一种用于预测肿瘤患者顺铂敏感性的试剂盒及其应用制造技术

本发明专利技术提供了一种用于预测肿瘤患者顺铂敏感性的试剂盒，该试剂盒包含：miRcute miRNA提取分离试剂盒、TruSeq miRNA Sample Prep Kitv2试剂盒和TruSeq SR Cluster Kitv3

【技术实现步骤摘要】
一种用于预测肿瘤患者顺铂敏感性的试剂盒及其应用


[0001]本专利技术涉及分子诊断
，具体的说，涉及一种用于预测肿瘤患者顺铂敏感性的试剂盒及其应用。

技术介绍

[0002]微小核糖核酸(microRNA，miRNA)是一类内源性的具有调控功能的非编码RNA，长约20～25个核苷酸。miRNA参与各种各样的调节途径，在肿瘤生成、增殖、代谢、凋亡中都发挥着极为重要的作用，在肿瘤诊断和监测等方面也有着广阔的发展前景。
[0003]顺铂主要通过靶向DNA复制而抑制肿瘤细胞增殖并引发程序性凋亡。但是，患者接受治疗过程中容易产生顺铂耐药，影响治疗效果。顺铂的耐药机制较为复杂，该药进入肿瘤细胞后，在靶向染色体之前可能会失去活性，失活后的药物将无法与DNA络合以杀伤细胞。因此，预测患者顺铂治疗的敏感性对于肿瘤患者治疗方案的制定极为重要。
[0004]
技术实现思路

[0005]本专利技术的目的在于提供一种用于预测肿瘤患者顺铂敏感性的试剂盒，该试剂盒包含：miRcute miRNA提取分离试剂盒(天根公司)、TruSeq miRNA Sample Prep Kitv2试剂盒(美国Illumina公司)和TruSeq SR Cluster Kitv3
‑
cBot
–
HS试剂盒(美国Illumina公司)；
[0006]本专利技术所提供的用于预测肿瘤患者顺铂敏感性的试剂盒，还包含说明书；
[0007]本专利技术所提供的用于预测肿瘤患者顺铂敏感性的试剂盒，还包含乙醇、水等常用试剂。
[0008]本专利技术提供的用于预测肿瘤患者顺铂敏感性的试剂盒，用于预测肿瘤患者顺铂敏感性的步骤如下：
[0009](1)使用miRcute miRNA提取分离试剂盒(miRcute miRNA Isolation Kit)提取肿瘤组织样本中的miRNA；
[0010](2)miRNA文库构建：采用TruSeq miRNA Sample Prep Kitv2试剂盒完成；
[0011](3)簇生成：采用TruSeq SR Cluster Kitv3
‑
cBot
–
HS试剂盒完成；
[0012](4)Illumina Hiseq2000测序：Hiseq2000上机，测序结果将原始数据转换成Fastq格式；
[0013](5)数据分析：
[0014]①
对原始Fastq文件数据去除接头序列后，并检验测序片段碱基的质量和长度，筛选质量可靠的测序片段；
[0015]②
将测序结果与miRbase数据库比对过滤，鉴定出结果中的已知人的miRNA数据；
[0016]③
根据鉴定的miRNA进行表达量统计，miRNA表达量计算采用TPM(transcript per million)计算度量指标，TPM公式＝(每条miRNA比对到的read数目)/(样本总比对read数目)
×
106；
[0017]④
将目的miRNA的表达量(TPM)进行相关计算，预测评分值＝
‑
0.0061*miR
‑
215+(
‑
0.0011*miR
‑
129
‑1‑
3p)+0.0120*miR
‑
1283+(
‑
0.0007*miR
‑
126
‑
3p)+(
‑
0.0088*miR
‑
199b
‑
5p)。
[0018]基于上述评分模型，计算每个样本的评分，得到预测评分值。当预测评分值<10，可认定该患者肿瘤对顺铂高度敏感；当预测评分值≥10并且≤27时，可认定该患者肿瘤对顺铂中度敏感；当预测评分值>27，可认定该患者肿瘤对顺铂不敏感。
[0019]其中所述的目的miRNA为：miR
‑
215
‑
5p、miR
‑
1283、miR
‑
129
‑1‑
3p、miR
‑
126
‑
3p和miR
‑
199b
‑
5p；其所对应的序列分别为：
[0020]5'
‑
AUGACCUAUGAAUUGACAGAC
‑
3',
[0021]5'
‑
UCUACAAAGGAAAGCGCUUUCU
‑
3'，
[0022]5'
‑
AAGCCCUUACCCCAAAAAGUAU
‑
3'，
[0023]5'
‑
UCGUACCGUGAGUAAUAAUGCG
‑
3',
[0024]5'
‑
CCCAGUGUUUAGACUAUCUGUUC
‑
3'。
[0025]本专利技术的用于预测肿瘤患者顺铂敏感性的试剂盒，其工作原理是基于如下：
[0026]1.肿瘤miRNA表达数据分析
[0027]首先，从CCLE数据库中获得肿瘤细胞系的miRNA测序结果，共包含30种常见肿瘤的1775种细胞系。按照miRbase V21.0的MIMAT序列号整理mature miRNA和star miRNA，分析每种miRNA的表达量，以TPM值表示。
[0028]其次，通过edgeR包中的filterByExpr函数提供了自动过滤基因的方法自动过滤低表达miRNA，以防止其干扰结果，从而对数据中均值
‑
方差关系进行更精确的估计，减少观察差异表达下游分析中的运算量。最终以顺铂敏感组建立分布，同时得到差异表达miRNA，结果如附图1所示。
[0029]2.miR
‑
215
‑
5p，miR
‑
1283，miR
‑
129
‑1‑
3p，miR
‑
126
‑
3p，miR
‑
199b
‑
5p与IC50模型构建，通过Lasso回归进一步得到了与IC50值显著相关的miRNA，最终挑选出5个miRNA为：miR
‑
215
‑
5p，miR
‑
1283，miR
‑
129
‑1‑
3p，miR
‑
126
‑
3p，miR
‑
199b
‑
5p；通过Logistic回归，训练数据集，特征数据x＝{x1,x2,
…
,xm}和对应的分类数据y＝{y1,y2,
…
,ym}。构建逻辑回归模型f本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于预测肿瘤患者顺铂敏感性的试剂盒，其特征在于该试剂盒包含：miRcute miRNA提取分离试剂盒、TruSeq miRNA Sample Prep Kitv2试剂盒和TruSeq SR Cluster Kitv3
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HS试剂盒。2.根据权利要求1所述的用于预测肿瘤患者顺铂敏感性的试剂盒，还包含使用说明书。3.应用权利要求1所述的用于预测肿瘤患者顺铂敏感性的试剂盒预测肿瘤患者顺铂敏感性的方法，包含如下步骤：(1)使用miRcute miRNA提取分离试剂盒提取肿瘤组织样本中的miRNA；(2)miRNA文库构建：采用TruSeq miRNA Sample Prep Kitv2试剂盒完成；(3)簇生成：采用TruSeq SR Cluster Kitv3
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HS试剂盒完成；(4)Illumina Hiseq2000测序：Hiseq2000上机，测序结果将原始数据转换成Fastq格式；(5)数据分析：
①
对原始Fastq文件数据筛选质量可靠的测序片段；
②
将测序结果与miRbase数据库比对过滤，鉴定出结果中的已知人的...

【专利技术属性】
技术研发人员：隋启海，毕国澍，胡正阳，曾德军，赵梦男，王琳，詹成，林宗武，
申请(专利权)人：复旦大学附属中山医院，
类型：发明
国别省市：