SSR标记、引物对及其应用和陆地棉早熟分子育种相关SSR标记位点的筛选方法技术

本发明专利技术公开了SSR标记、引物对及其应用和陆地棉早熟分子育种相关SSR标记位点的筛选方法。以中晚熟棉花品种鲁棉研37号为母本，以早熟棉花品种鲁棉研19号为父本，杂交1代，再自交1代获得F2，在F2群体中选择1/8的早熟株系和1/8的晚熟株系，种植F3，自交获得F4利用F2群体进行棉花早熟性状相关SSR标记位点的第一次鉴定，卡方分析初步确定受苗蕾期性状选择有效的陆地棉早熟分子育种相关SSR标记。利用F4群体进行早熟相关SSR标记位点的第二次鉴定，卡方分析最终确定受苗蕾期性状选择有效的陆地棉早熟分子育种相关SSR标记。本发明专利技术的有益效果是为陆地棉早熟分子育种分子标记位点。是为陆地棉早熟分子育种分子标记位点。是为陆地棉早熟分子育种分子标记位点。

【技术实现步骤摘要】
SSR标记、引物对及其应用和陆地棉早熟分子育种相关SSR标记位点的筛选方法
[0001]本申请是申请日为2017年12月13日、申请号为201711328014.6、专利技术名称为《一种陆地棉早熟分子育种相关SSR标记位点的鉴定方法》的分案申请。


[0002]本专利技术属于作物育种
，涉及SSR标记、引物对及其应用和陆地棉早熟分子育种相关SSR标记位点的筛选方法。

技术介绍

[0003]棉花早熟性是一个优良的综合性状，主要包括全生育期、苗期、蕾期、花铃期、第一果枝位和霜前花率等性状，但这些性状都是数量性状，受多个数量性状基因位点的控制，遗传机理复杂且易受环境因素影响；传统育种方法主要依赖育种家的经验，对早熟性相关性状很难准确把握，因此传统育种方法缺乏预见性，效率低。
[0004]棉花早熟性是数量性状，传统的遗传学分析方法很难准确跟踪定位目标基因在杂交后代中的流向，分子标记技术的发展为数量性状的研究提供了有效工具。连锁分析与关联分析是目前研究植物数量性状基因型的主要方法，利用连锁分析已经定位了生育期、苗期、蕾期、花铃期、第一果枝位、第一果枝位高度和霜前花率等与陆地棉早熟性状相关的QTL(Li C,Wang X,Na D,et al.QTL analysis for early
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maturing traits in cotton using two upland cotton(Gossypiumhirsutum L.)crosses[J].Breeding Science,2013,63(2):154
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163.)，但QTL作图亲本不是生产上推广面积较大的生产品种，而且QTL作图分析无法检测到构建作图群体亲本中都存在但没有差异的等位基因，而且定位到的QTL具有较强的“群体专一性”，因此基于连锁分析的QTL作图分析研究成果难以直接应用于棉花品种早熟性状的遗传改良。利用连锁分析已得到了与陆地棉早熟相关性状显著关联的3个SSR位点，其中CER0098
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400与全生育期显著关联，DPL0375
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250和HAU2414
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147与果枝始节位显著关联(梁冰等，陆地棉农艺性状与SSR(Simple Sequence Repeats)标记的关联分析，棉花学报，26(5)：387
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395)，但是，多年来并未发现利用获得的棉花早熟性相关性状显著关联的分子标记位点指导棉花早熟育种的详细报道，这是因为利用关联分析获得的陆地棉早熟性相关分子标记位点未验证其是否与棉花早熟性目标性状紧密连锁，而且这些分子标记关联的目标性状在早熟育种方面不利于指导辅助选择。
[0005]“遗传搭车”(genetic hitch
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hiking)效应是指当群体中发生对选择相关的等位基因替代时，由于选择压力的作用，与选择目标有利的基因及其连锁位点的等位基因频率上升，而不利的基因及其连锁位点的等位基因频率下降，理论上那些与目标性状无关的基因位点不会受定向选择的影响，在分离群体中仍符合孟德尔分离规律。基于该原理，可利用陆地棉早熟育种选择群体逆向鉴定陆地棉早熟相关性状的紧密连锁分子标记位点，真正实现分子标记辅助选择在陆地棉早熟育种实践中的应用。

技术实现思路

[0006]本专利技术的目的在于提供一种陆地棉早熟分子育种相关SSR标记位点的鉴定方法。
[0007]本专利技术的目的可通过如下技术方案实现：
[0008]本专利技术提供了SSR标记在陆地棉早熟分子育种中的应用，所述SSR标记包括DPL0354、CGR6185和DPL0041；所述DPL0041和CGR6185可在低世代用于指导棉花早熟育种；所述DPL0354可在高世代用于指导棉花早熟育种；
[0009]所述DPL0354为DPL0354引物对扩增得到；所述DPL0354引物对的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.2所示；
[0010]所述CGR6185为CGR6185引物对扩增得到；所述CGR6185引物对的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.3所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.4所示；
[0011]所述DPL0041为DPL0041引物对扩增得到；所述DPL0041引物对的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.5所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.6所示。
[0012]本专利技术提供了一种检测上述技术方案中所述应用中的SSR标记位点的引物对，所述引物对包括DPL0354引物对、CGR6185引物对和DPL0041引物对；
[0013]所述DPL0354引物对的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.2所示；
[0014]所述CGR6185引物对的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.3所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.4所示；
[0015]所述DPL0041引物对的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.5所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.6所示。
[0016]本专利技术提供了上述技术方案所述引物对在制备检测陆地棉早熟分子育种相关SSR标记位点试剂或试剂盒中的应用。
[0017]本专利技术提供了一种检测陆地棉早熟分子育种相关SSR标记位点的试剂或试剂盒，所述试剂或试剂盒包括上述技术方案所述引物对。
[0018]优选的，所述试剂或试剂盒还包括DNA模板、dNTPMix、10
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PCR Buffer和Taq DNA聚合酶。
[0019]本专利技术提供了上述技术方案所述引物对或上述技术方案所述试剂或试剂盒在陆地棉早熟分子育种中的应用。
[0020]本专利技术提供了上述技术方案所述引物对或上述技术方案所述试剂或试剂盒在检测陆地棉早熟分子育种相关SSR标记位点中的应用。
[0021]本专利技术提供了上述技术方案所述引物对或上述技术方案所述试剂或试剂盒在检测陆地棉早开花性状中的应用。
[0022]本专利技术提供了一种陆地棉早熟分子育种相关SSR标记位点的筛选方法，其特征在于按照以下步骤进行：
[0023]1)以中晚熟棉花品种鲁棉研37号为母本，以早熟棉花品种鲁棉研19号为父本，杂交1代，再自交1代获得F2，F2代按单株收获；依据苗蕾期性状，在F2群体中选择1/8的早熟株系和1/8的晚熟株系，种植F3，自交获得F4，每代都是混收混种；
[0024]2)利用F2群体进行早熟相关SSR标记位点的第一次鉴定：F2种植，应用CTAB法提取DNA，结合陆地棉早熟性的连锁分析和关联分析研究结果，选择已鉴定到的棉花早熟性相关
SSR引物进行PCR扩增，然后对单个SSR标记进行独立性测验，在进行SSR分子标记基因型分析时，将亲本鲁棉研37号的带型记为1，将亲本鲁棉研19号的带型记为2，两个亲本的互补带型记为3本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.SSR标记在陆地棉早熟分子育种中的应用，其特在于，所述SSR标记包括DPL0041、CGR6185和DPL0354；所述DPL0041和CGR6185可在低世代用于指导棉花早熟育种；所述DPL0354可在高世代用于指导棉花早熟育种；所述DPL0354为DPL0354引物对扩增得到；所述DPL0354引物对的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.2所示；所述CGR6185为CGR6185引物对扩增得到；所述CGR6185引物对的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.3所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.4所示；所述DPL0041为DPL0041引物对扩增得到；所述DPL0041引物对的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.5所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.6所示。2.一种检测权利要求1所述应用中的SSR标记位点的引物对，其特征在于，所述引物对包括DPL0354引物对、CGR6185引物对和DPL0041；所述DPL0354引物对的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.2所示；所述CGR6185引物对的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.3所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.4所示；所述DPL0041引物对的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.5所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.6所示。3.权利要求2所述引物对在制备检测陆地棉早熟分子育种相关SSR标记位点试剂或试剂盒中的应用。4.一种检测陆地棉早熟分子育种相关SSR标记位点的试剂或试剂盒，其特征在于，所述试剂或试剂盒包括权利要求2所述引物对。5.根据权利要求4所述的试剂或试剂盒，其特征在于，所述试剂或试剂盒还包括DNA模板、dNTPMix、10
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PCRBuffer和Taq DNA聚合酶。6.权...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘国栋，张军，陈鹏云，张传云，王芙蓉，周娟，杜召海，陈煜，张景霞，
申请(专利权)人：山东棉花研究中心，
类型：发明
国别省市：