一种用于选择高抗腹泻能力仔猪的SNP、检测方法及其应用，它涉及动物育种领域，本发明专利技术通过筛选出与长白猪和民猪哺乳仔猪腹泻抗性或易感性相关的基因标记，选择STAT3作为仔猪腹泻抗病育种候选基因，通过寻找猪STAT3基因启动子区域的遗传变异，提供分子标记及其检测方法，并应用于猪育种，建立猪分子标记辅助育种方法，为猪抗腹泻新品系的选育提供基因标记和技术方法。所述的SNP位点位于猪STAT3基因启动子区域的rs327720240，其多态性为A/G。它是在鉴定哺乳仔猪腹泻抗性或易感性中的应用。所述的分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示。本发明专利技术应用于育种领域。本发明专利技术应用于育种领域。本发明专利技术应用于育种领域。
【技术实现步骤摘要】
一种用于选择高抗腹泻能力仔猪的SNP、检测方法及其应用
[0001]本专利技术涉及动物育种领域，具体涉及一种用于选择高抗腹泻能力仔猪的SNP、检测方法及其应用。
技术介绍
[0002]仔猪腹泻给养猪生产造成了巨大的经济损失，尽管使用药物治疗和疫苗接种发挥了重要的防治作用，但腹泻病毒的交叉感染、病原菌的变异以及环境的变化大大提高了疫苗的研发难度，并且抗生素的大量使用也导致细菌的耐药性增强，同时还引起药物残留、食品安全等问题。因此，从长远来看，从遗传上提高猪群对病原的抵抗力，才能从源头解决仔猪腹泻对养猪业的困扰。
[0003]信号转导和转录激活子3(Signal transducer and activator of transcription 3，STAT3)最初是在小鼠的肝脏中作为白介素6(interleukin 6)的一种急性期反应因子被发现，它能选择性地结合到目的基因启动子序列上，进而发挥作用。STAT3可以被多种细胞因子以及生长因子激活，在各种因子与受体的相互作用之间充当一个载体，从而在细胞内传递信息。STAT3能调控相关基因的转录，参与细胞的增殖、凋亡、迁移、分化以及胚胎发育等。
[0004]近年来，很多研究报道STAT3在病毒的感染过程中发挥着重要的作用。Sen等研究研究表明在丙型肝炎病毒(Hepatitis C virus，HCV)的感染过程中，STAT3会发生磷酸化，促进HCV的感染。Jiang等的研究显示，博落回提取物可以通过抑制JAK2/STAT3通路，进而抑制轮状病毒(Rotavirus)的感染。Li等报道了IL
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11可通过激活IL
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11/STAT3信号通路来阻止猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus，PEDV)介导的细胞凋亡，从而抑制病毒感染。Xue等的研究表明猪IL
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22可通过激活STAT3磷酸化，进而抑制PEDV、猪传染性胃肠炎病毒(Transmissible gastroenteritis virus，TGEV)和猪轮状病毒(Porcine rotavirus，PoRV)在IPEC
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J2细胞的复制，降低ETEC K88对IPEC
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J2的黏附。杨丽君等的研究也表明抑制STAT3基因的内源性表达可增加抗病毒基因黏病毒抗性蛋白A(myxovirus resistance protein A，MxA)，干扰素刺激基因15(Interferon stimulated genes 15，ISG15)，IFN
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α，IFN
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β及IFN
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λ的表达，进而抑制PEDV复制。
技术实现思路
[0005]本专利技术通过筛选出与长白猪和民猪哺乳仔猪腹泻抗性(或易感性)相关的基因标记，选择STAT3作为仔猪腹泻抗病育种候选基因，通过寻找猪STAT3基因启动子区域的遗传变异，提供与哺乳仔猪腹泻抗性(或易感性)相关的分子标记及其检测方法，并应用于猪育种，建立猪分子标记辅助育种方法，为猪抗腹泻新品系的选育提供基因标记和技术方法。
[0006]本专利技术的一种与哺乳仔猪腹泻抗性或易感性相关的SNP位点，所述的SNP rs327720240位点位于猪STAT3基因启动子区域的rs327720240，其多态性为A/G。
[0007]STAT3基因5
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启动子区的完整片段的获取方法，具体步骤如下：
[0008](1)获得待检测猪的基因组DNA；
[0009](2)以上述猪基因组DNA为模板，采用如下引物对进行扩增，获得含有SNP(NC_010454.4:rs327720240)位点的STAT3基因的5
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启动子区域；
[0010]STAT3F0：AGGCACGCAATTTCAAGTA；
[0011]STAT3R0：ACAATCCAGTAAACGCAAGG。
[0012](3)对扩增得到的PCR产物经胶回收纯化后送生工生物工程(上海)股份有限公司测序。
[0013]进一步地，所述的rs327720240位于NC_010454.4。所述的“NC_010454.4”指STAT3基因所在的12号染色体上全部基因组的序列的编号，包含STAT3基因启动子区域。
[0014]本专利技术的一种与哺乳仔猪腹泻抗性或易感性相关的SNP位点在鉴定哺乳仔猪腹泻抗性或易感性中的应用。
[0015]进一步地，所述的仔猪为长白猪仔猪和民猪仔猪。
[0016]本专利技术的一种与哺乳仔猪腹泻抗性或易感性相关的分子标记，其特征在于所述的分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，该序列的第265位多态性为A/G。
[0017]本专利技术的一种检测分子标记的引物对，所述的引物对序列如下：
[0018]STAT3F1：GAAACTGAGGTTCAAAGCAGCC；
[0019]STAT3R1：CGTGGGGGTGAGTTAGGAGC。
[0020]本专利技术的分子标记的应用，所述的分子标记是在猪育种中的应用。
[0021]所述的猪育种为猪的早期选种。
[0022]进一步地，所述的分子标记在猪育种中的应用是淘汰AA型个体以提高哺乳仔猪的抗腹泻能力。
[0023]进一步地，所述的仔猪为长白猪仔猪和民猪仔猪。
[0024]进一步地，包括以下步骤：
[0025](1)获得待检测猪的基因组DNA；
[0026](2)以上述猪基因组DNA为模板，采用如下引物对进行扩增，获得含有SNP
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rs327720240位点的STAT3基因的片段；
[0027]STAT3F1：GAAACTGAGGTTCAAAGCAGCC；
[0028]STAT3R1：CGTGGGGGTGAGTTAGGAGC；
[0029](3)对扩增得到的PCR产物经Msp I酶切后聚丙烯酰胺凝胶电泳检测后出现三种带型，分别对于三种基因型：其中出现的一种条带的PCR产物，记为AA基因型，即为A的个体；出现两条带的PCR产物，记为GG基因型，即为G的个体；酶切为三条带的PCR产物，记为AG基因型，即为杂合个体；
[0030](4)筛选STAT3基因的5
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启动子区域内SNP位点为G的个体；
[0031](5)对筛选出的目标猪进行育种，即完成所述的提高猪抗腹泻能力的STAT3分子标记辅助选择。
[0032]所述的AA基因型电泳条带大小为158bp，AA基因型不被Msp I酶识别；
[0033]GG基因型电泳条带大小分别为137bp和21bp，GG基因型能被Msp I酶识别；
[0034]AG基因型电泳条带大小分别为158、137bp和21bp，AG基因型能被Msp I酶识别。
[0035]所述的聚丙烯酰胺凝胶电泳检测是通过8％的聚丙烯酰胺凝胶电泳对本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.一种与哺乳仔猪腹泻抗性或易感性相关的SNP位点，其特征在于所述的SNP位点位于猪STAT3基因启动子区域的rs327720240，其多态性为A/G。2.根据权利要求1所述的一种与哺乳仔猪腹泻抗性或易感性相关的SNP位点，其特征在于所述的rs327720240位于NC_010454.4。3.如权利要求1所述的一种与哺乳仔猪腹泻抗性或易感性相关的SNP位点在鉴定哺乳仔猪腹泻抗性或易感性中的应用。4.根据权利要求3所述的一种与哺乳仔猪腹泻抗性或易感性相关的SNP位点的应用，其特征在于所述的仔猪为长白猪仔猪和民猪仔猪。5.一种与哺乳仔猪腹泻抗性或易感性相关的分子标记，其特征在于所述的分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，该序列的第265位多态性为A/G。6.一种检测如权利要求5所述的分子标记的引物对，其特征在于所述的引物对序列如下：STAT3F1：GAAACTGAGGTTCAAAGCAGCC；STAT3R1：CGTGGGGGTGAGTTAGGAGC。7.如权利要求5所述的分子标记的应用，其特征在于所述的分子标记是在猪...
【专利技术属性】
技术研发人员：牛步月，杨秀芹，陈志华，王希彪，狄生伟，
申请(专利权)人：东北农业大学，
类型：发明
国别省市：
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