确定样品中B1/NAP1/027组的高毒力艰难梭菌菌株的存在的方法技术

本发明专利技术涉及用于与在B1/NAP1/027组的高毒力艰难梭菌菌株的CTn

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】确定样品中B1/NAP1/027组的高毒力艰难梭菌菌株的存在的方法


[0001]本专利技术涉及用于与在B1/NAP1/027组的高毒力艰难梭菌菌株的CTn
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027家族的转座子中编码的氯霉素乙酰转移酶基因的至少一部分杂交的引物对和寡核苷酸探针、在用于确定样品中B1/NAP1/027组的高毒力艰难梭菌菌株的存在的核酸扩增过程或核酸检测过程中使用的寡核苷酸组、用于检测样品中B1/NAP1/027组的高毒力艰难梭菌菌株的存在的试剂盒以及确定样品中B1/NAP1/027组的高毒力艰难梭菌菌株的存在或不存在的方法。

技术介绍

[0002]艰难梭菌(Clostridioides difficile)(同义词“C.difficile”，以前命名为Clostridium difficile，非专利文献1)是一种产生孢子的革兰氏阳性杆菌，其产生介导人和动物的肠道疾病的致病性毒素。取决于患者的年龄、肠道菌群和艰难梭菌菌株，艰难梭菌感染(CDI)的临床结果可能是无症状的，或者可能会出现严重的疾病综合征，例如腹泻、腹痛、发热和白细胞增多。
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种引物对，其用于与在B1/NAP1/027组的高毒力艰难梭菌菌株的CTn
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027家族的转座子中编码的氯霉素乙酰转移酶基因的至少一部分杂交，其特征在于，所述引物对包含以下或由以下组成：a.第一分离寡核苷酸a)，所述第一分离寡核苷酸a)包含或由与SEQ ID No.1至少88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的序列同一性组成，其中所述寡核苷酸包含至少10个核苷酸；或具有至少10个核苷酸的分离寡核苷酸，所述分离寡核苷酸包含或由所述分离寡核苷酸的互补寡核苷酸序列组成，所述分离寡核苷酸包含或由与SEQ ID No.1至少88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的序列同一性组成，并且其中所述序列同一性分别计算为所述寡核苷酸a)和SEQ ID No.1之间的比对的匹配核苷酸残基的数量与比对中的核苷酸残基的总数的比率，其中所述比对中的核苷酸残基的总数在10到25个核苷酸残基之间，和b.第二分离寡核苷酸b)，所述第二分离寡核苷酸b)与在B1/NAP1/027组的高毒力艰难梭菌菌株的CTn
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027家族的转座子中编码的氯霉素乙酰转移酶基因的至少一部分杂交，所述第二分离寡核苷酸b)优选包含或由与SEQ ID No.2至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的序列同一性组成，其中所述寡核苷酸包含至少10个核苷酸，并且其中所述序列同一性分别计算为所述寡核苷酸b)和SEQ ID No.2之间的比对的匹配核苷酸残基的数量与比对中的核苷酸残基的总数的比率，其中所述比对中的核苷酸残基的总数在10到21个核苷酸残基之间。2.一种寡核苷酸探针，其用于与在B1/NAP1/027组的高毒力艰难梭菌菌株的CTn
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027家族的转座子中编码的氯霉素乙酰转移酶基因的至少一部分杂交，其特征在于，所述寡核苷酸探针包含或由分离寡核苷酸a)组成，所述分离寡核苷酸a)包含或由与SEQ ID No.1至少88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的序列同一性组成，其中所述寡核苷酸包含至少15个核苷酸；或具有至少15个核苷酸的分离寡核苷酸，所述分离寡核苷酸包含或由所述分离寡核苷酸的互补寡核苷酸序列组成，所述分离寡核苷酸包含或由与SEQ ID No.1至少88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的序列同一性组成，并且其中所述序列同一性分别计算为所述寡核苷酸a)和SEQ ID No.1之间的比对的匹配核苷酸残基的数量与比对中的核苷酸残基的总数的比率，其中所述比对中的核苷酸残基的总数在15到25个核苷酸残基之间，优选为20到25个核苷酸残基。3.根据权利要求1所述的引物对，其中所述寡核苷酸a)和所述寡核苷酸b)彼此独立地包含15个或更多个核苷酸，优选20个或更多个核苷酸。4.根据权利要求1或3所述的引物对或根据权利要求2所述的寡核苷酸探针，其中在高毒力艰难梭菌菌株的CTn
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027家族的转座子中编码氯霉素乙酰转移酶基因的所述寡核苷酸包含或由SEQ ID No.3组成。5.根据权利要求1、3或4中任一项所述的引物对或根据权利要求2或4中任一项所述的寡核苷酸探针，其中在高毒力艰难梭菌菌株的CTn
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027家族的转座子中编码氯霉素乙酰转移酶基因的所述寡核苷酸包含或由SEQ ID No.4组成。6.根据权利要求1和3
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5中任一项所述的引物对或根据权利要求2、4和5中任一项所述的寡核苷酸探针，其中所述引物对中的寡核苷酸a)和寡核苷酸b)各自独立地进一步包含一
种或多种添加的官能性，或其中所述寡核苷酸探针中的寡核苷酸a)进一步包含一种或多种添加的官能性，优选选自猝灭剂和/或荧光团、放射性同位素和/或一种或多种修饰的核苷酸，优选锁核酸(LNA)。7.一种寡核苷酸组，其用于确定样品中B1/NAP1/027组的高毒力...

【专利技术属性】
技术研发人员：卡米尔，
申请(专利权)人：好奇诊断有限责任公司，
类型：发明
国别省市：