基于基因表达预测胰腺癌预后的评分模型及其应用制造技术

本发明专利技术公开了基于基因表达预测胰腺癌预后的评分模型及其应用，本发明专利技术的评分模型是利用LASSO Cox分析构建而成。本发明专利技术的评分模型用于预测胰腺癌预后效能良好。用于预测胰腺癌预后效能良好。用于预测胰腺癌预后效能良好。

【技术实现步骤摘要】
基于基因表达预测胰腺癌预后的评分模型及其应用


[0001]本专利技术属于生物医药领域，涉及基于基因表达预测胰腺癌预后的评分模型及其应用。

技术介绍

[0002]胰腺癌在中国是一种较为高发且难治的癌症，据2015年的中国癌症数据统计显示，胰腺癌的发病率在癌症领域排名第9，而死亡率排名第6。为了提高胰腺癌的精准诊疗水平以及治愈率，如何对胰腺癌患者的预后状态进行判断就显得尤为重要。
[0003]目前，针对胰腺癌的预后判断存在很多技术方案，但这些技术方案存在不同的缺陷。首先，一类技术方案是基于单一临床因素对胰腺癌患者的预后进行判断，包括ECOG表现状态(Eastern Cooperative Oncology Group Performance Status)、肿瘤标志物CA 19
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9水平和年龄等，但是基于单一临床因素进行的预后判断效能不够，易受其他因素影响。第二，一类技术方案是基于多个临床因素计算预后分数，根据分数的高低对患者预后进行判断，但该类方案在针对不同临床因素对应分数的设定上存在较大的主观因素，影响预后判断的准确性。因此，通过对现有技术的分析可以看出，目前对胰腺癌的预后判断技术并不理想。

技术实现思路

[0004]技术问题：针对现有对胰腺癌预后判断的技术不佳的问题，本申请提供基于基因表达预测胰腺癌预后的评分模型及其应用，从而能够对胰腺癌患者进行准确的预后判断。
[0005]本申请一方面提供了与胰腺癌预后相关的标志分子，所述标志分子包括IL20RB、PAK2、PSMD14、S100A3、STAT1中的至少一个基因。
[0006]本申请另一方面提供了评价胰腺癌预效果的检测试剂盒，所述试剂盒包括检测前面所述的标志分子的试剂。
[0007]进一步，用于检测所述标志分子的试剂包括针对所述标志分子的引物对或特异性荧光探针。
[0008]本专利技术的引物可以通过化学合成来制备，通过使用本领域技术人员知道的方法参考已知信息来适当地设计，并通过化学合成来制备。
[0009]本专利技术的探针可以通过化学合成来制备，通过使用本领域技术人员知道的方法参考已知信息来恰当设计，并通过化学合成来制备，或者可以通过从生物材料制备含有期望核酸序列的基因，并使用设计用于扩增期望核酸序列的引物扩增它来制备。
[0010]与基因的核酸序列杂交的探针可以是DNA、RNA、DNA
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RNA嵌合体、PNA或其它衍生物。所述探针的长度没有限制，只要完成特异性杂交、与目的核苷酸序列特异性结合，任何长度都可以。所述探针的长度可短至25、20、15、13或10个碱基长度。同样，所述探针的长度可长至60、80、100、150、300个碱基对或更长，甚至整个基因。由于不同的探针长度对杂交效率、信号特异性有不同的影响，所述探针的长度通常至少是14个碱基对，最长一般不超过30
个碱基对，与目的核苷酸序列互补的长度以15
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25个碱基对最佳。所述探针自身互补序列最好少于4个碱基对，以免影响杂交效率。
[0011]本申请又一方面提供了胰腺癌预后效果的评价装置，所述评价装置包括：
[0012]数据输入模块，用于将与胰腺癌预后相关的标志分子的含量检测结果输入模型计算模块；所述标志分子包括IL20RB、PAK2、PSMD14、S100A3、STAT1中的至少一个基因。
[0013]进一步，所述模型计算模块用于对输入的含量检测结果进行计算处理，得到被测患者的预后效果数据；所述模型计算模块采用的模型具体为：
[0014]Risk Score＝0.06430982*IL20RB基因表达水平+0.46671589*PAK2基因表达水平+0.20944804*PSMD14基因表达水平+0.27092314*S100A3基因表达水平+0.13920846*STAT1基因表达水平。
[0015]进一步，所述评价装置还包括结果输出模块，用于根据胰腺癌预后效果评价标准对被测患者的预后效果数据进行评价，输出评价结果。
[0016]所述结果输出模块，根据Risk Score的值的高低进行风险高低评估，据此对被测患者的预后效果数据进行评价。
[0017]在进行临床实际评估之前，可通过大数据的方式采集大量患者数据，并将大量数据汇总后统计得到的中位数为截断值，将样本分为高、低风险组，据此对被测患者的预后效果数据进行评价。即如果患者的Risk Score值高于该截断值，则为高风险；如果患者的RiskScore值低于该截断值，则为低风险。
[0018]本申请又一方面提供了前面所述的模型的构建方法，所述构建方法包括以下步骤：
[0019](1)候选基因分析：在癌症表达图谱数据库中筛选免疫相关基因；
[0020](2)筛选预后相关基因：利用单因素Cox分析获得与胰腺癌患者生存相关的免疫相关基因；
[0021](3)建立模型：利用LASSO Cox分析步骤(2)获得的预后相关基因，最终确定组成预后基因标签的基因构建所述模型，所述基因包括IL20RB、PAK2、PSMD14、S100A3、STAT1中的至少一个。
[0022]进一步，所述构建方法还包括：验证所述模型的效能，验证方法包括：
[0023]基于所述模型及测试集中胰腺癌患者样本中前面所述的标志分子的表达量，计算每位患者的Risk Score；
[0024]基于所述Risk Score截断值，将测试集分为高风险组和低风险组，并比较两组患者之间的预后差异。
[0025]本申请又一方面提供了一种应用，所述应用包括以下任一项：
[0026]1)前面所述的标志分子在制备评价胰腺癌预效果的检测试剂盒中的应用；
[0027]2)前面所述的标志分子在制备胰腺癌预后效果的评价装置中的应用；
[0028]3)前面所述的标志分子在制备前面所述的模型中的应用；
[0029]4)前面所述的标志分子在制备前面所述的计算设备中的应用；
[0030]5)前面所述的标志分子在制备前面所述的计算机可读存储介质中的应用；
[0031]6)前面所述的模型在制备胰腺癌预后效果的评价装置中的应用；
[0032]7)前面所述的模型在制备前面所述的计算设备中的应用；
[0033]8)前面所述的模型在制备前面所述的计算机可读存储介质中的应用。
[0034]本申请一方面提供一种胰腺癌预后判定方法，包括
[0035]检测胰腺癌患者样本中前面所述的标志分子的表达量；
[0036]根据基因表达量及前面所述的模型，确定胰腺癌患者的截断值；
[0037]根据所述的截断值确定胰腺癌患者预后情况。
[0038]进一步，根据所述的截断值确定胰腺癌患者预后情况的方法包括：
[0039]所述风险分数大于或等于截断值，则判定胰腺癌患者预后情况不好；
[0040]所述风险分数小于Risk Score截断值则判定胰腺本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.与胰腺癌预后相关的标志分子，其特征在于，所述标志分子包括IL20RB、PAK2、PSMD14、S100A3、STAT1。2.评价胰腺癌预效果的检测试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括检测权利要求1所述的标志分子的试剂。3.根据权利要求2所述的试剂盒，其特征在于，用于检测所述标志分子的试剂包括针对所述标志分子的引物对或特异性荧光探针。4.胰腺癌预后效果的评价装置，其特征在于，所述评价装置包括：数据输入模块，用于将与胰腺癌预后相关的标志分子的含量检测结果输入模型计算模块；所述标志分子包括IL20RB、PAK2、PSMD14、S100A3、STAT1。5.根据权利要求4所述的评价装置，其特征在于，所述模型计算模块用于对输入的含量检测结果进行计算处理，得到被测患者的预后效果数据；所述模型计算模块采用的模型具体为：Risk Score＝0.06430982*IL20RB基因表达水平+0.46671589*PAK2基因表达水平+0.20944804*PSMD14基因表达水平+0.27092314*S100A3基因表达水平+0.13920846*STAT1基因表达水平。6.根据权利要求4或5所述的评价装置，其特征在于，所述评价装置还包括结果输出模块，用于根据胰腺癌预后效果评价标准对被测患者的预后效果数据进行评价，输出评价结果。7.权利要求5所述的模型的构建方法，其特征在于，所述构建方法包...

【专利技术属性】
技术研发人员：杨承刚，陈丽媛，
申请(专利权)人：北京泱深生物信息技术有限公司，
类型：发明
国别省市：