基于22个SNP易感位点评估1型糖尿病患病风险的试剂盒制造技术

本发明专利技术公开了22种与1型糖尿病患病风险辅助诊断相关的SNP标志物，并研制出可便于临床应用的1型糖尿病辅助诊断试剂盒，为发现具有潜在治疗价值的新型小分子药物提供数据支持。潜在治疗价值的新型小分子药物提供数据支持。潜在治疗价值的新型小分子药物提供数据支持。

【技术实现步骤摘要】
基于22个SNP易感位点评估1型糖尿病患病风险的试剂盒


[0001]本专利技术属于本专利技术属于生物检测
，涉及一种基于 22 个 SNP 位点评估 1 型糖尿病患病风险的试剂盒。

技术介绍

[0002]1 型糖尿病是以选择性破坏胰腺β细胞为特征的 T 细胞介导的自身免疫性疾病。1 型糖尿病的发病风险主要有遗传和环境两部分组成。其中遗传的影响估计在 65%到 88% 之间，发生 T1D 的风险受到基因组中多个位点基因变异组合的影响。在过去的几十年中，大规模的遗传学研究已经描述了 50 多种影响 T1D 易感性的遗传位点。寻找 T1D 的遗传预测因子，将遗传数据转换为疾病易感性预测指标的一种方法是将基因座的风险效应添加到多基因风险评分（PRS）。与仅基于一小部分显著单核苷酸多态性（SNP）的情况相比，基因组中的所有常见变异可以解释许多复杂性状中更高比例的遗传影响。 PRS 的使用有助于筛选出有患病风险的人群，同时防止糖尿病相关的发病率和死亡率增加。
[0003]近年来国外已有多个研究团队，制定了 T1D 的 PRS。在包括 INS、PTPN22、 CTLA
‑
4 和 IL2RA 在内的基因的连锁和全基因组关联研究（GWAS）中，已经确定了 60 多个基因组中常见的非 HLAT1D 风险变体。T1D 的遗传预测已经从单纯使用 HLA 等位基因发展到加入非 HLA 变异体。2014 年，Winkler 等人开发了一个多元逻辑回归模型来估计 PRS，包括 40 个非 HLA 基因 SNP，显著提高了风险评分。Oram 的团队调整了对数加性 PRS 模型，以区分 T1D 患者与对照组。他们将 30 个 SNP 的 T1D
‑
PRS 应用于一组 T1D 人群。他们发现 T1D
‑
PRS 具有高度的鉴别能力，曲线下面积为 0.88。然而，国外的研究大部分是在高加索人群中进行的，他们所设计的预测模型并不完全适用于中国人群。
[0004]除了 1 型糖尿病(T1D)发病风险预测，近年来遗传风险评分(GRS)广泛用于 1 型糖尿病的诊断及鉴别诊断，同样其也可以用于鉴别 T1D 和 2 型糖尿病、单基因糖尿病。现有评估 T1D 的患病风险的方法有如下缺陷:其一，通过 GRS 评估 T1D 的患病风险时，没有综合考虑多个遗传位点对 T1D 患病风险的影响，评估结果不够全面。其二、上述模型多来源于欧洲高加索人群，由于种族间易感基因差异，应用于中国人群并不能达到同样的预测效能。其三、目前的遗传风险预测模型多基于现有数据，因此要面临外部验证的问题。
[0005]公开于该
技术介绍
部分的信息仅仅旨在增加对本专利技术的总体背景的理解，而不应当被视为承认或以任何形式暗示该信息构成已为本领域一般技术人员所公知的现有技术。

技术实现思路

[0006]本专利技术的第一个目的是筛选出中国人群中与 1 型糖尿病高度相关的高特异性和敏感性的 SNP，本专利技术的第二个目的是提出了一种与 1 型糖尿病辅助诊断相关的 SNP 标志物及其应用，本专利技术的第三个目的是提供上述 SNP 可以作为分子标志物用于 1 型糖尿病的辅助诊断应用。
[0007]为实现上述目的，我们团队通过检测 1 型糖尿病患者及与其年龄匹配的健康对
照外周血 DNA 中的单核苷酸多态性，寻找一组与 1 型糖尿病高度相关的高特异性和敏感性的 SNP，并研制出可便于临床应用的 1 型糖尿病辅助诊断试剂盒，为 1 型糖尿病的筛查和诊断提供数据支持，为发现具有潜在治疗价值的新型小分子药物提供数据支持。
[0008]一种与 1 型糖尿病患病风险辅助诊断相关的 SNP 标志物，其特征在于：该SNP 标志物为：RGS1基因附近rs2816313位点，序列为ACCCTTTGAGCTGAGTCTGGAGCCAGAGCT[G/A]CCAGGATGCAGACAGCAGTGTCCTGAGGCT；AFF3基因附近rs12712067位点，序列为TCCCCATTGAGCAAAGGGACAGCTAAGGTG[G/T]TAGTGGGTGAGGGAGTACTGGTTAGAACTG；ACOXL基因上rs4849135位点，序列为ACTTTATTACCAAGGATGGGAGGAAGAGGG[T/G]TTGGGCCAACAACTGGAAATCTTGCTACAC；IFIH1基因附近rs2111485位点，序列为CACCAGCATGGGGTCATAAATATAAAGCCT[A/G]GAAGGGTGGAATTTCCCTGAGGAAGAAGAA；STAT4基因上rs7582694位点，序列为CACACCAAATTCATGAAGGGATGACACATA[C/G]AGTATGCAACCTATGCATGTTTGCTTGTTC；CTLA4基因附近rs3087243位点，序列为TGATTTCTTCACCACTATTTGGGATATAAC[G/A]TGGGTTAACACAGACATAGCAGTCCTTTAT；RING1基因附近rs62405743位点，序列为CCAGCACTTTGGGAGGCTAAGGCCAATGGG[T/C]TACTTGAGGCCAGGAGTTCGAAACCAGCCT；BACH2基因上rs9294458位点，序列为GCAAACATGGTGAAACCCCATCTCTACTAA[G/C]ATTACAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGCAT；AHI1基因上rs2179781位点，序列为CCAGGACAGAGAAGTGAAGGATTTGGAAGA[C/A]AACACTGTAACTGTTAAAGAAAAATTTCTA；GRB10基因上rs735048位点，序列为CCCAGACAAGAGACTGGAACTCAGTTCAAT[A/G]GGACGTTTCCCAAAGCGGCTAGGAGCTGAT；TNFRSF11B基因附近rs4355801位点，序列为AGCAGTAAACAGGTGTACAGGTCTCAATAA[A/G]TGGGTGGTAGGTGTCAGGGAAAGTCAGCTG；GLIS3基因上rs1574285位点，序列为ACACACACACACACAGGAATGCACTTTGCA[G/T]GATTGCAAAGCTAGCTCTTTACCTTCCAAG；GATA3基因上rs3802604位点，序列为CCTGCATGTTCAGTACATGAAAGTAGGCAG[G/A]AGGGAGAGGGAGGCAGGCTAGCTGGTGGAG；RNLS基因上rs2018705位点，序列为TTAGTTCATTCTCACACTGCTATTAAGAAC[T/A]TCCCTGAGACTGGGTAATTTATAAAGAAAA；INS基因附近rs3842752位点，序列为GCAGGAGGCGGCGGGTGTGGGGCTGCCTGC[G/A]GGCTGCGTCTAGTTGCAGTAGTTCTCCAGC；SLC1A2基因上rs17378105位点，序列为AGGAGATCCACGTAAGCATTGGCTAAGAG本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.22种与 1 型糖尿病患病风险辅助诊断相关的 SNP 标志物，其特征在于：该SNP 标志物为：RGS1基因附近rs2816313位点，序列为ACCCTTTGAGCTGAGTCTGGAGCCAGAGCT[G/A]CCAGGATGCAGACAGCAGTGTCCTGAGGCT；AFF3基因附近rs12712067位点，序列为TCCCCATTGAGCAAAGGGACAGCTAAGGTG[G/T]TAGTGGGTGAGGGAGTACTGGTTAGAACTG；ACOXL基因上rs4849135位点，序列为ACTTTATTACCAAGGATGGGAGGAAGAGGG[T/G]TTGGGCCAACAACTGGAAATCTTGCTACAC；IFIH1基因附近rs2111485位点，序列为CACCAGCATGGGGTCATAAATATAAAGCCT[A/G]GAAGGGTGGAATTTCCCTGAGGAAGAAGAA；STAT4基因上rs7582694位点，序列为CACACCAAATTCATGAAGGGATGACACATA[C/G]AGTATGCAACCTATGCATGTTTGCTTGTTC；CTLA4基因附近rs3087243位点，序列为TGATTTCTTCACCACTATTTGGGATATAAC[G/A]TGGGTTAACACAGACATAGCAGTCCTTTAT；RING1基因附近rs62405743位点，序列为CCAGCACTTTGGGAGGCTAAGGCCAATGGG[T/C]TACTTGAGGCCAGGAGTTCGAAACCAGCCT；BACH2基因上rs9294458位点，序列为GCAAACATGGTGAAACCCCATCTCTACTAA[G/C]ATTACAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGCAT；AHI1基因上rs2179781位点，序列为CCAGGACAGAGAAGTGAAGGATTTGGAAGA[C/A]AACACTGTAACTGTTAAAGAAAAATTTCTA；GRB10基因上rs735048位点，序列为CCCAGACAAGAGACTGGAACTCAGTTCAAT[A/G]GGACGTTTCCCAAAGCGGCTAGGAGCTGAT；TNFRSF11B基因附近rs4355801位点，序列为AGCAGTAAACAGGTGTACAGGTCTCAATAA[A/G]TGGGTGGTAGGTGTCAGGGAAAGTCAGCTG；GLIS3基因上rs1574285位点，序列为ACACACACACACACAGGAATGCACTTTGCA[G/T]GATTGCAAAGCTAGCTCTTTACCTTCCAAG；GATA3基因上rs3802604位点，序列为CCTGCATGTTCAGTACATGAAAGTAGGCAG[G/A]AGGGAGAGGGAGGCAGGCTAGCTGGTGGAG；RNLS基因上rs2018705位点，序列为TTAGTTCATTCTCACACTGCTATTAAGAAC[T/A]TCCCTGAGACTGGGTAATTTATAAAGAAAA；INS基因附近rs3842752位点，序列为GCAGGAGGCGGCGGGTGTGGGGCTGCCTGC[G/A]GGCTGCGTCTAGTTGCAGTAGTTCTCCAGC；SLC1A2基因上rs17378105位点，序列为AGGAGATCCACGTAAGCATTGGCTAAGAGC[G/C]TGAAGTCCGGATACCAGCCTGGATGACACT；RPS26基因附近rs34415530位点，序列为ATTTTTTCTTCAATAATAAATTAACCTTAG[C/T]TTACTGTAACTTTTTTTTTCTTTCTTTTTT；ZFP36L1基因上rs927292位点，序列为ACTGGCTGACAAGCAACATGTTTTAAGGAG[C/G]CCCCCATTAAATCCTTACTCGCGGGACTCT；VRK1基因附近rs4900384位点，序列为TAGGACACTTCTGTTTTAATCTCATGGACC[A/G]GAATGTAGTCACATAACCACATCCAGCTGT；IL2RA基因附近rs12928537位点，序列为TTCCTTCTTTACCTGAATCATTAATGGCAA[G/A]GAGCACCGACACAGAACTGAGTTCAGGGCT；SMARCE1基因附近rs8066541位点，序列为CAGGCTGGTCTTGAACTTCTGAACACAAGC[G/A]ATCCTCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTG；...

【专利技术属性】
技术研发人员：杨涛，徐宽枫，张杰，顾愹，陈阳，施云，
申请(专利权)人：江苏省人民医院南京医科大学第一附属医院，
类型：发明
国别省市：