与控制辣椒果实Vc含量基因连锁的SNP分子标记KQ8-4472及应用和专用引物制造技术

本发明专利技术属于辣椒品种选育技术领域，涉及一种与控制辣椒果实Vc含量基因紧密连锁的SNP分子标记KQ8

【技术实现步骤摘要】
与控制辣椒果实Vc含量基因连锁的SNP分子标记KQ8
‑
4472及应用和专用引物


[0001]本专利技术涉及一种辣椒品种选育
，特别涉及一种与控制辣椒果实Vc含量基因连锁的SNP分子标记KQ8
‑
4472、扩增该分子标记的专用引物、试剂盒以及他们的应用。

技术介绍

[0002]辣椒是世界范围内广泛栽培的一种重要蔬菜兼经济作物，也是我国许多地区的主要经济支柱作物。随着人民生活水平的不断提高，消费者对优质农产品的需求更为迫切，蔬菜品质正受到人们越来越多的关注。辣椒品质改良已成为辣椒育种工作的重要研究课题。
[0003]辣椒是公认的果实维生素C(Vc)含量最高的蔬菜，果实Vc含量是辣椒的一个重要营养品质。然而不同辣椒品种之间果实Vc含量差异非常显著。选育果实高Vc含量的品种是辣椒品质育种的一个重要方向。常规蔬菜育种技术对目的基因型植株的选择多依赖于植株表型，而对一些诸如果实Vc含量、辣椒红素含量和辣椒碱含量等的数量性状，则无法借助植株表型对目标性状进行选择。利用分子标记辅助选择(MAS)育种技术，并与单倍体育种技术和传统育种方法相结合，可以极大地提高选择效率，大大加快材料创新和品种选育的进程，也是缩小我国与发达国家之间辣椒育种差距的必由之路。然而，辣椒参与果实Vc生物合成、循环、降解的代谢途径尚未明确，对辣椒果实Vc的研究也仅限于遗传规律等方面，分子水平研究进展缓慢。迄今还没有可用于选育高果实Vc含量辣椒品种的分子标记，因此，开发与控制辣椒辣椒果实Vc含量基因紧密连锁的分子标记，建立分子标记辅助育种技术体系，对加快高果实维生素C含量辣椒品种的选育尤为重要。

技术实现思路

[0004]针对现有技术的缺陷，本专利技术的目的之一在于提供一种与控制辣椒果实Vc含量基因连锁的SNP分子标记KQ8
‑
4472。该分子标记为高Vc含量辣椒品种的选育提供了新得途径。
[0005]本专利技术的目的之二在于提供一种用于扩增与控制辣椒果实Vc含量基因连锁的SNP分子标记KQ8
‑
4472或用于确定SNP分子标记KQ8
‑
4472对应的基因型的KASP特异性引物。
[0006]本专利技术的目的之三在于提供一种包含上述KASP特异性引物的试剂盒。
[0007]本专利技术的目的之四在于提供上述SNP分子标记KQ8
‑
4472、KASP特异性引物以及试剂盒的应用。
[0008]本专利技术的目的之五在于提供一种鉴定辣椒果实Vc含量高低的方法。
[0009]为了实现上述目的，本专利技术采用了以下技术方案：
[0010]第一方面，本专利技术提供一种与控制辣椒果实Vc含量基因连锁的SNP分子标记KQ8
‑
4472，所述分子标记位于1号染色体的36281092bp处，碱基为A或T；所述分子标记对应的基因型：T:T和A:T为辣椒高果实Vc含量的基因型；A:A为辣椒低果实Vc含量的基因型。
[0011]第二方面，本专利技术还提供一种KASP特异性引物，用于扩增与控制辣椒果实Vc含量基因连锁的SNP分子标记KQ8
‑
4472或用于确定SNP分子标记KQ8
‑
4472对应的基因型，所述特
异性引物包括第一正向引物、第二正向引物和通用反向引物。
[0012]优选地，本专利技术所述KASP特异性引物，第一正向引物的碱基序列如序列表SEQ ID NO.1所示；第二正向引物的碱基序列如序列表SEQ ID NO.2所示；通用反向引物的碱基序列如序列表SEQ ID NO.3所示。
[0013]优选地，本专利技术所述KASP特异性引物，所述第一正向引物和第二正向引物的5
’
端分别连有不同的荧光接头序列。
[0014]优选地，本专利技术所述KASP特异性引物，所述荧光接头序列选择FAM、HEX、FITC、RED、TET、JOE、R110中的一种。
[0015]第三方面，本专利技术还提供一种试剂盒，包括上述KASP特异性引物和PCR反应试剂。
[0016]优选地，本专利技术所述的试剂盒，所述PCR反应试剂为Touch
‑
down PCR反应试剂。
[0017]第四方面，本专利技术还提供上述与控制辣椒果实Vc含量基因连锁的SNP分子标记KQ8
‑
4472、或者上述KASP特异性引物、或者上述试剂盒在以下任一方面的应用：
[0018](a)辅助选育高果实Vc含量的辣椒品种；
[0019](b)鉴定辣椒果实Vc含量高低。
[0020]第五方面，本专利技术还提供一种鉴定辣椒果实Vc含量高低的方法，包括如下步骤：待测样品基因组DNA的提取；
[0021]以待测样品基因组DNA为模板，利用上述KASP特异性引物进行PCR扩增；
[0022]对扩增产物进行荧光检测和分析，获得待测样品的基因型，由此确定待测样品Vc含量的水平；
[0023]当基因型为T:T和A:T时，待测样品为高果实Vc含量品种；当基因型为A:A时，待测样品为低果实Vc含量品种。
[0024]优选地，本专利技术所述的方法，所述PCR扩增的条件依次为：94℃预变性15分钟；在94℃下变性20s；61℃
‑
55℃下退火60s，共10个循环，61℃为第一个循环的退火温度，之后每个循环退火温度降低0.6℃；94℃变性20s；55℃复性/延伸60s，共26个循环。
[0025]本专利技术的有益效果：本专利技术利用果实Vc含量差异极显著的两份辣椒自交系和以这两份材料为亲本构建的包含252个株系的RILs群体为试验材料，通过SLAF
‑
seq技术构建辣椒高密度遗传图谱，结合RILs各株系果实Vc含量三个季节的表型数据，将控制果实Vc含量的主效QTL定位到1号染色体，并获得紧密连锁的SNP分子标记KQ8
‑
4472，该标记位于1号染色体36281092bp。本专利技术的研究成果为该基因的精细定位与克隆奠定了良好基础，并为辣椒果实高Vc含量分子育种提供了强有力的技术支撑。利用本专利技术的分子标记开发的特异性扩增引物，可以高效、准确地鉴定辣椒材料或品种是否属于高果实Vc含量材料或品种，可显著提高育种效率。
附图说明
[0026]图1是辣椒高密度遗传图谱；
[0027]图2是辣椒控制果实Vc含量QTL定位结果；
[0028]图3是利用本专利技术的分子标记KQ8
‑
4472对100份辣椒材料进行基因分型的结果或者进行KASP扩增的结果图，其中A处是与低Vc含量亲本具有相同基因型的辣椒单株(A:A基因型，红色)；B处是杂合型单株(A:T基因型，绿色)；C处是与高Vc含量亲本具有相同基因型
的辣椒单株(T:T基因型，蓝色)。
具体实施方式
[0029]下面结合具体实施方式对本专利技术进行进一步的详细描述，给出的实施例仅为了阐明本专利技术，而不是为了限本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种与控制辣椒果实Vc含量基因连锁的SNP分子标记KQ8
‑
4472，所述分子标记位于1号染色体的36281092bp处，碱基为A或T；所述分子标记对应的基因型：T:T和A:T为辣椒高果实Vc含量的基因型；A:A为辣椒低果实Vc含量的基因型。2.一种KASP特异性引物，用于扩增与控制辣椒果实Vc含量基因连锁的SNP分子标记KQ8
‑
4472或用于确定SNP分子标记KQ8
‑
4472对应的基因型，所述特异性引物包括第一正向引物、第二正向引物和通用反向引物。3.根据权利要求2所述KASP特异性引物，其特征在于，第一正向引物的碱基序列如序列表SEQ ID NO.1所示；第二正向引物的碱基序列如序列表SEQ ID NO.2所示；通用反向引物的碱基序列如序列表SEQ ID NO.3所示。4.根据权利要求2或3所述KASP特异性引物，其特征在于，所述第一正向引物和第二正向引物的5
’
端分别连有不同的荧光接头序列。5.根据权利要求4所述KASP特异性引物，其特征在于，所述荧光接头序列选择FAM、HEX、FITC、RED、TET、JOE、R110中的一种。6.一种试剂盒，包括权利要求2
‑
5任一项所述的KASP特异性引物和PCR反应试剂。7.根据权利...

【专利技术属性】
技术研发人员：张晓芬，耿三省，陈斌，杜和山，王怡心，
申请(专利权)人：北京市农林科学院，
类型：发明
国别省市：