一种用于结直肠癌发病风险预测的SNP位点组合、发病风险预测模型及系统技术方案

本发明专利技术提供了一种结直肠癌发病风险预测模型及系统。本发明专利技术以基于中国人群结直肠癌易感基因筛查结果的研究为基础，构建了包括19个SNP位点分型信息的结直肠癌发病风险预测系统和试剂盒，能够预测提示受检者罹患结直肠癌的风险程度，在不同人群的结直肠癌发病风险预测中性能稳健，重复性好，可靠性高，检测技术便利，提供了为普通风险人群评估发病风险等级的可能性，而且无需做年龄限制、无需考虑性别差异，能够进行大规模人群普查、筛选结直肠癌发病高危人群，实现结直肠癌病风险预测、预警，提高早诊率，可作为中国结直肠癌个体化早期筛查和预防策略的第一步，有利于识别结直肠癌高危个体，具备推荐作为结直肠癌普筛项目的辅助手段之一的前景。段之一的前景。段之一的前景。

【技术实现步骤摘要】
一种用于结直肠癌发病风险预测的SNP位点组合、发病风险预测模型及系统


[0001]本专利技术属于生物医学
更具体地，涉及一种用于结直肠癌发病风险预测的SNP位点组合、结直肠癌发病风险预测模型及系统。

技术介绍

[0002]结直肠癌的全球发病率位居恶性肿瘤的第3位，死亡率高居第2位。随着社会经济的发展和饮食结构的调整，中国已成为全球肠癌的高发病地区。结直肠癌具有明显的遗传异质性、表型复杂性、种族差异性等特征。遗传因素可从根本上促进结直肠癌的发生。遗传性结直肠癌约占总体肠癌的5％，该部分结直肠癌主要由APC和DNA错配修复基因(MSH2、MSH6、MLH1、PMS2)罕见的胚系突变导致。其余结直肠癌的遗传性风险可能是常见遗传变异累积效应的结果。
[0003]癌症预防大于治疗，针对肿瘤的一级预防，如遗传易感基因突变筛查、罹患风险评估以及预防性干预等在乳腺癌和卵巢癌的防控中已显实效，已被欧美部分发达国家批准并推荐成为最有效地提高相关肿瘤患者生存率和降低死亡率的群防措施。
[0004]进行结直肠癌人群普筛，能够筛选结直肠癌高危人群，提高结直肠癌早诊率，是提高结直肠癌预防和治疗效果的关键性策略之一。我国结直肠癌的防控工作在过去几十年中有了一定的改善，但与欧美发达国家相比仍差距明显。目前临床上提高结直肠癌的早期诊断率主要依靠个人健康意识提高，自愿体检发现。如能开发新型筛查手段通过结直肠癌发病风险预测识别高风险发病人群，则可以指导结直肠癌高危人群的个体化健康管理及肿瘤预防，实现肿瘤早期筛查。
[0005]我国已经开展了个别省市结直肠癌试点筛查，目前我国结直肠癌大规模社区筛查首先以问卷初筛高危人群，进而对高危人群进行肠镜精筛。由于我国人口众多，直接采用肠镜检查进行人群普查需要消耗大量的人力、物力、财力，且肠镜有一定的并发症风险。而且现有的筛查项目均未纳入结直肠癌遗传易感基因评估。而遗传因素在肿瘤发生过程中的作用不容忽视。在一些常见恶性肿瘤中，已有研究通过检测个体携带易感基因的情况对其发病风险进行预测，并取得一定实效。例如，在规范的筛查和预防下，欧美发达国家的乳腺癌发病率正在稳步下降，其初诊的中晚期乳腺癌患者降为9％左右。我国结直肠癌不仅发病率呈上升趋势，而且大部分患者在确诊时已为中晚期，失去了最佳的治疗机会。因此，在我国结直肠癌的防治工作中进行结直肠癌发病风险评估具有积极和重要的意义，对人群特别是患癌家族中的高发病风险个体进行个体化预防和干预可能是一项有效、可行的防癌策略。
[0006]在中国，尚没有可行的结直肠癌普通人群发病风险遗传预测模型，其在人群中的筛查作用仍不明确。

技术实现思路

[0007]本专利技术要解决的技术问题是克服现有结直肠癌筛查和发病风险预测技术的缺陷，
开发了一种对我国一般风险人群进行不同风险分层的新手段，用以识别高危人群后再进行肠癌精筛。
[0008]本专利技术的目的是提供一种用于结直肠癌发病风险预测的SNP位点组合。
[0009]本专利技术另一目的是提供一种结直肠癌发病风险预测系统(模型)。
[0010]本专利技术另一目的是提供一种结直肠癌发病风险预测试剂盒。
[0011]本专利技术上述目的通过以下技术方案实现：
[0012]本专利技术对现有的结直肠癌全基因组关联研究(Genome wide association study,GWAs)所鉴定的75个常见基因变异行了外部验证研究，使用LASSO(least absolute shrinkage and selection operator，LASSO)统计方法，综合分析，构建了含19个变异位点的结直肠癌风险预测模型。
[0013]即本专利技术提供了一种用于结直肠癌发病风险预测的SNP位点组合，包括rs10411210、rs10774214、rs10795668、rs10936599、rs11903757、rs12603526、rs12953717、rs1321311、rs16969681、rs1801133、rs2423279、rs3802842、rs4813802、rs6061231、rs6469656、rs647161、rs6983267、rs704017、rs7315438。
[0014]所述SNP位点组合在构建结直肠癌发病风险预测模型或系统中的应用，以及在制备结直肠癌发病风险预测试剂盒中的应用，也应当在本专利技术保护范围之内。
[0015]基于此，本申请先提供一种基于上述含19个变异位点的结直肠癌发病风险预测模型，利用获取的待测样本中上述SNP位点组合基因型数据，通过如下的计算公式来预测，计算公式为：Score＝exp(β0+β1
×
SNP1+β2
×
SNP2+
……
+β19
×
SNP19)，其中β0＝
‑
0.396；exp取自然指数；SNP1、SNP2
……
SNP19，依据表4中各个SNP相应的基因型得分进行相应赋值；β1、β2
……
β19，各β值的具体数值依据表4中的系数列。
[0016]再基于此提供的一种结直肠癌发病风险预测系统包括：
[0017](1)数据采集模块：用于采集待预测样本的SNP基因型数据，所述SNP为上述的SNP位点组合；
[0018](2)评分计算模块：用于分析(1)的数据，纳入评分系统(即发病风险预测模型中)进行风险评分，
[0019](3)风险对比模块：用于风险评分纳入风险分层标准，给出风险判断结果，
[0020](4)风险结果显示模块：用于显示风险判断结果。
[0021]其中，步骤(2)的具体方法为：将步骤(1)的数据，纳入评分系统的计算公式中进行发病风险得分计算；所述计算公式为：Score＝exp(β0+β1
×
SNP1+β2
×
SNP2+
……
+β19
×
SNP19)，其中β0＝
‑
0.396；exp取自然指数；SNP1、SNP2
……
SNP19，依据表4中各个SNP相应的基因型得分进行相应赋值；β1、β2
……
β19，各β值的具体数值依据表4中的系数列。
[0022]步骤(3)所述的风险分层标准为：当Score>1.6，判断为高风险人群，即相对风险为普通人群的3倍或更高；当0.9＜Score≤1.6，判断为中风险人群，即相对风险在1.5～3倍；当Score≤0.9，判断为低风险人群，即相对风险在1.5倍以内。
[0023]示例：患者甲，SNP检测结果为：rs10936599:TC；rs6061231:CA；rs10774214:CC；rs10795668GA；rs11903757:TC；rs12603526:TC；rs1321311:GG；rs2423279:TC；rs3802842:CA；rs4813802:TT；rs646965本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于结直肠癌发病风险预测的SNP位点组合，其特征在于，包括rs10411210、rs10774214、rs10795668、rs10936599、rs11903757、rs12603526、rs12953717、rs1321311、rs16969681、rs1801133、rs2423279、rs3802842、rs4813802、rs6061231、rs6469656、rs647161、rs6983267、rs704017、rs7315438。2.权利要求1所述SNP位点组合在构建结直肠癌发病风险预测模型或系统中的应用。3.权利要求1所述SNP位点组合在制备结直肠癌发病风险预测试剂盒中的应用。4.一种结直肠癌发病风险预测模型，其特征在于，利用获取的待测样本中权利要求1所述SNP位点组合基因型数据，通过如下的计算公式来预测，计算公式为：Score＝exp(β0+β1
×
SNP1+β2
×
SNP2+
……
+β19
×
SNP19)，其中β0＝
‑
0.396；exp取自然指数；SNP1、SNP2
……
SNP19，依据表4中各个SNP相应的基因型得分进行相应赋值；β1、β2
……
β19，各β值的具体数值依据表4中的系数列。5.一种结直肠癌发病风险预测系统，其特征在于，包括：(1)数据采集模块：用于采集待预测样本的SNP基因型数据，所述SNP为权利要求1中所述的SNP位点组合；(2)评分计算模块：用于分析(1)的数据，纳入评分系统进行风险评分，(3)风险对比模块：用于风险评分纳入风险分层标准，给...

【专利技术属性】
技术研发人员：徐瑞华，何彩云，陈乐宗，
申请(专利权)人：中山大学肿瘤防治中心中山大学附属肿瘤医院，中山大学肿瘤研究所，
类型：发明
国别省市：