捕获和分析靶基因组区域制造技术

本公开内容涉及用于捕获靶基因组区域的材料和方法，包括使用内切酶在具有最少约10至约30个核苷酸的特定识别位点处裂解靶基因组区域，并通过与桥接寡核苷酸杂交来捕获靶基因组区域。本公开还涉及分析捕获的靶基因组区域。用于裂解的内切酶可以是特异性结合识别位点以引导裂解的可编程内切酶。可以优选地通过聚合酶链反应或滚环扩增来扩增捕获的靶基因组区域，并进行检测或测序。此外，本发明专利技术涉及用于实施本发明专利技术方法的试剂盒，其包含一种或多种设计用于裂解一个或多个靶基因组区域的内切酶和设计用于捕获一个或多个靶基因组区域的桥接寡。所述试剂盒可以针对特定的靶基因组区域进行定制。域进行定制。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】捕获和分析靶基因组区域
[0001]相关申请的交叉引用
[0002]本申请要求于2019年5月13日提交的美国临时申请序列号62/846,988的权益，其公开内容在此通过引用整体并入，包括所有图、表和氨基酸或核酸序列。
[0003]本申请的序列表标记为“Seq
‑
List.txt”，创建于2020年5月11日，大小为3KB。序列表的全部内容通过引用整体并入本文。

技术介绍

[0004]捕获和分析，例如靶基因组区域的测序，在从农艺学、分类学到医学的不同生物
中极为重要。例如，对基因组中的目标区域进行测序在精准和个性化医学中很重要，在这种情况下，了解基因组特定区域的基因多态性可以与有关受试者健康的表型信息相关联，这反过来又可以决定治疗方案。此外，对基因组的目标区域进行测序在用于改善植物所需性状的农艺应用(例如种子和食物生产)中也很重要。
[0005]存在多种分析靶基因组DNA或RNA序列的方法。例如，测序前的靶向扩增很常见，并且有多种方法可用于分离和/或扩增基因组的目标区域。作为一个共同主题，本领域已知的方法利用聚合酶本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种从遗传物质中捕获靶基因组区域的方法，所述方法包括以下步骤：a)使用一种或多种具有第一识别位点和第二识别位点的内切酶从遗传物质裂解靶基因组区域，每个识别位点包含最少约10至约30个核苷酸的序列，其中所述识别位点位于靶基因组区域的两侧，b)将裂解的遗传物质变性成单链形式，和c)通过将所述靶基因组区域与桥接寡杂交，以单链形式捕获靶基因组区域，所述桥接寡包含在3'和5'端分别与单链形式的靶基因组区域的3'和5'端杂交的序列。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述第一识别位点和所述第二识别位点中的每一个包含最少约10个至约30个核苷酸的序列，并且所述第一和第二识别位点位于靶基因组区域的两侧。3.根据权利要求1或2所述的方法，其中在特定识别位点裂解遗传物质的一种或多种内切酶是限制性内切酶或可编程内切酶。4.根据权利要求3所述的方法，其中所述一种或多种限制性内切酶是大范围核酸酶。5.根据权利要求3所述的方法，其中所述一种或多种可编程内切酶选自成簇规则间隔短回文重复序列（CRISPR）相关蛋白9内切酶（Cas9内切酶）、Cpf1、C2c1、C2c2、C2c、RNA或DNA引导的Argonaute蛋白质和结构引导的内切酶。6.根据权利要求5所述的方法，其中所述可编程内切酶包括基于具有与所述第一识别位点互补的序列的第一引导分子在所述第一识别位点切割DNA的第一内切酶和基于具有与所述第二识别位点互补的序列的第二引导分子在所述第二识别位点切割DNA的第二可编程内切酶。7.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述桥接寡是单链寡核苷酸，其包含在3'和5'端分别与单链靶基因组区域的3'和5'端的序列杂交的序列。8.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中所述桥接寡是具有3'和5'端突出端的双链寡核苷酸，所述3'和5'端突出端分别与单链靶基因组区域的3'和5'端的序列杂交。9.根据权利要求7或8所述的方法，其中所述桥接寡进一步包含对稀有切割限制性内切酶特异的限制位点、用于可编程性内切酶的裂解位点和/或引物结合序列。10.根据权利要求7至9中任一项所述的方法，其中所述桥接寡被固定在固体底物上或被生物素化。11.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中第一和第二识别位点存在于遗传物质的同一条链上。12.根据权利要求1至10任一项所述的方法，其中第一和第二识别位点存在于遗传物质的不同链上。13.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中将裂解的遗传物质变性成单链形式包括使裂解的遗传物质经受75℃至115℃、80℃至110℃、85℃和105℃、90℃和100℃或大约95℃的温度。14.根据前述权利要求中任一项所述的方法，还包括分析所述靶基因组区域，包括：d)连接与桥接寡杂交的单链靶基因组区域的游离端，以产生与所述桥接寡杂交的单链环状靶基因组区域，e)可选地，降解未环化遗传物质，
f)可选地，通过核酸扩增来扩增所述靶基因组区域，以产生所述靶基因组区域的多个拷贝，和g)分析扩增的靶基因组区域。15.根据权利要求14所述的方法，包括通过外切酶的组合降解未环化遗传物质，所述外切酶从核酸暴露的3'或5'端降解核酸，从而仅留下与桥接寡杂交的环化靶基因组区域。16.根据权利要求14或15所述的方法，包括通过聚合酶链反应(PCR)扩增所述靶基因组区域，以产生所述靶基因组区域的多个拷贝。17.根据权利要求16所述的方法，其中所述PCR引物可以对目标区域特异，或者通过将它们设计成与桥接寡引入的共同区域结合而对所有目标通用。18.根据权利要求14或15所述的方法，包括通过滚环扩增(RCA)反应扩增所述靶基因组区域，以产生所述靶基因组区域的多个连接拷贝。19.根据权利要求18所述的方法，其中所述桥接寡用作所述RCA反应的引物，以产生单链形式的靶基因组区域的多个连接拷贝。20.根据权利要求18所述的方法，其中所述桥接寡和/或一种或多种额外引物用于RCA反应，以产生双链形式的所述靶基因组区域的多个连接拷贝。21.根据权利要求14至20中任一项所述的方法，其中所述分析包括检测所述靶基因组区域。22.根据权利要求21所述的方法，其中检测所述靶基因组区域包括使所述靶基因组区域与特异性结合靶基因组区域的标记探针或结合扩增的...

【专利技术属性】
技术研发人员：莱昂德罗，
申请(专利权)人：快速基因组学有限责任公司，
类型：发明
国别省市：