用于猪增重速度评估的SNP分子标记、筛选方法和应用技术

本发明专利技术涉及一种用于猪增重速度评估的SNP分子标记、筛选方法和应用，涉及分子遗传学技术领域。该SNP分子标记为猪1号染色体的rs81349297位点。该SNP分子标记不同基因型的猪增重速度有极显著的差异，通过检测该分子标记能够早期、快速、低成本、有效的预测猪生长速度，在猪种改良方面具有广阔的应用前景，并能够取得优异的经济价值。够取得优异的经济价值。

【技术实现步骤摘要】
用于猪增重速度评估的SNP分子标记、筛选方法和应用


[0001]本专利技术涉及分子遗传学
，特别是涉及一种用于猪增重速度评估的SNP分子标记、筛选方法和应用。

技术介绍

[0002]我国是一个养猪和猪肉消费大国。猪肉消费量常年居于肉制品之首。市场对于猪肉产量和质量的需求日益增加，提高猪肉产量、改善猪肉胴体质量，是育种科学家长期以来不断探索的工作。早期的育种工作主要是基于猪的表型进行选择，可靠性低，导致遗传进展相对缓慢。随着遗传标记的广泛开发和育种新技术的不断推陈出新。分子标记辅助选择育种，是在分子水平上对目标性状进行选择，可以不受环境影响，通过遗传背景选择，减少连锁累赘，从而加速育种过程及精准度。因此，分子标记辅助选择正逐渐成为可靠而有效的选择方法。同时，猪达115kg体重日龄(AGE)直接与猪的生长性能相关，因此，研究猪的达115kg体重日龄，在育种中具有重要的研究意义。
[0003]分子标记(Molecular Markers)，指可遗传并可检测的DNA序列。目前，广泛应用的第三代分子标记为单核苷酸多态性(SNP)，SNP是指基因组上单个核苷酸的变异，包括转换、颠换、插入和缺失。SNP在基因组上分布广泛，数量多，遗传稳定性高，更适合用于对复杂性状与疾病的遗传解剖以及基于群体的基因识别等方面的研究。同时，由于SNP具有二态性，且单个SNP位点突变率低，易于通过芯片技术实现自动化和规模化检测。因此，SNP广泛应用于基因组分析、生物信息自动化检测、简单和复杂疾病的遗传研究、畜牧育种标记及全球种族遗传学等研究。

技术实现思路

[0004]针对上述问题，本专利技术提供一种用于猪增重速度评估的SNP分子标记，该SNP分子标记不同基因型的猪增重速度有极显著的差异，通过检测该SNP分子标记能够早期、快速、低成本、有效的预测猪生长速度，在猪种改良方面具有广阔的应用前景，并能够取得优异的经济价值。
[0005]为了达到上述目的，本专利技术提供一种用于猪增重速度评估的SNP分子标记，所述SNP分子标记为猪1号染色体的rs81349297位点。
[0006]本专利技术人利用基因芯片检测技术对猪群体进行GWAS研究，快速筛选到影响猪增重速度的有意义的SNP分子标记rs81349297，为猪的标记辅助选择育种提供有利的理论依据，该SNP分子标记不同基因型的猪增重速度有极显著的差异。
[0007]在其中一个实施例中，所述SNP分子标记位于猪1号染色体161853405bp位置，所述猪1号染色体161853405bp位置的多态性为T或C，猪参考基因组为Ensembl Sscrofa 11.1。
[0008]在其中一个实施例中，当所述SNP分子标记为T，则提示待评估猪的增重速度快，当所述SNP分子标记为C，则提示待评估猪的增重速度慢。
[0009]在其中一个实施例中，所述增重速度指达115公斤体重日龄。
[0010]本专利技术还提供了一种用于评估猪增重速度的基因序列，该基因序列包含所述SNP分子标记位点的上下游20
‑
100bp的序列片段。
[0011]在其中一个实施例中，所述基因序列如下所示：
[0012]TCTTGTTTTTTTTTTAACTTGCAAGAGCTCCTCATTATTGTATATATTGGCCTTTGTCTA(SEQ ID NO:1)
‑
E
‑
CTGAGTCATTGAAAAAACTTACTCTGGAGTTGCTATTGTGGCTCAGCGTAACAAATCCAA(SEQ ID NO:2)，其中E为所述SNP分子标记的位点。
[0013]本专利技术还提供了一种用于评估猪增重速度的检测试剂盒，包括用于检测所述SNP分子标记的试剂，或包括用于检测所述基因序列的试剂。
[0014]本专利技术还提供了所述SNP分子标记的筛选方法，包括以下步骤：
[0015]获取表型数据：称重，记录日龄，进行第一质控，得到待测猪增重速度的表型数据；
[0016]获取SNP分子标记：对所述待测猪取样，提取DNA，基因分型，得到覆盖全基因组的SNP分子标记；对所述覆盖全基因组的SNP分子标记进行物理位置更新，除去预定的SNP分子标记，进行第二质控，对缺失基因型进行填充，进行第三质控；
[0017]数据分析：结合所述表型数据，对第二质控后的SNP分子标记进行全基因组关联分析，并分析不同基因型群体猪增重速度差异情况，筛选得到用于评估猪增重速度的SNP分子标记。
[0018]基于SNP的新型高通量分子标记技术主要有两大类：(1)基于测序技术的高通量分子标记技术，其通量高，能分析个体的全序列，检测发现新的基因信息，但测序数据大、成本高，且分析难度大、周期长；(2)基于基因芯片技术的分子标记技术。基因芯片又称DNA微阵列(DNA micro
‑
array)，是把大量已知序列探针集成在同一个基片上，经过标记的靶核苷酸序列与芯片特定位点上的探针杂交，之后检测、分析杂交信号，检测基因信息的一种快速、高效的分子生物学分析手段。基因芯片具有高通量、高信息量、快速灵敏、样品用量少、成本相对低廉等优点。目前在进化、基因定位、分子育种中得到广泛应用，尤其是在以基因组选择为核心的动植物分子育种领域。全基因组关联分析(Genome
‑
wide association studies，GWAS)，是一种在群体水平研究表型
‑
基因型关系的研究策略。GWAS是在特定群体中检测全基因组水平数以百万计的分子标记(例如SNP标记、CNV标记)基因型信息的基础上，开展群体中个体表型与基因型的相关性分析，从而解析影响复杂性状的基因变异，是目前畜禽经济性状遗传改良和机理解析的重要方法之一。所以，本专利技术人利用基因芯片检测技术对猪群体进行GWAS研究，有助于快速筛选到影响猪增重速度的有意义的SNP分子标记，为猪的标记辅助选择育种提供有利的理论依据。
[0019]在其中一个实施例中，所述第一质控包括以下步骤：将所述终测体重＜85kg，或终测体重＞130kg的表型数据去除；
[0020]所述第二质控和所述第三质控的质控条件均为：去除SNP检出率<99％、最小等位基因频率<0.05、哈代
‑
温伯格平衡检验P值小于10
‑
6或个体检出率<95％的SNP分子标记数据。
[0021]在其中一个实施例中，所述获取表型数据步骤中，所述称重包括以下步骤：当所述待测猪体重达到30
±
5kg时，称取所述待测猪的始测体重，当所述待测猪体重达到115
±
5kg时，称取所述待测猪的终测体重。
[0022]在其中一个实施例中，所述获取SNP分子标记步骤中，采用GGP 50K SNP芯片进行
所述基因分型，根据最新版的猪参考基因组Sscrofa11.1，采用NCBI基因比对程序对SNP标记的物理位置进行更本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于猪增重速度评估的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记为猪1号染色体的rs81349297位点。2.根据权利要求1所述的SNP分子标记，其特征在于，当所述SNP分子标记为T，则提示待评估猪的增重速度快，当所述SNP分子标记为C，则提示待评估猪的增重速度慢。3.根据权利要求2所述的SNP分子标记，其特征在于，所述增重速度指达115公斤体重日龄。4.一种用于评估猪增重速度的基因序列，其特征在于，该基因序列包含权利要求1所述SNP分子标记位点的上下游20
‑
100bp的序列片段。5.根据权利要求4所述的基因序列，其特征在于，所述基因序列如下所示：TCTTGTTTTTTTTTTAACTTGCAAGAGCTCCTCATTATTGTATATATTGGCCTTTGTCTA(SEQ ID NO:1)
‑
E
‑
CTGAGTCATTGAAAAAACTTACTCTGGAGTTGCTATTGTGGCTCAGCGTAACAAATCCAA(SEQ ID NO:2)，其中E为所述SNP分子标记的位点。6.一种用于评估猪增重速度的检测试剂盒，其特征在于，包括用于检测权利要求1
‑
3任一项所述的SNP分子标记的试剂，或包括用于检测权利要求4
‑
5任一项所述的基因序列的试剂。7.权利要求1
‑
3中任一项所述SNP分子标记的筛选方法，其特征...

【专利技术属性】
技术研发人员：赵云翔，郑伟杰，李智丽，孙艳梅，邹旋，
申请(专利权)人：佛山科学技术学院，
类型：发明
国别省市：