用于增强变异体识别性能和表征变异体表达状态的组合DNA-RNA测序分析的方法和系统技术方案

一种用于表征从基因组样品中鉴定的变异体的变异体表达状态的方法(100)，包括：(i)获取(110)基因组样品的DNA测序数据；(ii)获取(110)基因组样品的RNA测序数据，其中所获取的RNA测序数据还包括每个变异体的表达数据；(iii)将比对DNA和RNA测序数据合并(130)成合并比对；(iv)相对于参考基因组来鉴定(140)多个变异体以生成一组变异体；(v)表征(150)至少多个变异体中的每个变异体的RNA编辑和/或表达状态，其中表达状态包括多个等位基因特异性表达分类中的一个等位基因特异性表达分类，多个等位基因特异性表达分类包括变异体的替代等位基因的表达信息和变异体的参考等位基因的表达信息(如果有的话)；以及(vi)生成(160)包括变异体的所表征的表达状态的报告。包括变异体的所表征的表达状态的报告。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于增强变异体识别性能和表征变异体表达状态的组合DNA
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RNA测序分析的方法和系统


[0001]本公开总体上涉及用于改进遗传变异体识别和表征变异体表达的方法和系统。

技术介绍

[0002]随着利用不同类型的分子信息的技术变得更容易以更低成本可获取，为同一样品生成多种类型的组学数据(例如，基因组、转录组、蛋白质组和表观基因组)变得越来越普遍。这可以更好地理解潜在的复杂生物系统。诸如Vantage 3D和TruSight Tumor 170(其分别基于和下一代测序(NGS)技术，支持同时提取DNA、RNA和甚至蛋白质数据)等商业化检测产品的推出进一步推动了对多组学数据分析的需求。虽然可以通过不同生物信息学管道在单独的孤岛(silo)中分析不同类型的组学数据，但这种主流方法未能利用这些数据在分子水平的功能关系。它也未能对个体异常的功能或甚至病理影响生成新的见解。
[0003]DNA和RNA测序是用于分析(profile)基因组和转录组的主要技术。DNA测序主要用于变异体识别，而RNA测序主要用于测量基因和转录表达水平。然而本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种用于使用变异体分析系统(500)来表征从基因组样品中鉴定的多个变异体的变异体RNA编辑和/或表达状态的方法(100)，包括：获取(110)所述基因组样品的DNA测序数据，所述DNA测序数据包括多个不同变异体类型并且与参考基因组比对以生成比对DNA测序数据；获取(110)所述基因组样品的RNA测序数据，所述RNA测序数据包括多个不同变异体类型并且与所述参考基因组比对以生成比对RNA测序数据，并且其中所获取的RNA测序数据还包括每个变异体的表达数据；将所述比对RNA测序数据和所述比对DNA测序数据合并(130)成单个合并比对，其中每个读段包括源鉴定符；在所述单个合并比对中鉴定(140)相对于所述参考基因组的多个变异体以生成一组变异体，所述多个变异体包括多个不同变异体类型；使用所述表达数据表征(150)所述一组变异体内的至少多个变异体中的每个变异体的RNA编辑和/或表达状态，其中所述表达状态包括多个等位基因特异性表达分类中的一个等位基因特异性表达分类，所述等位基因特异性表达分类包括所述变异体的替代等位基因的表达信息，并且如果有的话，包括所述变异体的参考等位基因的表达信息；以及生成(160)报告，所述报告包括所述一组变异体内的所述多个变异体的所表征的RNA编辑和/或表达状态。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个变异体是使用RNA测序数据变异体识别基本流程来鉴定的。3.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个不同变异体类型至少包括单核苷酸变异体、插入、缺失、拷贝数变异体和基因融合。4.根据权利要求1所述的方法，其中所获取的RNA测序数据包括基因表达数据、转录表达数据、外显子表达数据、剪接数据和/或等位基因特异性表达数据。5.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个等位基因特异性表达分类中的每个等位基因特异性表达分类包括相对于所述变异体的所述参考等位基因的所述表达信息来描述所述变异体的所述替代等位基因的所述表达信息的鉴定符，并且其中存在多个不同鉴定符。6.根据权利要求5所述的方法，其中所述多个不同鉴定符包括以下一项或多项：未表达位点、未表达变异体、纯合表达变异体、上调表达变异体、下调表达变异体、中性表达变异体、具有不一致性的表达变异体、具有不一致性的未表达变异体、高置信度的RNA编辑和低置信度的RNA编辑。7.一种用于表征从基因组样品中鉴定的多个变异体的变异体RNA编辑和/或表达状态的系统(800)，包括：参考基因组；所述基因组样品的DNA测序数据，所述DNA测序数据包括多个不同变异体类型并且与参考基因组比对以生成比对DNA测序数据；所述基因组样品的RNA测序数据，所述RNA测序数据包括多个不同变异体类型并且与所述参考基因组比对以生成比对RNA测序数据，其中所获取的RNA测序数据还包括每个变异体的表达数据；
处理器(820)，被配置为：(i)将所述比对RNA测序数据和所述比对DNA测序数据合并成单个合并比对；(ii)在所述单个合并比对中鉴定相对于所述参考基因组的多个变异体以生成一组变异体，所述多个变异体包括多个不同变异体类型；(iii)使用所述表达数据表征所述一组变异体内的至少多个变异体中的每个变异体的RNA编辑和/或表达状态，其中所述表达状态包括多个等位基因特异性表达分类中的一个等位基因特异性表达分类，所述等位基因特异性表达分类包括所述变异体的替代等位基...

【专利技术属性】
技术研发人员：张贻谦，吴捷，N，
申请(专利权)人：皇家飞利浦有限公司，
类型：发明
国别省市：