一种与大豆芽期耐低温相关的QTL、分子标记、扩增引物及应用制造技术

本发明专利技术涉及大豆分子育种领域，具体涉及一种与大豆芽期耐低温相关的QTL、分子标记、扩增引物及应用。所述QTL位于大豆第9号染色体的38426868bp

【技术实现步骤摘要】
一种与大豆芽期耐低温相关的QTL、分子标记、扩增引物及应用


[0001]本专利技术涉及大豆分子育种领域，具体涉及一种与大豆芽期耐低温相关的QTL、分子标记、扩增引物及应用。

技术介绍

[0002]种子萌发是植物生命周期中最重要的阶段之一。通常，胚根的出现表明种子萌发的完成。低温胁迫是植物生长发育和产量形成过程中主要的非生物胁迫因素之一，大豆种子萌发常受到低温胁迫，影响大豆的出苗率和出苗整齐度，进而影响大豆的产量。目前，低温对大豆种子萌发分子机理的影响在很大程度上还缺乏了解。针对芽期耐低温性状进行品种改良，对于提高大豆产量和品质具有重要意义。但是芽期耐低温属于复杂的数量性状，受多基因控制，传统育种周期长，难度大，需要耗费大量的人力物力。随着分子遗传学的发展，分子标记辅助选择育种为人们加快育种进程提供了新的途径。标记辅助选择育种是指在育种选择时通过对与功能基因相连锁的分子标记对目标性状进行间接选择。利用分子标记对数量性状基因座(quantitative trait locus，QTL)进行定位，是进行标记辅助选择育种的重要手段。目前国内外科研工作者已定位到的大豆芽期耐低温QTL较少，而且关于大豆芽期耐低温的QTL定位大部分都是初级定位，标记与目标性状距离过大，对其定位的精确性较差。QTL随机定位是在不同组合的不同遗传背景下发生多样化的重组过程，因此定位的QTL具有杂交组合特异性，标记区间过大，随着世代和遗传背景的改变可能会丧失，不利于应用。难于进行分子辅助选择。

技术实现思路

[0003]本专利技术提供了一种与大豆芽期耐低温相关的QTL、分子标记、扩增引物及应用，所述的QTL位点，标记区间为0.56Mb，LOD值为4.18，其贡献率为10.59％，并鉴定了与大豆芽期耐低温相关的分子标记SSR
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1126。
[0004]为实现上述目的，本专利技术采用如下技术方案:
[0005]本专利技术的第一个目的是提供一种与大豆芽期耐低温相关的QTL，所述QTL位于大豆第9号染色体的38426868bp
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38983456bp区间。
[0006]本专利技术的第二个目的是提供一种与大豆芽期耐低温相关的所述所述QTL的SSR分子标记，所述分子标记为SSR
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1126，大豆第9号染色体的38701572bp
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38701609bp区间，所述分子标记为SSR
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1126的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。
[0007]本专利技术的第三个目的是提供了所述SSR分子标记的扩增引物，所述扩增引物如下：
[0008]SSR
‑
09
‑
1126F：5
′‑
CTCAATCGCGAACCCTAAAC
‑3′
；
[0009]SSR
‑
09
‑
1126R：5
′‑
GTGCTCCGAAGGCTGTCTAC
‑3′
。
[0010]本专利技术的第四个目的是提供所述扩增引物在大豆芽期耐低温性状鉴定中的应用。
[0011]本专利技术的第五个目的是提供了一种利用所述的扩增引物鉴定大豆芽期耐低温性
状的方法，包括以下步骤：
[0012]S1、提取大豆待鉴定材料基因组DNA；
[0013]S2、利用SSR
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1126扩增引物对待鉴定大豆材料进行PCR扩增；
[0014]S3、对扩增产物进行电泳分析，如果待鉴定大豆材料扩增产物的电泳带型属于SSR
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09
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1126中的1号带型，则鉴定为大豆芽期耐低温材料，如果待鉴定大豆材料扩增产物的电泳带型属于SSR
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09
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1126中的2号带型，则鉴定为大豆芽期低温敏感材料。
[0015]本专利技术的第六个目的是提供了所述SSR分子标记在大豆芽期耐低温性状选育中的应用。
[0016]与现有技术相比，本专利技术具有如下有益效果：
[0017]1、本专利技术以栽培大豆和野生豆为亲本构建遗传群体，定位到1个与大豆芽期耐低温相关的QTL位点，标记区间为0.56Mb，LOD值为4.18，其贡献率为10.59％，并鉴定了与大豆芽期耐低温相关的分子标记SSR
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09
‑
1126，可用于分子标记辅助选择育种以及挖掘相关功能基因。同时可以利用野生资源，拓宽栽培大豆的遗传基础。
[0018]2、本专利技术利用培养箱对大豆芽期进行低温胁迫处理，将低温处理的大豆种子的发芽率作为评价大豆芽期耐低温能力的指标。并以黑龙江主栽品种绥农14作为轮回亲本，野生豆品种ZYD00006作为供体亲本，杂交之后经过多代回交和自交，构建了全基因组导入系(Chromosome Segment Substitution Lines，CSSLs)群体。每个株行只含有少数的野生豆导入片段，能够缩小QTL区间，提高定位精度和准度，并在区间内鉴定与大豆耐低温相关的分子标记，这对于大豆耐低温性状的分子标记辅助选择育种以及功能基因研究是十分必要的，而且对于丰富大豆栽培种遗传多样性也具有重要意义。
附图说明
[0019]图1为作图群体构建过程图。
[0020]图2为群体重测序流程图。
[0021]图3为母本染色体覆盖深度分布图。
[0022]图4为各染色体SNP标记与Bin标记分布密度图。
[0023]图5为开发分子标记所用材料聚丙烯酰胺凝胶电泳图；
[0024]其中，图A为SSR
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1126引物耐性材料的电泳图，从左到右各泳道分别表示公野03
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7239、庆安小金黄、黑农24、茶色豆、吉育39、公野03
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5570、昌吉黄豆、铁荚四粒黄、黄宝珠、金满大豆、吉育93、公野04L
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141、吉林20、元宝金、铁荚黑、大白眉、通农13、青冈四粒顶、吉育71、公野04
‑
L15、黄金元、白皮豆、嫩丰11、吉育97、千斤黄、小白豆、吉育406、吉育66、五常豆、猫眼豆；
[0025]图B为SSR
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1126引物敏感性材料的电泳图，从左到右各泳道分别表示黑河25、公P06
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12、通农15、黑农69、J2512、吉育69、公P06
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6、吉育441、吉育303、蒙豆31、黑农31、黑河29、长农14、黑河35、长农25、黑河11、黑河31、吉育299、合丰37、黑河14、九农36、黑河13、长密豆30、绥农15、吉农32、天鹅蛋、长农29、黑河43、绥农28、绥无腥豆2号。
具体实施方式
[0026]下面结合附图和具本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种与大豆芽期耐低温相关的QTL，其特征在于，所述QTL位于大豆第9号染色体的38426868bp
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38983456bp区间。2.一种权利要求1所述的与大豆芽期耐低温相关的QTL的SSR分子标记，其特征在于，所述分子标记为SSR
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1126，所述分子标记位于大豆第9号染色体的38701572bp
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38701609bp区间，所述分子标记为SSR
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1126的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。3.一组权利要求2所述SSR分子标记的扩增引物，其特征在于，所述扩增引物如下：SSR
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1126F：5
′‑
CTCAATCGCGAACCCTAAAC
‑3′
；SSR
‑
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【专利技术属性】
技术研发人员：蒋洪蔚，王曙明，郑宇宏，谢建国，范旭红，孟凡凡，孙星邈，李广，张云峰，王明亮，郑莉萍，
申请(专利权)人：吉林省农业科学院，
类型：发明
国别省市：