其中所述个体具有小于约10的肿瘤突变负荷。13.根据权利要求1
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12中任一项所述的方法，其中所述个体具有稳定的微卫星状态。14.根据权利要求1
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13中任一项所述的方法，其中所述个体不包含以下中任何一项：a)在EGFR外显子19中的缺失突变；b)EGFR外显子21L858R改变；c)EGFR外显子20T790M改变；d)ALK重排；e)BRAF V600E或V600K；f)导致MET外显子14跳跃的MET单核苷酸变体或插入/缺失；g)ERBB2扩增；h)PIK3CA中的C420R、E542K、E545A、E545D、E545G、E545K、Q546E、Q546R、H1047L、H1047R、和H1047Y中的任何一个；i)BRCA1/2改变；j)FGFR2融合和/或重排；k)BRCA1、BRCA2、ATM、BARD1、BRIP1、CDK12、CHEK1、CHEK2、FANCL、PALB2、RAD51B、RAD51C、RAD51D和RAD54L中的任何一个中的突变。15.根据权利要求1
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14中任一项...

【专利技术属性】
技术研发人员：N，
申请(专利权)人：阿布拉科斯生物科学有限公司，
类型：发明
国别省市：