微生物分析方法技术

在使用MALDI

【技术实现步骤摘要】
微生物分析方法


[0001]本专利技术涉及微生物分析方法。

技术介绍

[0002]作为质谱分析中的电离法之一的基质辅助激光解吸/电离(MALDI＝Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization)法是如下的方法：为了分析难以吸收激光的物质、蛋白质等容易受到激光损伤的物质，将在激光下容易吸收且容易电离的基质物质与分析对象物质混合，对其照射激光而使分析对象物质电离。通常基质物质以溶液的形式与分析对象物质混合。然后，通过使溶液中的溶剂气化来进行干燥，形成包含分析对象物质的晶体。对其照射激光时，基质物质吸收激光的能量而被迅速加热，发生气化。此时，分析对象物质也与基质物质一起气化，在该过程中使分析对象物质电离。
[0003]利用这种MALDI法的质谱分析装置(MALDI
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MS)能够在基本不使蛋白质等高分子化合物解离的情况下进行分析，而且也适于微量分析，因此在生命科学的领域中广泛利用。作为生命科学领域中的MALDI
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MS的利用之一，有使用MALDI
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MS的微生物的鉴定。其为根据使用被检微生物得到的质谱图来进行微生物的鉴定的方法，能够以短时间得到分析结果，因此能够进行简便且迅速的微生物的鉴定。
[0004]例如食物中毒的代表性的原因细菌之一有属于革兰氏阴性兼性厌氧杆菌的肠杆菌科的沙门氏菌。Salmonella(以下简写为“S.”)enterica、S.bongori及S.subterranea这3个菌种属于沙门氏菌属，进而S.enterica被分类为6个亚种。引起食物中毒的病原性沙门氏菌大多是属于S.enterica subsp.enterica，该亚种进一步被分类为多个血清型。沙门氏菌属菌的菌种、亚种、血清型的判别对于食物中毒的感染路径的阐明及感染防止是重要的，因此近年来尝试了使用MALDI
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MS的沙门氏菌属菌的识别。
[0005]现有技术文献
[0006]非专利文献
[0007]非专利文献1：Appl.Microbiol.Biotechnol.,Applied Microbiology and Biotechnology,Vol.101,No.23
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24,pp.8557
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8569,2017

技术实现思路

[0008]专利技术要解决的问题
[0009]利用MALDI
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MS的沙门氏菌属菌的菌种、亚种、血清型的判别通过检测在菌种、亚种、血清型不同的菌体之间质谱上的位置(质荷比、m/z值)、高度(峰强度、mV值)不同的峰、即生物标记物峰来进行。以细菌为代表的微生物的判别常常使用蛋白质的峰作为生物标记物峰(非专利文献1)。
[0010]通常在近缘的微生物的情况下，源自多个蛋白质的峰的质荷比相同或相似。因此，为了以血清型的水平准确判别沙门氏菌属菌，仅选出源自1种蛋白质的峰作为生物标记物峰是不够的，需要选出与血清型的种类相应的适当的源自多个蛋白质的峰。另外，已判明能
够使用生物标记物峰来识别的血清型是有限的，追求识别更多的血清型。
[0011]本专利技术要解決的问题是，在使用MALDI
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MS的微生物分析方法中，使得能够尽可能准确地识别沙门氏菌属菌的更多的血清型。
[0012]用于解决问题的方案
[0013]为了解决上述问题而做出的本专利技术的微生物分析方法具备如下步骤：
[0014]读取步骤，从对含有微生物的试样进行质谱分析所得到的质谱，读取源自从由10种蛋白质即gns、YaiA、YibT、PPI、L25、L21、S8、L17、L15、S7及它们的任意组合组成的组中选择的1至10种蛋白质的峰的质荷比m/z；
[0015]识别步骤，根据前述读取的峰的质荷比m/z，识别前述试样中是否含有沙门氏菌(Salmonella)属菌的6种血清型即阿巴特图巴(Abaetetuba)、鸭(Anatum)、纽波特(Newport)、浦那(Poona)、塔拉哈西(Tallahassee)、及韦洛尔(Vellore)中的至少1种。
[0016]专利技术的效果
[0017]根据本专利技术，能够识别试样中包含以往难以与其它沙门氏菌属菌和血清型区别的沙门氏菌属菌的规定6种血清型中的任意种菌。
附图说明
[0018]图1为本专利技术的微生物的分析方法中使用的微生物分析系统的概要整体构成图。
[0019]图2为示出微生物分析方法的过程的一例的流程图。
[0020]图3为针对包含沙门氏菌属菌的6种血清型的各菌体的试样得到的源自10种蛋白质的峰的质荷比。
[0021]图4为针对包含沙门氏菌属菌的22种血清型的各菌体的试样得到的源自10种蛋白质的峰的质荷比。
[0022]图5为属于第1组的3种血清型的沙门氏菌属菌中的蛋白质YaiA及L25的质谱。
具体实施方式
[0023]本专利技术的微生物分析方法具有如下步骤：
[0024]读取步骤，从对含有微生物的试样进行质谱分析所得到的质谱，读取源自从由10种蛋白质即gns、YaiA、YibT、PPI、L25、L21、S8、L17、L15、S7及它们的任意组合组成的组中选择的1至10种蛋白质的峰的质荷比m/z；以及，
[0025]识别步骤，根据前述读取的质荷比m/z，识别前述试样中是否包含沙门氏菌(Salmonella)属菌的6种血清型即Abaetetuba、Anatum、Newport、Poona、Tallahassee及Vellore中的至少1种。
[0026]非专利文献1中报告了12种蛋白质(gns、YaiA、YibT、PPI、L25、L21、S8、L17、L15、S7、YciF、SodA)作为对沙门氏菌属菌的22种血清型的识别有效的生物标记物，但本专利技术新发现了，通过使用其中10种蛋白质(gns、YaiA、YibT、PPI、L25、L21、S8、L17、L15、S7)作为生物标记物，能够识别试样中是否包含6种血清型中的至少1种菌体。
[0027]试样中包含6种血清型中的至少1种菌体的情况下，可知对该试样得到的质谱中存在的峰中的至少一个为源自10种蛋白质中任意者的峰。源自前述10种蛋白质的峰的质荷比的范围是已知的，因此判断对试样得到的质谱上的10种蛋白质各自所对应的各质荷比范围
内是否存在峰，在10种蛋白质中的至少1种所对应的质荷比范围内存在峰的情况下，有可能在前述试样中包含6种血清型中的至少1种菌体，不存在峰的情况下，能够判断前述6种血清型的菌体均未包含在前述试样中。
[0028]另外，本专利技术的微生物分析方法具有如下步骤：
[0029]读取步骤，从对含有微生物的试样进行质谱分析所得到的质谱，读取源自从由10种蛋白质即gns、YaiA、YibT、PPI、L25、L21、S8、L17、L15、S7及它们的任意组合组成的组中选择的1至10种蛋白质的峰的质荷比本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种微生物分析方法，其具备如下步骤：读取步骤，从对含有微生物的试样进行质谱分析所得到的质谱，读取源自从由10种蛋白质即gns、YaiA、YibT、PPI、L25、L21、S8、L17、L15、S7及它们的任意组合组成的组中选择的1至10种蛋白质的峰的质荷比m/z；以及，识别步骤，根据所述读取的质荷比m/z，识别在所述试样中是否包含沙门氏菌(Salmonella)属菌的6种血清型即阿巴特图巴(Abaetetuba)、鸭(Anatum)、纽波特(Newport)、浦那(Poona)、塔拉哈西(Tallahassee)、及韦洛尔(Vellore)中的至少1种。2.根据权利要求1所述的微生物分析法，其中，代替所述识别步骤，具备如下步骤：识别步骤，根据所述读取的质荷比m/z，识别在所述试样中是否包含Salmonella属菌的6种血清型即Abaetetuba、Anatum、Newport、Poona、Tallahassee、及Vellore中的至少1种，或者是否包含22种血清型即Enteritidis、Typhimurium、Minnesot...

【专利技术属性】
技术研发人员：福山裕子，
申请(专利权)人：株式会社岛津制作所，
类型：发明
国别省市：