一种对反应分子动力学催化重组机制发生次数的统计方法技术

本发明专利技术公开了一种对反应分子动力学催化重组机制发生次数的统计方法，从反应分子动力学模拟过程输出的轨迹文件中提取数据，通过E

【技术实现步骤摘要】
一种对反应分子动力学催化重组机制发生次数的统计方法


[0001]本专利技术涉及化学分子反应动力学
，尤其涉及一种对反应分子动力学催化重组机制发生次数的统计方法。

技术介绍

[0002]分子动力学是一门结合物理，数学和化学的一套广泛应用的分子模拟方法，其基本原理是由牛顿经典运动方程计算物理系统中各个原子的运动轨迹，然后采用统计的方法计算出体系的各种性质。分子动力学在纳米尺度、纳秒级别有着无可比拟的优势，是科研领域里不可或缺的研究方法。分子动力学模拟软件LAMMPS(Large
‑
scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator)支持多种物质形态下、多种系综下大规模原子分子体系模拟计算，且具有良好的扩展性，被广泛应用于分子动力学模拟工作。
[0003]反应分子动力学综合了传统分子动力学可以进行大规模体系运算和密度泛函理论可以进行化学计算的优点，AdrivanDuin和William A.Goddard III设计的Reax FF反应力场形式已经成功的应用于大量的反本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种对反应分子动力学催化重组机制发生次数的统计方法，其特征在于，包括如下步骤：S1：在整个模拟期间，每间隔预设时长在通量边界模型中导出一次所有双原子气体原子的轨迹文件，合并保存为dump.txt文件；S2：对dump.txt文件进行预处理，仅保留保存数据时的计算步数、原子序号、原子种类和原子坐标，保存为dump.xlsx文件，将dump.xlsx文件以数值矩阵格式导入MATLAB程序中，命名为dump；S3：在通量边界模型中导出所有分子的所有原子的轨迹文件，对导出的所有分子的所有原子的轨迹文件进行预处理，仅保留原子种类所在行，保存为atom.txt文件，将atom.txt文件以数值矩阵格式导入MATLAB程序中，命名为atom；S4：通过文件dump内的原子坐标判断文件dump内的原子之间是否形成分子；若是，则标记形成分子的原子的序号、坐标，并保存在lh.txt文件中，将lh.txt文件以数值矩阵格式导入MATLAB程序中，命名为lh；若否，则不进行标记和保存；S5：遍历文件lh中形成分子的每个原子序号，通过文件atom内与文件lh中的原子序号对应的原子在不同时刻的z轴坐标，判断每个时刻下文件atom内的原子与壁面的距离是否小于距离阈值；若是，则将文件atom内原子序号和该时刻下原子坐标保存在lh2.txt文件中；若否，则不保存；待遍历文件lh中的所有原子序号后，将lh2.txt文件以数值矩阵格式导入MATLAB程序中，命名为lh2；S6：对于文件lh2中形成分子的所有原子均进行如下判断：在文件lh2中获取形成某一分子的原子a与壁面的距离...

【专利技术属性】
技术研发人员：贺立超，叶致凡，崔智亮，赵瑾，姚贵策，文东升，
申请(专利权)人：北京航空航天大学，
类型：发明
国别省市：