用于肺癌筛查的组合物及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种用于肺癌筛查的组合物及其应用。所述的用于肺癌筛查的组合物包括用于检测HOXD9基因或AC138647.1基因或SPATA18基因或TLX3基因或AC073314.1基因的靶序列甲基化的核酸。本发明专利技术获得了一个与肺癌相关的甲基化基因，并确定了肺癌甲基化基因发生甲基化异常的靶序列，并且，通过这个甲基化基因的靶序列，能够灵敏和特异地检测该基因的甲基化的状态，从而可以用于对外周血游离DNA的检测，并且所述的组合物以非侵入性的方式用于无症状人群的筛查，降低了侵入性检测造成的危害，所述的组合物具有更高的灵敏度和准确度，能够实现实时监测。现实时监测。

【技术实现步骤摘要】
用于肺癌筛查的组合物及其应用


[0001]本专利技术涉及生物
，尤其涉及一种用于肺癌筛查的组合物及其应用。

技术介绍

[0002]肺癌是全球发病率最高、死亡率最高的癌症之一。在我国，肺癌发病率、死亡率也居首位。常规的筛查肺癌的手段除了低剂量螺旋CT(LDCT)，还有一些蛋白标志物，例如：癌胚抗原(CEA)、鳞状细胞癌抗原(SCC)、神经元特异性烯醇化酶(NSE)等。但这些手段在灵敏性和特异性方面各参差不齐。目前，DNA甲基化已被证明具有组织特异性,可用于癌症检测，并可根据循环肿瘤DNA(ctDNA)甲基化特征追踪到肿瘤原发部位。

技术实现思路

[0003]本专利技术的目的在于提供了一种肺癌筛查的组合物，所述组合物包括用于检测HOXD9基因或AC138647.1基因或SPATA18基因或TLX3基因或AC073314.1基因的靶序列甲基化的核酸，所述组合物以非侵入性的方式用于无症状人群的筛查，以及癌症患者的预后检测，降低了侵入性检测造成的危害，并且具有更高的灵敏度和准确度，能够实现实时监测。
[0004]本专利技术具体技术方案如下：
[0005]1.一种用于肺癌筛查的组合物，所述组合物包括用于检测HOXD9基因或AC138647.1基因或SPATA18基因或TLX3基因或AC073314.1基因的靶序列甲基化的核酸。
[0006]2.根据项1所述的组合物，其中，所述HOXD9基因或AC138647.1基因的靶序列的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示；
[0007]所述AC138647.1基因的靶序列的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示；
[0008]所述SPATA18基因的靶序列的核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示；
[0009]所述TLX3基因的靶序列的核苷酸序列如SEQ ID NO:4所示；
[0010]所述AC073314.1基因的靶序列的核苷酸序列如SEQ ID NO:5所示。
[0011]3.根据项1或2所述的组合物，其中，所述用于检测HOXD9基因或AC138647.1基因或SPATA18基因或TLX3基因或AC073314.1基因的靶序列甲基化的核酸包括探针组合物，所述探针组合物用于与所述HOXD9基因或AC138647.1基因或SPATA18基因或TLX3基因或AC073314.1基因的靶序列杂交。
[0012]4.根据项3所述的组合物，其中，所述探针组合物包含高甲基化的第一探针组合物和低甲基化的第二探针组合物，所述第一探针组合物用于与经重亚硫酸盐转化的CG高甲基化的区域杂交，所述第二探针组合物用于与经重亚硫酸盐转化的CG低甲基化的区域杂交。
[0013]5.根据项4所述的组合物，其中，所述第一探针组合物包括n个探针，所述n个探针与经重亚硫酸盐转化的CG高甲基化的区域的正义链和反义链的每个核苷酸杂交。
[0014]6.根据项4所述的组合物，其中，所述第二探针组合物包括m个探针，所述m个探针与经重亚硫酸盐转化的CG低甲基化的区域的正义链和反义链的每个核苷酸杂交。
[0015]7.根据项5或6所述的组合物，其中，n和m均是1
‑
10中的任意整数。
[0016]8.根据项7所述的组合物，其中，第n
‑
1个探针和第n个探针之间有x1个核苷酸重叠，优选的，x1为0
‑
100中的任意整数；
[0017]优选的，第m
‑
1个探针和第m个探针之间有x2个核苷酸重叠，优选的，x2为0
‑
100中的任意整数。
[0018]9.根据项4
‑
8中任一项所述的组合物，其中，用于检测HOXD9基因的靶序列甲基化的第一探针组合物包括如SEQ ID NO:6
‑
7所示的核苷酸序列；
[0019]用于检测AC138647.1基因的靶序列甲基化的第一探针组合物包括如SEQ ID NO:8
‑
9所示的核苷酸序列；
[0020]用于检测SPATA18基因的靶序列甲基化的第一探针组合物包括如SEQ ID NO:10
‑
15所示的核苷酸序列；
[0021]用于检测TLX3基因的靶序列甲基化的第一探针组合物包括如SEQ ID NO:16
‑
17所示的核苷酸序列；
[0022]用于检测AC073314.1基因的靶序列甲基化的第一探针组合物包括如SEQ ID NO:18
‑
19所示的核苷酸序列；
[0023]用于检测HOXD9基因的靶序列甲基化的第二探针组合物包括如SEQ ID NO:20
‑
21所示的核苷酸序列；
[0024]用于检测AC138647.1基因的靶序列甲基化的第二探针组合物包括如SEQ ID NO:22
‑
23所示的核苷酸序列；
[0025]用于检测SPATA18基因的靶序列甲基化的第一探针组合物包括如SEQ ID NO:24
‑
29所示的核苷酸序列；
[0026]用于检测TLX3基因的靶序列甲基化的第二探针组合物包括如SEQ ID NO:30
‑
31所示的核苷酸序列；
[0027]用于检测AC073314.1基因的靶序列甲基化的第二探针组合物包括如SEQ ID NO:32
‑
33所示的核苷酸序列。
[0028]10.根据项1或2所述的组合物，其中，所述用于检测HOXD9基因或AC138647.1基因或SPATA18基因或TLX3基因或AC073314.1基因的靶序列甲基化的核酸包括：
[0029]引物，所述引物为所述HOXD9基因或AC138647.1基因或SPATA18基因或TLX3基因或AC073314.1基因的靶序列中的至少9个核苷酸的片段，所述片段包含至少一个CpG二核苷酸序列。
[0030]11.根据项1
‑
2以及10中任一项所述的组合物，其中，所述用于检测HOXD9基因或AC138647.1基因或SPATA18基因或TLX3基因或AC073314.1基因的靶序列甲基化的核酸包括：
[0031]探针，所述探针为在中等严紧或严紧条件下与所述HOXD9基因或AC138647.1基因或SPATA18基因或TLX3基因或AC073314.1基因的靶序列中的至少15个核苷酸片段杂交，所述片段包含至少一个CpG二核苷酸序列。
[0032]12.根据项1
‑
2以及10
‑
11中任一项所述的组合物，所述组合物还包括将HOXD9基因或AC138647.1基因或SPATA18基因或TLX3基因或AC073314.1基因的靶序列的5位未甲基化胞嘧啶碱基转化为尿嘧啶的试剂。
[0033]13.根据项1
‑
2以及10
‑
12中任一项所述的组合物，其中，所本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于肺癌筛查的组合物，所述组合物包括用于检测HOXD9基因或AC138647.1基因或SPATA18基因或TLX3基因或AC073314.1基因的靶序列甲基化的核酸。2.根据权利要求1所述的组合物，其中，所述HOXD9基因的靶序列的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示；所述AC138647.1基因的靶序列的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示；所述SPATA18基因的靶序列的核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示；所述TLX3基因的靶序列的核苷酸序列如SEQ ID NO:4所示；所述AC073314.1基因的靶序列的核苷酸序列如SEQ ID NO:5所示。3.根据权利要求1或2所述的组合物，其中，所述用于检测HOXD9基因或AC138647.1基因或SPATA18基因或TLX3基因或AC073314.1基因的靶序列甲基化的核酸包括探针组合物，所述探针组合物用于与所述HOXD9基因或AC138647.1基因或SPATA18基因或TLX3基因或AC073314.1基因的靶序列杂交。4.根据权利要求3所述的组合物，其中，所述探针组合物包含高甲基化的第一探针组合物和低甲基化的第二探针组合物，所述第一探针组合物用于与经重亚硫酸盐转化的CG高甲基化的区域杂交，所述第二探针组合物用于与经重亚硫酸盐转化的CG低甲基化的区域杂交。5.根据权利要求4所述的组合物，其中，所述第一探针组合物包括n个探针，所述n个探针与经重亚硫酸盐转化的CG高甲基化的区域的正义链和反义链的每个核苷酸杂交，优选的，述第二探针组合物包括m个探针，所述m个探针与经重亚硫酸盐转化的CG低甲基化的区域的正义链和反义链的每个核苷酸杂交，进一步优选的，n和m均是1
‑
10中的任意整数。6.根据权利要求5所述的组合物，其中，第n
‑
1个探针和第n个探针之间有x1个核苷酸重叠，优选的，x1为0
‑
100中的任意整数；优选的，第m
‑
1个探针和第m个探针之间有x2个核苷酸重叠，优选的，x2为0
‑
100中的任意整数；进一步优选的，用于检测HOXD9基因的靶序列甲基化的第一探针组合物包括如SEQ ID NO:6
‑
7所示的核苷酸序列；用于检测AC138647.1基因的靶序列甲基化的第一探针组合物包括如SEQ ID NO:8
‑
9所示的核苷酸序列；用于检测SPATA18基因的靶序列甲基化的第一探针组合物包括如SEQ ID NO:10
‑
15所示的核苷酸序列；用于检测TLX3基因的靶序列甲基化的第一探针组合物包括如SEQ ID NO:16
‑
17所示的核苷酸序列；用于检测AC073314.1基因的靶序列甲基化的第一探针组合物包括如SEQ ID NO:18

【专利技术属性】
技术研发人员：吴宁宁，杨亚东，李永君，关晋霞，魏闯，连明，
申请(专利权)人：博尔诚北京科技有限公司，
类型：发明
国别省市：