用于检测HIV-1和VB突变株的引物探针组、检测试剂盒及检测方法技术

本发明专利技术公开了用于检测HIV

【技术实现步骤摘要】
用于检测HIV
‑
1和VB突变株的引物探针组、检测试剂盒及检测方法


[0001]本专利技术涉及分子生物学检测领域，特别是涉及用于检测HIV
‑
1和VB突变株的引物探针组、检测试剂盒及检测方法。

技术介绍

[0002]人类免疫缺陷病毒(Human Immunodeficiency Virus,HIV)是诱发人获得性免疫缺陷综合征(Acquired Immunodeficiency Syndrome,AIDS)的主要病原体，在分类学上属于逆转录病毒科(Retroviridae)慢病毒属(Lentivirus)。根据基因型的不同，HIV可以分为两种类型：HIV
‑
1与HIV
‑
2。HIV
‑
1有M、N、O、P四个不同的组(group)，每个组由独立跨物种传播所致。HIV
‑
1具有较高的毒力，更容易传播的同时也导致了全球绝大多数HIV感染。
[0003]HIV
‑
1感染后病毒载量的变化与艾滋病的发病进程有密切的相关性，HIV
‑
1病毒载量的检测可以预测艾滋病发生、发展以及预后。快速精准检测对疾病的监控、预防母婴传播以及观察抗病毒药物的疗效都具有重要的意义。2022年初《科学》杂志的一篇论文指出，牛津大学大数据研究所的科学家在荷兰发现了一种新的、高毒性的HIV病毒株，这个属于HIV
‑
1B
’
亚型的全新毒株被命名为“VB突变株”。新发现的艾滋病病毒变种虽然毒力更强、更具传播性，但在开始治疗后，VB变体患者的免疫系统恢复和生存率与其他HIV变体患者相似。然而，研究人员强调，由于VB突变体导致免疫系统更快速地衰退，这使得个人尽早被诊断并尽快开始治疗变得至关重要。因此，急需研究出一种针对HIV
‑
1与VB突变株的检测方法。

技术实现思路

[0004]本专利技术的目的是提供用于检测HIV
‑
1和VB突变株的引物探针组、检测试剂盒及检测方法，以解决上述现有技术存在的问题，通过设计的引物探针组，增加了检测靶点，可以实现有效区分人类免疫缺陷病毒HIV
‑
1与VB突变株，为HIV
‑
1和VB突变株的鉴别诊断提供了良好的技术支撑。
[0005]为实现上述目的，本专利技术提供了如下方案：
[0006]本专利技术提供一种用于检测HIV
‑
1和VB突变株的引物探针组，包括引物探针组A和引物探针组B，其中所述引物探针组A包括如SEQ ID NO：1所示的上游引物gap
‑
F、SEQ ID NO：2所示的下游引物gap
‑
R以及SEQ ID NO：3所示的探针gap
‑
P；所述引物探针组B包括如SEQ ID NO：4所示的上游引物gap
‑
vb
‑
F、SEQ ID NO：5所示的下游引物gap
‑
vb
‑
R以及SEQ ID NO：6所示的探针gap
‑
vb
‑
P。
[0007]本专利技术通过不同序列比对设计了与推荐标准完全不同的全新的引物探针，在实际样品测试中，与现售试剂盒中的引物探针进行比较检出了更多的阳性样本。全新设计优化的gag基因的引物探针组B，选在突变位点处，尽量避免发卡结构、引物内部二聚体、引物间二聚体以及错配的形成且能够避免与HIV
‑
1野生型、其他病毒或人类基因发生非特异结合，可以用同一个试剂盒区分HIV
‑
1及其VB突变株。
[0008]优选的是，在上述用于检测HIV
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1和VB突变株的引物探针组中，所述探针的5
’
端标记有荧光基团，3
’
端标记有荧光淬灭基团或MGB淬灭基团，针对不同靶基因的探针分别标记有不同的荧光基团。方便检测中采用不同的荧光通道进行检测。更优选的是，所述荧光基团可选自FAM、ROX、VIC、CY5、HEX；所述淬灭基团选自BHQ1、BHQ2、BHQ3、MGB，所述基团的激发和发射波段相对分开可以在一个体系内进行分别检测。更优选的是，在上述用于检测HIV
‑
1和VB突变株的引物探针组中，上述探针gag
‑
P用FAM标记，探针gag
‑
vb
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P用CY5标记。
[0009]本专利技术还提供一种检测HIV
‑
1和VB突变株的试剂盒，包括所述的引物探针组。
[0010]优选的是，所述试剂盒还包括：反应预混试剂PremixEx Taq、内参染料VIC Reference Dye II、阳性对照和阴性对照，其中所述阳性对照为标准质粒pUC57
‑
gag和pUC57
‑
gag
‑
vb；所述阴性对照为双蒸水。
[0011]优选的是，所述标准质粒pUC57
‑
gap的基因拷贝数为2.9
×
109拷贝/μL；所述标准质粒pUC57
‑
gag
‑
vb的基因拷贝数为2.5
×
109拷贝/μL。
[0012]本专利技术还提供一种非疾病诊断和治疗目的的HIV
‑
1和VB突变株的检测方法，包括利用所述的引物探针组对待测样品进行荧光定量PCR检测，生成扩增曲线，并对所述待测样品的扩增曲线进行结果分析。根据分析后图像调节Baseline的Start值、End值以及Threshold值(以ABI 7500为例，用户可根据实际情况自行调整，Start值可以在3～15、End值可设在5～20，确保所有扩增曲线的基线区部分平直；各种荧光通道的阈值线高度均设置为
△
Rn＝6000)，点击Analyze进行分析，然后到Plate窗口下记录定性结果。还包括质量控制：根据各荧光通道检测结果对应的Ct值和扩增曲线形态，判断实验有效性。
[0013]优选的是，所述荧光定量PCR检测的反应体系包括：上游引物gag
‑
F、下游引物gag
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R、上游引物gag
‑
vb
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F、以及下游引物gag
‑
vb
‑
R的混合物共2μL；探针gag
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P和探针gag
‑
vb
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P的混合物共1μL；反应预混试剂PremixEx Taq 12.5μL；内参染料VIC Reference Dye II 0.2μL；标准质粒pUC57
‑
gag和pUC57
‑
gag
‑
vb的混合物2μL或待测样品的DNA模板5μL；加双蒸水补足至25μL。
[0014]优选的是，本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于检测HIV
‑
1和VB突变株的引物探针组，其特征在于，包括引物探针组A和引物探针组B，其中所述引物探针组A包括如SEQ ID NO：1所示的上游引物gap
‑
F、SEQ ID NO：2所示的下游引物gap
‑
R以及SEQ ID NO：3所示的探针gap
‑
P；所述引物探针组B包括如SEQ ID NO：4所示的上游引物gap
‑
vb
‑
F、SEQ ID NO：5所示的下游引物gap
‑
vb
‑
R以及SEQ ID NO：6所示的探针gap
‑
vb
‑
P。2.如权利要求1所述的引物探针组，其特征在于，所述探针gap
‑
P和探针gap
‑
vb
‑
P的5
’
端标记有荧光基团，3
’
端标记有荧光淬灭基团或MGB淬灭基团。3.如权利要求2所述的引物探针组，其特征在于，所述荧光基团包括FAM、ROX、VIC、CY5或者HEX；所述荧光淬灭基团包括BHQ1、BHQ2或者BHQ3。4.一种检测HIV
‑
1和VB突变株的试剂盒，其特征在于，包括权利要求1所述的引物探针组。5.如权利要求4所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括：反应预混试剂PremixEx Taq、内参染料VIC Reference Dye II、阳性对照和阴性对照，其中所述阳性对照为标准质粒pUC57
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gag和pUC57
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gag
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vb；所述阴性对照为双蒸水。6.如权利要求5所述的...

【专利技术属性】
技术研发人员：张改平，王爱萍，王海丽，刘东民，赵建国，陈玉梅，周景明，祁艳华，刘红亮，丁培阳，朱习芳，梁超，刘恩平，李永欣，
申请(专利权)人：北京大学，
类型：发明
国别省市：