生成阵列的方法技术

本公开涉及用于生成空间阵列的方法和组合物。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】生成阵列的方法相关申请的交叉引用本申请要求于2018年8月28日提交的美国临时专利申请第62/723,972号，于2019年3月22日提交的美国临时专利申请第62/822,632号，于2018年8月28日提交的美国临时专利申请第62/723,950号，于2018年8月28日提交的美国临时专利申请第62/723,957号，于2018年8月28日提交的美国临时专利申请第62/723,960号，于2018年8月28日提交的美国临时专利申请第62/723,964号，于2018年8月28日提交的美国临时专利申请第62/723,970号，于2018年8月29日提交的美国临时专利申请第62/724,483号，于2018年8月29日提交的美国临时专利申请第62/724,487号，于2018年8月29日提交的美国临时专利申请第62/724,489号，于2018年8月29日提交的美国临时专利申请第62/724,561号，于2019年1月6日提交的美国临时专利申请第62/788,905号，于2019年1月6日提交的美国临时专利申请第62/788,867号，于2019年1月6日提交的美国临时专利申请第62/788,871号，于2019年1月6日提交的美国临时专利申请第62/788,897号，于2019年1月6日提交的美国临时专利申请第62/788,885号，于2018年12月13日提交的美国临时专利申请第62/779,342号，于2019年3月22日提交的美国临时专利申请第62/822,565号，于2019年3月15日提交的美国临时专利申请第62/819,496号，于2019年3月15日提交的美国临时专利申请第62/819,486号，于2019年3月15日提交的美国临时专利申请第62/819,467号，于2019年3月22日提交的美国临时专利申请第62/822,618号，于2019年3月22日提交的美国临时专利申请第62/822,592号，于2019年3月15日提交的美国临时专利申请第62/819,468号，于2019年3月22日提交的美国临时专利申请第62/822,627号，于2019年3月15日提交的美国临时专利申请第62/819,448号，于2019年3月22日提交的美国临时专利申请第62/822,649号，于2019年3月15日提交的美国临时专利申请第62/819,456号，于2019年3月15日提交的美国临时专利申请第62/819,478号，于2019年3月15日提交的美国临时专利申请第62/819,449号，于2019年3月22日提交的美国临时专利申请第62/822,554号，于2019年3月22日提交的美国临时专利申请第62/822,575号，于2019年3月22日提交的美国临时专利申请第62/822,605号，于2019年2月28日提交的美国临时专利申请第62/812,219号，于2019年3月15日提交的美国临时专利申请第62/819,458号，于2019年4月26日提交的美国临时专利申请第62/839,223号，于2019年4月26日提交的美国临时专利申请第62/839,320号，于2019年4月26日提交的美国临时专利申请第62/839,346号，于2019年5月2日提交的美国临时专利申请第62/842,463号，于2019年6月13日提交的美国临时专利申请第62/860,993号，于2019年4月26日提交的美国临时专利申请第62/839,526号和于2019年6月7日提交的美国临时专利申请第62/858,331号的优先权。这些申请各自的内容通过引用全文纳入本文。
技术介绍
对象组织内的细胞由于不同细胞内的不同分析物水平(例如，基因和/或蛋白质表达)而在细胞形态和/或功能上存在差异。细胞在组织内的特定位置(例如，细胞相对于邻近细胞的位置或细胞相对于组织微环境的位置)可以影响，例如，细胞的形态、分化、命运、活力、增殖、行为以及与组织中其他细胞的信号传导和串扰。空间异质性先前被研究过，所述研究使用的技术仅提供完整组织或部分组织接触中的少量分析物的数据，或提供单细胞的大量分析物数据，但无法提供有关单细胞在母体生物样品(例如，组织样品)中位置的信息。
技术实现思路
在一个方面中，本文提供用于生成阵列的方法，所述方法包括：提供在第一基材上包括多个探针的第一阵列，其中所述多个探针包括空间条形码；提供在第二基材上包括多个引物的第二阵列；生成与第一阵列上的探针互补的寡核苷酸；使寡核苷酸与第二阵列上的引物杂交；并且使用寡核苷酸作为模板延伸引物，从而在第二阵列上生成探针。在本文提供的用于生成阵列的任何方法的一些实施方式中，第二阵列上的引物包括与第一阵列上的探针的序列的部分相同的序列。在一些实施方式中，所述序列的部分在探针的功能域中。在一些实施方式中，所述序列的部分包括探针的游离5′端。在本文提供的用于生成阵列的任何方法的一些实施方式中，第二阵列上的多个引物包括共同序列。在本文提供的用于生成阵列的任何方法的一些实施方式中，第一阵列上的探针通过其3′端附接到第一基材。在本文提供的用于生成阵列的任何方法的一些实施方式中，空间条形码包括6到25个核苷酸。在本文提供的用于生成阵列的任何方法的一些实施方式中，空间条形码对于第一阵列上的特定区域是独特的。在一些实施方式中，与第一阵列上的特定区域相关联的探针包括共同空间条形码。在本文提供的用于生成阵列的任何方法的一些实施方式中，第一阵列上的多个探针包括共同功能域。在本文提供的用于生成阵列的任何方法的一些实施方式中，所述方法还包括在生成所述寡核苷酸之后，从所述第一阵列上的探针释放所述寡核苷酸。在一些实施方式中，释放寡核苷酸包括使用热使寡核苷酸与探针脱杂交。在本文提供的用于产生阵列的任何方法的一些实施方式中，所述方法进一步包括在从探针释放寡核苷酸之后，促进释放的寡核苷酸迁移到第二阵列。在一些实施方式中，促进释放的寡核苷酸的迁移包括向第一和第二阵列施加电场，其中电场增加释放的寡核苷酸的扩散。在本文提供的用于生成阵列的任何方法的一些实施方式中，第一阵列上的多个探针的密度大约等于或高于第二阵列上的多个引物的密度。在本文提供的用于生成阵列的任何方法的一些实施方式中，第一阵列上的多个探针的数量大约等于或高于第二阵列上的多个引物的数量。在本文提供的用于产生阵列的任何方法的一些实施方式中，所述方法还包括从在第二阵列上产生的探针释放寡核苷酸。在一些实施方式中，释放寡核苷酸包括使用热使寡核苷酸与探针脱杂交。在本文提供的用于生成阵列的任何方法的一些实施方式中，第一基材包括多个第一特征，并且所述多个的探针附接到多个第一特征的特征。在一些实施方式中，空间条形码对于特征是独特的。在本文提供的用于生成阵列的任何方法的一些实施方式中，第二基材包括多个第二特征，并且第二阵列上的引物附接到多个第二特征的特征。在一些实施方式中，多个第一特征和/或多个第二特征是珠、孔、点或水凝胶垫。在另一方面中，本文提供了生成阵列的方法，所述方法包括：提供第一阵列，所述第一阵列包括第一基材上的多个探针，其中所述多个的探针包括空间条形码；提供引物，所述引物包括与所述第一阵本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于生成阵列的方法，所述方法包括：/n提供包括第一基材上的多个探针的第一阵列，其中所述多个中的探针包括空间条形码；/n提供包括第二基材上的多个引物的第二阵列；/n生成与第一阵列上的探针互补的寡核苷酸；/n使所述寡核苷酸与第二阵列上的引物杂交；并且/n使用寡核苷酸作为模板来延伸引物，从而在所述第二阵列上生成探针。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20180828 US 62/723,950;20180828 US 62/723,957;20181.一种用于生成阵列的方法，所述方法包括：
提供包括第一基材上的多个探针的第一阵列，其中所述多个中的探针包括空间条形码；
提供包括第二基材上的多个引物的第二阵列；
生成与第一阵列上的探针互补的寡核苷酸；
使所述寡核苷酸与第二阵列上的引物杂交；并且
使用寡核苷酸作为模板来延伸引物，从而在所述第二阵列上生成探针。


2.如权利要求1所述的方法，其中所述第二阵列上的引物包含与所述第一阵列上的探针的序列的部分相同的序列。


3.如权利要求2所述的方法，其中所述序列的部分在探针的功能域中。


4.如权利要求2所述的方法，其中所述序列的部分包含所述探针的游离5’末端。


5.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述第二阵列上的多个引物包括共同序列。


6.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述第一阵列上的探针通过其3’端附接至所述第一基材。


7.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述空间条形码包括6-25个核苷酸。


8.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述空间条形码对于所述第一阵列上的特定区域是独特的。


9.如权利要求8所述的方法，其中与所述第一阵列上的特定区域相关的探针包括共同空间条形码。


10.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述第一阵列上的多个探针包括共同功能域。


11.如前述权利要求中任一项所述的方法，还包括在生成所述寡核苷酸之后，从所述第一阵列上的探针释放所述寡核苷酸。


12.如权利要求11所述的方法，其中释放所述寡核苷酸包括使用热使所述寡核苷酸与探针脱杂交。


13.如权利要求11或12所述的方法，还包括在从所述探针释放所述寡核苷酸之后，促进释放的寡核苷酸向所述第二阵列迁移。


14.如权利要求13所述的方法，其中促进释放的寡核苷酸的迁移包括向第一和第二阵列施加电场，其中电场增加释放的寡核苷酸的扩散。


15.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述第一阵列上的多个探针的密度大约等于或高于所述第二阵列上的多个引物的密度。


16.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述第一阵列上的多个探针的数量大约等于或高于所述第二阵列上的多个引物的数量。


17.如前述权利要求中任一项所述的方法，还包括从所述第二阵列上生成的探针释放所述寡核苷酸。


18.如权利要求17所述的方法，其中释放所述寡核苷酸包括使用热使所述寡核苷酸与探针脱杂交。


19.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述第一基材包括多个第一特征，并且其中所述...

【专利技术属性】
技术研发人员：M·施那尔拉文，L·弗兰茨，
申请(专利权)人：一零X基因组学股份有限公司，
类型：发明
国别省市：美国;US