用作头颈癌标志物的甲基化基因组DNA制造技术

本发明专利技术涉及药物基因组学领域，且特别涉及检测由生物样品例如含有来自癌细胞的循环DNA的体液中头颈癌细胞获得的甲基化基因组DNA的存在或不存在。该检测可用于头颈癌的早期和可靠诊断，并且本发明专利技术提供了适用于此目的的方法和寡核苷酸。和寡核苷酸。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用作头颈癌标志物的甲基化基因组DNA


[0001]本专利技术涉及药物基因组学领域，且特别涉及检测生物学样品(例如含有来自癌细胞的循环DNA的体液)中头颈癌细胞来源的甲基化基因组DNA的存在或不存在。该检测可用于可靠的头颈癌的早期诊断，并且本专利技术提供了适用于此目的的方法和寡核苷酸。

技术介绍

[0002]头颈癌(HNC)涵盖了源自几个部位(口腔和鼻腔、鼻窦、唾液腺、咽和喉)的肿瘤，且是全球第六大最常见的癌症。虽然治疗方案在不断发展，但由于诊断差，生存率并没有太大提高。在大约一半的HNC患者中，在被诊断出来时癌症已处于晚期，因此，虽然治疗有所改善，但其预后仍然差。
[0003]DNA甲基化模式在癌细胞中被大幅修改，因此可用于将癌细胞与正常组织区分开来。这样，DNA甲基化模式正被用于诊断各种癌症。挑战之一是识别(i)在HNC中异常甲基化的和(ii)提供适于检测HNC的诊断能力，即提供足够的灵敏度和特异性的基因或基因组区域。
[0004]已经报道了HNC中几个异常甲基化的基因(Ji等人的综述，Oncotarget，2016年11月29日；7(48))。作者的数据分析显示，唾液样品的AUC水平为0.80，血液样品的AUC水平为0.77(灵敏度/特异性分别为0.47/0.89和0.46/0.85)。
[0005]专利技术人的目的是提供在HNC中异常甲基化且还具有良好且理想地改善的灵敏度和/或特异性的其他基因或基因组区域。专利技术人的目的还包括提供特别适于检测HNC的此类基因或基因组区域的组合。由此，特别重要的是使用体液样品进行的检测，原因是使用体液样品可以对大群体(如高危群体)进行微创筛查。
[0006]HNC进展越慢，治疗选择方案和治愈患者的机会越好。因此，非常期望的是尽早且可靠地诊断癌症。

技术实现思路

[0007]在第一方面中，本专利技术涉及一种检测DNA甲基化的方法，其包括检测包含基因组DNA的受试者生物样品中至少一种基因组DNA多核苷酸内的DNA甲基化的步骤，该基因组DNA多核苷酸选自具有包含在SEQ ID NO:1(mADCYAP1)、SEQ ID NO:16(mKHDRBS2)、SEQ ID NO:26和/或SEQ ID NO:31(mCLEC14A)、SEQ ID NO:41(mFOXL2)、SEQ ID NO:56(mHOXA9)、SEQ ID NO:71(mNKX2
‑
2)、SEQ ID NO:91(mPHOX2B)、SEQ ID NO:106(mRUNX1)、SEQ ID NO:121(mSND1)、SEQ ID NO:131(mSEPT9)、SEQ ID NO:146和/或SEQ ID NO:151(mTFAP2E)、SEQ ID NO:161(mSOX2)或SEQ ID NO:171(mVAX1)中序列的多核苷酸，其中所述基因组DNA包含头颈癌(HNC)细胞来源的DNA。
[0008]在第二方面中，本专利技术涉及一种检测受试者中HNC的存在或不存在的方法，其包括根据第一方面的方法检测DNA甲基化，其中检测的甲基化基因组DNA的存在表明HNC的存在且检测的甲基化基因组DNA的不存在表明HNC的不存在。
terms：(IUPAC Recommendations)”，Leuenberger，H.G.W，Nagel，B.和H.编(1995)，Helvetica Chimica Acta，CH
‑
4010 Basel，Switzerland中所述地定义。
[0018]本说明书全文引用了几篇文献。本文中引用的每篇文献(包括所有专利、专利申请、科学出版物、制造商的说明书、说明等)，无论在上文或下文中，均通过引用以其全文并入本文中。本文中的任何内容均不应看作是承认本专利技术无权早于这些公开物(由于是在先专利技术)。
[0019]下面将描述本专利技术的要素。这些要素通过具体的实施方案列出，然而，应当理解，它们可以以任意方式和任意数量进行组合以形成额外的实施方案。多方面描述的实施例和优选实施方案不应看作是将本专利技术仅仅限制为明确描述的实施方案。这种描述应当理解为支持并且涵盖了将明确描述的实施方案与任意数量的公开和/或优选的要素进行组合的实施方案。此外，本申请中所描述的所有要素的任意排列和组合应当认为已被本申请的描述公开，除非上下文另有说明。
[0020]在本说明书和所附权利要求书通篇中，除非上下文另有要求，否则词语“包含”及近似语(例如“包括”和“含有”)应理解为涵盖所指明的整数或步骤或者整数或步骤的组，但是不排除任何其它的整数或步骤或者整数或步骤的组。在优选实施方案中，“包含”可以表示“由
……
组成”。本说明书和所附权利要求书中使用的未用数量词限定的名词包括单数和/或复数个指示物，除非上下文另外明确指出。
[0021]本专利技术的方面及其特定实施方案
[0022]在第一方面中，本专利技术涉及一种检测DNA甲基化的方法，其包括检测包含基因组DNA的受试者生物样品中至少一种基因组DNA多核苷酸内的DNA甲基化的步骤，该基因组DNA多核苷酸选自具有包含在SEQ ID NO:1(mADCYAP1)、SEQ ID NO:16(mKHDRBS2)、SEQ ID NO:26和/或SEQ ID NO:31(mCLEC14A)、SEQ ID NO:41(mFOXL2)、SEQ ID NO:56(mHOXA9)、SEQ ID NO:71(mNKX2
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2)、SEQ ID NO:91(mPHOX2B)、SEQ ID NO:106(mRUNX1)、SEQ ID NO:121(mSND1)、SEQ ID NO:131(mSEPT9)、SEQ ID NO:146和/或SEQ ID NO:151(mTFAP2E)、SEQ ID NO:161(mSOX2)或SEQ ID NO:171(mVAX1)中序列的多核苷酸。具体地，基因组DNA可以包括头颈癌(HNC)细胞来源的DNA。优选地，基因组DNA，特别是HNC细胞来源的基因组DNA，是细胞游离DNA。在优选的实施方案中，短语“基因组DNA可以包括头颈癌(HNC)细胞来源的DNA”表示受试者患有HNC的风险提高、疑似患有HNC或已经患有HNC(即已接受治疗以去除任何可检测的HNC迹象，但疑似复发)。
[0023]优选地，方法是体外方法。
[0024]在一个优选实施方案中，
[0025]‑
具有包含在SEQ ID NO:1中的序列的多核苷酸具有包含在SEQ ID NO:6、优选SEQ ID NO:11中的序列，
[0026]‑
具有包含在SEQ ID NO:16中的序列的多核苷酸具有包含在SEQ ID NO:21中的序列，
[0027]‑
具有包含在SEQ ID NO:26和/或31中的序列的多核苷酸具有包含在SEQ ID NO:26、优选SEQ ID NO:36中的序列，
[0028]‑
具有包含在SEQ ID NO:41中的本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种检测DNA甲基化的方法，其包括在包含基因组DNA的受试者生物样品中检测至少一种基因组DNA多核苷酸内的DNA甲基化的步骤，该基因组DNA多核苷酸选自由具有包含在SEQ ID NO：1(mADCYAP1)、SEQ ID NO：16(mKHDRBS2)、SEQ ID NO：26和/或SEQ ID NO：31(mCLEC14A)、SEQ ID NO：41(mFOXL2)、SEQ ID NO：56(mHOXA9)、SEQ ID NO：71(mNKX2
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2)、SEQ ID NO：91(mPHOX2B)、SEQ ID NO：106(mRUNX1)、SEQ ID NO：121(mSND1)、SEQ ID NO：131(mSEPT9)、SEQ ID NO：146和/或SEQ ID NO：151(mTFAP2E)、SEQ ID NO：161(mSOX2)或SEQ ID NO：171(mVAX1)中序列的多核苷酸组成的组，其中基因组DNA可能包含由头颈癌(HNC)细胞获得的DNA。2.根据权利要求1所述的方法，其中在选自所述组的至少两个，优选至少三个基因组DNA多核苷酸内检测DNA甲基化。3.根据权利要求1或2所述的方法，其包括步骤(a)将5位中未甲基化的胞嘧啶转化为尿嘧啶或不与生物样品的基因组DNA中的鸟嘌呤杂交的另一碱基；以及(b)通过检测步骤(a)的转化的DNA中未转化的胞嘧啶来检测基因组DNA内DNA甲基化。4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中DNA甲基化的检测包括确定甲基化基因组DNA的量。5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中生物样品是头部组织样品或颈部组织样品或液体活检，优选血液样品、来自血液的包含细胞游离DNA的样品、血液来源的样品或唾液样品。6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中基因组DNA是细胞游离DNA。7.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中受试者患有HNC的风险提高、疑似患有HNC、已经患有HNC或患有HNC。8.一种检测受试者中头颈癌(HNC)的存在或不存在的方法，其包括根据权利要求1至7中任一项所述的检测DNA甲基化，其中检测的甲基化基因组DNA的存在表明HNC的存在且检测的甲基化基因组DNA的不存在表明HNC的不存在。9.一种用于监测患有头颈癌(HNC)的风险提高、被怀疑患有HNC或已经患有HNC的受试者的方法，其包括根据权利要求8所述重复检测DNA甲基化，其中检测的甲基化基因组DNA的存在表明HNC的存在且检测的甲基化基因组DNA的不存在表明HNC的不存在。10.一种选自引物和探针的寡核苷酸，其包含与SEQ ID NO 2
‑
5(mADCYAP1)之一、SEQ ID NO 17
‑
20(mKHDRBS2)之一、SEQ ID NO 27
‑
30之一和/或SEQ ID NO 32
‑
35(mCLEC14A)之一、SEQ ID NO 42
‑
45(mFOXL2)之一、SEQ ID NO 57
‑
60(mHOXA9)之一、SEQ ID NO 72
‑
75(mNKX2
‑
2)之一、SEQ ID NO 92...

【专利技术属性】
技术研发人员：耶尔恩，
申请(专利权)人：EPI基因组股份公司，
类型：发明
国别省市：