一种秋茄DNA指纹图谱的构建及应用制造技术

本发明专利技术涉及一种秋茄DNA指纹图谱的构建及应用，具体而言，所述DNA指纹图谱包含14对InDel标记,能够同时准确区分至少14个不同来源地的秋茄品种。本发明专利技术的秋茄InDel标记具有特异性好、稳定性强，操作简单，检测快速的特点。点。点。

【技术实现步骤摘要】
一种秋茄DNA指纹图谱的构建及应用


[0001]本专利技术属于分子生物学
，涉及一种秋茄DNA指纹图谱 的构建及应用。

技术介绍

[0002]秋茄是红树科、秋茄属植物，是红树林的常见品种，果实形状似 笔，成熟后跟茄子非常相似，因此得名。由于受到海水周期性浸淹， 秋茄富含单宁酸，被砍伐后会氧化变成红色。秋茄是最能够耐寒的红 树林种类之一，兼具陆地植物群落和海洋植物群落的双重特性，在自 然生态平衡中有特殊作用。红树林群落除了在湿地生态系统中具有促 进土壤沉积物形成、过滤有机物和污染物以及净化水质等重要作用外， 还有抵抗潮汐和洪水冲击、减缓风浪、调节水流以及保护堤岸等功能， 是海防造林重要的物种，因而颇受人们的青睐。
[0003]植物学家根据秋茄的分布地理区系、染色体数目、生理生态适应 能力以及叶的解剖结构，认为秋茄树按照地理位置可清楚地分为两个 不同的种，即Kandelia candel或Kandelia obovate。人们发现二 者在激素信号转导和病原菌互作等生物学过程中的明显差异，这可能 表明两种秋茄在不同的分布区域有着差异性的本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种秋茄InDel分子标记的引物，其特征在于，所述引物为14对引物：第1对引物，上游引物序列如SEQ ID.NO.1所示，下游引物序列如SEQ ID.NO.2所示；第2对引物，上游引物序列如SEQ ID.NO.3所示，下游引物序列如SEQ ID.NO.4所示；第3对引物，上游引物序列如SEQ ID.NO.5所示，下游引物序列如SEQ ID.NO.6所示；第4对引物，上游引物序列如SEQ ID.NO.7所示，下游引物序列如SEQ ID.NO.8所示；第5对引物，上游引物序列如SEQ ID.NO.9所示，下游引物序列如SEQ ID.NO.10所示；第6对引物，上游引物序列如SEQ ID.NO.11所示，下游引物序列如SEQ ID.NO.12所示；第7对引物，上游引物序列如SEQ ID.NO.13所示，下游引物序列如SEQ ID.NO.14所示；第8对引物，上游引物序列如SEQ ID.NO.15所示，下游引物序列如SEQ ID.NO.16所示；第9对引物，上游引物序列如SEQ ID.NO.17所示，下游引物序列如SEQ ID.NO.18所示；第10对引物，上游引物序列如SEQ ID.NO.19所示，下游引物序列如SEQ ID.NO.20所示；第11对引物，上游引物序列如SEQ ID.NO.21所示，下游引物序列如SEQ ID.NO.22所示；第12对引物，上游引物序列如SEQ ID.NO.23所示，下游引物序列如SEQ ID.NO.24所示；第13对引物，上游引物序列如SEQ ID.NO.25所示，下游引物序列如SEQ ID.NO.26所示；第14对引物，上游引物序列如SEQ ID.NO.27所示，下游引物序列如SEQ ID.NO.28所示。2.一种鉴定秋茄品种的试剂盒，其特征在于：包含权利要求1所述的InDel分子标记引物。3.一种构建权利要求1所述引物的方法，包括如下步骤：收集秋茄基因组的信息，然后判断缺失或插入位点是否为InDel标记，根据判断后确认的InDel标记构建特异性引物；其中，所述判断方法包括采用如下的算法：假设有两条序列S＝
″
AATCGTTA
″
，T＝
″
ATCGA
″
，规定打分规则为1、match＝6；2、mismatch＝
‑
2；3、gap_open＝
‑
6；4、gap_extend＝
‑
3；对于序列S上i位置与序列T上j位置的比对得分设为：1)初始化构造(|S|+1)
×
(|T|+1)阶矩阵V，设置初始条件为：V(i，0)＝0，0≤i≤|S|V(0，j)＝0，0≤j≤|T|2)填充填充规则如下：填充规则如下：填充规则如下：其中表示该元素的值来源于上方领域的元素，表示该元素的值...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘星，王金旺，杨升，魏馨，卢翔，李效文，陈秋夏，
申请(专利权)人：浙江省亚热带作物研究所，
类型：发明
国别省市：