一种鉴定猪攻击性强弱的分子标记及检测方法和应用技术

本发明专利技术公开了一种鉴定猪攻击性强弱的分子标记及检测方法和应用。本发明专利技术首次发现与猪的攻击行为发生显著关联的SNP，位于猪基因组Sscrofa11.1版本参考序列第8号染色体的第133243042bp处多态性为G/A的SNP。本发明专利技术提供的与猪的攻击行为发生显著关联的SNP可作为分子标记用于检测猪的攻击性强弱，选育攻击性相对较低的猪群体，对于提高猪肉品质和改善动物福利具有重要的指导意义。本发明专利技术操作简单，仅需获得个体耳样或血样基因组便可自动化上机检测，获得个体的基因型，从而分析该个体的攻击性，费用低，精确性高，省时省力，适于推广应用。用。用。

【技术实现步骤摘要】
一种鉴定猪攻击性强弱的分子标记及检测方法和应用


[0001]本专利技术涉及分子生物学及生物分析应用领域，具体涉及一种鉴定猪攻击性强弱的分子标记及检测方法和应用。

技术介绍

[0002]猪混群后的攻击行为会导致体表损伤、生长速度减慢、肉质变差以及由攻击应激引起短暂免疫力降低等问题，影响养猪业的健康发展，同时也是一项重要的动物福利问题。近年来人们已经认识到在猪育种中加强对猪攻击行为性状选择的必要性，但目前针对猪攻击行为的研究多数停留在识别判断、营养调控、生理生化标记物等，而对于猪攻击行为遗传机制的解析报道较少。
[0003]随着分子生物学技术和数量遗传学的发展，分子遗传标记和标记辅助选择被广泛地应用于畜禽遗传育种中，并在提高动物生产性能等方面取得了显著的效果。Sanger测序法主要是对短基因片段(有效长度一般800bp)进行SNP鉴定，通过直接测序方法进行SNP检测的检出率及准确度接近100％，是测序的金标准。Sanger测序法检测SNPs的原理是针对可能存在SNPs的基因组片段设计特异性引物，进行PCR扩增，根据测序结果结合原始序列找到SNPs并确定碱基替换类型。开发高效的用于检测猪攻击性强弱的SNP分子标记对于猪攻击行为发生的检测和选育出低攻击性的猪具有重要意义。然而，目前尚缺乏能够直接用于检测猪攻击性强弱的SNP分子标记。

技术实现思路

[0004]为解决现有技术中存在的问题，本专利技术的目的是提供一种准确性高、方便快捷、价格低廉，适合推广应用的检测猪攻击性强弱的方法。
[0005]为实现上述目的，本专利技术通过对大量的具有攻击行为表型的猪的包括5
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羟色胺通路、多巴胺通路、轴突引导通路等多个信号通路内的基因及其上下游序列进行分析，发现了与猪攻击行为相关的1个SNPs，这个SNPs位于猪基因组Sscrofa11.1版本参考序列第8号染色体的第133243042bp处(rs335052970)，具有G/A多态性。ARHGAP24 rs335052970基因型为AA的猪的攻击性较强，基因型为GG的猪的攻击性较弱。该SNP均位于ARHGAP24基因的5
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侧翼区，该SNP的突变可能通过调控ARHGAP24基因的表达或改变mRNA的结构等，使得猪的攻击行为异常。
[0006]具体地，本专利技术的技术方案如下：
[0007]一种开发鉴定猪攻击性强弱的分子标记的方法，以含有猪基因组Sscrofa11.1版本第8号染色体的第133243042bp处rs335052970核苷酸位点的核苷酸序列为基础序列，设计引物对，以猪基因组DNA为模板进行PCR扩增，使猪基因组Sscrofa11.1版本猪第8号染色体的第133243042bp处rs335052970核苷酸位点转化为分子标记。
[0008]作为本专利技术的一种优选，所述的引物对序列为上游引物：SEQ ID NO：2，下游引物：SEQ ID NO：3。
[0009]按照本专利技术所述的方法得到的分子标记。
[0010]作为本专利技术的一种优选，所述的分子标记序列如SEQ ID NO：1所示，所述的猪基因组Sscrofa11.1版本第8号染色体的第133243042bp处rs335052970核苷酸位点在SEQ ID NO：1中位于第293位，存在G/A多态性。ARHGAP24rs335052970基因型为AA的猪的攻击性较强，基因型为GG的猪的攻击性较弱。
[0011]一种鉴定猪攻击性强弱的SNP标记引物对，上游引物为：SEQ ID NO：2，下游引物为：SEQ ID NO：3。
[0012]本专利技术所述的分子标记、本专利技术所述的引物对在鉴定猪攻击性强弱中的应用。
[0013]本专利技术所述的引物对在制备鉴定猪攻击性强弱的试剂中的应用。
[0014]一种用于检测猪攻击性强弱的试剂盒，包含本专利技术所述的引物对。
[0015]所述试剂盒还包括PCR反应缓冲液、Mg2+、dNTPs、DNA聚合酶、阳性对照模板中的一种或多种。
[0016]本专利技术所述的分子标记、本专利技术所述的引物对或包含所述特异性引物的试剂盒在提高动物福利或猪遗传育种中的应用。
[0017]一种鉴定猪攻击性强弱的方法，包括检测待测猪基因组Sscrofa11.1版本第8号染色体的第133243042bp处rs335052970核苷酸位点的基因型，通过基因型判定确定猪只猪攻击性强弱，其中基因型为AA的猪的攻击性较强，基因型为GG的猪的攻击性较弱。
[0018]上述检测PCR扩增产物的SNP基因型可以采用本研究领域任意常规的方法，包括但不限于SNaPshot法、HRM法、Mass Array法、TaqMan探针法等。
[0019]本专利技术的有益效果在于：
[0020](1)本专利技术首次发现与猪攻击行为发生显著关联的SNP，该SNP可作为分子标记用于预测猪的攻击性强弱，准确性较高。
[0021](2)利用本专利技术提供的SNP分子标记进行猪攻击性强弱的预测，具有简单快捷、成本低廉、不受猪的日龄和性别限制等优点，可用于强攻击性猪的早期发现和具有优良性状的猪的早期选育，极大地减少了育种工作量，加快了育种进程，提高了育种效率，降低了育种成本；对于减少猪的攻击性，提高猪的生产性能，降低猪的养殖成本(减少了因攻击应激所产生的生长速度减慢、饲料报酬率低带来的饲料成本以及因攻击应激引起免疫力降低所产生的药物防治成本)和增加养殖收益(减少攻击应激引起的肉质变差，以及体表损伤带来的猪肉外表不美观，提升了猪肉品质和消费者满意度)具有重要的指导意义，适于推广应用。
附图说明
[0022]图1为本专利技术实施例1中ARHGAP24基因rs335052970的正向测序图，箭头所示为SNPs位点；
[0023]图2为本专利技术实施例1中SNP在ARHGAP24基因结构的位置示意图；
[0024]图3是本专利技术实施例2中断奶仔猪混群后2、24、48和72小时ARHGAP24基因rs335052970位点SNP不同基因型的攻击行为的差异，其中，*代表P<0.05。
具体实施方式
[0025]下面将结合实施例对本专利技术进行详细说明。需要理解的是以下实施例的给出仅是为了起到说明的目的，并不是用于对本专利技术的范围进行限制。本领域的技术人员在不背离本专利技术的宗旨和精神的情况下，可以对本专利技术进行各种修改和替换。
[0026]下述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明，均为常规方法。
[0027]下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。
[0028]实施例1与猪攻击行为发生相关的分子遗传标记的筛选。
[0029]为了检测与攻击行为发生相关的基因突变，随机选择攻击行为较强和攻击行为较弱的猪进行DNA测序，对5
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羟色胺通路、多巴胺通路、轴突引导通路等多个通路内的基因及其上下游序列进行分析，具体方法如下：
[0030]1、采集耳样：...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种开发鉴定猪攻击性强弱的分子标记的方法，其特征在于以含有猪基因组Sscrofa11.1版本第8号染色体的第133243042bp处rs335052970核苷酸位点的核苷酸序列为基础序列，设计引物对，以猪基因组DNA为模板进行PCR扩增，使猪基因组Sscrofa11.1版本猪第8号染色体的第133243042bp处rs335052970核苷酸位点转化为分子标记。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于所述的引物对序列为上游引物：SEQ ID NO：2，下游引物：SEQ ID NO：3。3.按照权利要求1或2所述的方法得到的分子标记。4.根据权利要求3所述分子标记，其特征在于所述的分子标记序列如SEQ ID NO：1所示，所述的猪基因组Sscrofa11.1版本第8号染色体的第133243042bp处rs335052970核苷酸位点在SEQ ID NO：1中位于第29...

【专利技术属性】
技术研发人员：周波，徐庆磊，
申请(专利权)人：南京农业大学，
类型：发明
国别省市：