本发明专利技术提供一种KASP分子标记引物，具有快速、特异性强、灵敏度高的显著优点，可应用于筛选、鉴定或培育低芥酸油菜品种。本发明专利技术基于SNP技术开发出一种BnaA.FAE1紧密连锁KASP分子标记设计方法，实现快速、准确地检测油菜芥酸基因，同时开发的KASP标记可实现目标位点的高效、低成本和高通量鉴定，简化低芥酸甘蓝型油菜品种育种过程。菜品种育种过程。菜品种育种过程。
【技术实现步骤摘要】
一种油菜芥酸含量基因BnaA.FAE1特异KASP标记方法及应用
[0001]本专利技术涉及油菜选育
，具体涉及一种油菜芥酸含量基因BnaA.FAE1特异KASP标记方法及应用。
技术介绍
[0002]菜籽油的品质主要决定于其脂肪酸的组成，主要的脂肪酸包括棕榈酸(C16:0)、硬脂酸(C18:0)、油酸(C18:1)、亚油酸(C18:2)、亚麻酸(C18:3)、花生酸(C20:0)、二十碳烯酸(C20:1)和芥酸(C22:1)等。其中芥酸影响菜籽油消化吸收率以及人体健康，是油菜改良的主要对象。在甘蓝型油菜中，已报道了多个芥酸含量相关基因，其中BnaA.FAE1基因位于A08染色体，是油酸(C18:1)延伸至芥酸(C22:1)的关键基因，该基因与白菜A08染色体的FAE1高度同源(Rahman等，2008)。
[0003]由于驯化历史短，甘蓝型油菜遗传资源匮乏，使得甘蓝型油菜的遗传改良受限。通过甘白种间杂交，可在甘蓝型油菜中转入白菜型油菜有利性状，如抗病、早熟等，可拓宽甘蓝型油菜遗传基础。然而，由于连锁累赘的存在，在导入白菜优异性状的同时，也会携带连锁的不利基因，如高芥酸、高硫苷等，因此需要对导入白菜优异性状的甘蓝型油菜进行选育。
[0004]传统的油菜育种依赖于育种家对具体油菜材料在田间的表型的观察与评价，受到自然环境和个人经验的影响，其育种周期长，效率低。分子标记技术的发展为提高育种效率提供了新的手段，使得育种家可以通过检测与主效基因紧密连锁的特定核苷酸序列，即分子标记来实现对目标基因的选择，大幅度提高育种的准确度及缩短育种年限。
技术实现思路
[0005]本专利技术公开一种KASP分子标记引物，具有快速、特异性强、灵敏度高的显著优点，可应用于筛选、鉴定或培育低芥酸油菜品种。本专利技术基于SNP技术开发出一种BnaA.FAE1紧密连锁KASP分子标记设计方法，实现快速、准确地检测油菜芥酸基因，同时开发的KASP标记可实现目标位点的高效、低成本和高通量鉴定，简化低芥酸甘蓝型油菜品种育种过程。
[0006]具体技术方案如下：
[0007]一种KASP分子标记引物，该KASP分子标记引物包括正向引物A、正向引物B以及通用反向引物，具体如下：
[0008]正向引物A：
[0009]5'
‑
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‑
3'；
[0010]正向引物B：
[0011]5'
‑
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‑
3'；
[0012]通用反向引物：
[0013]5'
‑
aacagagtggagacgtgccctacaag
‑
3'。
[0014]本专利技术还公开一种油菜芥酸含量基因BnaA.FAE1特异KASP标记方法，其特征在于，
包括以下步骤：提取待测作物基因组DNA；将待测样品通过SNP芯片进行基因分型；筛选BnaA.FAE1基因特异SNP标记；将特异SNP标记转化为KASP分子标记引物。
[0015]本专利技术还公开一种用于检测BnaA.FAE1基因的检测试剂盒，含有上述KASP分子标记引物。
[0016]本专利技术还公开一种对油菜BnaA.FAE1基因的检测方法，使用上述KASP分子标记引物或上述检测试剂盒进行检测。
[0017]优选的，包括以下步骤：结合所述KASP分子标记引物将BnaA.FAE1基因进行KASP反应；进行SNP信号检测。
[0018]优选的，进行SNP信号检测的具体步骤包括：若样品PCR产物只检测到引物PrimerX对应荧光信号，则检测位点为X型等位基因型；若只检测到引物PrimerY对应荧光信号，则检测位点为Y型等位基因型；若同时检测到两种荧光信号则检测位点，判断待测样本为杂合基因型。
[0019]本专利技术还公开一种低芥酸油菜品种选育的方法，使用上述KASP分子标记引物或上述检测试剂盒。
[0020]除了上面所描述的目的、特征和优点之外，本专利技术还有其它的目的、特征和优点。下面将参照图，对本专利技术作进一步详细的说明。
附图说明
[0021]构成本申请的一部分的附图用来提供对本专利技术的进一步理解，本专利技术的示意性实施例及其说明用于解释本专利技术，并不构成对本专利技术的不当限定。在附图中：
[0022]图1是实施例1中BN900052分子标记的开发示意图。
具体实施方式
[0023]以下结合附图对本专利技术的实施例进行详细说明，但是本专利技术可以根据权利要求限定和覆盖的多种不同方式实施。
[0024]实施例1：
[0025]一种油菜芥酸含量基因BnaA.FAE1特异KASP分子标记引物，该引物组包括正向引物A、正向引物B以及通用反向引物，具体如下：
[0026]正向引物A(详见SEQ ID NO:1)：
[0027]5'
‑
gaaggtgaccaagttcatgctgggacttttgggtaaatagctttggact
‑
3'；
[0028]正向引物B(详见SEQ ID NO:2)：
[0029]5'
‑
gaaggtcggagtcaacggattggacttttgggtaaatagctttggaca
‑
3'；
[0030]通用反向引物(详见SEQ ID NO:3)：
[0031]5'
‑
aacagagtggagacgtgccctacaag
‑
3'。
[0032]上述KASP分子标记引物的获取方式如下：
[0033]一、与BnaA.FAE1共分离的差异SNP获得
[0034]具体是：
[0035]1、分离群体构建：以包含有高芥酸基因BnaA.FAE1的白菜型油菜品系湘油4号(Zhan et al.2020)为父本，以待改良的油菜品系20B为母本，进行杂交获得F1，进一步将F1
与20B回交获得BC1F1群体。
[0036]2、DNA提取，详情如下：
①
取约2段1.5cm长叶片或种子至1.3mL的96孔板中，将96孔板置于
‑
80℃冰箱4小时或以上；
②
将1.3mL96孔板至于烘箱中，65℃烘干10小时或以上，烘干结束后，取出1.3mL96孔板，向1.3mL 96孔板每孔中加入2颗4mm钢珠；
③
迅速封上硅胶膜，置于genogrinder 2010中，转速调至1500rpm并研磨1分钟，效果不好时可适当延长研磨时间，研磨后置于深孔板离心机中瞬离，将磨碎组织离心到孔底；
④
取出96孔板，小心撕开硅胶板，每孔加含Tris
‑
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【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.一种KASP分子标记引物，其特征在于，该KASP分子标记引物包括正向引物A、正向引物B以及通用反向引物，具体如下：正向引物A：5'
‑
gaaggtgaccaagttcatgctgggacttttgggtaaatagctttggact
‑
3'；正向引物B：5'
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gaaggtcggagtcaacggattggacttttgggtaaatagctttggaca
‑
3'；通用反向引物：5'
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aacagagtggagacgtgccctacaag
‑
3'。2.一种油菜芥酸含量基因BnaA.FAE1特异KASP标记方法，其特征在于，包括以下步骤：提取待测作物基因组DNA；将待测样品通过SNP芯片进行基因分型；筛选BnaA.FAE1基因特异SNP标记；将特异SNP标记转化为KA...
【专利技术属性】
技术研发人员：李宝，李莓，王同华，郭一鸣，刘新红，曲亮，易丽媛，
申请(专利权)人：湖南省作物研究所，
类型：发明
国别省市：
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