预处理加速方法、装置、设备及存储介质制造方法及图纸

本公开实施例涉及一种预处理加速方法、装置、设备及存储介质，能够读取原子体系文件，得到各原子的原子信息；对各原子的原子信息进行处理，得到至少两项预设检验对应的检验参考信息；根据至少两项预设检验对应的检验参考信息，对原子体系进行至少两项预设检验；其中，至少两项预设检验包括能量检验、边界检验、拓扑结构检验、原子电荷检验、原子类型统计中的至少两项。由于本公开实施例可以重排预处理逻辑，将对原子体系的预设检验进行合并，使得读取一次原子体系文件即可，相比于现有技术可以减少读取原子体系文件的次数，节省预处理花费在读取原子体系文件上的时间，从而加速预处理。理。理。

【技术实现步骤摘要】
预处理加速方法、装置、设备及存储介质


[0001]本公开实施例涉及计算机
，尤其涉及一种预处理加速方法、装置、设备及存储介质。

技术介绍

[0002]分子动力学模拟是一种使用牛顿经典力学模拟微观粒子运动来获得原子体系的宏观性质的模拟方法，广泛应用在医学、生物等领域。
[0003]分子动力学模拟包括预处理和模拟分子运动轨迹。目前，在预处理中为了对原子体系进行至少两项检验，需要多次读取原子体系文件，导致预处理耗费很长时间，且如果在后续的模拟分子运动轨迹中出现偏差时，还要重新返回到预处理，导致整个分子动力学模拟过程需要多次预处理，而预处理耗费时间又较长，如此，整个分子动力学模拟过程需要很长的时间，会给研究带来诸多不便。因此，目前亟需一种能够加速预处理的方法。

技术实现思路

[0004]为了解决上述技术问题或者至少部分地解决上述技术问题，本公开实施例提供了一种预处理加速方法、装置、设备及存储介质。
[0005]本公开实施例的第一方面提供了一种预处理加速方法，该方法包括：读取原子体系文件，得到各原子的原子信息；对各原子的原子信息进行处理，得到至少两项预设检验对应的检验参考信息；根据至少两项预设检验对应的检验参考信息，对原子体系进行至少两项预设检验；其中，至少两项预设检验包括能量检验、边界检验、拓扑结构检验、原子电荷检验、原子类型统计中的至少两项。
[0006]本公开实施例的第二方面提供了一种预处理加速装置，该装置包括：第一读取模块，用于读取原子体系文件，得到各原子的原子信息；第一处理模块，用于对各原子的原子信息进行处理，得到至少两项预设检验对应的检验参考信息；第一检验模块，用于根据至少两项预设检验对应的检验参考信息，对原子体系进行至少两项预设检验；其中，至少两项预设检验包括能量检验、边界检验、拓扑结构检验、原子电荷检验、原子类型统计中的至少两项。
[0007]本公开实施例的第三方面提供了一种电子设备，该服务器包括：处理器和存储器，其中，所述存储器中存储有计算机程序，当所述计算机程序被所述处理器执行时，所述处理器执行上述第一方面的方法。
[0008]本公开实施例的第四方面提供了一种计算机可读存储介质，该存储介质中存储有计算机程序，当该计算机程序被处理器执行时，可以实现上述第一方面的方法。
[0009]本公开实施例提供的技术方案与现有技术相比具有如下优点：在本公开实施例，能够读取原子体系文件，得到各原子的原子信息；对各原子的原
子信息进行处理，得到至少两项预设检验对应的检验参考信息；根据至少两项预设检验对应的检验参考信息，对原子体系进行至少两项预设检验；其中，至少两项预设检验包括能量检验、边界检验、拓扑结构检验、原子电荷检验、原子类型统计中的至少两项。由于本公开实施例可以重排预处理逻辑，将对原子体系的预设检验进行合并，使得读取一次原子体系文件即可，相比于现有技术可以减少读取原子体系文件的次数，节省预处理花费在读取原子体系文件上的时间，从而加速预处理。
附图说明
[0010]此处的附图被并入说明书中并构成本说明书的一部分，示出了符合本公开的实施例，并与说明书一起用于解释本公开的原理。
[0011]为了更清楚地说明本公开实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，对于本领域普通技术人员而言，在不付出创造性劳动性的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图。
[0012]图1是本公开实施例提供的一种预处理加速方法的流程示意图；图2是本公开实施例提供的另一种预处理加速方法的流程示意图；图3是本公开实施例提供的又一种预处理加速方法的流程示意图；图4是本公开实施例提供的一种预处理加速装置的结构示意图；图5是本公开实施例中的一种电子设备的结构示意图。
具体实施方式
[0013]为了能够更清楚地理解本公开的上述目的、特征和优点，下面将对本公开的方案进行进一步描述。需要说明的是，在不冲突的情况下，本公开的实施例及实施例中的特征可以相互组合。
[0014]在下面的描述中阐述了很多具体细节以便于充分理解本公开，但本公开还可以采用其他不同于在此描述的方式来实施；显然，说明书中的实施例只是本公开的一部分实施例，而不是全部的实施例。
[0015]在相关技术中，预处理的处理过程通常如下：读取原子体系文件中的各原子的原子信息，并将各原子的原子信息存储在缓存区；然后，从缓存区中获取第一个原子的原子信息，将第一个原子的原子信息中的自身所带能量提取出来；然后，从缓存区中获取第二个原子的原子信息，将第二个原子的原子信息中的自身所带能量提取出来；然后，从缓存区中获取第三个原子的原子信息，将第三个原子的原子信息中的自身所带能量提取出来；以此类推，直至从缓存区中获取第N个原子的原子信息，将第N个原子的原子信息中的自身所带能量提取出来，其中，N为原子体系中原子的原子总数；最后，根据各原子的自身所带能量，对原子体系进行能量检验，将缓存区中的各原子的原子信息释放掉。如此，完成对原子体系的能量检验。
[0016]读取原子体系文件中的各原子的原子信息，并将各原子的原子信息存储在缓存区，然后，从缓存区中获取第一个原子的原子信息，根据第一个原子的原子信息确定原子体系的起始位置，将第一个原子的原子信息中的原子位置提取出来；然后，从缓存区中获取第二个原子的原子信息，根据第一个原子的原子信息和第二个原子的原子信息，确定第一个
原子和第二个原子是否属于同一分子，将第二个原子的原子信息中的原子位置提取出来；然后，从缓存区中获取第三个原子的原子信息，根据第二个原子的原子信息和第三个原子的原子信息，确定第二个原子和第三原子是否属于同一分子，将第三个原子的原子信息中的原子位置提取出来；以此类推，直至从缓存区中获取第N个原子的原子信息，根据第N
‑
1个原子的原子信息和第N个原子的原子信息，确定第N
‑
1个原子和第N个原子是否属于同一分子，将第N个原子的原子信息中的原子位置提取出来；最后，根据原子体系的起始位置、相邻原子是否属于同一分子的信息、各原子的原子位置，对原子体系进行拓扑结构检验和边界检验，将缓存区中的各原子的原子信息释放掉。如此，完成对原子体系的拓扑结构检验和边界检验。
[0017]读取原子体系文件中的各原子的原子信息，并将各原子的原子信息存储在缓存区；然后，从缓存区中获取第一个原子的原子信息，将第一个原子的原子信息中的原子电荷提取出来；然后，从缓存区中获取第二个原子的原子信息，将第二个原子的原子信息中的原子电荷提取出来；然后，从缓存区中获取第三个原子的原子信息，将第三个原子的原子信息中的原子电荷提取出来；以此类推，直至从缓存区中获取第N个原子的原子信息，将第N个原子的原子信息中的原子电荷提取出来；最后，根据各原子的原子电荷，对原子体系进行电荷检验，将缓存区中的各原子的原子信息释放掉。如此，完成对原子体系的电荷检验。
[0018]读取原子体系文件中的各原子的原子信息，并本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种预处理加速方法，其特征在于，包括：读取原子体系文件，得到各原子的原子信息；对各所述原子的原子信息进行处理，得到至少两项预设检验对应的检验参考信息；根据所述至少两项预设检验对应的所述检验参考信息，对原子体系进行所述至少两项预设检验；其中，所述至少两项预设检验包括能量检验、边界检验、拓扑结构检验、原子电荷检验、原子类型统计中的至少两项。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述对各所述原子的原子信息进行处理，得到至少两项预设检验对应的所述检验参考信息，包括：根据第一个原子的原子信息确定所述原子体系的起始位置；根据各所述原子的原子信息，确定原子间的关联关系；其中，所述关联关系包括是否属于同一分子；针对每项第一类原子信息，将其从各所述原子的原子信息中提取出来，得到每项所述第一类原子信息对应的第一类原子信息集合；其中，所述根据所述至少两项预设检验对应的所述检验参考信息，对原子体系进行所述至少两项预设检验，包括：根据所述原子体系的起始位置、所述关联关系以及每项所述第一类原子信息对应的所述第一类原子信息集合，对所述原子体系进行所述能量检验、所述边界检验、所述拓扑结构检验、所述原子电荷检验、以及所述原子类型统计。3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述针对每项第一类原子信息，将其从各所述原子的原子信息中提取出来，包括：通过多个第一内核中的每个所述第一内核，从所述第一内核对应的原子的原子信息中，将每项所述第一类原子信息分别提取出来。4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，在所述读取原子体系文件，得到各原子的原子信息之后，所述方法还包括：将各所述原子的原子信息存储在缓存区；其中，在所述根据第一个原子的原子信息确定原子体系的起始位置之前，所述方法还包括：通过第二内核，从所述缓存区中读取所述第一个原子的原子信息；其中，所述根据第一个原子的原子信息确定原子体系的起始位置包括：通过所述第二内核，根据所述第一个原子的原子信息确定所述原子体系的起始位置；在所述根据各原子的原子信息，确定原子间的关联关系之前，所述方法还包括：通过第三内核，从所述缓存区中获取各所述原子的原子信息；其中，所述根据各原子的原子信息，确定原子间的关联关系包括：通...

【专利技术属性】
技术研发人员：阚博文，康波，孟祥飞，郑刚，
申请(专利权)人：国家超级计算天津中心，
类型：发明
国别省市：