一组用于鉴别高种椰子的InDel标记及其应用制造技术

本发明专利技术提供了一组用于鉴别高种椰子的InDel标记及其应用。其中InDel标记引物对序列如SEQ ID No.1

【技术实现步骤摘要】
一组用于鉴别高种椰子的InDel标记及其应用


[0001]本专利技术涉及分子生物学及生物信息学领域，具体涉及一组用于鉴别高种椰子的InDel标记 及其应用。

技术介绍

[0002]椰子(Cocos nucifera L.)又叫胥椰、胥余或越王头，是棕榈科椰子属中唯一的一个种，属 于单子叶多年生常绿乔木，是热带地区重要的木本油料作物，也是食品能源作物，经济寿命达 25～60年，自然寿命可达100年以上。
[0003]按照常规分类方法可将椰子分为高种椰子、矮种椰子以及介于高种和矮种之间的中间类 型。其中高种椰子的主要特征为植株高大，椰干基部膨大呈“葫芦头”，异花授粉；而矮种椰 子植株矮小，椰干基部没有“葫芦头”，自花授粉，经济寿命和自然寿命较短；中间类型则 介于以上两者之间。此外,在各类变种中根据果实大小、果实形状和果皮颜色等，又将椰子种 质资源分为若干类型，例如矮种椰子可根据果皮颜色分为黄矮、红矮、绿矮和褐矮。
[0004]海南高种椰子植株较为高大。五年龄椰树茎秆可达3～5米，茎干较粗壮，抗风能力强， 抗寒性较好，椰衣含量较高，果实较大，果实的围径达50～60cm，椰肉脂肪酸含量高(60％ 以上)，经济寿命可达50～60年，但存在生产周期长，种植后7～8年才开花结果、年产果量 较少等缺点。
[0005]矮种椰子植株较矮，五年龄椰树茎秆可达1.5～2米。茎干偏细，抗台风、抗寒力弱；果 实较小，果实围径大概30～40cm，椰肉脂肪酸含量偏低。经济寿命较短，约25～30年。但其 种植后结果早(4～6年可开花结果)，产果量高，椰子水甜度高。此外由于其产果量高、种质 纯，育种中常作为杂交亲本(母本)用于培育杂交种。
[0006]InDel标记(Insertion
‑
Deletion)是在全基因组重测序的基础上开发的，是等位基因位点上 DNA插入或缺失一段短序列产生的多态性变异。简单来说就是两个亲本在全基因组中的差 异，对于其中的一个亲本基因组，另外一个亲本中有一定数量的核苷酸的插入或者缺失，可以 根据基因组中插入或缺失的位点，设计扩增这些位点的PCR引物，就是InDel标记。
[0007]InDels广泛分布在整个基因组中，与其它的分子标记相比，在基因组的相同位置出现相 同大小的InDel标记的几率很小，避免了后续分析的模糊性。在基因组序列测定的基础上， InDel标记可以通过生物信息学的方法方便简单地获得。与SSR标记相比，InDel标记的扩增 产物带型清晰简单，稳定性和产物分离效果均优于SSR标记。InDel标记具有其它分子标记 的优点。基于全基因组重测序的InDel标记，具有在基因组内分布广、密度高、多态性强、 检测容易、分型系统简单、遗传稳定。InDel标记适用于全基因组分子标记的开发，目前已开 始应用于动植物群体遗传分析、构建高密度分子标记遗传图谱和基因定位、生物的遗传多样性 分析、分子辅助育种以及人类法医遗传学、医学诊断等领域。

技术实现思路

[0008]本专利技术的目的在于克服现有技术中的不足，首次利用椰子重测序所得的插入和缺失序列开 发椰子InDel标记，应用多态性InDel标记获取部分椰子品种的指纹特征图谱，利用筛选得 到的分子标记组合开展椰子品种纯度鉴定和种苗的早期选育，通过分子标记辅助选育缩短椰子 新品种的繁育周期。
[0009]本专利技术是提供一组用于鉴别高种椰子的InDel标记引物对，所述InDel标记引物对如SEQID No.1
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2所述引物对或者如SEQ ID No.3
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4所述引物对。
[0010]本专利技术的第二个方面是提供一种用于鉴别高种椰子的InDel标记引物组，所述InDel标记 引物组由SEQ ID No.1
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2所述引物对和SEQ ID No.3
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4所述引物对组成。
[0011]本专利技术的第三个方面是提供一种用于鉴别高种椰子的试剂盒，其包括本专利技术的第一个方面 所述的InDel标记引物对或者本专利技术的第二个方面所述的InDel标记引物组。
[0012]优选地，所述试剂盒还包括进行PCR反应和电泳所需的试剂。
[0013]本专利技术的第四个方面是提供本专利技术的第一个方面所述的InDel标记引物对或者本专利技术的第 二个方面所述的InDel标记引物组或者本专利技术的第三个方面所述的试剂盒在鉴别高种椰子中的 应用。
[0014]本专利技术的第五个方面是提供一种鉴别高种椰子的方法，采用第一个方面所述的InDel标记 引物对或者本专利技术的第二个方面所述的InDel标记引物组或者本专利技术的第三个方面所述的试剂 盒进行。
[0015]优选地，所述方法，包括以下步骤：(1)提取椰子叶片DNA；(2)采用InDel标记引物 对或InDel标记引物组或试剂盒对椰子叶片DNA进行PCR扩增；(3)对扩增结果进行凝胶电 泳检测；(4)根据检测结果对不同品种椰子进行鉴别，与凝胶电泳目的条带大小一致的是海南 高种椰子，而存在插入或缺失片段使得电泳结果小于或大于目的条带或目的片段的是其他品种 椰子(如马哇椰子、红矮椰子、黄矮椰子、褐矮椰子、香水椰子等)，其中：
[0016]当所述InDel标记引物对如SEQ ID No.1
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2所示引物对时，目的条带或目的片段为142bp；
[0017]当所述InDel标记引物对如SEQ ID No.3
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4所示引物对时，目的条带或目的片段为141bp。
[0018]本专利技术的有益效果：
[0019]高种椰子和矮种椰子各有优缺点，因此在杂交育种中，确定亲本的品种以及亲缘关系尤为 重要。明确的椰子品种是椰子分子育种的重要前提和保障。采用本专利技术的InDel标记引物对对 椰子进行PCR扩增，扩增产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳分离并染色或测序，即可根据电泳条带 结果鉴别出高种椰子品种，可以在苗期到成年大树中随时检测，对于区分高种椰子与其他椰子 品种具有重要意义，鉴定准确率高，能够保证高种椰子的纯度，在椰子杂交育种领域应用前景 广阔。
附图说明
[0020]图1为本专利技术的InDel标记引物对ID202和ID325对6个椰子品种扩增产物电泳图，每 个品种取不同的三棵树提取DNA作为生物学重复。其中R1、R2和R3为红矮椰子；Y1、Y2 和Y3为黄矮椰子；X1、X2和X3为褐矮椰子；G1、G2和G3为香水椰子；M1、M2和M3 为马哇椰子；B1、
B2和B3为海南高种椰子。
具体实施方式
[0021]下面参照附图，结合具体的实施例对本专利技术作进一步的说明，以更好地理解本专利技术。实施 例中未注明具体技术或条件者，按照本领域内的文献所描述的技术或条件或者按照产品说明书 进行。所用试剂或仪器未注明生产厂商者，均为可以通过市购获得的常规产品。
[0022]实施例1
[0023]一、椰子叶片的DNA提取
[0024]实验材料：选择6个椰子品种共18个样品，其中马本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一组用于鉴别高种椰子的InDel标记引物对，其特征在于，所述InDel标记引物对如SEQ ID No.1
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2所述引物对或者如SEQ ID No.3
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4所述引物对。2.一组用于鉴别高种椰子的InDel标记引物组，其特征在于，所述InDel标记引物组由SEQ ID No.1
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2所述引物对和SEQ ID No.3
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4所述引物对组成。3.一种用于鉴别高种椰子的试剂盒，其特征在于，其包括权利要求1所述的InDel标记引物对、或者权利要求2所述的InDel标记引物组。4.根据权利要求3所述的试剂盒，其特征在于，其还包括进行PCR反应和/或电泳所需的试剂。5.权利要求1所述的InDel标记引物对、或者权利要求2所述的InDel标记引物组、或者权利要求3或4所述的试剂盒在鉴别高种椰子中的应用。...

【专利技术属性】
技术研发人员：李静，杨耀东，王永，吴翼，肖勇，刘蕊，张璐璐，曾春茹，
申请(专利权)人：中国热带农业科学院椰子研究所，
类型：发明
国别省市：