一种与鸭产蛋性状相关的分子标记组合、获得方法及应用技术

本发明专利技术提供一种与鸭产蛋性状相关的分子标记组合、获得方法及应用，涉及水禽分子生物技术领域。从母鸭基因组中扩增Z号性染色体，测序获得一种作为金定鸭产蛋性状相关的纯和的分子标记组合，该分子组合涉及三段产蛋性状相关的基因片段，其核苷酸序列分别如序列表SEQ ID NO.1，SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示，分子标记为SEQ ID NO.1的第81bp处发生A81G的碱基突变，SEQ ID NO.2的第80bp处发生G80A的碱基突变，SEQ ID NO.3的第127bp处发生A127G的碱基突变。通过该分子标记组合能够为金定鸭产蛋性能的早期选育提供一种快速、简便、价格低廉的基因分析方法，有利于筛选出产蛋性能相对较好的金定鸭个体，指导金定鸭产蛋性能早期分子标记辅助选育。标记辅助选育。

【技术实现步骤摘要】
一种与鸭产蛋性状相关的分子标记组合、获得方法及应用


[0001]本专利技术涉及水禽分子生物
，具体为一种与鸭产蛋性状相关的分子标记组合、获取方法及其应用。

技术介绍

[0002]维甲酸相关孤核受体ROR，是核受体大家族的亚家族之一，由RORa、RORb、RORc三大亚型构成，ROR在哺乳动物的发育、免疫、生物节律、细胞代谢等方面均起到了关键作用，其中对生物节律的调节起作用的主要是RORb，已有研究表明，RORb
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/
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雄性小鼠表现出生育能力的延迟[Andre等人，1998]，Wang(2015)等人在蓝白光鸽子的卵巢转录组测序中发现RORb差异表达，Chen(2021)等人在高低产的母鸡卵泡中筛选到RORb差异表达基因，从而推测RORb与产蛋性能可能相关，有关鸭RORb基因位点多态性与鸭产蛋性能的相关性尚未见报道。
[0003]芳基硫酸酯酶B(ARSB)是一种溶酶体酶，又称N
‑
乙酰半乳糖胺
‑4‑
硫酸酯酶，在人类中，多项研究表明，这种酶活性的缺乏会导致未降解底物的积累和溶酶体储存障碍，即Maroteaux
‑
Lamy病(粘多糖病VI型)，尚未见其在家禽中的相关研究报道。
[0004]金定鸭，又称绿头鸭、华南鸭，是中国福建省的一个蛋鸭品种，被列入《中国家禽品种志》和国家级畜禽遗传资源保护名录，金定鸭属麻鸭，体格大、耐粗饲、产蛋多、蛋大、蛋壳为青色，金定鸭适宜滩涂地区放牧，产蛋量高，年产蛋260至300枚，平均蛋重72g，通过对鸭种进行持续优化选择，培育出符合市场需求的产蛋高，蛋重大的优良品系已成为现今畜禽育种专家的目标之一。
[0005]本专利技术将鸭RORb和ARSB基因作为金定鸭早期产蛋性状的候选基因，提供了鸭RORb基因内含子1，ARSB内含子1和外显子8的三个SNP位点作为金定鸭早期产蛋性能的分子标记组合，并公开了应用方法。

技术实现思路

[0006](一)解决的技术问题
[0007]针对现有技术的不足，本专利技术提供了一种中国地方鸭金定鸭早期产蛋性状相关基因的分子标记组合，另外，本专利技术还公开了该分子标记的获取方法和应用。
[0008](二)技术方案
[0009]为实现以上目的，本专利技术通过以下技术方案予以实现：一种中国地方鸭金定鸭早期产蛋性状相关基因的分子标记组合，另外，本专利技术还公开了该分子标记的获取方法和应用。
[0010]本专利技术公开了一种中国地方鸭金定鸭早期产蛋性状相关基因的分子标记组合，选择RORb基因内含子1第50630位核苷酸A
→
G的突变点，基因ARSB的内含子1的第2330位核苷酸G
→
A突变和外显子8的第65882bp位核苷酸A
→
G的突变点作为分子标记组合，所述分子标记组合的核苷酸序列为SEQ ID NO.1，SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示，在SEQ ID NO.1的
第81bp处发生A81G的碱基突变，SEQ ID NO.2的第80bp处发生G80A的碱基突变，SEQ ID NO.3的第127bp处发生A127G的碱基突变。
[0011]本专利技术还公开了一种利用以上所述金定鸭早期产蛋性状相关基因的分子标记组合进行快速选育方法，检测RORb和ARSB基因的SNP位点，即SEQ ID NO.1的第81bp是否发生A81G的碱基突变，SEQ ID NO.2的第80bp处是否发生G80A的碱基突变，SEQ ID NO.3的第127bp处是否发生A127G的碱基突变作为选育条件。
[0012]优选的，检测RORb和ARSB基因的SNP位点，即SEQ ID NO.1的第81bp是否发生A81G的碱基突变，SEQ ID NO.2的第80bp处是否发生G80A的碱基突变，SEQ ID NO.3的第127bp处是否发生A127G的碱基突变所采用的步骤包括：
[0013]1)样本基因组DNA提取；
[0014]2)样本质量检测；
[0015]3)多重PCR；
[0016]4)二代测序的方法对扩增子进行高通量测序；
[0017]5)测序结果使用生物信息学方法，区分不同的样本，最终获得每个位点的突变信息。
[0018]优选的，利用RORb和ARSB基因的分子标记组合进行快速选育方法中所用的样本为鸭的血液样本，其提取采用天跟生化科技(北京)有限公司血液基因组DNA提取系统(0.1
‑
20mL)(天跟生物，DP349)。
[0019]优选的，采用琼脂糖凝胶电泳和生物风光光度计检测样本质量，琼脂糖凝胶电泳检测有目的条带，拖带不明显，生物风光光度计检测DNA浓度在20ng/μL,OD260/280和OD260/230在1.8
‑
2.0之间的判定为合格样本。
[0020]优选的，该方法所用的PCR扩增引物组合为：
[0021]上游引物序列1：5
’‑
ttgatatgacactacaacagttcc
‑3’
，(SEQ ID NO.4)
[0022]下游引物序列1：5
’‑
ctggtttttctccctcttaaatt
‑3’
，(SEQ ID NO.5)
[0023]上游引物序列2：5
’‑
agagtactgcaaaaatagctttcc
‑3’
,(SEQ ID NO.6)
[0024]下游引物序列2：5
’‑
aaaagcctaacaggtaacaactac
‑3’
,(SEQ ID NO.7)
[0025]上游引物序列3：5
’‑
ttcgtgatcctgaagagaaaaatg
‑3’
,(SEQ ID NO.8)
[0026]上游引物序列3:5
’‑
tacataaaatgaactctgctgcag
‑3’
。(SEQ ID NO.9)
[0027]优选的，该方法需进行多重PCR扩增。
[0028]其中，第一轮PCR配置方法为，三对引物工作液配制PCR mix，分装于每个个体相对应的96孔板中，取样本板充分解冻、震荡，1000rpm离心1s后进行加样，加样时每板预留2个孔，分别加入阳性及阴性对照，一轮扩增体系为Primer(50mM)2μL，dNTP(2.5mM)0.8μL，Taq酶(5U/μL)0.1μL，10X buffer1μL，基因组DNA(20ng/μL)2μL，Mg
2+
(100mM)1μL，石蜡油10μL，ddH2O 3.2μL，共计20μL，第一轮PCR反应条件如下：
①
95℃15min，1cycle；
②
94℃30s，60℃10min，4cycles；
③...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种与鸭产蛋性状相关的分子标记组合，分别位于鸭Z号染色体40062944，24633879及24697431bp位，对应基因RORb的内含子1的第50630位核苷酸A
→
G的突变，基因ARSB的内含子1的第2330位核苷酸G
→
A突变和外显子8的第65882bp位核苷酸A
→
G的突变,作为金定鸭早期产蛋性状相关分子标记的应用，其特征在于，所述分子标记的核苷酸序列为SEQ ID NO.1，SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示，在SEQ ID NO.1的第81bp处发生A81G的碱基突变，SEQ ID NO.2的第80bp处发生G80A的碱基突变，SEQ ID NO.3的第127bp处发生A127G的碱基突变。2.根据权利要求1所述RORb，ARSB基因的分子标记组合进行金定鸭产蛋性能早期快速选育方法，其特征在于，检测RORb和ARSB基因的SNP位点，即SEQ ID NO.1的第81bp是否发生A81G的碱基突变,SEQ ID NO.2的第80bp处是否发生G80A的碱基突变，SEQ ID NO.3的第127bp处是否发生A127G的碱基突变作为选育条件。3.根据权利要求2所述的利用RORb和ARSB基因的分子标记组合进行金定鸭产蛋性能早期快速选育方法，其特征在于，检测RORb和ARSB基因的SNP位点，即SEQ ID NO.1的第81bp是否发生A81G的碱基突变,SEQ ID NO.2的第80bp处是否发生G80A的碱基突变，SEQ ID NO.3的第127bp处是否发生A127G的碱基突变所采用的步骤包括：1)样本基因组DNA提取；2)样本质量检测；3)多重PCR；4)二代测序的方法对扩增子进行高通量测序；5)对测序结果使用生物信息学方法，区分不同的样本，最终获得每个位点的突变信息。4.根据权利要求3所述的利用RORb和ARSB基因的分子标记组合进行快速选育方法，其特征在于，该方法所用的样本为鸭的血液样本，对二轮扩增获得的产物进行混样，对混样后的文库进行纯化，对纯化产物精确定量并稀释至测序所需浓度(10ng/μL)，高通量测序由上海翼和生物有限公司采用Illumina X
‑
10测序平台测序完成，采用生物信息学的方法，对三个突变位点的信息进行分类汇总，获得每个样本每个突变位点的信息。5.根据权利要求4所述的利用RORb和ARSB基因的分子标记组合进行快速选育方法，所用的鸭血样样本的基因组DNA提取，其提取采用天跟生化科技(北京)有限公司血液基因组DNA提取系统(0.1
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20mL)(天根生物，DP349)。6.根据权利要求3所述的利用RORb和ARSB基因的分子标记组合进行快速选育方法，其特征在于，采用琼脂糖凝胶电泳和生物风光光度计检测样本质量，琼脂糖凝胶电泳检测有目的条带，拖带不明显，生物风光光度计检测DNA浓度在20ng/μL,OD260/280和OD260/230在1.8
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2.0之间的判定为合格样本。7.根据权利要求3所述的利用RORb和ARSB基因的分子标记组合进行快速选育方法，其特征在于，该方法所用的PCR扩增引物组合为：上游引物序列1：5
’‑

【专利技术属性】
技术研发人员：陶志云，李慧芳，章双杰，徐文娟，宋卫涛，朱春红，刘宏祥，王志成，
申请(专利权)人：江苏省家禽科学研究所，
类型：发明
国别省市：