一种口炎清作用靶点的筛选方法技术

本发明专利技术涉及一种口炎清作用靶点的预测方法。该方法包括如下步骤：采用中药系统药理学平台、毒性与基因比较数据库及靶点预测平台检索预测靶点，构建口炎清活性成分靶点库，并通过软件建立成分和对应靶点的可视化网络。进而构建活性成分和口腔溃疡疾病靶点库。最后对所有成分靶点和口腔溃疡疾病靶点进行了蛋白质

【技术实现步骤摘要】
一种口炎清作用靶点的筛选方法


[0001]本专利技术涉及药物靶点研究领域，具体涉及一种口炎清作用靶点的筛选方法。

技术介绍

[0002]中药复方口炎清制剂用于阴虚火旺型口腔炎症的治疗，在临床上已使用数十年，疗效确切，但由于其成分复杂，对口炎清的作用机制研究较少，其作用靶点尚不明确。中药复方一般具有多成分、多靶点的特点，单一通路研究难以诠释中药“整体观念”的治疗思想。口腔溃疡是一种复杂的免疫疾病，对口腔溃疡的治疗研究也应该是从多因素的角度出发。因些，针对于口炎清治疗口腔溃疡的作用机制和靶点的研究，应该从整体的角度出发。以往的药物作用机制研究方法多是从细胞实验和动物实验开始，耗时长、风险大，也难以满足中药复方复杂体系的药理机制研究。
[0003]因此有必要建立一种针对于口炎清快速经济准确的中药作用机制和作用靶点研究方法，为口炎清制剂生产的质量控制提供更好的技术基础。

技术实现思路

[0004]基于上述问题，本专利技术旨在提供一种口炎清作用靶点的筛选方法，克服现有方法耗时长、成本高的缺点。
[0005]本专利技术采用的技术方案包括如下步骤：
[0006]1.构建口炎清活性成分靶点库：采用中药系统药理学平台、毒性与基因比较数据库检索靶点，再使用靶点预测平台数据库检索得到活性成分对应的靶点，通过软件建立成分和对应靶点的可视化网络；
[0007]2.构建活性成分和口腔溃疡疾病靶点库：人类孟德尔遗传数据库、人类基因数据库、基因疾病关联数据库和药物研发数据库中检索疾病靶点，再将各数据库结果整合去重后得到口腔溃疡疾病靶点库；
[0008]3.通过网络构建和网络拓扑分析预测口炎清作用靶点：对所有成分靶点和口腔溃疡疾病靶点进行了蛋白质
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蛋白质相互作用，建立可视化网络，并分析网络的拓扑特征，通过网络结点的度、中介中心性和接近中心性3个拓扑参数筛选预测核心靶点。
[0009]所述步骤3所述拓扑参数构建的网络中的度大于2倍中位值，中介中心性和接近中心性均大于中位值的结点作为预测核心靶点。
[0010]经验证试验证明：本方法建立的口炎清作用靶点预测方法可以解释口炎清发挥药效的科学内涵，也可以应用于其他多成分药物的作用机制研。且具有以下优点：本方法提供了一种从整体角度出，更符合中药复杂体系的作用机制特点；本方法是基于数据挖掘、网络拓扑分析、分子虚拟对接手段，具有耗时少、成本低的优势。
附图说明
[0011]图1为成分
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预测靶点网络图；
[0012]图2为预测靶点的度和中介中心性分布图；
[0013]图3为靶点验证动物试验的结果图示。
具体实施方式
[0014]下面结合具体实施例对本专利技术做进一步说明，但本专利技术并不局限于此。
[0015]1.研究方法
[0016](1)活性成分靶点库构建
[0017]通过中药系统药理学平台(TCMSP,http://tcmspw.com/tcmsp.php)、Toxicogenomics Database(CTD,http://ctdbase.org/)和毒性与基因比较数据库(CTD,https://ctdbase.org/)检索靶点，以及使用SwissTargetPrediction(STPD,http://www.swisstargetprediction.ch/)数据库预测靶点，得到活性成分对应的靶点。通过Cytoscape 3.7.0软件建立成分和对应靶点的可视化网络。成分
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预测靶点可视化网络图见图1。
[0018](2)疾病关联靶点库构建
[0019]以“Oral ulcer”或“Mouth ulcer”为关键词，在人类孟德尔遗传数据库(OMIM,https://omim.org/)、人类基因数据库(Genecards,https://www.malacards.org/)、基因疾病关联数据库(DisGeNET,http://www.disg enet.org/)和药物研发(Integrity)数据库(https://integrity.thomson
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pharma.com/integrity/xmlxsl/)中检索疾病靶点。然后，将各数据库结果整合去重后得到口腔溃疡疾病靶点库。
[0020](3)蛋白质
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蛋白质相互作用(PPI)分析
[0021]为了寻找成分靶点和疾病靶点之间的相互联系，进而发现与成分直接和间接作用靶点间的相互关系，对所有成分靶点和疾病靶点进行了蛋白质
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蛋白质相互作用研究。在STRING(https://string
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db.org/)中导入活性成分靶点和口腔溃疡相关靶点，选择好种属“Homo spaiens”并提交，“minimum required interaction score”设置成0.4，获得关键药效成分靶点和口腔溃疡相关靶点的相互作用网络，以TSV格式导出结果。将导出的结果使用Cytoscape 3.7.0软件建立起可视化网络，并分析网络的拓扑特征。
[0022](4)核心靶点的筛选
[0023]将成分靶点映射到疾病靶点网络，得到与成分和疾病共同相关的靶点。将与成分疾病共同相关的靶点以及和共同靶点直接相连的靶点取出，再使用STRING数据库进行PPI分析，然后利用Cytoscape 3.7.0软件进行可视化，并分析网络的拓扑特征。网络的拓扑分析中，将网络结点的度(degree)大于2倍中位值，中介中心性(Betweenness centrality)和接近中心性(Closeness centrality)大于中位值的节点作为核心靶点。靶点的度和中介中心性分布图见图2。
[0024](5)成分
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核心靶点网络构建及分析
[0025]将核心靶点导入STRING数据库进行PPI分析，导入TSV格式文件结果，用该结果和关键药效成分信息导入Cytoscape 3.7.0软件，利用其可视化功能构建活性成分
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核心靶点网络，并分析网络的拓扑特征。
[0026](6)GO和KEGG通路富集分析
[0027]为了推测核心靶点可能参与生物过程和信号通路，本研究利用David数据库
(https://david.ncifcrf.gov/)(V6.8)对核心靶点进行GO(gene ontology)注释分析，包括生物过程(Biological process)、细胞组分(Cell component)、分子功能(Molecular function)。同时，在该数据进行KEGG信号通路富集分析。并根据P
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Value值取GO分析前10的条目和信号通路前15的条目(P≤0.05)。同时，使用Cytoscape 3.7.0软件构建成分
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靶点
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通路网络图。
[0028](7)分子对接研本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种口炎清制剂作用靶点的筛选方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)构建口炎清活性成分靶点库：采用中药系统药理学平台、毒性与基因比较数据库检索靶点，再使用靶点预测平台数据库检索得到活性成分对应的靶点，通过软件建立成分和对应靶点的可视化网络；(2)构建活性成分和口腔溃疡疾病靶点库：人类孟德尔遗传数据库、人类基因数据库、基因疾病关联数据库和药物研发数据库中检索疾病靶点，再将各数据库结果整合去重后得到口腔溃疡疾病靶点库...

【专利技术属性】
技术研发人员：谌攀，李沛波，苏薇薇，姚宏亮，
申请(专利权)人：中山大学，
类型：发明
国别省市：