一种检测粪肥源耐药细菌在土壤中传播的方法及系统技术方案

本发明专利技术提供一种检测粪肥源耐药细菌在土壤中传播的方法及系统，属于环境微生物检测技术领域。本发明专利技术通过提取不同处理方式下的土壤中的宏基因组DNA，进行高通量PCR、高通量测序等，从而有效检测粪肥源耐药细菌以及它们携带的ARGs种类和对应的抗生素抗性类型，避免这些潜在的耐药细菌在农田生态系统中传播，因此具有良好的实际应用之价值。有良好的实际应用之价值。

【技术实现步骤摘要】
一种检测粪肥源耐药细菌在土壤中传播的方法及系统


[0001]本专利技术属于环境微生物检测
，具体涉及一种检测粪肥源耐药细菌在土壤中传播的方法及系统。

技术介绍

[0002]公开该
技术介绍
部分的信息仅仅旨在增加对本专利技术的总体背景的理解，而不必然被视为承认或以任何形式暗示该信息构成已经成为本领域一般技术人员所公知的现有技术。
[0003]畜禽粪便被作为肥料广泛应用于农业生产，然而由于粪肥施用引起的土壤抗生素抗性传播的问题引起了科学界的广泛关注。粪肥引起土壤抗生素抗性传播一方面与粪肥中含有一定量的抗生素残留，会对土壤细菌产生选择性压力，从而导致土壤耐药细菌相对富集有关；另一方面粪肥本身也含有大量的耐药细菌，可直接向土壤中引入抗生素抗性基因(ARGs)。尽管来源于粪肥的细菌大多是厌氧的肠道菌群，很难在土壤中长期存活，但是一小部分粪肥源的细菌仍可在土壤中存活比较长的时间。
[0004]由于ARGs可以通过可移动遗传元件(MGEs)介导的基因水平转移机制在病原菌和非病原菌间传播，且粪肥也是MGEs的储存库，因此粪肥源耐药细菌在土壤本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种检测粪肥源耐药细菌在土壤中传播的方法，其特征在于，所述方法包括：对待测土壤样品的DNA进行扩增及测序，以检测粪肥源耐药细菌以及它们携带的ARGs种类和对应的抗生素抗性类型；其中，所述待测土壤样品包括施用粪肥和未施用粪肥的土壤样品。2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述粪肥包括猪粪肥、鸡粪肥和牛粪肥。3.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述待测土壤样品制备方法包括：采集农田土壤，在去除杂质后，过筛，并充分混合均匀；设置四种处理，分别为对照、施用猪粪处理、施用鸡粪处理和施用牛粪处理，粪肥按照通常的农业施用量水平进行添加，并置于暗处进行培养，分别在培养不同时间进行破坏性采样；优选的，所述杂质包括树根、石子和昆虫；优选的，所述过筛孔径控制为1
‑
3mm，优选为2mm；优选的，培养时控制温度为室温，控制土壤持水量为55～65％(优选为60％)；优选的，所述采样时间包括培养第0、14、35、70和120天。4.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述扩增方法包括：选用带有barcode的通用引物对对细菌16S rRNA基因进行PCR扩增；优选的，所述引物对包括：515F：5
’‑
GTGCCAGCMGCCGCGGTAA
‑3’
(SEQ ID NO.1)；909R：5
’‑
CCCCGYCAATTCMTTTRAGT
‑3’
(SEQ ID NO.2)。5.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述测序方法包括：对高通测序得到的原始测序序列进行拼接、质量过滤和去除嵌合体，得到优化序列；将优化序列进行聚类，划分OTU，并根据OTU的序列组成得到物种分类；基于OTU分析结果，对样品在各个分类水平上进行分类学分析，获得各样品在门、纲、目、科和属分类学水平上的种类组成信息。6.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述方法还包括：对待测土壤样品的DNA进行定量PCR，计算ARGs和MGEs的相对丰度；优选的，将混合好的PCR体系由SmartChip纳米分配器分加到一个待用的SmartChip中，密封的SmartChip将装到SmartChip循环仪中运行；优选的，定量PCR反应程序为：95℃预变性10min；40个循环的95℃变性30s，60℃退火延伸30s；优选的，只保留具有单一熔解峰和扩增效率在90％
‑
110％间的PCR反应数据；定量PCR结果使用Smart...

【专利技术属性】
技术研发人员：韩雪梅，郭丽，张明亮，桑文才，李婷，
申请(专利权)人：济南大学，
类型：发明
国别省市：