一种水痘-带状疱疹病毒的MNP标记位点、引物组合物、试剂盒及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种水痘

【技术实现步骤摘要】
一种水痘
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带状疱疹病毒的MNP标记位点、引物组合物、试剂盒及其应用


[0001]本专利技术实施例涉及生物
，特别涉及一种水痘
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带状疱疹病毒的MNP标记位点、引物组合物、试剂盒及其应用。

技术介绍

[0002]水痘
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带状疱疹病毒(varicella
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zostervirus)，即人类疱疹病毒3型(HHV
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3)，是水痘或带状疱疹的病原体。水痘
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带状疱疹病毒十分常见，借飞沫经呼吸道或接触感染进入机体，几乎所有人于成年之前接触过该病毒，该病毒只有一个血清型，可引起两种不同的病症，即原发感染水痘(varicella)和复发感染带状疱疹(zoster)。水痘消失后不遗留瘢痕，病情一般较轻，但偶有并发间质性肺炎和感染后脑炎者。成人患水痘时，20％～30％并发肺炎，一般病情重，病死率亦高。孕妇患水痘的表现亦较严重，并可引起胎儿畸形、流产或死产。为预防该病毒，在1～12岁健康儿童普遍接种减毒疫苗进行预防。对水痘
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带状疱疹病毒的检测包括疱疹液做电镜快速检查，或细胞培养来分离病毒，或应用免疫荧光试验检测疱疹底基部材料涂片和活检组织切片的疱疹病毒抗原，或应用PCR扩增脑脊液的DNA。水痘
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带状疱疹病毒作为群体生物，在和宿主、环境的互作中，群体内个体会发生变异，导致检测或治疗方法的失效；对于实验研究来说，这种不易被察觉的变异会导致不同实验室或同一实验室不同时期相同命名的毒株实际上并不相同，导致实验结果的不可重现和不可比较。因此，开发快速、准确的、可监测变异的水痘
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带状疱疹病毒检测分析方法对于水痘
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带状疱疹病毒的临床治疗、防疫检测和科学研究和都具有重要意义。
[0003]水痘
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带状疱疹病毒已有的检测方法在时长、操作复杂度、检测通量、检测变异的准确性和灵敏度、成本等方面存在一个或多个局限。融合超多重PCR扩增和高通量测序的靶向分子标记检测技术，可以在低微生物含量的样本中靶向的富集目标微生物，避免了全基因组和宏基因组测序带来的大量数据浪费和背景噪音，具有样本需要量少、诊断结果精确，节约数据量、可检测变异的优势。现有的靶向检测技术检测的分子标记主要包括SNP和SSR标记。SSR标记是公认的多态性最高的标记，但在微生物中数量少；SNP标记数量巨大，分布密集，是二态性标记，单个SNP标记的多态性不足以捕获微生物种群中潜在的等位基因多样性。
[0004]因此，开发水痘
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带状疱疹病毒的高多态性的新型分子标记及其检测技术，成为亟待解决的技术问题。

技术实现思路

[0005]本专利技术目的是提供一种水痘
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带状疱疹病毒的MNP标记位点、引物组合物、试剂盒及其应用，可以对水痘
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带状疱疹病毒进行定性的鉴定和变异检测，具有多靶标、高通量、高灵敏和精细分型的效果。
[0006]为了实现上述目的，本专利技术采用如下技术方案：
[0007]在本专利技术的第一方面，提供了一种水痘
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带状疱疹病毒的MNP标记位点，所述MNP标记位点是指在水痘
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带状疱疹病毒基因组上筛选的区分于其他物种且在物种内部具有多个核苷酸多态性的基因组区域，包括水痘
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带状疱疹病毒参考序列上MNP
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1～MNP
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15的标记位点。
[0008]上述技术方案中，MNP
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1～MNP
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15的标记位点具体如说明书表1所示，表1中标注的所述MNP标记的起始和终止位置是基于表1中MNP同一行对应的参考序列确定的。
[0009]在本专利技术的第二方面，提供了一种用于检测所述MNP标记位点的多重PCR引物组合物，所述多重PCR引物组合物包括15对引物，具体的引物序列如SEQ ID NO.1
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SEQ ID NO.30所示。
[0010]上述技术方案中，每个MNP标记位点的引物包括上引物和下引物，具体如说明书表1所示。
[0011]在本专利技术的第三方面，提供了一种用于检测所述水痘
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带状疱疹病毒MNP标记位点的检测试剂盒，所述试剂盒包括所述的引物组合物。
[0012]进一步地，所述试剂盒还包括多重PCR预混液。
[0013]在本专利技术的第四方面，提供了所述的水痘
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带状疱疹病毒的MNP标记位点或者所述的多重PCR引物组合物或者所述的检测试剂盒在非诊断目的的水痘
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带状疱疹病毒的鉴定中的应用。
[0014]在本专利技术的第五方面，提供了所述的水痘
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带状疱疹病毒的MNP标记位点或者所述的多重PCR引物组合物或者所述的检测试剂盒在检测水痘
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带状疱疹病毒毒株内部和毒株间遗传变异中的应用。
[0015]在本专利技术的第六方面，提供了所述的水痘
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带状疱疹病毒的MNP标记位点或者所述的多重PCR引物组合物或者所述的检测试剂盒在构建水痘
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带状疱疹病毒数据库中的应用。
[0016]在本专利技术的第七方面，提供了所述的水痘
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带状疱疹病毒的MNP标记位点或者所述的多重PCR引物组合物或者所述的检测试剂盒在水痘
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带状疱疹病毒精细分型检测中的应用。
[0017]以上所述的水痘
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带状疱疹病毒的鉴定、毒株内部和毒株间遗传变异、数据库、精细分型检测应用中，具体操作步骤为：首先是获取待测样本的细菌总DNA；利用本专利技术的试剂盒对所述总DNA和空白对照进行第一轮多重PCR扩增，循环数不高于25个；对扩增产物进行纯化后，进行基于第二轮PCR扩增的样本标签和二代测序接头添加；对第二轮扩增产物纯化后定量；检测多个毒株时通过将第二轮扩增产物等量混合后进行高通量测序；测序结果比对到所述的水痘
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带状疱疹病毒的参考序列上，获取在所述总DNA的检测序列数目和基因型数据。根据在所述总DNA和所述空白对照获得的水痘
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带状疱疹病毒测序序列数量和检出MNP位点的数目，对所述总DNA的测序数据进行数据质量控制和数据分析，获得检出MNP位点数目、覆盖每个所述MNP位点的测序序列数目和所述MNP位点基因型数据。
[0018]当用于水痘
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带状疱疹病毒鉴定时，根据在待测样品和空白对照中检出的水痘
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带状疱疹病毒的测序序列数量和检出MNP位点的数目，进行质控后判定待测样品中是否含有水痘
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带状疱疹病毒的核酸。其中，所述的质控方案和判定方法是以拷贝数已知的水痘
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带状疱疹病毒的DNA为检测样本，评估所述试剂盒检测水痘
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带状疱疹病毒的灵敏度、准确性和特异性，制定所述试剂盒检测水痘
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种水痘
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带状疱疹病毒的MNP标记位点，其特征在于，所述MNP标记位点为在水痘
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带状疱疹病毒基因组上筛选的区分于其他物种且在物种内部具有多个核苷酸多态性的基因组区域，包括以NC_001348.1为参考基因组的MNP
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1～MNP
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15的标记位点。2.一种用于检测权利要求1所述水痘
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带状疱疹病毒MNP标记位点的多重PCR引物组合物，其特征在于，所述多重PCR引物组合物包括15对引物，所述15对引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.30所示。3.一种用于检测权利要求1所述水痘
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带状疱疹病毒MNP标记位点的检测试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括权利要求2所述的引物组合物。4.根据权利要求3所述的检测试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括多重PCR预混液。5.一种权利要求1所述的水痘
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带状疱疹病毒的MNP标记位点或...

【专利技术属性】
技术研发人员：李论，彭海，陈利红，周俊飞，李甜甜，肖华锋，高利芬，方治伟，
申请(专利权)人：江汉大学，
类型：发明
国别省市：