基于CovMutt框架检测与遗传性增加相关的突变的方法技术

本发明专利技术属于病毒等传播预测技术领域，公开了病毒传播时变异流行率的变化情况评估方法，包括下述步骤：获取病毒在人群中突变流行率：将携带特定突变的病毒基因组组件的数量除以给定地理区域内可用的组件总数；基于Balding

【技术实现步骤摘要】
基于CovMutt框架检测与遗传性增加相关的突变的方法


[0001]本专利技术属于病毒等传播预测
，尤其涉及基于CovMutt框架检测与遗传性增加相关的突变的方法。

技术介绍

[0002][0003]SARS
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CoV
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2是冠状病毒家族的成员，冠状病毒家族是一个高度多样化的包膜阳性单链RNA病毒家族。其序列与SARS冠状病毒有79.6％的同源性， SARS冠状病毒是一种传染性病毒，导致了2003年SARS的流行。另一种著名的冠状病毒是MERS
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CoV，它在2012年导致了中东呼吸综合征(MERS) 的流行。然而，同样明显的是，SARS
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CoV
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2比SARS
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CoV和MERS
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CoV7 更具传染性。
[0004]SARS
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CoV
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2基因组大小约为30kb，其基因组结构符合已知冠状病毒的特定基因特征。基因组中超过三分之二的5'由ORF1ab编码的ORF1ab多本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.病毒传播时变异流行率的变化情况评估方法，其特征在于，包括下述步骤：获取病毒在人群中突变流行率：将携带特定突变的病毒基因组组件的数量除以给定地理区域内可用的组件总数；基于Balding
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Nichols模型，获取参数F：针对任一组Pa和Pb值，根据式I中公式，对Fab每次进行迭代增加i，最终选择等位基因频率大于预设值的突变的联合概率密度分布最大化时的Fab作为参数F，其中，0≤F＜1，Pa和Pb为连续两个时间区间的突变频率，argmax是一个查找F参数的操作，该参数给出目标的最大值，dbeta是beta分布的概率密度函数；利用式II，获取β分布下任一突变位点的遗传漂变p值，2.根据权利要求1所述的病毒传播时变异流行率的变化情况评估方法，其特征在于，获取任一时间区间的突变流行率方式为：特定位置该时间区间包含给定突变的序列计数除以同一位置该时间区间的总序列数。3.根据权利要求2所述的病毒传播时变异流行率的变化情况评估方法，其特征在于，获取任一时间区间的突变流行率，至少为下述之一获取每月的突变流行率：任一月的突变患病率获取方式为：特定位置当月包含给定突变的序列计数除以同一位置当月的总序列数；及获取每天的突变流行率：任一天的突变患病率获取方式为：特定位置n当天包含给定突变...

【专利技术属性】
技术研发人员：黄恺，李滟泽，刘伟，
申请(专利权)人：华中科技大学同济医学院附属协和医院，
类型：发明
国别省市：