用于保存DNA甲基化的组合物和方法技术

本公开提供用于在一段时间内保存DNA甲基化模式的储存溶液的方法。本公开还提供使用储存于这种储存溶液中的甲基化DNA的方法。存于这种储存溶液中的甲基化DNA的方法。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于保存DNA甲基化的组合物和方法
[0001]相关申请本申请要求2019年5月28日提交的美国临时专利申请号62/853,392的优先权权益，该申请特此通过参考以其全部结合。
[0002]资金本专利技术是在美国国立卫生研究院(National Institutes of Health)授予的CA152756资助下在政府支持下完成的。政府对本专利技术享有一定权利。
[0003]背景胞嘧啶甲基化通常被称为真核生物基因组DNA中的“第五个碱基”。DNA胞嘧啶甲基化的模式改变被认为是多种人类疾病状态(包括各种化生、肿瘤形成和癌症)的伴随物、生物标志物和有时的因果元素。然而，尽管DNA多核苷酸序列在室温下长时间保持稳定，但在室温下长时间储存时，甲基化模式更有可能偏离初始甲基化模式。因此，需要新的储存条件来长时间保存DNA甲基化模式。
[0004]公开概述在一些实施方案中，本公开提供一种包含含有甲基化DNA序列的生物样品以及含有甲醇的储存溶液的组合物；其中甲基化DNA序列的甲基化模式得到保存。在一些实施方案中，甲基化模式保存至少2周。在一些实施方案中，在室温下保存甲基化模式。在一些实施方案中，与储存之前的生物样品中的甲基化模式相比较，储存溶液中生物样品的甲基化模式保存至少60%。在一些实施方案中，与储存之前的生物样品中的甲基化模式相比较，储存溶液中生物样品的甲基化模式保存至少65%。在一些实施方案中，与储存之前的生物样品中的甲基化模式相比较，储存溶液中生物样品的甲基化模式保存至少70%。在一些实施方案中，与储存之前的生物样品中的甲基化模式相比较，储存溶液中生物样品的甲基化模式保存至少75%。在一些实施方案中，与储存之前的生物样品中的甲基化模式相比较，储存溶液中生物样品的甲基化模式保存至少80%。在一些实施方案中，与储存之前的生物样品中的甲基化模式相比较，储存溶液中生物样品的甲基化模式保存至少85%。在一些实施方案中，与储存之前的生物样品中的甲基化模式相比较，储存溶液中生物样品的甲基化模式保存至少90%。在一些实施方案中，与储存之前的生物样品中的甲基化模式相比较，储存溶液中生物样品的甲基化模式保存至少95%。在一些实施方案中，样品为人类生物样品。在一些实施方案中，生物样品为来自以下任何一种的样品：胃肠道、呼吸消化道、呼吸道、泌尿生殖道或体液。在某些这种实施方案中，体液为以下的任何一种：血液、尿液、痰液、唾液、粪便、胆汁、胰液、鼻腔分泌物、眼泪、精液、阴道分泌物、脑脊液、胸膜液、腹膜液、胃液、心包液、汗液、淋巴液、囊液、胰腺囊液、滑液、关节液、月经液、子宫内膜冲洗液、乳房抽吸液或羊水。在一些实施方案中，生物样品为来自以下任何一种的样品：食道、胃、结肠、小肠、胰腺、肝脏、口腔、口咽、气管、支气管树、肺部或乳房。在一些实施方案中，生物样品为食道生物样品。在一些实施方案中，储存溶液包含100%甲醇。在一些实施方案中，储存溶液包含与水混合的10%
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100%甲醇。在一些实施方案中，储存溶液包含与水混合的10%
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95%甲醇。在一些实施方案中，储存溶液包含与水混合的10
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90%甲醇。在一些实施方案中，储存溶液包含与水混合的15
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90%甲醇。在
一些实施方案中，储存溶液包含与水混合的20
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90%甲醇。在一些实施方案中，储存溶液包含与水混合的25
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90%甲醇。在一些实施方案中，储存溶液包含与水混合的30
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90%甲醇。在一些实施方案中，储存溶液包含与水混合的30
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85%甲醇。在一些实施方案中，储存溶液包含与水混合的30
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80%甲醇。在一些实施方案中，储存溶液包含与水混合的35
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80%甲醇。在一些实施方案中，储存溶液包含与水混合的35
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75%甲醇。在一些实施方案中，储存溶液包含与水混合的35
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70%甲醇。在一些实施方案中，储存溶液包含与水混合的40
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70%甲醇。在一些实施方案中，储存溶液包含与水混合的40
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65%甲醇。在一些实施方案中，储存溶液包含与水混合的40
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60%甲醇。在一些实施方案中，储存溶液包含与水混合的40
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55%甲醇。在一些实施方案中，储存溶液包含与水混合的45
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55%甲醇。在一些实施方案中，储存溶液包含与水混合的50%甲醇。在一些实施方案中，储存溶液基本上由100%甲醇组成。在一些实施方案中，储存溶液基本上由与水混合的10%
‑
100%甲醇组成。在一些实施方案中，储存溶液基本上由与水混合的10%
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95%甲醇组成。在一些实施方案中，储存溶液基本上由与水混合的10
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90%甲醇组成。在一些实施方案中，储存溶液基本上由与水混合的15
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90%甲醇组成。在一些实施方案中，储存溶液基本上由与水混合的20
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90%甲醇组成。在一些实施方案中，储存溶液基本上由与水混合的25
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90%甲醇组成。在一些实施方案中，储存溶液基本上由与水混合的30
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90%甲醇组成。在一些实施方案中，储存溶液基本上由与水混合的30
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85%甲醇组成。在一些实施方案中，储存溶液基本上由与水混合的30
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80%甲醇组成。在一些实施方案中，储存溶液基本上由与水混合的35
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80%甲醇组成。在一些实施方案中，储存溶液基本上由与水混合的35
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75%甲醇组成。在一些实施方案中，储存溶液基本上由与水混合的35
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70%甲醇组成。在一些实施方案中，储存溶液基本上由与水混合的40
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70%甲醇组成。在一些实施方案中，储存溶液基本上由与水混合的40
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65%甲醇组成。在一些实施方案中，储存溶液基本上由与水混合的40
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60%甲醇组成。在一些实施方案中，储存溶液基本上由与水混合的40
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55%甲醇组成。在一些实施方案中，储存溶液基本上由与水混合的45
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55%甲醇组成。在一些实施方案中，储存溶液基本上由与水混合的50%甲醇组成。在一些实施方案中，储存溶液由100%甲醇组成。在一些实施方案中，储存溶液由与水混合的10%
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100%甲醇组成。在一些实施方案中，储存溶液由与水混合的10%
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95%甲醇组成。在一些实施方案中，储存溶液由与水混合的10
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90%甲醇组成。在一些实施方案中，储存溶液由与水混合的15
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90%甲醇组成。在一些实施方案中，储存溶液由与水混合的20
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90%甲醇组成。在一些实施方案中，储存溶液由与水混合的25
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90%甲醇组成。在一些实施方案中，储存溶液由与水混合的30...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种组合物，其包含：包含甲基化DNA序列的生物样品；和包含甲醇的储存溶液；其中所述甲基化DNA序列的甲基化模式得到保存。2.权利要求1的组合物，其中所述甲基化模式保存至少2周。3.权利要求1或2的组合物，其中在室温下保存所述甲基化模式。4.权利要求1
‑
3中任何一项的组合物，其中与储存之前的所述生物样品中的甲基化模式相比较，所述储存溶液中所述生物样品的甲基化模式保存至少65%。5.权利要求1
‑
4中任何一项的组合物，其中所述样品为人类生物样品。6.权利要求1
‑
5中任何一项的组合物，其中所述生物样品为来自以下任何一种的样品：胃肠道、呼吸消化道、呼吸道、泌尿生殖道或体液。7.权利要求6的组合物，其中所述体液为以下的任何一种：血液、尿液、痰液、唾液、粪便、胆汁、胰液、鼻腔分泌物、眼泪、精液、阴道分泌物、脑脊液、胸膜液、腹膜液、胃液、心包液、汗液、淋巴液、囊液、胰腺囊液、滑液、关节液、月经液、子宫内膜冲洗液、乳房抽吸液或羊水。8.权利要求1
‑
5中任何一项的组合物，其中所述生物样品为来自以下任何一种的样品：食道、胃、结肠、小肠、胰腺、肝脏、口腔、口咽、气管、支气管树、肺部或乳房。9.权利要求8的组合物，其中所述生物样品为食道生物样品。10.权利要求1
‑
9中任何一项的组合物，其中所述储存溶液包含100%甲醇。11.权利要求1
‑
9中任何一项的组合物，其中所述储存溶液包含与水混合的10%
‑
100%甲醇。12.权利要求1
‑
9中任何一项的组合物，其中所述储存溶液包含与水混合的10
‑
90%甲醇。13.权利要求1
‑
9中任何一项的组合物，其中所述储存溶液包含与水混合的20
‑
90%甲醇。14.权利要求1
‑
9中任何一项的组合物，其中所述储存溶液包含与水混合的30
‑
90%甲醇。15.权利要求1
‑
9中任何一项的组合物，其中所述储存溶液包含与水混合的30
‑
80%甲醇。16.权利要求1
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9中任何一项的组合物，其中所述储存溶液包含与水混合的40
‑
70%甲醇。17.权利要求1
‑
9中任何一项的组合物，其中所述储存溶液包含与水混合的40
‑
60%甲醇。18.权利要求10
‑
17中任何一项的组合物，其中所述甲醇不含或者以低于或等于0.001%的水平含过氧化物。19.权利要求11
‑
18中任何一项的组合物，其中所述水通过蒸馏或超滤或反渗透来纯化。20.权利要求11
‑
19中任何一项的组合物，其中所述水不含DNA酶和/或RNA酶活性。21.权利要求1
‑
20中任何一项的组合物，其中所述甲基化DNA序列包含与波形蛋白、
CCNA1、Up10、Up35
‑
1、Up35
‑
2、FER1L4、VAV3、DOCK10、ADCY1、BMP3、CD1D、ELMO1、ELOVL2、LRRC4、NDRG4、SFMBT2、ST8SIA1、TSPYL5、ZNF568、ZNF569、ZNF610、ZNF671、ZNF682、CDKN2A、DIO3和HUNK基因的任何核苷酸序列具有至少60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%同一性的多核苷酸序列或其任何片段和/或互补物。22.权利要求1
‑
20中任何一项的组合物，其中所述甲基化DNA序列包含与SEQ ID NO: 1
‑
45中的任何一个具有至少60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%同一性的多核苷酸序列或其任何片段和/或互补物。23.权利要求1
‑
22中任何一项的组合物，其中当在室温(23℃)下储存时，所述甲基化DNA模式在所述组合物中保存至少1小时、2小时、3小时、4小时、5小时、6小时、7小时、10小时、12小时、16小时、20小时、24小时、2天、3天、4天、5天、6天、7天、10天、两周、15天、16天、17天、18天、19天、20天、21天、22天、23天、24天、25天、26天、27天、28天、29天、30天、5周、6周、7周、8周、9周、10周、11周、12周、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月、1年、18个月或2年。24.权利要求1
‑
22中任何一项的组合物，其中当在4℃下储存时，所述甲基化DNA模式在所述组合物中保存至少1小时、2小时、3小时、4小时、5小时、6小时、7小时、10小时、12小时、16小时、20小时、24小时、2天、3天、4天、5天、6天、7天、10天、两周、15天、16天、17天、18天、19天、20天、21天、22天、23天、24天、25天、26天、27天、28天、29天、30天、5周、6周、7周、8周、9周、10周、11周、12周、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月、1年、18个月或2年。25.权利要求1
‑
22中任何一项的组合物，其中当在
‑
30℃至50℃范围内的温度下储存时，所述甲基化DNA模式在所述组合物中保存至少1小时、2小时、3小时、4小时、5小时、6小时、7小时、10小时、12小时、16小时、20小时、24小时、2天、3天、4天、5天、6天、7天、10天、两周、15天、16天、17天、18天、19天、20天、21天、22天、23天、24天、25天、26天、27天、28天、29天、30天、5周、6周、7周、8周、9周、10周、11周、12周、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月、1年、18个月或2年。26.权利要求1
‑
22中任何一项的组合物，其中当在
‑
10℃至30℃范围内的温度下储存时，所述甲基化DNA模式在所述组合物中保存至少1小时、2小时、3小时、4小时、5小时、6小时、7小时、10小时、12小时、16小时、20小时、24小时、2天、3天、4天、5天、6天、7天、10天、两周、15天、16天、17天、18天、19天、20天、21天、22天、23天、24天、25天、26天、27天、28天、29天、30天、5周、6周、7周、8周、9周、10周、11周、12周、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月、1年、18个月或2年。27.在生物样品中保存甲基化DNA分子的甲基化模式的方法，包括用储存溶液处理所述生物样品，其中所述储存溶液包含甲醇，和其中在室温下保存所述甲基化模式。28.权利要求27的方法，其中所述甲基化模式保存至少两周。29.权利要求27或28的方法，其中与储存之前的所述生物样品中的甲基化模式相比较，所述储存溶液中所述生物样品的甲基化模式保存至少65%。30.权利要求27
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29中任何一项的方法，其中所述生物样品储存于所述储存溶液中。31.权利要求27
‑
30中任何一项的方法，其中所述样品来自人体组织或体液。32.权利要求27
‑
31中任何一项的方法，其中所述生物样品为来自以下任何一种的样
品：胃肠道、呼吸消化道、呼吸道、泌尿生殖道或体液。33.权利要求32的方法，其中所述体液为以下的任何一种：血液、尿液、痰液、唾液、粪便、胆汁、胰液、鼻腔分泌物、眼泪、精液、阴道分泌物、脑脊液、胸膜液、腹膜液、胃液、心包液、汗液、淋巴液、囊液、胰腺囊液、滑液、关节液、月经液、子宫内膜冲洗液、乳房抽吸液或羊水。34.权利要求27
‑
31中任何一项的方法，其中所述生物样品为来自以下任何一种的样品：食道、胃、结肠、小肠、胰腺、肝脏、口腔、口咽、气管、支气管树、肺部或乳房。35.权利要求34的方法，其中所述样品为食道样品。36.权利要求27
‑
35中任何一项的方法，其中所述储存溶液包含100%甲醇。37.权利要求27
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35中任何一项的方法，其中所述储存溶液包含与水混合的10%
‑
100%甲醇。38.权利要求27
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35中任何一项的方法，其中所述储存溶液包含与水混合的10
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90%甲醇。39.权利要求27
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35中任何一项的方法，其中所述储存溶液包含与水混合的20
‑
90%甲醇。40.权利要求27
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35中任何一项的方法，其中所述储存溶液包含与水混合的30
‑
90%甲醇。41.权利要求27
‑
35中任何一项的方法，其中所述储存溶液包含与水混合的30
‑
80%甲醇。42.权利要求27
‑
35中任何一项的方法，其中所述储存溶液包含与水混合的40
‑
70%甲醇。43.权利要求27
‑
35中任何一项的方法，其中所述储存溶液包含与水混合的40
‑
60%甲醇。44.权利要求27
‑
43中任何一项的方法，其中所述甲醇不含或者以低于或等于0.001%的水平含过氧化物。45.权利要求37
‑
44中任何一项的方法，其中所述水通过蒸馏或超滤或反渗透来纯化。46.权利要求37
‑
44中任何一项的方法，其中所述水不含DNA酶和/或RNA酶活性。47.权利要求27
‑
46中任何一项的方法，其中在波形蛋白基因的差异性甲基化结构域或CCNA1基因的差异性甲基化结构域内测定所述DNA甲基化的模式。48.权利要求47的方法，其中所述波形蛋白的差异性甲基化结构域包含与SEQ ID NO: 1
‑
5或对应于chr10:17,270,838
‑
17,271,717的SEQ ID NO: 18中的任何一个具有至少60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%同一性的核苷酸序列或其互补物和/或片段。49.权利要求47的方法，其中所述波形蛋白的差异性甲基化结构域包含与SEQ ID NO: 1
‑
5中的任何一个具有至少60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%同一性的核苷酸序列、其互补物或其片段。50.权利要求47的方法，其中所述CCNA1的差异性甲基化结构域包含与SEQ ID NO: 6或7具有至少60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%同一性的核苷酸序列、其互补物或其片段。
51.权利要求27
‑
46中任何一项的方法，其中在Up10、Up35
‑
1和/或Up35
‑
2核苷酸序列的差异性甲基化结构域内测定所述DNA甲基化的模式。52.权利要求51的方法，其中所述Up10的差异性甲基化结构域包含与SEQ ID NO: 8
‑
11中的任何一个具有至少60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%同一性的核苷酸序列、其互补物或其片段。...

【专利技术属性】
技术研发人员：S，
申请(专利权)人：卡斯西部储备大学，
类型：发明
国别省市：