一种结核分枝杆菌药物耐药基因检测引物组合物及其应用制造技术

本发明专利技术提供了一种结核分枝杆菌药物耐药基因检测的引物组合物及其试剂盒，属于基因检测技术领域。本发明专利技术所述的引物组合物或试剂盒可用于检测临床治疗结核分枝杆菌的20种药物相关的58个耐药基因中1200个序列变异位点，可对临床提取物直接进行结核分支杆菌鉴定，不需要培养，提高了序列变异位点的检测个数及检测覆盖度，降低了序列变异位点的漏检率，检测特异性强、灵敏度高，同时可对大批量样本进行平行检测，降低了检测成本。本发明专利技术所述的引物组合物及其试剂盒可广泛应用于科研、药物疗效研究、结核病流行病调查、以及结核病临床用药指导。导。

【技术实现步骤摘要】
一种结核分枝杆菌药物耐药基因检测引物组合物及其应用


[0001]本专利技术属于基因检测
，具体涉及一种结核分枝杆菌药物耐药基因检测引物组合物及其在指导结核病药物耐药检测中的应用。

技术介绍

[0002]结核病是由结核分枝杆菌感染引起的慢性传染性疾病。结核分枝杆菌可侵入人体全身各种器官，其中80％发生在肺部，称为肺结核病，其他部位如颈淋巴、脑膜、腹膜、肠、皮肤、骨骼等也可继发感染。结核分枝杆菌(Mycobacteriaceae tuberculosis)，俗称结核杆菌(tubercle bacillus)，是引起结核病的病原体，其是专性需氧的一类细菌，抗酸染色阳性，无鞭毛，有菌毛，有微荚膜但不形成芽孢，其细菌壁既没有革兰阳性菌的磷壁酸，也没有革兰阴性菌的脂多糖，但其细胞壁的脂质含量较高，易影响营养物质的吸收，故生长缓慢。在全球范围内，结核病是导致死亡的十大原因之一，迄今仍是威胁人类健康的重要疾病。
[0003]近年来随着人口高流动性，经济生活条件不稳定，病人依从性差，HIV的感染，吸烟，糖尿病等不良生活习惯等原因，导致结核病患者对药本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种结核分枝杆菌药物耐药基因检测的引物组合物，其特征在于：所述的引物组合物包括：
2.根据权利要求1所述的引物组合物，其特征在于：所述的结核分枝杆菌药物包括利福平、异烟肼、乙胺丁醇、链霉素、莫西沙星、氧氟沙星、阿米卡星、卡那霉素、卷曲霉素、吡嗪酰胺、利福布汀、乙硫异烟胺、氯法齐明、对氨基水杨酸。3.根据权利要求2所述的引物组合物，其特征在于：所述的引物组合物用于检测以下结核分枝杆菌耐药基因检测位点：(1)利福平，共包括4个耐药基因105个多态性位点，分别为：1)rpoB基因82个位点：G95F，V170F，P206R，A286V，Y314C，H323Y，V359A，T400A，F424L，F424V，T427I，Q429H，Q429V，L430P，S431G，S431T，Q432A，Q432E，Q432K，Q432L，Q432P，M434I，D435A，D435H，D435F，D435G，D435N，D435V，D435Y，N437S，N438P，S441L，S441Q，S441P，S441T，S441X，L443F，T444S，T444I，H445A，H445C，H445D，H445F，H445G，H445L，H445P，H445R，H445S，H445Y，H445X，H445Q，H445N，K446Q，K446R，R448X，L449Q，S450C，S450F，S450L，S450Q，S450W，S450Y，S450P，S450X，A451G，A451V，L452P，P454L，I480V，I491F，R511L，T526S，D545E，H674Q，T676P，E761D，G981D，1292
‑
/GCC，1296
‑
/TTC，1312AAC/
‑
，1328
‑
/GAC，1396
‑
/ATTC；2)rpoC基因19个位点：A172V，G332R，N416S，N416T，P434T，F452L，F452S，V483A，D485N，
I491T，L516P，L527V，G594E，P601L，N689S，D747A，D747G，N826K，I885V；3)rpoA基因3个位点：R186C，T187PA，E319K；4)rpoZ基因1个位点：I55X；(2)异烟肼，共包括18个耐药基因的207个多态性位点，分别为：1)katG基因104个位点：V1A，C20S，Q88E，W90R，W90X，R104L，R104Q，A106V，H108Q，H108G，A109V，A110V，G125D，Q127P，N138S，N138H，A139P，A139V，S140N，L141F，D142G，L148R，L148A，W149X，Y155C，L159P，S175X，T180K，G182R，W191G，W191R，P232R，M257I，D259E，H270Q，H270G，K274X，T275P，G297V，W300C，W300S，S302R，S315G，S315I，S315N，S315T，S315R，W321G，W321F，T326M，W328L，I335V，Y337C，W341R，Q352X，L378P，T380I，D381G，L398P，Y413H，D419Y，D419H，M420T，Q434X，Q461P，R463L，Q471R，V473F，W477X，S481L，W505X，D542H，S575X，L587M，L587P，R595X，A614E，L619P，L627P，R632C，V633A，L634F，S671X，D695A，S700P，L704S，D735A，22
‑
/T，54C/
‑
，356GCG/
‑
，367G/
‑
，591
‑
/T，971C/
‑
，1022
‑
/G，1284GCC/
‑
，1364T/
‑
，1431GGC/
‑
，1572
‑
/T，1668A/
‑
，1682A/
‑
，1899
‑
/C，1955
‑
/G，2002
‑
/T，2101
‑
/AACT；2)furA基因4个位点：S5P，
‑
7G/A，
‑
10A/C，
‑
12G/A；3)inhA基因18个位点：
‑
59C/G，
‑
34G/C，
‑
34G/T，
‑
24C/T，
‑
17A/T，
‑
16C/G，
‑
15A/T，
‑
9A/T，
‑
8T/A，
‑
8T/C，
‑
8T/G，
‑
5C/G，I21T，I21M，I21V，G90P，S94A，I194T；4)ahpC基因25个位点：
‑
6G/A，
‑
9G/A，
‑
15C/T，
‑
30C/T，
‑
34T/G，
‑
39C/T，
‑
46
‑
/T，
‑
46A/T，
‑
46A/G，
‑
48G/A，
‑
49T/G，
‑
49T/C，
‑
51G/A，
‑
52C/A，
‑
52C/G，
‑
52C/T，
‑
54C/T，
‑
57C/T，
‑
72C/T，
‑
74G/A，
‑
76T/C，
‑
81C/T，
‑
82
‑
/AT，
‑
86T/A，
‑
88G/A；5)nat基因3个位点：T175A，D188H，G207R；6)ndh基因8个位点：R13C，L104F，L104P，T110A，G225D，R268H，E360L，E360K；7)iniA基因4个位点：P3A，H481G，H481Q，R537H；8)iniB基因11个位点：180C/
‑
，198G/
‑
，222T/
‑
，686G/
‑
，725
‑
/T，750C/
‑
，878T/
‑
，1019
‑
/C，1038G/
‑
，1056A/
‑
，A222T；9)iniC基因3个位点：79
‑
/T，98
‑
/A，W83G；10)kasA基因6个位点：D66N，R121K，G269S，G312S，G387D，F413L；11)fabG1基因13个位点：609G/A(L203L)，
‑
8T/A，
‑
8T/C，
‑
8T/G，
‑
15C/A，
‑
15C/G，
‑
15C/T，
‑
16A/C，
‑
16A/G，
‑
16A/T，
‑
17G/A，
‑
17G/C，
‑
17G/T；12)Rv0340基因1个位点：V163I；13)fadE24基因1个位点：Q85R；14)Rv1592c基因1个位点：P42L；15)Rv1772基因1个位点：T4A；16)fabD基因1个位点：A3T；17)phoR基因1个位点：P186L；18)efpA基因2个位点：I73T，E520V；(3)乙胺丁醇，共包括6个耐药基因的75个多态性位点，分别为：1)embB基因38个位点：L74R，F285L，S297A，M306I，M306L，M306V，Y319N，Y319S，Y319C，D328Y，D328G，F330V，Y334H，S347T，S347I，D354A，E378A，P397T，E405D，G406A，G406C，
G406D，G406S，G406N，M423T，Q445R，Q497K，Q497P，Q497R，Q497H，E504D，Q853P，A630I，M1000R，H1002R，D1024T，D1024N，N1033K；2)embA基因8个位点：
‑
32G/
‑
，
‑
16C/G，
‑
16C/T，
‑
16C/A，
‑
12C/T，
‑
12C/A，
‑
11C/A，D4N；3)embC基因3个位点：T270I，D329G，N394D；4)embR基因2个位点：P49A，P243S；5)rpoC基因1个位点：G332R；6)ubiA基因23个位点：L31P，A35E，A35S，A38V，V55G，V55M，V148A，G165C，S173A，K174R，W175G，F176L，I179T，M180V，V188A，V229G，L235P，A237C，A237V，R240C，S244T，A249G，A278V；(4)链霉素，共包括3个耐药基因的77个多态性位点，分别为：1)rpsL基因7个位点：T40I，K43R，K43T，R86G，K88Q，K88R，K88M；2)rrs基因13个位点：419C/T，462C/T，492C/T，513C/T，514A/C，514A/T，516C/T，517C/T，878G/A，905C/A，905C/T，906A/G，907A/C；3)gidB基因57个位点：F12L，G34V，G34E，R47W，H48N，H48Q，R64W，V65G，G69D，S70R，G71E，G71X，G73A，P75L，P75R，P75S，L79S，A80P，R83P，P84L，P93L，G117V，R118S，R118L，A134E，S136X，R137P，R137W，A138T，A138V，Y195X，A200E，V203L，40C/
‑
，61C/
‑
，98
‑
/G，98G/
‑
，102G/
‑
，107T/
‑
，112C/
‑
，115C/
‑
，202G/
‑
，202
‑
/GC，211G/
‑
，237
‑
/G，238G/C，297
‑
/A，347
‑
/G，347G/
‑
，351G/
‑
，366CT/
‑
，384G/
‑
，404T/
‑
，451C/
‑
，456GA/
‑
，503A/
‑
，749ATTC/
‑
；(5)莫西沙星，共包括2个耐药基因的13个多态性位点，分别为：1)gyrA基因11个位点：G88C，G88A，A90V，A90G，S91P，D94A，D94G，D94H，D94N，D94Y，D94V；2)gyrB基因2个位点：D461N，E501D；(6)氧氟沙星，共包括2个耐药基因的39个多态性位点，分别为：1)gyrA基因16个位点：A74S，T80A，N83V，G88C，G88A，D89N，A90V，A90G，S91P，D94A，D94G，D94H，D94N，D94Y，D94V，G668D；2)gyrB基因23个位点：M291I，R446C，S447Y，D461A，D461H，D461N，G470A，I485C，I486L，D494A，N499D，T500N，E501V，A504T，T511N，Q538D，Q538H，Q538T，Q538K，H539N，I540D，I540V，E592S；(7)阿米卡星，共包括3个耐药基因的20个多态性位点，分别为：1)rrs基因5个位点：513C/T，514A/C，1401A/G，1402C/T，1484G/T；2)whiB7基因6个位点：86C/
‑
，124C/
‑
，128G/
‑
，133C/
‑
，133
‑
/C，179G/
‑
；3)gidB基因9个位点：102G/
‑
，104T/G，230T/C，254A/G，286C/T，L35R，V77A，D85G，R96C；(8)卡那霉素，共包括4个耐药基因的30个多态性位点，分别为：1)rrs基因5个位点：513C/T，514A/C，1401A/G，1402C/T，1484G/T；2)eis基因10个位点：
‑
6G/T，
‑
8C/T，
‑
8C/A，
‑
10G/A，
‑
10G/C，
‑
12C/T，
‑
14C/T，
‑
15C/G，
‑
37G/T，
‑
43A/T；3)whiB7基因6个位点：86C/
‑
，124C/
‑
，128G/
‑
，133C/
‑
，133
‑
/C，179G/
‑
；4)gidB基因9个位点：102G/
‑
，104T/G，230T/C，254A/G，286C/T，L35R，V77A，D85G，R96C；(9)卷曲霉素，共包括3个耐药基因的32个多态性位点，分别为：
1)rrs基因5个位点：513C/T，514A/C，1401A/G，1402C/T，1484G/T；2)thyA基因18个位点：R3X，Q22X，D57H，H68R，E75X，G196E，N236K，A253W，7C/T，64C/T，90
‑
/G，202
‑
/GC，203
‑
/C，203
‑
/GC，220T/C，223G/T，708T/G，755
‑
/GT；3)gidB基因9个位点：102G/
‑
，104T/G，230T/C，254A/G，286C/T，L35R，V77A，D85G，R96C；(10)吡嗪酰胺，共包括3个耐药基因的190个多态性位点，分别为：1)panD基因14个位点：H21R，I49V，I115T，M117T，M117I，E126X，A128S，E130G，P134S，L136R，V138A，V138E，V138G，M171I；2)pncA基因172个位点：
‑
12T/C，
‑
11A/G，
‑
11A/C，7G/
‑
，53C/
‑
，67
‑
/T，171CCGGCA/
...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘万飞，曲久鑫，林强，崔鹏，
申请(专利权)人：深圳市第三人民医院，
类型：发明
国别省市：