检测稀有突变和拷贝数变异的系统和方法技术方案

本发明专利技术提供了用于检测无细胞多核苷酸中的稀有突变和拷贝数变异的系统和方法。通常，该系统和方法包括样品制备或从体液中提取和分离无细胞多核苷酸序列；随后通过本领域已知的技术对无细胞多核苷酸进行测序；以及应用生物信息学工具与参考相比检测稀有突变和拷贝数变异。该系统和方法还可包含不同疾病的不同稀有突变或拷贝数变异谱的数据库或集合，其将作为附加参考用于帮助疾病的稀有突变的检测、拷贝数变异谱分析或普通遗传谱分析。拷贝数变异谱分析或普通遗传谱分析。拷贝数变异谱分析或普通遗传谱分析。

【技术实现步骤摘要】
检测稀有突变和拷贝数变异的系统和方法
本申请是申请日为2014年03月15日、申请号为201480024935.1、专利技术名称为“检测稀有突变和拷贝数变异的系统和方法”的中国专利申请(其对应PCT申请的申请日为2014年03月15日、申请号为PCT/US2014/000048)的分案申请。交叉引用
[0001]本申请涉及2013年9月4日提交的PCT专利申请号PCT/US2013/058061和2013年12月28日提交的美国临时专利申请号61/921,456，上述各个专利申请均为所有目的通过引用而整体并入本文。

技术介绍

[0002]多核苷酸的检测和定量对于分子生物学和医学应用如诊断学是重要的。遗传检测特别可用于许多诊断方法。例如，由稀有遗传改变(例如，序列变异体)或外遗传标记物的改变引起的病症，如癌症和部分或完全的非整倍性，可以用DNA序列信息进行检测或更准确地表征。
[0003]遗传性疾病如癌症的早期检测和监测在疾病的成功治疗或管理中通常是有用的或需要的。一种方法可以包括监测来源于无细胞的核酸的样品，其为可在不同类型的体液中发现的多核苷酸本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于检测拷贝数变异的方法，所述方法包括：a.对来自受试者的身体样品的细胞外多核苷酸进行测序，其中所述细胞外多核苷酸中的每一个产生多个测序阅读值；b.过滤掉未满足所设定的阈值的阅读值；c.在过滤掉阅读值后，将由步骤(a)获得的所述序列阅读值定位至参考序列；d.对在所述参考序列的两个或更多个预定义区域中定位的阅读值进行定量或计数；以及e.通过下述确定在一个或多个所述预定义区域中的拷贝数变异：i.将所述预定义区域中的阅读值的数目相对于彼此进行归一化，和/或将所述预定义区域中的独特序列阅读值的数目相对于彼此进行归一化；ii.将从步骤(i)中获得的归一化的数目与从对照样品获得的归一化的数目进行比较。2.一种用于检测从受试者获得的无细胞的或基本无细胞的样品中的稀有突变的方法，所述方法包括：a.对来自受试者的身体样品的细胞外多核苷酸进行测序，其中所述细胞外多核苷酸中的每一个生成多个测序阅读值；b.如果未进行富集，则进行区域上的多重测序或全基因组测序；c.过滤掉未满足所设定的阈值的阅读值；d.将从所述测序得到的序列阅读值定位至参考序列上；e.鉴别在各个可定位的碱基位置处与所述参考序列的变异体对准的被定位序列阅读值的亚组；f.对各个可定位的碱基位置，计算出(a)与所述参考序列相比包含变异体的被定位序列阅读值的数目与(b)各个可定位碱基位置的序列阅读值总数的比值；g.将各个可定位碱基位置的变异的所述比值或频率进行归一化并确定潜在的稀有变异体或突变；以及h.将具有潜在的稀有变异体或突变的各个区域的所得数目与从参考样品类似地得到的数目进行比较。3.一种表征受试者中的异常状况的异质性的方法，所述方法包括生成所述受试者的细胞外多核苷酸的遗传谱，其中所述遗传谱包含由拷贝数变异和稀有突变分析得到的多个数据。4.一种方法，该方法包括：使用多重测序在从受试者获得的无细胞或基本无细胞的样品中确定拷贝数变异或进行稀有突变分析。5.一种包含计算机可读介质的系统，该计算机可读介质用于执行以下步骤：选择基因组中的预定义区域；对所述预定义区域中的序列阅读值的数目进行计数；对所述预定义区域上的序列阅读值的数目进行归一化；以及确定所述预定义区域中的拷贝...

【专利技术属性】
技术研发人员：阿米尔阿里，
申请(专利权)人：夸登特健康公司，
类型：发明
国别省市：