一种家系三样本高通量测序风险分组筛选方法及系统技术方案

本发明专利技术公开了一种家系三样本高通量测序风险分组筛选方法，包括：S1:对家系三样本致病性高风险的基因变异筛选标记；S2:对先证者样本疑似新发突变的基因变异筛选标记；S3:对致病性中高风险的常染色体显性遗传的基因变异筛选标记；S4:对致病性中高风险的常染色体隐性遗传的基因变异筛选标记；S5:对致病性中高风险的性连锁遗传的基因变异筛选标记；S6:对具有疑似产前风险的基因变异筛选标记；本发明专利技术还公开了一种家系三样本高通量测序风险分组筛选系统，实现数据的快速分析，大大提高了分析效率且提高了准确。析效率且提高了准确。析效率且提高了准确。

【技术实现步骤摘要】
一种家系三样本高通量测序风险分组筛选方法及系统


[0001]本专利技术涉及数据分析
，特别涉及一种家系三样本高通量测序风险分组筛选方法及系统。

技术介绍

[0002]遗传病是指完全或部分由遗传因素决定的、遗传物质发生改变而引起的疾病，是由致病基因参与控制的疾病。寻找遗传病基因病因方法很多，如一代测序（Sanger测序）、染色体微阵列分析（ChromosomeMicroarrayAnalysis）、高通量测序技术（High
‑
ThroughputSequencing）等。其中高通量测序技术又称为下一代测序技术（Next
‑
GenerationSequencing），是目前被用来寻找遗传性疾病致病基因的重要技术手段，而全外显子组测序又是目前高通量测序技术应用非常普遍的一种，其优点是通量高，一次可以检测大约2万个基因，成本也较低，被广泛应用于临床检测及科研。
[0003]家系三样本高通量测序是指先证者（这里特指临床疑似患有遗传病的受检者，且本次基因检测目的是寻找该受检者的致病基因）及其父母样本分别进行全外显子组测序，每个单样本会得到变异注释表数据有6万条左右。家系三样本注释表数据按照每个变异位点合并，合并后的数据量有8万条左右，单个逻辑筛选进行人工分析都是非常困难的，而进行单样本的筛选分组也无法兼顾家系三样本的优势。目前尚没有家系三样本的风险分组的系统实现方法。

技术实现思路

[0004]本专利技术的目的旨在至少解决所述技术缺陷之一。
[0005]为此，本专利技术的目的在于提出一种家系三样本高通量测序风险分组筛选方法，包括：S1:对家系三样本致病性高风险的基因变异筛选标记。
[0006]S2:对先证者样本疑似新发突变的基因变异筛选标记。
[0007]S3:对致病性中高风险的常染色体显性遗传的基因变异筛选标记。
[0008]S4:对致病性中高风险的常染色体隐性遗传的基因变异筛选标记。
[0009]S5:对致病性中高风险的性连锁遗传的基因变异筛选标记。
[0010]S6:对具有疑似产前风险的基因变异筛选标记。
[0011]优选的是，对先证者样本疑似新发突变的基因变异筛选标记具体为：设置S20条件:先证者变异位点覆盖深度等于或大于10；先证者变异位点突变频率等于或大于30%，且小于或等于70%；公共数据库人群频率小于或等于0.0002，本地数据库频率小于或等于0.001。
[0012]设置S21条件:在满足S20条件下，父亲变异位点杂合或纯合项为空值，母亲变异位点杂合或纯合项为空值。
[0013]设置S22条件:在满足S20条件下，父亲变异位点突变频率大于0且小于或等于先证
者变异位点突变频率的一半，母亲变异位点杂合或纯合项为空值。
[0014]设置S23条件:在满足S20条件下，母亲变异位点突变频率大于0且小于或等于先证者变异位点突变频率的一半，父亲变异位点杂合或纯合项为空值。
[0015]对符合S21条件或S22条件或S23条件的变异进行筛选，筛选到的变异标记为先证者样本疑似新发突变的基因变异。
[0016]在上述任一方案中优选的是，对致病性中高风险的常染色体显性遗传的基因变异筛选标记具体为对以下筛选标记合并：设置S30条件:先证者变异位点覆盖深度等于或大于10，先证者Fast项提示为常染色体显性遗传。
[0017]设置S31条件:在满足S30条件下，父亲变异位点杂合或纯合项为空值，母亲变异位点杂合或纯合项为空值。
[0018]对符合S31条件的变异进行筛选，筛选到的变异标记为父母均无致病性中高风险的常染色体显性遗传的基因变异。
[0019]设置S32条件:在满足S30条件下，父亲变异位点杂合或纯合项不为空值，母亲变异位点杂合或纯合项为空值。
[0020]对符合S32条件的变异进行筛选，筛选到的变异标记为遗传自父亲致病性中高风险的常染色体显性遗传的基因变异。
[0021]设置S33条件:在满足S30条件下，父亲变异位点杂合或纯合项为空值，母亲变异位点杂合或纯合项不为空值。
[0022]对符合S33条件的变异进行筛选，筛选到的变异标记为遗传自母亲致病性中高风险的常染色体显性遗传的基因变异。
[0023]设置S34条件:在满足S30条件下，父亲变异位点杂合或纯合项不为空值，母亲变异位点杂合或纯合项不为空值。
[0024]在上述任一方案中优选的是，对符合S34条件的变异进行筛选，筛选到的变异标记为遗传自父母致病性中高风险的常染色体显性遗传的基因变异。
[0025]在上述任一方案中优选的是，对家系三样本为致病性高风险的基因变异筛选标记具体为：设置S11条件:先证者Fast项等于Actionable Variants基因或额外自定义的基因。
[0026]设置S12条件:父亲Fast项等于Actionable Variants基因或额外自定义的基因。
[0027]设置S13条件:母亲Fast项等于Actionable Variants基因或额外自定义的基因。
[0028]对符合S11条件或S12条件或S13条件的变异进行筛选，筛选到的变异标记为家系三样本为致病性高风险的基因变异。
[0029]在上述任一方案中优选的是，对致病性中高风险的常染色体隐性遗传的基因变异筛选标记具体为对以下筛选标记合并：设置S40条件：先证者变异位点覆盖深度等于或大于10，OMIM数据库提示为常染色体隐性遗传，公共数据库人群频率小于或等0.05，本地数据库频率小于或等于0.05，先证者突变位点综合致病风险值不为0，先证者变异位点杂合或纯合项不为空值，同一基因存在条数等于或大于2条或先证者变异位点杂合或纯合项等于纯合，同一基因等于或大于2项的，
对于全部的变异基因，父亲基因存在相应的变异，且母亲基因不存在变异，去除该基因所有条；同一基因等于或大于2项的，对于全部的变异基因，母亲基因存在相应的变异，且父亲基因没有变异，去除该基因所有条。
[0030]设置S41条件:在满足S40条件下，父亲变异位点杂合或纯合项为空值，母亲变异位点杂合或纯合项为空值。
[0031]对符合S41条件的变异进行筛选，筛选到的变异标记为父母样本均无致病性中高风险的常染色体隐性遗传的基因变异。
[0032]设置S42条件:在满足S40条件下，父亲变异位点杂合或纯合项不为空值，母亲变异位点杂合或纯合项为空值。
[0033]对符合S42条件的变异进行筛选，筛选到的变异标记为遗传自父亲纯合或可能为复合杂合的基因变异。
[0034]设置S43条件:在满足S40条件下，父亲变异位点杂合或纯合项为空值，母亲变异位点杂合或纯合项不为空值。
[0035]对符合S43条件的变异进行筛选，筛选到的变异标记为遗传自母亲纯合或可能为复合杂合的基因变异。
[0036]设置S44条件:在满足S40条件下，父亲变异位点杂合或纯合项不为本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种家系三样本高通量测序风险分组筛选方法，其特征在于，包括：S1:对家系三样本致病性高风险的基因变异筛选标记；S2:对先证者样本疑似新发突变的基因变异筛选标记；S3:对致病性中高风险的常染色体显性遗传的基因变异筛选标记；S4:对致病性中高风险的常染色体隐性遗传的基因变异筛选标记；S5:对致病性中高风险的性连锁遗传的基因变异筛选标记；S6:对具有疑似产前风险的基因变异筛选标记；所述对先证者样本疑似新发突变的基因变异筛选标记具体为：设置S20条件:先证者变异位点覆盖深度等于或大于10；先证者变异位点突变频率等于或大于30%，且小于或等于70%；公共数据库人群频率小于或等于0.0002，本地数据库频率小于或等于0.001；设置S21条件:在满足S20条件下，父亲变异位点杂合或纯合项为空值，母亲变异位点杂合或纯合项为空值；设置S22条件:在满足S20条件下，父亲变异位点突变频率大于0且小于或等于先证者变异位点突变频率的一半，母亲变异位点杂合或纯合项为空值；设置S23条件:在满足S20条件下，母亲变异位点突变频率大于0且小于或等于先证者变异位点突变频率的一半；父亲变异位点杂合或纯合项为空值；对符合S21条件或S22条件或S23条件的变异进行筛选，筛选到的变异标记为先证者样本疑似新发突变的基因变异；所述对致病性中高风险的常染色体显性遗传的基因变异筛选标记具体为对以下筛选标记合并：设置S30条件:先证者变异位点覆盖深度等于或大于10，先证者Fast项提示为常染色体显性遗传；设置S31条件:在满足S30条件下，父亲变异位点杂合或纯合项为空值，母亲变异位点杂合或纯合项为空值；对符合S31条件的变异进行筛选，筛选到的变异标记为父母均无致病性中高风险的常染色体显性遗传的基因变异；设置S32条件:在满足S30条件下，父亲变异位点杂合或纯合项不为空值，母亲变异位点杂合或纯合项为空值；对符合S32条件的变异进行筛选，筛选到的变异标记为遗传自父亲致病性中高风险的常染色体显性遗传的基因变异；设置S33条件:在满足S30条件下，父亲变异位点杂合或纯合项为空值，母亲变异位点杂合或纯合项不为空值；对符合S33条件的变异进行筛选，筛选到的变异标记为遗传自母亲致病性中高风险的常染色体显性遗传的基因变异；设置S34条件:在满足S30条件下，父亲变异位点杂合或纯合项不为空值，母亲变异位点杂合或纯合项不为空值；对符合S34条件的变异进行筛选，筛选到的变异标记为遗传自父母致病性中高风险的常染色体显性遗传的基因变异。
2.如权利要求1所述的家系三样本高通量测序风险分组筛选方法，其特征在于，对家系三样本为致病性高风险的基因变异筛选标记具体为：设置S11条件:先证者Fast项等于Actionable Variants基因或额外自定义的基因；设置S12条件:父亲Fast项等于Actionable Variants基因或额外自定义的基因；设置S13条件:母亲Fast项等于Actionable Variants基因或额外自定义的基因；对符合S11条件或S12条件或S13条件的变异进行筛选，筛选到的变异标记为家系三样本为致病性高风险的基因变异。3.如权利要求1所述的家系三样本高通量测序风险分组筛选方法，其特征在于，所述对致病性中高风险的常染色体隐性遗传的基因变异筛选标记具体为对以下筛选标记合并：设置S40条件：先证者变异位点覆盖深度等于或大于10，OMIM数据库提示为常染色体隐性遗传，公共数据库人群频率小于或等0.05，本地数据库频率小于或等于0.05，先证者突变位点综合致病风险值不为0，先证者变异位点杂合或纯合项不为空值，同一基因存在条数等于或大于2条或先证者变异位点杂合或纯合项等于纯合；同一基因等于或大于2项的，对于全部的变异基因，父亲基因存在相应的变异，且母亲基因不存在变异，去除该基因所有条；同一基因等于或大于2项的，对于全部的变异基因，母亲基因存在相应的变异，且父亲基因没有变异，去除该基因所有条；设置S41条件:在满足S40条件下，父亲变异位点杂合或纯合项为空值，母亲变异位点杂合或纯合项为空值；对符合S41条件的变异进行筛选，筛选到的变异标记为父母样本均无致病性中高风险的常染色体隐性遗传的基因变异；设置S42条件:在满足S40条件下，父亲变异位点杂合或纯合项不为空值，母亲变异位点杂合或纯合项为空值；对符合S42条件的变异进行筛选，筛选到的变异标记为遗传自父亲纯合或可能为复合杂合的基因变异；设置S43条件:在满足S40条件下，父亲变异位点杂合或纯合项为空值，母亲变异位点杂合或纯合项不为空值；对符合S43条件的变异进行筛选，筛选到的变异标记为遗传自母亲纯合或可能为复合杂合的基因变异；设置S44条件:在满足S40条件下，父亲变异位点杂合或纯合项不为空值，母亲变异位点杂合或纯合项不为空值；对符合S44条件的变异进行筛选，筛选到的变异标记为遗传自父母的纯合或可能为复合杂合的基因变异。4.如权利要求1所述的家系三样本高通量测序风险分组筛选方法，其特征在于，所述对致病性中高风险的性连锁遗传的基因变异筛选标记具体为对以下筛选标记合并：设置S51条件:先证者变异位点杂合或纯合项不为空值，先证者变异位点覆盖深度等于或大于10，父亲Fast项提示为致病性中高风险的性连锁遗传，基因列等于PCDH19基因；对符合S51条件的变异进行筛选，筛选到的变异标记为遗传自父亲的致病性中高风险的性连锁遗传的基因变异；设置S52条件:先证者变异位点覆盖深度等于或大于10，先证者Fast项提示为致病性中
高风险的性连锁遗传，父亲变异位点杂合或纯合项为空值；对符合S52条件的变异进行筛选，筛选到的变异标记为遗传自母亲的致病性中高风险的性连锁遗传的基因变异。5.如权利要求1所述的家系三样本高通量测序风险分组筛选方法，其特征在于，所述对具有疑似产前风险的变异筛选标记具体为对以下筛选标记合并：设置S61条件：父亲变异位点覆盖深度等于或大于10且母亲变异位点覆盖深度等于或大于10；对满足S61条件变异进行筛选，去除CLNSIG数据库包含“benign”的项，去除突变位点综合致病风险值为“0”及为“0.5”的项；合并父母变异项均不为空值的项，在父母双方的任一基因，当父母其中一方存在基因变异时，去掉该基因全部的变异项，再对父母样本分别单独筛选；对父亲样本单独筛选：设置S611条件:父亲Fast项不为空值且OMIM数据库提示为常染色体隐性遗传，母亲变异位点杂合或纯合项为空值；对满足S611条件的变异进行筛选，筛选到的变异标记为遗传自父亲具有疑似产前风险的基因变异；对母亲样本单独筛选：设置S612条件:母亲Fast项不为空值且OMIM数据库提示为常染色体隐性遗传，父亲变异位点杂合或纯合项为空值；对满足S612条件的变异进行筛选，筛选到的变异标记为遗传自母亲具有疑似产前风险的基因变异；当出现父亲Fast项不为空值，母亲Fast项不为空值且OMIM数据库提示为常染色体隐性遗传时，筛选到的变异标记为遗传自父母具有疑似产前风险的基因变异；设置S62条件：父亲Fast项等于性连锁遗传高风险项，父亲变异位点覆盖深度大于等于10，基因列等于PCDH19基因；对满足S62条件的变异进行筛选，筛选到的变异标记为遗传自父亲具有疑似产前风险的基因变异；设置S63条件:母亲Fast项中等于性连锁遗传高风险项，母亲变异位点覆盖深度大于等于10；对于满足S63条件的变异进行筛选，染色体号列筛选X染色体，去掉CLNSIG数据库包含“benign”的项，筛选到的变异标记为遗传自母亲具有疑似产前风险的基因变异。6.一种家系三样本高通量测序风险分组筛选系统，其特征在于，包括：第一变异筛选标记模块、第二变异筛选标记模块、第三变异筛选标记模块、第四变异筛选标记模块、第五变异筛选标记模块和第六变异筛选标记模块，其中：所述第一变异筛选标记模...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘洪洲，李冬梅，喻长顺，李恪，陈建春，贾晓冬，李行，汲珊珊，
申请(专利权)人：天津金域医学检验实验室有限公司，
类型：发明
国别省市：