一种大麦40KSNP液相芯片制造技术

本发明专利技术属于植物分子标记技术领域，涉及一种大麦40K SNP液相芯片。该大麦40K SNP液相芯片通过下述方法获得：1.选取大麦及青稞为种质材料进行重测序，再对测序结果进行质控、与参考基因组映射，鉴定与筛选出SNP位点；2.根据SNP位点的指标，结合位点在染色体上的位置，分析其上下游序列并设计测序引物，挑选能够用于芯片开发的SNP位点；3.运用靶向测序基因分型技术开发该大麦40K SNP液相芯片。该大麦40K SNP液相芯片，属于DNA检测用SNP芯片，是基于靶向捕获高通量测序技术开发的包含有40519个SNP标记位点的大麦全基因组液相芯片，为大麦高密度遗传图谱构建、大麦种质鉴定、高通量基因分型、QTL定位、全基因组关联分析等提供重要的工具。的工具。的工具。

A barley 40ksnp liquid phase chip

【技术实现步骤摘要】
一种大麦40K SNP液相芯片


[0001]本专利技术属于植物分子标记
，涉及一种大麦40K SNP液相芯片，具体涉及一种基于靶向捕获高通量测序技术开发的含4万个SNP标记位点的大麦全基因组液相芯片。

技术介绍

[0002]大麦是全世界的重要粮食作物之一，其种植面积和总产量均居全球第4 位。大麦兼具食用、饲用和工业酿造用价值，近年来，因其具有“高蛋白、高纤维素、高维生素、低脂肪、低糖”的“三高两低”特性而作为一种保健食品越来越受到重视。青稞作为大麦的一种特色类型，还是我国藏区和高原特色作物，对藏区的社会、经济和文化建设以及发展独具意义。因此，加快大麦优异新品种的培育，推动大麦产业可持续发展具有重要意义。
[0003]然而，当前大麦育种面临着诸多问题，如，遗传瓶颈愈发严重，选择效率低、育种周期长、突破性品种培育难度大等。因而，以大数据、组学技术为核心的分子育种是打破大麦育种瓶颈、实现大麦育种突破的关键和核心。与此同时，高通量SNP芯片是开展作物高通量基因分型、种质鉴定、QTL定位、全基因组关联分析、基因组选择等分子育种研究所不可或缺本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种大麦40K SNP液相芯片，其特征在于，该大麦40K SNP液相芯片通过下述方法获得：(1)选取大麦及青稞为种质材料进行重测序，再对测序结果进行质控、与参考基因组映射，鉴定与筛选出SNP位点；(2)根据SNP位点的指标，结合位点在染色体上的位置，分析其上下游序列并设计测序引物，挑选能够用于芯片开发的SNP位点；(3)运用靶向测序基因分型技术开发该大麦40K SNP液相芯片。2.如权利要求1所述的大麦40K SNP液相芯片，其特征在于，所述步骤(1)包括如下过程：S1.在全球范围的不同生态区选择具有代表性的不同大麦以及青稞为种质材料，提取幼嫩叶片总DNA并进行测序；S2.将测序获得的原始数据进行质控，获得高质量的clean reads，再将其与参考基因组进行映射，获得各样品的比对结果；S3.将比对结果进行SNP位点的鉴定、提取、过滤，得到SNP位点。3.如权利要求2所述的大麦40K SNP液相芯片，其特征在于，所述步骤(1)的过程S1中，选用的种质材料包括野生大麦、大麦农家种、大麦栽培品种以及青稞，共计155份。4.如权利要求2所述的大麦40K SNP液相芯片，其特征在于，所述步骤(1)的过程S1中，采用Illumina标准方法进行DNA文库构建，DNA片段长度为500bp，测序策略为PE150，测序深度为10
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，每个品系测50G数据量。5.如权利要求1或2所述的大麦40K SNP液相芯片，其特征在于，所述步骤(1)中，所获得的SNP...

【专利技术属性】
技术研发人员：聂小军，杨光，魏新雨，宋卫宁，佘奎军，潘文秋，艾琪，
申请(专利权)人：西北农林科技大学，
类型：发明
国别省市：