白菜A09染色体上与叶片低温黄化相关的SNP分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术涉及分子标记辅助育种领域，具体涉及白菜A09染色体上与叶片低温黄化相关的SNP分子标记及其应用。本发明专利技术公开了检测A0945007157位点的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定白菜低温抗性中的应用，所述A0945007157位点是白菜基因组中的一个SNP位点，为SEQ ID No.4的第101位核苷酸，其核苷酸种类为C或G。通过对F2群体187个单株验证发现标记的准确率能达到100％，该标记可用于白菜耐低温分子标记辅助育种。本发明专利技术获得的分子标记在实际应用中成本低、通量高、特异性高，为加速白菜耐低温育种提供了高效的辅助育种方法和技术。和技术。

【技术实现步骤摘要】
白菜A09染色体上与叶片低温黄化相关的SNP分子标记及其应用


[0001]本专利技术涉及分子标记辅助育种领域，具体涉及白菜A09染色体上与叶片低温黄化相关的SNP分子标记及其应用。

技术介绍

[0002]叶绿素是植物光合作用过程中最主要的色素之一，对其生长发育具有重要作用。植物在其进化过程中形成了一系列复杂的机制以精准调控叶绿素的生物合成，最终产生了白化、黄化、常绿、深绿、淡绿及条纹等叶色突变体。深入挖掘叶色突变的功能基因和分子调控机理，对于作物改善光合效率，提高产量具有重要意义。
[0003]十字花科芸薹属芸薹种作物包括大白菜亚种、小白菜亚种和芜菁亚种。叶色突变体在芸薹种作物中普遍存在，但关于温度诱导的叶色突变体尤其是低温诱导的叶色突变体鲜有报道。低温诱导下的黄化突变体光合作用迅速减弱，植株生长减缓甚至停滞，造成严重减产。随着冬春季白菜类蔬菜栽培面积的不断扩大，耐低温品种的选育显得尤为迫切。到目前为止，大量芜菁重要性状基因如抗根肿病、耐抽薹等已被广泛应用到白菜类蔬菜育种中，这也加速了白菜类蔬菜的抗病、抗逆育种进程，为白菜产业发展做出了重要贡献。与此同时，芜菁中也存在一些不良性状，这些不良性状往往在转育优异性状的同时也被导入到其它白菜类蔬菜中。因此，保留优异性状，剔除不良性状将是未来的重点。
[0004]利用与目标性状连锁的分子标记进行标记辅助选择是在遗传育种中十分有效的方法。SNP标记属于新一代分子标记，具有丰度高、检测易实现自动化等特点。基于KASP(竞争性等位基因特异性PCR)的SNPline基因分型检测是英国LGC(Laboratory of the Government Chemist)公司开发的高通量SNP分型技术，其具有准确、灵活、低成本、高通量的特点，目前已经成为国际上SNP分析的主流方法之一，并且广泛应用于作物高通量分子标记辅助育种。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的是提供白菜A09染色体上与叶片低温黄化相关的SNP分子标记及其应用。
[0006]为实现上述目的，第一个方面，本专利技术提供检测A0945007157位点的多态性或基因型的物质在下述A1)至A6)中的应用，
[0007]A1)鉴定或辅助鉴定白菜低温抗性；
[0008]A2)制备鉴定或辅助鉴定白菜低温抗性的产品；
[0009]A3)筛选或辅助筛选耐低温白菜；
[0010]A4)制备筛选或辅助筛选耐低温白菜的产品；
[0011]A5)白菜辅助育种；
[0012]A6)制备白菜辅助育种的产品；
[0013]所述A0945007157位点是白菜基因组中的一个SNP位点，为SEQ ID No.4的第101位核苷酸，其核苷酸种类为C或G。
[0014]进一步地，所述的应用中，所述检测A0945007157位点的多态性或基因型的物质可为如下D1)、D2)或D3)：
[0015]D1)所述检测A0945007157位点的多态性或基因型的物质含有扩增包括所述A0945007157位点在内的白菜基因组DNA片段的PCR引物；
[0016]D2)所述检测A0945007157位点的多态性或基因型的物质可为含有所述PCR引物的PCR试剂；
[0017]D3)含有D1)所述PCR引物或D2)所述PCR试剂的试剂盒。
[0018]进一步地，上述的应用中，所述PCR引物可为P1或P2：
[0019]P1、所述PCR引物为由核苷酸序列是序列表中序列1的第22
‑
44位的单链DNA、核苷酸序列是序列表中序列2的第22
‑
44位的单链DNA和核苷酸序列是序列表中序列3的单链DNA组成的引物组；
[0020]P2、所述PCR引物为由序列表中序列1所示的单链DNA、序列表中序列2所示的单链DNA和由序列表中序列3所示的单链DNA组成的引物组。
[0021]第二个方面，本专利技术提供鉴定或辅助鉴定白菜低温抗性的方法，所述方法包括检测待测白菜A0945007157位点的基因型，根据待测白菜的基因型鉴定或辅助鉴定白菜的低温抗性，所述A0945007157位点是白菜基因组中的一个SNP位点，为SEQ ID No.4的第101位核苷酸，其核苷酸种类为C或G；所述基因型为CC基因型、GG基因型或CG基因型；所述CC基因型表示白菜基因组中A0945007157位点的核苷酸种类为C的纯合型，所述GG基因型表示白菜基因组中所述A0945007157位点的核苷酸种类为G的纯合型；所述CG基因型表示白菜基因组中所述A0945007157位点的核苷酸种类为C和G的杂合型；
[0022]CC基因型的待测白菜对低温抗性低于或候选低于GG基因型或CG基因型的待测白菜。
[0023]第三个方面，本专利技术提供白菜育种的方法，所述方法包括选择A0945007157位点的基因型为GG或CG的白菜作为亲本进行育种，所述A0945007157位点是白菜基因组中的一个SNP位点，为SEQ ID No.4的第101位核苷酸，其核苷酸种类为C或G，所述GG基因型表示白菜基因组中所述A0945007157位点的核苷酸种类为G的纯合型；所述CG基因型表示白菜基因组中所述A0945007157位点的核苷酸种类为C和G的杂合型。
[0024]第四个方面，本专利技术提供含有上述检测A0945007157位点的多态性或基因型的物质的产品，可为C1)
‑
C3)中任一种产品：
[0025]C1)检测与白菜低温抗性相关的单核苷酸多态性或基因型的产品；
[0026]C2)鉴定或辅助鉴定白菜低温抗性的产品；
[0027]C3)用于白菜辅助育种的产品。
[0028]进一步地，所述的产品中，所述检测A0945007157位点的多态性或基因型的物质可为如下D1)、D2)或D3)：
[0029]D1)所述检测A0945007157位点的多态性或基因型的物质含有扩增包括所述A0945007157位点在内的白菜和/或芜菁基因组DNA片段的PCR引物；
[0030]D2)所述检测A0945007157位点的多态性或基因型的物质为含有所述PCR引物的
PCR试剂；
[0031]D3)含有D1)所述PCR引物或D2)所述PCR试剂的试剂盒。
[0032]进一步地，所述的产品中，所述PCR引物可为由核苷酸序列是序列表中SEQ ID No.1的第22
‑
44位的单链DNA、核苷酸序列是序列表中SEQ ID No.2的第22
‑
44位的单链DNA和核苷酸序列是序列表中SEQ ID No.3的单链DNA组成的引物组。
[0033]进一步地，上述的产品中，所述PCR引物可为由序列表中SEQID No.1所示的单链DNA、序列表中SEQ ID No.2所示的单链DNA和序列表中SEQ ID No.3所示的单链DNA组成的引物组。
[0034]本专利技术中，所述白菜可本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.检测A0945007157位点的多态性或基因型的物质在下述A1)至A6)中的应用，A1)鉴定或辅助鉴定白菜低温抗性；A2)制备鉴定或辅助鉴定白菜低温抗性的产品；A3)筛选或辅助筛选耐低温白菜；A4)制备筛选或辅助筛选耐低温白菜的产品；A5)白菜辅助育种；A6)制备白菜辅助育种的产品，所述A0945007157位点是白菜基因组中的一个SNP位点，为SEQ ID No.4的第101位核苷酸，其核苷酸种类为C或G。2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于：所述检测A0945007157位点的多态性或基因型的物质为如下D1)、D2)或D3)：D1)所述检测A0945007157位点的多态性或基因型的物质含有扩增包括所述A0945007157位点在内的白菜和/或芜菁基因组DNA片段的PCR引物；D2)所述检测A0945007157位点的多态性或基因型的物质为含有D1)所述PCR引物的PCR试剂；D3)含有D1)所述PCR引物或D2)所述PCR试剂的试剂盒。3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于：所述PCR引物为P1或P2：P1、所述PCR引物为由核苷酸序列是序列表中序列1的第22
‑
44位的单链DNA、核苷酸序列是序列表中序列2的第22
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44位的单链DNA和核苷酸序列是序列表中序列3的单链DNA组成的引物组；P2、所述PCR引物为由序列表中序列1所示的单链DNA、序列表中序列2所示的单链DNA和由序列表中序列3所示的单链DNA组成的引物组。4.鉴定或辅助鉴定白菜低温抗性的方法，其特征在于：包括检测待测白菜A0945007157位点的基因型，根据待测白菜的基因型鉴定或辅助鉴定白菜的低温抗性，所述A0945007157位点是白菜基因组中的一个SNP位点，为SEQ ID No.4的第101位核苷酸，其核苷酸种类为C或G；所述基因型为CC基因型、GG基因型或CG基因型；所述CC基因型表示白菜基因组中A0945007157位点的核苷酸种类为C的纯合型，所述GG基因型表示白菜基因组中所述A0945007157位点的核苷酸种类为G的纯合型；所述CG基因型表示白菜基因组中所述A0945007157位点的核苷酸种类为C和...

【专利技术属性】
技术研发人员：汪维红，张凤兰，于拴仓，苏同兵，温常龙，张建，李佩荣，辛晓云，余阳俊，张德双，赵岫云，
申请(专利权)人：北京市农林科学院，
类型：发明
国别省市：