用于通过使用基于肽核酸的试剂来治疗癌症的方法和组合物技术

本公开内容尤其提供了经改善的PNA试剂，包含其的组合物，和用于通过使用此类试剂和/或组合物来治疗疾病例如癌症的方法。还提供了用于在细胞中降低基因表达的方法。用于在细胞中降低基因表达的方法。用于在细胞中降低基因表达的方法。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于通过使用基于肽核酸的试剂来治疗癌症的方法和组合物
[0001]相关申请的交叉引用
[0002]本申请要求2019年7月24日提交的美国临时专利申请系列号62/878,301(该申请通过提及而以其整体合并入本文)的权益。
[0003]公开内容的领域
[0004]本公开内容尤其提供了经改善的PNA试剂，包含其的组合物，和用于通过使用此类试剂和/或组合物来治疗疾病例如癌症的方法。
[0005]公开内容的背景
[0006]医疗保健行业不断地需要提供用于治疗与癌症作斗争的患者的新的且有效的疗法。不同于传统化学治疗方法的新型组合物的发现有助于医师为肿瘤患者开具疗程所采用的方法。特别的努力致力于用于通过使用分子生物学方法而非化学方法来治疗癌症的组合物和方法。
[0007]PNA试剂是在研究和开发用于治疗疾病例如癌症的新药物中有前途的工具。美国专利号10,113,169描述了PNA
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递送肽缀合物的增加的效力，这通过在两个末端都附加阳离子亲脂性部分来实现。通过加强递送和稳定针对染色体靶标的结合，这的确创造了更强有力的转录阻抑。但是，该缀合物的增加的去污剂样特性冒着非特异性细胞毒性的风险，因为这些两亲性肽具有在细胞膜上团聚的倾向。因此，仍然存在需要以平衡转录阻抑效力与由所述递送肽的必需的去污剂样特性所引起的对于细胞的非特异性毒性。
[0008]公开内容的概述
[0009]先前已显示，通过向PNA
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递送肽缀合物的末端添加疏水性的和阳离子的部分改善了关于PNA的递送和针对染色体DNA靶标的靶标结合特性。这些末端修饰给予所述PNA缀合物以经改善的递送和靶标稳定化。在这个当口，认为Lys(棕榈酰基)
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(d)Lys
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(d)Lys
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的这些末端添加也同样能够影响递送，而无需递送肽。据推测，最好可以删除能够对于PNA序列与其基因靶标结合造成空间干扰的任何非必需结构。对于这样的修饰(即删除疏水性阳离子的在末端处经修饰的PNA缀合物的递送肽部分)的评价在AspC1细胞系内证明了显著地更好的KRAS G12D的阻抑(参见实施例1)。
[0010]在相似的按剂量给药条件下，在末端处经修饰的PNA
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递送肽缀合物能够在AsPC1细胞系内将KRAS G12D的转录阻抑至正常基线的50％，但是没有检测到增殖的可检测的阻抑。相比之下，对于相同的疗法但没有递送肽(NLS)，在AsPC1细胞系内将KRAS G12D转录阻抑至正常基线的20％，并且具有增殖的浓度依赖性阻抑，其中注意到增殖的完全阻抑。此外，通过聚乙二醇间隔子将每个单独的末端的Lys(棕榈酰基)
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(d)Lys
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(d)Lys
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与PNA寡聚体区段分隔开进一步地将功效改善两倍。
[0011]从这些实验中证明，仅用末端的Lys(棕榈酰基)
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(d)Lys
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(d)Lys
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进行修饰的PNA寡聚体序列在体外和可能地在体内阻抑基因转录方面比类似地经末端修饰的PNA寡聚体
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递送肽(NLS)缀合物更有效。这可能是由于相似的和/或足够的递送特征以及PNA寡聚体未附着至具有相似尺寸的现在非必需的空间阻碍性的递送肽。去除非必需的分子结构将会使PNA寡聚体摆脱潜在的对于结合的妨碍。将PNA寡聚体与递送组分分隔开的前提是在PNA
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DNA相互作用内将会存在较少对于氢键π
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堆叠构型的干扰。
[0012]因此，本公开内容的一个实施方案为PNA试剂，其包含：PNA部分；和至少一个附着至所述PNA部分的至少一个末端的修饰部分，其中所述至少一个修饰部分由赖氨酸残基组成，并且所述赖氨酸残基中的至少一个包含棕榈酰基侧链部分。
[0013]本公开内容的另一个实施方案为药用组合物，其包含在本文中所公开的PNA试剂和在药学上可接受的承载体。
[0014]本公开内容的另一个实施方案为用于在受试者中治疗疾病、病症或状况或者降低疾病、病症或状况的风险的方法，其包括：向所述受试者施用有效量的在本文中所公开的PNA试剂或者有效量的在本文中所公开的药用组合物。
[0015]本公开内容的另外一个实施方案为用于在细胞中降低基因表达的方法，其包括：使所述细胞与有效量的至少一种在本文中所公开的PNA试剂相接触。
[0016]附图简述
[0017]本专利或申请文件包含至少一个以彩色制作的附图。具有彩色附图的本专利或专利申请出版物的副本将会在请求和支付必要的费用后由专利局提供。
[0018]下面的附图构成本说明书的一部分，并且被包括以进一步证明本公开内容的某些方面。通过参考这些附图中的一个或多个并结合在本文中所呈现的特定实施方案的详细描述，可以更好地理解本公开内容。
[0019]图1A显示了附加有短的疏水性聚合物(蓝色)的PNA寡聚体的图；该短的疏水性聚合物仍然在熔球中。
[0020]图1B显示了附加有更长的疏水性聚合物(蓝色)的PNA寡聚体的图；该更长的疏水性聚合物能够突破熔球的限制。
[0021]图2提供了在研究中所使用的不同PNA缀合物(包括157A、228B、204C和228A)的构造。
[0022]图3
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6显示了响应于各种与KRAS G12D互补的PNA寡聚体(图3
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204C；图4
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228B；图5
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157A；图6
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228A)的浓度依赖性的等位基因特异性细胞增殖。相关于所附加的疏水性聚合物的尺寸，特性发生变化。所有实验以一式三份进行。
[0023]图7
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10显示了响应于各种与KRAS G12D互补的PNA寡聚体(图7
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204C；图8
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228B；图9
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157A；图10
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228A)的在性质上相似的浓度依赖性细胞增殖。通过去除内源性KRAS基因并且用人KRAS G12D[NCI RPZ26198]、HRAS野生型[NCI RPZ200024]或KRAS野生型[NCI RPZ26216]代替，创建了一系列的细胞系。以这种方式，更好地控制在细胞系之间的所插入的人基因的比较，因为在所述细胞系之间没有其他差异。相关于所附加的疏水性聚合物的尺寸，特性发生变化。所有实验以一式三份进行。
[0024]图11显示了暴露于PNA缀合物157A或204C的AsPC1(KRAS G12D
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依赖性细胞系)和BxPC3(表达KRAS WT的细胞系)的实时PCR的结果。ND是未处理的细胞系的经标准化的结果。204C完全阻抑KRAS G12D基因的转录，而不影响KRAS WT，其相差仅一个碱基对。157A仅部分地阻抑KRAS G12D，并且也通过不影响KRAS WT基因而显示了特异性本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.PNA试剂，其包含：PNA部分；和至少一个附着至所述PNA部分的至少一个末端的修饰部分，其中所述至少一个修饰部分由赖氨酸残基组成，并且所述赖氨酸残基中的至少一个包含棕榈酰基侧链部分。2.权利要求1的PNA试剂，其中所述至少一个修饰部分具有Lys(棕榈酰基)
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Lys
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Lys
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的结构。3.权利要求1的PNA试剂，其具有Lys(棕榈酰基)
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Lys
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Lys
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[PNA]
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Lys
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Lys
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Lys(棕榈酰基)的结构。4.权利要求1的PNA试剂，其具有Lys(棕榈酰基)
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Lys
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Lys
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[PNA]或[PNA]
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Lys
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Lys
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Lys(棕榈酰基)的结构。5.权利要求1的PNA试剂，其进一步在所述PNA部分和所述至少一个修饰部分之间包含至少一个聚乙二醇(PEG)间隔子。6.权利要求1的PNA试剂，其中所述PNA试剂具有有着最小的形成发夹环的倾向的序列。7.权利要求1的PNA试剂，其中所述PNA试剂具有包含少于60％嘌呤的序列。8.权利要求1的PNA试剂，其中所述PNA部分具有靶向基因的序列。9.权利要求1的PNA试剂，其中所述PNA部分具有靶向具有75％或更大互补性的基因的13
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20核苷酸序列的序列。10.权利要求1的PNA试剂，其中所述PNA部分具有靶向具有完全互补性的基因的13
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20核苷酸序列的序列。11.权利要求10的PNA试剂，其中所述基因为癌...

【专利技术属性】
技术研发人员：J，
申请(专利权)人：纽约市哥伦比亚大学理事会，
类型：发明
国别省市：