一种利用KIT基因拷贝数变异遗传标记鉴定斑点瘤牛品种的方法技术

本发明专利技术公开了一种利用KIT基因拷贝数变异遗传标记鉴定斑点瘤牛品种的方法。依据对斑点毛色性状瘤牛及其他纯色毛色性状牛品种进行全基因组CNV分析所发现的牛6号染色体上一个包含KIT基因的约490Kb的发生重复突变的CNV区段，对斑点瘤牛实现品种鉴定。根据该CNV区段可以在DNA水平上对瘤牛毛色性状进行分子标记辅助选择，从而快速建立遗传资源优良的种群。从而快速建立遗传资源优良的种群。

【技术实现步骤摘要】
一种利用KIT基因拷贝数变异遗传标记鉴定斑点瘤牛品种的方法


[0001]本专利技术涉及瘤牛(Bos indicus)引种和育种中的分子标记，具体涉及在DNA水平上检测与瘤牛斑点毛色性状密切相关的拷贝数变异遗传标记(CNV标记)，以及利用CNV标记区分斑点瘤牛(即斑点毛色性状瘤牛)与其他牛品种(例如纯色毛色性状瘤牛)。

技术介绍

[0002]拷贝数变异(CNV，copy number variation)是一种涉及1Kb或更大DNA片段的拷贝数变化。与参考基因组相比，片段的拷贝数可能在不同品种之间存在差异，并且这种差异是可以遗传的。拷贝数变异在真核生物的染色体中影响相当数量碱基对的重复或者缺失事件，表现为某片段在染色体上连续的重复排列或者丢失，拷贝数变异发生的位点并不局限于功能基因，也存在于无意义的基因间区和ncRNA等区域。
[0003]在哺乳动物群体中，拷贝数变异与部分性状有着很强的关联。CNV对性状产生影响的可能机制有剂量效应、基因断裂、基因融合和位置效应等。就剂量效应来说，大多数常染色体基因存在来自于父母亲本的各一个拷贝，这种正常本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种利用KIT基因拷贝数变异遗传标记鉴定斑点瘤牛品种的方法，其特征在于：该鉴定斑点瘤牛品种的方法包括以下步骤：对瘤牛候选基因组区域的拷贝数变异进行检测，若检测到重复突变，则判断所述瘤牛属于斑点毛色性状瘤牛，所述候选基因组区域位于牛参考基因组第6号染色体69.9Mb至70.5Mb以内。2.根据权利要求1所述一种利用KIT基因拷贝数变异遗传标记鉴定斑点瘤牛品种的方法，其特征在于：所述鉴定斑点瘤牛品种的方法具体包括以下步骤：对待测瘤牛个体进行基因组测序，然后计算候选基因组区域的覆盖深度，若候选基因组区域的覆盖深度表征了所述瘤牛个体的候选基因组区域具有高于正常拷贝数类型的覆盖深度，则将所述瘤牛个体的品种确定为斑点瘤牛；所述候选基因组区域为牛参考基因组第6号染色体69975000bp
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70467000bp，牛参考基因组为ARS
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UCD1.2。3.根据权利要求2所述一种利用KIT基因拷贝数变异遗传标记鉴定斑点瘤牛品种的方法，其特征在于：所述正常拷贝数类型具有单拷贝的候选基因组区域，重复拷贝数类型具有1.5到2个拷贝的候选基因组区域。4.根据权利要求1所述一种利用KIT基因拷贝数变异遗传标记鉴定斑点瘤牛品种的方法，其特征在于：所述斑点毛色性状瘤牛的斑点颜色为棕色或黑色。5.一种KIT基因拷贝数变异遗传标记或KIT基因拷贝数变异遗传标记检测方法在瘤牛毛色性状分子标记辅助选择育种、瘤牛品种鉴定中的应用，其特征在于：所述遗传标记为牛参考基因组第6号染色体69.9Mb至70.5Mb以内候选基因组区域的重复突变。6.根据权利要求5所述的应用，其特征在于：所述候选基因组区域为牛...

【专利技术属性】
技术研发人员：陈宁博，雷初朝，王文祥，马志杰，夏小婷，库尔图兰，
申请(专利权)人：青海省畜牧兽医科学院，
类型：发明
国别省市：