一种胃癌筛查血清生物标志物群及其应用制造技术

本发明专利技术涉及一种胃癌筛查血清生物标志物群及其应用。本发明专利技术采用t检验和SVM built

【技术实现步骤摘要】
一种胃癌筛查血清生物标志物群及其应用


[0001]本专利技术属于蛋白质组学
，尤其是涉及一种胃癌筛查血清生物标志物群及其应用。

技术介绍

[0002]胃癌(Gastric cancer，GC)是世界上第三大癌症死亡原因，尤其是在东亚，占全球病例的一半以上。尽管近年来死亡率有所下降，但由于其恶性程度高，预后差，严重威胁了人类健康。早期胃癌5年生存率可以达到90％，而中晚期胃癌术后5年生存率仅为30％左右。因此，对胃癌进行早发现、早诊断和早治疗是有效改善胃癌预后、降低死亡率的关键。
[0003]糖类抗原72
‑
4(CA72
‑
4)是目前诊断胃癌的最佳肿瘤标志物之一，在胃癌患者中的阳性率为65％
‑
75％，若与糖类抗原19
‑
9(CA19
‑
9)及癌胚抗原(CEA)联合检测可以监测70％以上的胃癌。然而，CA72
‑
4水平与胃癌的分期有明显的相关性，一般在晚期(III
‑
IV期)才会增高，且其在结/直肠癌、胰腺癌、肝癌、肺癌、乳腺癌、卵巢癌也有一定的阳性率。因此，寻找灵敏度和特异性均高的胃癌筛查方法成为临床研究的重点和难点。
[0004]蛋白质组学是近年来兴起的一种新的生物研究手段，是在大规模水平上研究蛋白质的特征，包括蛋白质表达水平，翻译后修饰，蛋白与蛋白相互作用等，由此获得蛋白质水平上正常与疾病状态下的差异，从而进行疾病的早期诊断及鉴别。蛋白质质谱是一种通过鉴定、定量蛋白质来寻找生物标志物的有效手段，具有同时检测数千种蛋白质和翻译后修饰的能力，因此从根本上改变了对生物系统的研究方式。几十年来，质谱在测量速度、灵敏度和准确性方面都得到了极大的提高，再次推动了定量蛋白质组学的发展。然而如何利用蛋白质质谱精准对胃癌进行筛查依旧是行业亟待解决的一大难题。

技术实现思路

[0005]基于现有技术中缺乏利用蛋白质质谱对胃癌进行精准筛查的现状，本专利技术提供一种胃癌筛查血清生物标志物群及其应用。
[0006]本专利技术的目的可以通过以下技术方案来实现：
[0007]本专利技术首先提供一种胃癌筛查血清生物标志物群，选自以下蛋白中的2种或2种以上的组合：
[0008]COMP，HBB，PON1，APOC1，AFM，MPO，APOA4，APOB，C9，APOH，F2，APOA2，LRG1，PTGDS，IGFBP2，TF，CDH13，FN1，A2M，CFH，APOF，ALB，ALAD，CLU，FGB，F10，VWF，MAN1A1，MST1，SPP2，CA1，C1RL，IGKV3
‑
11，HP，SERPIND1，IGLV3
‑
21，FGG，IGKV1
‑
39，F13A1，HBD，AGT，APOL1，C4BPA，HBA1；HBA2，FGA，CPB2，HPR，SERPINC1，IL1RAP，C5，CFD，COLEC10，CST3，IGLV1
‑
47，IGKV2
‑
30，PLG，APOC3，IGHG2，APOM，IGKC，KNG1，A1BG，IGFALS，SAA4，IGHM，F13B；
[0009]每一种蛋白具体的信息如下：
[0010][0011][0012][0013]在本专利技术的一个实施方式中，所述胃癌筛查血清生物标志物群选择为以下所有蛋
白的组合：
[0014]COMP，HBB，PON1，APOC1，AFM，MPO，APOA4，APOB，C9，APOH，F2，APOA2，LRG1，PTGDS，IGFBP2，TF，CDH13，FN1，A2M，CFH，APOF，ALB，ALAD，CLU，FGB，F10，VWF，MAN1A1，MST1，SPP2，CA1，C1RL，IGKV3
‑
11，HP，SERPIND1，IGLV3
‑
21，FGG，IGKV1
‑
39，F13A1，HBD，AGT，APOL1，C4BPA，HBA1；HBA2，FGA，CPB2，HPR，SERPINC1，IL1RAP，C5，CFD，COLEC10，CST3，IGLV1
‑
47，IGKV2
‑
30，PLG，APOC3，IGHG2，APOM，IGKC，KNG1，A1BG，IGFALS，SAA4，IGHM，F13B。
[0015]在本专利技术的一个实施方式中，所述胃癌筛查血清生物标志物群选择为以下所有蛋白的组合：
[0016]COMP，HBB，PON1，APOC1，AFM，MPO，APOA4，APOB，C9，APOH，F2，APOA2，LRG1，PTGDS，CA1，IGKV1
‑
39，F13A1，HBD，FGB，FGG，FGA，MAN1A1，KNG1，CPB2，A1BG，IGFALS，CST3。
[0017]本专利技术提供的胃癌筛查血清生物标志物群可用于反映胃癌患者和正常人差异。
[0018]本专利技术还提供所述胃癌筛查血清生物标志物群的确定方法，包括如下步骤：
[0019](1)在血清样本中对潜在生物标志物群进行靶向质谱定量数据采集；
[0020](2)对质谱数据进行预处理，获得蛋白定量矩阵；
[0021](3)特征蛋白选择，特征蛋白构成所述胃癌筛查血清生物标志物群。
[0022]在本专利技术的一个实施方式中，在血清样本中对潜在生物标志物群进行靶向质谱定量数据采集的方法包括以下步骤：
[0023](1)血清样本前处理：对血清样本进行酶解，得到多肽溶液，干燥后，用质谱纯的甲酸水溶液重溶，将多肽溶液稀释，等待质谱检测；
[0024](2)潜在生物标志物群的选择：挖掘文献筛选胃癌患者癌组织与癌旁组织差异表达蛋白，通过生物信息学分析预测可能分泌的蛋白，形成潜在生物标志物列表；
[0025](3)蛋白定量数据采集：多肽溶液通过timTOF pro质谱仪的LC
‑
prmPASEF模式进行数据采集得到蛋白质矩阵结果，其中蛋白质矩阵结果是对样本中检测到的蛋白进行相对定量，每个蛋白得到相应的检测强度值。
[0026]在本专利技术的一个实施方式中，步骤(3)中，LC
‑
prmPASEF的色谱条件为60min梯度，质谱条件为：扫描范围：300
‑
1400，离子淌度范围：0.65
‑
1.35Vs/cm2，TIMS管的累积时间和分离时间均为50ms。
[0027]在本专利技术的一个实施方式中，对质谱数据进行预处理，获得蛋白定量矩阵的方法为：
[0028]所有的prmPASEF质谱数据均使用Skyline软件进行处理，并结合标准肽段的保留时间和离子对信息，手动检查血清样本中每个肽段的提取时间和离子对，以确保正确的峰检测和准确的积分面积，每种蛋白的定量值以峰面积进行测定。
[0029]在本发本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种胃癌筛查血清生物标志物群，其特征在于，选自以下蛋白中的2种或2种以上的组合：COMP，HBB，PON1，APOC1，AFM，MPO，APOA4，APOB，C9，APOH，F2，APOA2，LRG1，PTGDS，IGFBP2，TF，CDH13，FN1，A2M，CFH，APOF，ALB，ALAD，CLU，FGB，F10，VWF，MAN1A1，MST1，SPP2，CA1，C1RL，IGKV3
‑
11，HP，SERPIND1，IGLV3
‑
21，FGG，IGKV1
‑
39，F13A1，HBD，AGT，APOL1，C4BPA，HBA1；HBA2，FGA，CPB2，HPR，SERPINC1，IL1RAP，C5，CFD，COLEC10，CST3，IGLV1
‑
47，IGKV2
‑
30，PLG，APOC3，IGHG2，APOM，IGKC，KNG1，A1BG，IGFALS，SAA4，IGHM，F13B；每一种蛋白具体的信息如下：
2.根据权利要求1所述的一种胃癌筛查血清生物标志物群，其特征在于，所述胃癌筛查
血清生物标志物群选择为以下所有蛋白的组合：COMP，HBB，PON1，APOC1，AFM，MPO，APOA4，APOB，C9，APOH，F2，APOA2，LRG1，PTGDS，IGFBP2，TF，CDH13，FN1，A2M，CFH，APOF，ALB，ALAD，CLU，FGB，F10，VWF，MAN1A1，MST1，SPP2，CA1，C1RL，IGKV3
‑
11，HP，SERPIND1，IGLV3
‑
21，FGG，IGKV1
‑
39，F13A1，HBD，AGT，APOL1，C4BPA，HBA1；HBA2，FGA，CPB2，HPR，SERPINC1，IL1RAP，C5，CFD，COLEC10，CST3，IGLV1
‑
47，IGKV2
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30，PLG，APOC3，IGHG2，APOM，IGKC，KNG1，A1BG，IGFALS，SAA4，IGHM，F13B。3.根据权利要求1所述的一种胃癌筛查血清生物标志物群，其特征在于，所述胃癌筛查血清生物标志物群选择为以下所有蛋白的组合：COMP，HBB，PON1，APOC1，AFM，MPO，APOA4，APOB，C9，APOH，F2，APOA2，LRG1，PTGDS，CA1，IGKV1
‑
39，F13A1，HBD，FGB，FGG，FGA，MAN1A1，KNG1，CPB2，A1BG，IGFALS，CST3。4.权利要求1
‑

【专利技术属性】
技术研发人员：申华莉，胡安琪，张磊，
申请(专利权)人：复旦大学，
类型：发明
国别省市：