本发明专利技术公开了一种荷马条鳅属鱼类微卫星标记及其扩增引物和应用。本发明专利技术从荷马条鳅属3种鱼类(红尾荷马条鳅、短体荷马条鳅和贝氏荷马条鳅)基因组DNA中筛选了17个微卫星标记，并在微卫星重复序列两端的侧翼区设计特异性引物进行扩增，获得的扩增产物具有较高的多态性和较好的稳定性，可用于荷马条鳅属3种鱼类的群体遗传多样性、遗传结构和遗传资源保护等领域。域。
【技术实现步骤摘要】
一种荷马条鳅属鱼类微卫星标记及其扩增引物和应用
[0001]本专利技术属于分子生物学DNA标记
，具体涉及一种荷马条鳅属鱼类微卫星标记及其扩增引物和应用。
技术介绍
[0002]荷马条鳅属(Homatula)隶属于鲤形目(Cypriniformes)鳅超科(Cobitoidea)条鳅科(Nemacheilidae)，是中国特有类群，共有12个种，广泛分布于长江、黄河、珠江和澜沧江水系。近年来对荷马条鳅属的研究主要集中在种间或种内形态差异及属种的分类地位上，而对于其遗传多样性和遗传结构的研究却很少，基于核基因开发的标记进行的研究几乎没有。采自分布于长江中上游的3种荷马条鳅属鱼类，红尾荷马条鳅、短体荷马条鳅和贝氏荷马条鳅，均为中国特有种，其中短体荷马条鳅为长江上游特有鱼类，对其遗传多样性的研究能为荷马条鳅属鱼类系统发育关系提供分析数据，为该属鱼类及条鳅科鱼类的进化生物学和生物地理学问题的研究奠定基础。
[0003]微卫星标记(microsatellite)，又称为短串联重复序列(simple tandemrepeats,STRs)或简单序列重复(simple sequence repeats,SSR)。它是以1
‑
6个碱基的短核苷酸为基本单位首尾相连组成串联重复序列，由于重复次数不同以及重复程度的不完全造成了每个位点的长度多态性。由于每个微卫星两端的序列多是相对保守的单拷贝序列，可根据其两端设计一对特异性引物，通过PCR技术来扩增相应位点的微卫星序列，再经电泳分析，即可显示不同基因型个体微卫星的多态性。因此，得到荷马条鳅属鱼类多态性微卫星标记并将其应用于荷马条鳅属鱼类群体遗传多样性研究、遗传资源保护及条鳅科鱼类的生物地理学研究，具有重要意义。
技术实现思路
[0004]本专利技术的目的在于提供了一种荷马条鳅属鱼类多态性微卫星标记及其扩增引物和应用，即提供17个荷马条鳅属鱼类的微卫星标记，以及相应扩增引物对，为荷马条鳅属鱼类群体遗传多样性研究和遗传资源保护提供有效的工具。
[0005]为了解决上述技术问题，本专利技术提供以下技术方案：
[0006]提供一种荷马条鳅属鱼类微卫星标记，所述微卫星标记的核苷酸序列分别如SEQ ID NO：1
‑
17所示。
[0007]按上述方案，所述荷马条鳅属鱼类为红尾荷马条鳅、短体荷马条鳅和贝氏荷马条鳅。
[0008]本专利技术还提供了用于扩增上述荷马条鳅属鱼类多态性微卫星标记的引物对，所述引物对为：
[0009]上下游序列分别为SEQ ID NO：18(Hom004
‑
F)、SEQ ID NO：19(Hom004
‑
R)的引物对，用于扩增核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示的微卫星标记(Hom004)；
[0010]上下游序列分别为SEQ ID NO：20(Hom005
‑
F)、SEQ ID NO：21(Hom005
‑
R)的引物
对，用于扩增核苷酸序列为SEQ ID NO：2(Hom005)的微卫星标记；
[0011]上下游序列分别为SEQ ID NO：22(Hom074
‑
F)、SEQ ID NO：23(Hom074
‑
R)的引物对，用于扩增核苷酸序列为SEQ ID NO：3(Hom074)的微卫星标记；
[0012]上下游序列分别为SEQ ID NO：24(Hom121
‑
F)、SEQ ID NO：25(Hom121
‑
R)的引物对，用于扩增核苷酸序列为SEQ ID NO：4(Hom121)的微卫星标记；
[0013]上下游序列分别为SEQ ID NO：26(Hom127
‑
F)、SEQ ID NO：27(Hom127
‑
R)的引物对，用于扩增核苷酸序列为SEQ ID NO：5(Hom127)的微卫星标记；
[0014]上下游序列分别为SEQ ID NO：28(Hom131
‑
F)、SEQ ID NO：29(Hom131
‑
R)的引物对，用于扩增核苷酸序列为SEQ ID NO：6(Hom131)的微卫星标记；
[0015]上下游序列分别为SEQ ID NO：30(Hom154
‑
F)、SEQ ID NO：31(Hom154
‑
R)的引物对，用于扩增核苷酸序列为SEQ ID NO：7(Hom154)的微卫星标记；
[0016]上下游序列分别为SEQ ID NO：32(Hom157
‑
F)、SEQ ID NO：33(Hom157
‑
R)的引物对，用于扩增核苷酸序列为SEQ ID NO：8(Hom157)的微卫星标记；
[0017]上下游序列分别为SEQ ID NO：34(Hom158
‑
F)、SEQ ID NO：35(Hom158
‑
R)的引物对，用于扩增核苷酸序列为SEQ ID NO：9(Hom158)的微卫星标记；
[0018]上下游序列分别为SEQ ID NO：36(Hom161
‑
F)、SEQ ID NO：37(Hom161
‑
R)的引物对，用于扩增核苷酸序列为SEQ ID NO：10(Hom161)的微卫星标记；
[0019]上下游序列分别为SEQ ID NO：38(Hom166
‑
F)、SEQ ID NO：39(Hom166
‑
R)的引物对，用于扩增核苷酸序列为SEQ ID NO：11(Hom166)的微卫星标记；
[0020]上下游序列分别为SEQ ID NO：40(Hom169
‑
F)、SEQ ID NO：41(Hom169
‑
R)的引物对，用于扩增核苷酸序列为SEQ ID NO：12(Hom169)的微卫星标记；
[0021]上下游序列分别为SEQ ID NO：42(Hom172
‑
F)、SEQ ID NO：43(Hom172
‑
R)的引物对，用于扩增核苷酸序列为SEQ ID NO：13(Hom172)的微卫星标记；
[0022]上下游序列分别为SEQ ID NO：44(Hom176
‑
F)、SEQ ID NO：45(Hom176
‑
R)的引物对，用于扩增核苷酸序列为SEQ ID NO：14(Hom176)的微卫星标记；
[0023]上下游序列分别为SEQ ID NO：46(Hom189
‑
F)、SEQ ID NO：47(Hom189
‑
R)的引物对，用于扩增核苷酸序列为SEQ ID NO：15(Hom189)的微卫星标记；
[0024]上下游序列分别为SE本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
NO：17的微卫星标记。4.一种权利要求1
‑
2任一项所述的微卫星标记或权利要求3所述的扩增所述微卫星标记的引物对在检测荷马条鳅属鱼类种群遗传多样性中的应用。5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，所述应用包括如下步骤：(1)提取荷马条鳅属鱼类基因组DNA，其中所述荷马条鳅属鱼类为3种，分别为红尾荷马条鳅、短体荷马条鳅和贝氏荷马条鳅；(2)微卫星PCR扩增：将序列为SEQ ID NO：18
‑
51的引物对分别进...
【专利技术属性】
技术研发人员：熊美华，邵科，徐念，曾昌，朱滨，李伟涛，阙延福，
申请(专利权)人：水利部中国科学院水工程生态研究所，
类型：发明
国别省市：
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