一种与砂梨褐皮/绿皮相关的SNP标记及应用制造技术

本发明专利技术涉及一种与砂梨褐皮/绿皮相关的SNP标记及应用。所述SNP标记来源于梨基因组中的含有Ppskin

【技术实现步骤摘要】
一种与砂梨褐皮/绿皮相关的SNP标记及应用


[0001]本专利技术涉及梨遗传育种领域，具体涉及一种与砂梨褐皮/绿皮相关的SNP标记及应用。

技术介绍

[0002]我国南方地区主要种植砂梨。砂梨果实成熟后，果皮颜色一般呈现三种：黄绿色(或绿色)、褐色和红色。红色果皮的砂梨品种目前较少。在绿皮梨中有一些品种(例如
‘
翠冠
’
)虽然果面的大部分为黄绿色(或绿色)，但常不规则地分布着褐色锈斑，这种果皮色称为中间色。这些梨果皮锈斑形成少，不能完全覆盖梨果实表面。而褐皮梨果皮锈斑形成多能够完全覆盖果面。中间色的果皮影响梨果的外观，降低了商品价值，所以在砂梨育种过程中培育全绿或全褐色果皮梨尤为重要。梨杂交后代的童期长达5年，小苗期确定果皮颜色非常重要。在育种过程中，利用分子标记辅助选择目标性状，可提高选择效率，缩短育种周期。然而，目前关于梨果皮颜色的SNP标记还很少。

技术实现思路

[0003]本专利技术的目的之一是一种与砂梨褐皮/绿皮相关的SNP标记，本专利技术的目的之二是与砂梨褐皮/绿皮相关的SNP标记在鉴定砂梨品种褐皮/绿皮和在梨分子育种中的应用，本专利技术的目的之三是应用与砂梨褐皮/绿皮相关的SNP标记鉴定砂梨品种褐皮/绿皮的方法，其能够有利于选育褐皮/绿皮砂梨品种，加快育种进程。
[0004]本专利技术采取的技术方案具体如下。
[0005]本专利技术提供的一种与砂梨褐皮/绿皮相关的SNP标记，所述SNP标记来源于梨基因组中的含有Ppskin
‑<br/>Slaf1标记的核心序列，所述核心序列如SEQ ID NO.1所示；所述核心序列共有2个SNP位点，分别为Ppskin
‑
Slaf1
‑
SNP1(PSS1
‑
1)和Ppskin
‑
Slaf1
‑
SNP2(PSS1
‑
2)。
[0006]可选地，Ppskin
‑
Slaf1
‑
SNP1的正向引物有2个，Ppskin
‑
Slaf1
‑
SNP1的2个正向引物的序列分别为PSS1
‑1‑
FAM，SEQ ID NO.2和PSS1
‑1‑
HEX，SEQ ID NO.3所示，Ppskin
‑
Slaf1
‑
SNP1的反向引物序列为PSS1
‑1‑
R，SEQ ID NO.4所示；
[0007]Ppskin
‑
Slaf1
‑
SNP2的正向引物有2个，Ppskin
‑
Slaf1
‑
SNP2的2个正向引物的序列分别为PSS1
‑2‑
FAM，SEQ ID NO.5和PSS1
‑2‑
HEX，SEQ ID NO.6所示，Ppskin
‑
Slaf1
‑
SNP2的反向引物序列为PSS1
‑2‑
R，SEQ ID NO.7。
[0008]本专利技术还提供了与砂梨褐皮/绿皮相关的SNP标记在鉴定砂梨品种褐皮/绿皮中的应用。
[0009]本专利技术还提供了与砂梨褐皮/绿皮相关的SNP标记在梨分子育种中的应用。
[0010]本专利技术还提供了一种应用上述的与砂梨褐皮/绿皮相关的SNP标记鉴定砂梨品种褐皮/绿皮的方法，包括如下步骤：
[0011]1)提取待测砂梨基因组DNA；
[0012]2)利用梨基因组DNA中的含有Ppskin
‑
Slaf1标记的核心序列，根据该核心序列中
的两个SNP位点分别设计2个竞争性等位基因特异性(KASP)引物组合；
[0013]3)以待测砂梨的基因组DNA为模板，利用KASP引物组合进行竞争性等位基因特异性PCR扩增反应；
[0014]4)检测PCR扩增产物的荧光值；由Ppskin
‑
Slaf1
‑
SNP1的引物组合扩增的PCR产物中，有FAM荧光值无HEX荧光值则代表褐皮，有HEX荧光值无FAM荧光值则代表绿皮，FAM荧光值和HEX荧光值都有则代表中间色皮和褐皮；由Ppskin
‑
Slaf1
‑
SNP2引物组合扩增的PCR产物中，有FAM荧光值无HEX荧光值则代表褐皮，有HEX荧光值无FAM荧光值则代表绿皮，FAM荧光值和HEX荧光值都有代表中间色皮和褐皮。
[0015]可选地，在步骤3)中，PCR扩增体系总体积为10μl，包括1μl的DNA模板(10ng/μl)，5μl的KASP
‑
TF V4.0 2X Master Mix，引物组合2μl，双蒸水2μl。
[0016]可选地，2μl引物组合包括2个10mM正向引物各0.5μl，10mM反向引物为1μl。
[0017]可选地，引物组合有2个，其中一个引物组合为：Ppskin
‑
Slaf1
‑
SNP1的2个正向引物为PSS1
‑1‑
FAM，SEQ ID NO.2和PSS1
‑1‑
HEX，SEQ ID NO.3所示，Ppskin
‑
Slaf1
‑
SNP1的反向引物为PSS1
‑1‑
R，SEQ ID NO.4；另一个引物组合为：Ppskin
‑
Slaf1
‑
SNP2的2个正向引物为PSS1
‑2‑
FAM，SEQ ID NO.5和PSS1
‑2‑
HEX，SEQ ID NO.6所示，Ppskin
‑
Slaf1
‑
SNP2的反向引物为PSS1
‑2‑
R，SEQ ID NO.7。
[0018]可选地，在步骤3)中，PCR扩增程序为两步法降落PCR：94℃预变性15min；94℃变性20s，61℃延伸60s，每个循环延伸温度下降0.6℃，共10个循环；94℃变性20s，55℃延伸60s，共26个循环。
[0019]可选地，在步骤4)中，使用罗氏480荧光定量仪器对PCR产物中FAM荧光值和HEX荧光值进行检测。
[0020]本专利技术取得的技术效果为：
[0021]本专利技术可快捷地获得与梨褐皮/绿皮相关联的Ppskin
‑
Slaf1位点的基因型。与传统的田间自然观察相比，可以在梨杂交后代小苗期确定果皮的颜色。通过利用分子标记辅助选择目标性状，可提高选择效率，缩短育种周期，为梨果皮颜色定向育种奠定基础，加快育种进程；且操作便捷。通过使用本专利技术中的褐皮/绿皮分子标记可以为不同果皮颜色的砂梨品种育种提供一个可靠的方法。
[0022]除了上面所描述的目的、特征和优点之外，本专利技术还有其它的目的、特征和优点。下面将参照附图，本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种与砂梨褐皮/绿皮相关的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记来源于梨基因组中的含有Ppskin
‑
Slaf1标记的核心序列，所述核心序列如SEQ ID NO.1所示；所述核心序列共有2个SNP位点，分别为Ppskin
‑
Slaf1
‑
SNP1(PSS1
‑
1)和Ppskin
‑
Slaf1
‑
SNP2(PSS1
‑
2)。2.根据权利要求1所述的与砂梨褐皮/绿皮相关的SNP标记，其特征在于，Ppskin
‑
Slaf1
‑
SNP1的正向引物有2个，Ppskin
‑
Slaf1
‑
SNP1的2个正向引物的序列分别为PSS1
‑1‑
FAM，SEQ ID NO.2和PSS1
‑1‑
HEX，SEQ ID NO.3所示，Ppskin
‑
Slaf1
‑
SNP1的反向引物序列为PSS1
‑1‑
R，SEQ ID NO.4所示；Ppskin
‑
Slaf1
‑
SNP2的正向引物有2个，Ppskin
‑
Slaf1
‑
SNP2的2个正向引物的序列分别为PSS1
‑2‑
FAM，SEQ ID NO.5和PSS1
‑2‑
HEX，SEQ ID NO.6所示，Ppskin
‑
Slaf1
‑
SNP2的反向引物序列为PSS1
‑2‑
R，SEQ ID NO.7。3.根据权利要求1或2所述的与砂梨褐皮/绿皮相关的SNP标记在鉴定砂梨品种褐皮/绿皮中的应用。4.根据权利要求1或2所述的与砂梨褐皮/绿皮相关的SNP标记在梨分子育种中的应用。5.一种应用权利要求1或2所述的与砂梨褐皮/绿皮相关的SNP标记鉴定砂梨品种褐皮/绿皮的方法，其特征在于，包括如下步骤：1)提取待测砂梨基因组DNA；2)利用梨基因组DNA中的含有Ppskin
‑
Slaf1标记的核心序列，根据该核心序列中的两个SNP位点分别设计2个竞争性等位基因特异性(KASP)引物组合；3)以待测砂梨的基因组DNA为模板，利用KASP引物组合进行竞争性等位基因特异性PCR扩增反应；4)检测PCR扩增产物的荧光值；由Ppskin...

【专利技术属性】
技术研发人员：蒋爽，骆军，王晓庆，李水根，
申请(专利权)人：上海市农业科学院，
类型：发明
国别省市：