本公开涉及一种新细胞分裂膜蛋白变体、包含所述变体的谷氨酸棒状杆菌(Corynebacterium glutamicum)菌株以及使用所述菌株生产L
【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】Acids Research 12:387(1984))的Needleman程序中所执行的Needleman
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Wunsch算法(Needleman和Wunsch,1970,J.Mol.Biol.48:443
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453)、BLASTP、BLASTN、FASTA(Atschul,S.F.等人,J MOLEC BIOL 215:403(1990)；Guide to Huge Computers,Martin J.Bishop编,Academic Press,San Diego,1994；以及CARILLO等人(1988)SIAM JApplied Math 48:1073)来确定。例如，可使用美国国家生物技术信息中心的BLAST或ClustalW确定同源性、类似性或同一性。
[0021]多核苷酸或多肽的同源性、类似性或同一性可如例如Smith和Waterman,Adv.Appl.Math(1981)2:482中所发表的通过使用例如GAP计算机程序诸如Needleman等人(1970),J Mol Biol.48:443比较序列信息来确定。概括地说，GAP程序可定义为通过两个序列中的较短序列中符号(即，核苷酸或氨基酸)的总数除以类似比对符号的数目所获得的值。GAP程序的默认参数可包括(1)二元比较矩阵(包括相同值为1且非同值为0)和Gribsko等人,(1986)Nucl.Acids Res.14:6745(或EDNAFULL(NCBI NUC4.4的EMBOSS版)取代矩阵)的加权比较矩阵，如Schwartz和Dayhoff编,Atlas Of Protein Sequence And Structure,National Biomedical Research Foundation,第353
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358页(1979)中所公开；(2)每个空位的罚分为3.0并且每个空位的每个符号额外罚分0.10(或空位开放罚分为10，空位延伸罚分为0.5)；以及(3)末端空位没有罚分。
[0022]作为本公开的实例，本公开的变体可以表现出细胞分裂膜蛋白活性。
[0023]在本公开中，术语“细胞分裂膜蛋白”是一种参与细胞分裂的酶。具体地说，本公开的细胞分裂膜蛋白可以与RodA蛋白或RodA互换使用。在本公开中，细胞分裂膜蛋白的序列可获自已知数据库NCBI的GenBank(例如，GenBank登录号WP_011013343.1)。具体地说，细胞分裂膜蛋白可以是由NCgl0043基因(或rodA基因)编码的表现出细胞分裂膜蛋白活性的多肽，但不限于此。
[0024]在本公开中，术语“对应于”是指多肽中所列出的位置处的氨基酸残基，或者与多肽中所列出的残基类似、相同或同源的氨基酸残基。鉴别对应位置处的氨基酸可为确定参考特定序列的序列中的特定氨基酸。如本文所用，“对应区域”通常是指相关蛋白或参考(reference)蛋白中类似或对应的位置。
[0025]例如，将任意氨基酸序列与SEQ ID NO:3比对(align)，并且基于此，可以参考SEQ ID NO:3的氨基酸残基和对应氨基酸残基的数值位置对上述氨基酸序列的每个氨基酸残基进行编号。例如，如本公开中所述的序列比对算法可通过与查询序列(也称为“参考序列”)比较来确定氨基酸位置或修饰诸如取代、插入或缺失发生的位置。
[0026]针对此类比对，例如，可使用Needleman
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Wunsch算法(Needleman和Wunsch,1970,J.Mol.Biol.48:443
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453)、EMBOSS包的Needleman程序(EMBOSS:The European Molecular Biology Open Software Suite,Rice等人,2000,Trends Genet.16:276
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277)等，但程序和算法不限于此，并且可适当使用本领域中已知的序列比对程序、成对序列比较算法等。
[0027]本公开的另一个方面为提供一种编码本公开的变体的多核苷酸。
[0028]在本公开中，术语“多核苷酸”为以核苷酸单体通过共价键连接成长链的核苷酸聚合物的形式的一定长度以上的DNA或RNA链，并且更具体地指编码变体的多核苷酸片段。
[0029]编码本申请的变体的多核苷酸可包括编码由SEQ ID NO:1表示的氨基酸序列的碱基序列。作为本公开的实例，本公开的多核苷酸具有或包含SEQ ID NO:2的序列。本公开的
多核苷酸可由SEQ ID NO:2的序列组成或基本上由SEQ ID NO:2的序列组成。在另一种实施方式中，在本专利技术的多核苷酸中，SEQ ID NO：2表示的核酸序列中对应于基于SEQ ID NO：4的核酸序列的第919位的碱基为G，并且该多核苷酸可包含与由SEQ ID NO:2表示的核酸序列具有至少70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％、99.7％或99.9％或更高的同源性或同一性的核酸序列。明显的是，具有缺失、修饰、取代、保守取代或添加了一些序列的核酸序列的多核苷酸也包括在本公开的范围内，只要该核酸序列具有这样的同源性或同一性并编码表现出与本公开的变体功效对应的功效的多肽或蛋白。
[0030]在本公开的多核苷酸中，考虑密码子简并性(degeneracy)或在用于表达本申请的变体的生物体中优选的密码子，在不改变本申请的变体的氨基酸序列的范围内，可在编码区中进行各种修饰。具体地说，本公开的多核苷酸具有或包含与SEQ ID NO:2的序列具有70％或更多、75％或更多、80％或更多、85％或更多、90％或更多、95％或更多、96％或更多、97％或更多、98％或更多但小于100％同源性或同一性的碱基序列，或可由与SEQ ID NO:2的序列具有70％或更多、75％或更多、80％或更多、85％或更多、90％或更多、95％或更多、96％或更多、97％或更多、98％或更多但小于100％同源性或同一性的碱基序列组成或基本上由其组成，但不限于此。在此，在具有同源性或同一性的序列中，编码对应于SEQ ID NO:1的第307位的氨基酸的密码子可为编码缬氨酸的密码子之一。
[0031]本公开的多核苷酸可包含探针，该探针可由已知基因序列制备，例如没有限制的序列，只要其为可在严格条件下与本公开的多核苷酸序列的整体或一部分的互补序列杂交的序列即可。“严格条件(stringent condition)”意指实现多核苷酸之间的特异性杂交的条件。些条件明确描述于文件中(参见J.Sambrook等人,Molecular Cloning,A Laboratory Manual,第2版,Cold Spring Harbor Laboratory press,Cold Spring Harbor,New York,1989；F.M.Ausubel等人,Current Protocols in Molecular Biology,John Wiley&a本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种细胞分裂膜蛋白变体，其由SEQ ID NO：1表示的氨基酸序列组成，其中，作为对应于SEQ ID NO：3的第307位的氨基酸的异亮氨酸被缬氨酸取代。2.一种多核苷酸，其编码根据权利要求1所述的变体。3.一种谷氨酸棒状杆菌(Corynebacterium glutamicum)菌株，其包含根据权利要求1所述的变体或编码所述变体的多核苷酸...
【专利技术属性】
技术研发人员：张真淑，李翰衡，金惠美，朴素静，金柄秀，
申请(专利权)人：CJ第一制糖株式会社，
类型：发明
国别省市：
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