石蜡包埋组织样本的处理方法以及其质谱检测方法技术

本发明专利技术公开了一种石蜡包埋组织样本的处理方法以及其质谱检测方法。本发明专利技术提供了一种处理方法，其包括以下步骤：步骤1：在十二烷基硫酸钠存在下，将石蜡包埋组织样本在裂解液中进行裂解，得到蛋白裂解液；步骤2：将步骤1中蛋白裂解液通过丙酮沉淀，得到蛋白固体；步骤3：在尿素存在下，将步骤2中的蛋白固体在缓冲液中进行溶解，得到蛋白溶液；步骤4：将步骤3得到的蛋白溶液进行FASP酶解和脱盐，得到肽段。本发明专利技术的方法可以高得率得获取肽段，且步骤少，通过进一步的质谱检测，即可获取石蜡包埋组织样本中的蛋白和肽段信息。样本中的蛋白和肽段信息。

【技术实现步骤摘要】
石蜡包埋组织样本的处理方法以及其质谱检测方法


[0001]本专利技术涉及一种石蜡包埋组织样本的处理方法及其质谱检测方法。

技术介绍

[0002]组织样本，尤其是石蜡包埋组织样本，二硫键交联，其中蛋白的提取过 程繁杂，若采用一般的提取方法，蛋白的提取量极少，后续分析和评估受限。 对于临床研究少且珍贵样本或是其他较少的样本，选用适宜可靠的提取方案 十分关键。
[0003]基于MS/MS质谱高灵敏高精度特征，及其更新换代和技术水平不断升 级趋势，外加其不同于基因组学、转录组学、代谢组学等的大样本量需求， LC-MS/MS质谱的可以实现组织样本的高精准、高覆盖蛋白检测。
[0004]因此，综合少而珍贵的组织样本的获取、蛋白提取以及质谱技术，有助 于更快、更高效的实现样本蛋白的获取和检测分析、科研对于特殊样本的研 究分析、以及临床对于疾病的筛查和评估、诊断。

技术实现思路

[0005]本专利技术提供了一种与现有技术不同的的石蜡包埋组织样本的处理方法 及其质谱检测方法。本专利技术的石蜡包埋组织样本处理方法可以高得率得获取 肽段，且步骤少，通过进一步的质谱检测，即可获取石蜡包埋组织样本中的 蛋白和肽段信息。
[0006]本专利技术提供了一种石蜡包埋组织样本的处理方法，其包括以下步骤：
[0007]步骤1：在十二烷基硫酸钠(SDS)存在下，将石蜡包埋组织样本在裂 解液中进行裂解，得到蛋白裂解液；
[0008]所述的裂解液由以下含量的原料组成：终浓度为50-150mM的三(羟甲 基)氨基甲烷-盐酸(Tris-HCl)；终浓度为50-150mM的二硫苏糖醇(DTT)； 终浓度为1-2mM的苯甲基磺酰氟(PMSF)；和水；
[0009]步骤2：将步骤1中蛋白裂解液通过丙酮沉淀得到蛋白固体；
[0010]步骤3：在尿素存在下，将步骤2中的蛋白固体在缓冲液中进行溶解， 得到蛋白溶液；
[0011]步骤4：将步骤3得到的蛋白溶液进行FASP酶解和脱盐，得到肽段。
[0012]步骤1中，所述的十二烷基硫酸钠的终浓度优选为质量分数为1-10％， 例如4％、8％。所述的十二烷基硫酸钠优选以溶液的形式加入至所述的裂解 液中，例如采用质量分数为20％的还原剂加入至裂解液中。
[0013]所述的质量分数为十二烷基硫酸钠的质量占所述的裂解液各个原料总 质量的质量百分比。
[0014]所述的摩尔浓度为各个原料的摩尔量与所述的裂解液的总体积的摩尔 体积比。
[0015]步骤1中，所述的石蜡包埋组织样本可以为人十二指肠活检组织石蜡包 埋组织样本、人胃活检组织石蜡包埋组织样本、人食管活检组织石蜡包埋组 织样本或人胰腺活检组
织石蜡包埋组织样本。所述的人十二指肠活检组织石 蜡包埋组织样本可以为人十二指肠微浸润癌组织石蜡包埋组织样本。所述的 人胃活检组织石蜡包埋组织样本可以为人胃癌旁组织石蜡包埋组织样本。所 述的人胃活检组织石蜡包埋组织样本可以为低分化组织石蜡包埋组织样本。 所述的人胰腺活检组织石蜡包埋组织样本可以为人胰腺癌活检组织石蜡包 埋组织样本。所述的人食管活检组织石蜡包埋组织样本可以为人食管癌癌旁 活检组织石蜡包埋组织样本。
[0016]步骤1中，所述的石蜡包埋组织样本优选经研磨后再进行裂解。所述的 研磨的方式优选为冰上研磨。所述的研磨的温度优选为≤4℃，优选0-4℃。 所述的研磨的总时间优选为≤3min，例如3min。
[0017]步骤1中，所述的裂解液优选由以下含量的原料组成的任一裂解液：配 方1：“终浓度为50mM的三(羟甲基)氨基甲烷-盐酸；终浓度为100mM的二 硫苏糖醇；终浓度为1mM的苯甲基磺酰氟；和水”、
[0018]配方2：“终浓度为100mM的三(羟甲基)氨基甲烷-盐酸；终浓度为 100mM的二硫苏糖醇；终浓度为1mM的苯甲基磺酰氟；和水”、
[0019]配方3：“终浓度为150mM的三(羟甲基)氨基甲烷-盐酸；终浓度为 100mM的二硫苏糖醇；终浓度为1mM的苯甲基磺酰氟；和水”、
[0020]配方4：“终浓度为100mM的三(羟甲基)氨基甲烷-盐酸；终浓度为50mM 的二硫苏糖醇；终浓度为1mM的苯甲基磺酰氟；和水”、
[0021]配方5：“终浓度为100mM的三(羟甲基)氨基甲烷-盐酸；终浓度为 150mM的二硫苏糖醇；终浓度为1mM的苯甲基磺酰氟；和水”、
[0022]和配方6：“终浓度为100mM的三(羟甲基)氨基甲烷-盐酸；终浓度为 100mM的二硫苏糖醇；终浓度为2mM的苯甲基磺酰氟；和水”。
[0023]步骤1中，所述的裂解的温度优选为90-100℃，例如99℃。
[0024]步骤1中，所述的裂解的转速优选为800-2400pm，例如1800rpm。
[0025]步骤1中，所述的裂解的时间优选为1-3h，例如90min。
[0026]步骤1中，所述的蛋白裂解液在进行丙酮沉淀法前优选经过离心处理。 所述的离心的时间优选为3-10min，例如5min。
[0027]步骤2中，所述的丙酮沉淀法中所用到试剂优选为丙酮。
[0028]步骤2中，所述的丙酮沉淀法优选包括以下步骤：将丙酮与上述的蛋白 裂解液混合、静置、去上清液、洗涤和干燥，得到蛋白固体，即可。
[0029]所述的丙酮沉淀法中，所述的步骤1中得到的蛋白裂解液与所述的丙酮 的体积比优选为1:5-1:10，例如1:5。
[0030]所述的丙酮沉淀法中，所述的混合的温度优选为0-4℃。
[0031]所述的丙酮沉淀法中，所述的静置的温度优选为-20-0℃，例如-20℃。
[0032]所述的丙酮沉淀法中，所述的静置的时间优选为4-12h，例如12h。
[0033]所述的丙酮沉淀法中，所述的洗涤的试剂优选为丙酮。
[0034]所述的丙酮沉淀法中，所述的洗涤的方式采用离心的方式。所述的离心 的温度优选为0-4℃，例如4℃。所述的离心的时间优选为30-90s，例如30s。
[0035]所述的丙酮沉淀法中，所述的洗涤的次数优选为2-4次，例如2次。
[0036]所述的丙酮沉淀法中，所述的干燥的方式可以为吹干，例如3级风吹干。
[0037]步骤3中，所述的尿素在缓冲液中的终浓度优选为4-10M，例如8M。
[0038]步骤3中，所述的蛋白固体与所述的缓冲液的质量体积比优选为1:50
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1:200g/mL，例如1:100。
[0039]步骤3中，所述的缓冲溶液优选为1M的三(羟甲基)氨基甲烷-盐酸(Tris
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HCl)的缓冲溶液(pH值为8.0)。
[0040]步骤3中，所述的蛋白溶液在进行酶解前优选经过过滤和洗涤。所述的 过滤优选在FASP(Filter-Aided Sample Preparation)膜上进行。所述的洗涤 的试剂优选为NH4CO3水溶液(例如浓度为50mM的NH4CO3本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种石蜡包埋组织样本的处理方法，其包括以下步骤：步骤1：在十二烷基硫酸钠存在下，将石蜡包埋组织样本在裂解液中进行裂解，得到蛋白裂解液；所述的裂解液由以下含量的原料组成：终浓度为50-150mM的三(羟甲基)氨基甲烷-盐酸；终浓度为50-150mM的二硫苏糖醇；终浓度为1-2mM的苯甲基磺酰氟；和水；步骤2：将步骤1中蛋白裂解液通过丙酮沉淀得到蛋白固体；步骤3：在尿素存在下，将步骤2中的蛋白固体在缓冲液中进行溶解，得到蛋白溶液；步骤4：将步骤3得到的蛋白溶液进行FASP酶解和脱盐，得到肽段。2.如权利要求1所述的处理方法，其特征在于，步骤1中，所述的裂解液为由以下含量的原料制得任一裂解液：配方1：“终浓度为50mM的三(羟甲基)氨基甲烷-盐酸；终浓度为100mM的二硫苏糖醇；终浓度为1mM的苯甲基磺酰氟；和水”、配方2：“终浓度为100mM的三(羟甲基)氨基甲烷-盐酸；终浓度为100mM的二硫苏糖醇；终浓度为1mM的苯甲基磺酰氟；和水”、配方3：“终浓度为150mM的三(羟甲基)氨基甲烷-盐酸；终浓度为100mM的二硫苏糖醇；终浓度为1mM的苯甲基磺酰氟；和水”、配方4：“终浓度为100mM的三(羟甲基)氨基甲烷-盐酸；终浓度为50mM的二硫苏糖醇；终浓度为1mM的苯甲基磺酰氟；和水”、配方5：“终浓度为100mM的三(羟甲基)氨基甲烷-盐酸；终浓度为150mM的二硫苏糖醇；终浓度为1mM的苯甲基磺酰氟；和水”、和，配方6：“终浓度为100mM的三(羟甲基)氨基甲烷-盐酸；终浓度为100mM的二硫苏糖醇；终浓度为2mM的苯甲基磺酰氟；和水”。3.如权利要求1所述的处理方法，其特征在于，步骤1中，所述的十二烷基硫酸钠的终浓度为质量分数1-10％；和/或，步骤1中，所述的石蜡包埋组织样本为人十二指肠活检组织石蜡包埋组织样本、人胃活检组织石蜡包埋组织样本、人食管活检组织石蜡包埋组织样本或人胰腺活检组织石蜡包埋组织样本；和/或，步骤1中，所述的石蜡包埋组织样本经研磨后再进行裂解；和/或，步骤1中，所述的裂解的温度为90-100℃；和/或，步骤1中，所述的裂解的转速为800-2400pm；和/或，步骤1中，所述的裂解的时间为1-3h；和/或，步...

【专利技术属性】
技术研发人员：丁琛，李玲玲，秦兆宇，王云之，
申请(专利权)人：复旦大学，
类型：发明
国别省市：