基于Cas12i的核酸检测方法技术

基于Cas12i的核酸检测方法。本发明专利技术涉及基因工程和基因检测领域，是基于新的CRISPR系统开发的核酸检测方法，涉及在RNA的介导下由Cas12i蛋白以及其变体进行的靶向DNA、RNA检测方法的建立以及相关检测装置的开发，可应用于遗传诊断、检验检疫等方向。检验检疫等方向。

【技术实现步骤摘要】
基于Cas12i的核酸检测方法


[0001]本专利技术涉及基因工程和基因检测领域，具体而言涉及一种基于新的CRISPR系统开发的核酸检测方法，以及基于此检测方法的检测或诊断装置。

技术介绍

[0002]2017年出现的CRISPR核酸检测技术兼具QPCR和恒温扩增技术的优点，在灵敏度、特异性、便携性上均具有突出优势，是新一代分子诊断技术，具有改变分子诊断领域格局的前景。Cas13由于具有ssRNA反式切割活性已经被开发用于RNA检测。基于CRISPR
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Cas13的RNA检测平台称为SHERLOCK，结合等温扩增技术可以检测寨卡病毒和登革热病毒、鉴定病原菌、SNP分析。2018年，利用CRISPR核酸酶Cas13a、Cas12a、Csm6结合等温扩增技术建立了SHERLOCKv2，使核酸检测实现多重化、定量化和试纸化。将SHERLOCK和样品处理技术HUDSON相结合，能够灵敏地检测血清中的寨卡病毒和登革热病毒。同年，Cas12a与等温扩增相结合的DNA检测平台——DETECTR被建立，实现微生物的快速检测和人乳头瘤病毒分型。本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种检测样品中靶核酸分子的存在和/或量的方法，所述方法包括以下步骤：(a)使所述生物样品接触：i)Cas12i蛋白，ii)针对所述靶核酸分子中的靶序列的gRNA，和iii)被切割后产生可检测信号的DNA报告分子，从而形成反应混合物；(b)检测所述反应混合物中产生的可检测信号的存在和/或水平，其中所述可检测信号的存在和/或水平代表所述靶核酸分子的存在和/或量，所述样品选自生物样品或环境样品。2.权利要求1的方法，其特征在于包括一个含向导RNA前体的阵列(CRISPR array)，这个阵列中的向导RNA前体可以通过V型CRISPR/Cas蛋白加工成熟为向导RNA，因此至少包含一个向导RNA，优选所述向导RNA是sgRNA。3.权利要求1或2中的方法，所述Cas12i蛋白是来自Cas12i1或Cas12i2或其突变体，所述突变体优选Cas12i2Var1，Cas12i2Var2，Cas12i2Var3。4.权利要求1
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4中的任一方法其中所述Cas12i蛋白包含(1)与SEQ ID NO:1
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5中任一序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％序列相同性的氨基酸序列；(2)相对于SEQ ID NO:1
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5中任一序列具有一或多个氨基酸残基取代、缺失或添加的氨基酸序列；或(3)SEQ ID NO:1
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5中任一所示的氨基酸序列。5.权利要求1或2的方法，其中所述靶DNA为单链。6.权利要求1或2的方法，其中所述靶DNA为双链。7.权利要求1
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4中的任何方法，靶DNA为病毒DNA。8.权利要求1
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4中的任何方法，靶DNA为乳多泡病毒(papovavirus)、嗜肝DNA病毒(hepadnavirus)、疱疹病毒(herpesvirus)、腺病毒(adenovirus)、痘病毒(poxvirus)或者是细小病毒(parvovirus)的DNA。9.权利要求1
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8中的任何方法，样品包含细胞裂解物中的DNA分子。10.权利要求1
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9中的任何方法，样品包括细胞。11.权利要求1
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10中的任何方法，所述接触发生于生物体内、体外的细胞内部。12.权利要求11中所称方法，细胞是真核细胞。13.权利要求1
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12所称方法，靶DNA可在低至1aM的浓度被检测到。14.权利要求1
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13中的任何方法，包括对样品中存在的靶DNA进行定量。15.权利要求13中方法所述的检测包括：通过对可检测信号的测量得到检测结果；通过对参照样品或参照细胞生成的可检测信号进行测量得到检测结果；比较测量数据和参照数据来决定样...

【专利技术属性】
技术研发人员：李伟，周琪，陈阳灿，王鑫阁，胡艳萍，
申请(专利权)人：中国科学院动物研究所，
类型：发明
国别省市：