在多个主要组织相容性复合体分子上受限的NY-ESO-1特异性T细胞受体的组合物制造技术

肿瘤特异性T细胞受体(TCR)基因转移可实现对肿瘤抗原的特异性且强有力的免疫靶向。典型的癌‑睾丸抗原NY‑ESO‑1在正常组织中不表达，但在广泛癌症类型中异常表达。它也已经被A2限制性TCR基因疗法靶向，而没有不良事件或明显的副作用。为了能够在更广泛的HLA单倍型中实现对NY‑ESO‑1的靶向，我们分离了对由以下四种MHC分子呈递的NY‑ESO‑1表位具有特异性的TCR：HLA‑A2、HLA‑B07、HLA‑B18和HLA‑C03。使用这些TCR，我们已经开发出一种将靶向NY‑ESO‑1的TCR基因疗法拓展到表达HLA‑A2的患者群体以外的患者群体的途经。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】在多个主要组织相容性复合体分子上受限的NY-ESO-1特异性T细胞受体的组合物相关申请案的交叉引用本申请案依据美国法典第35篇第119条(e)款(35U.S.C.Section119(e))要求共同待决和共同受让的美国临时专利申请案序列号62/727,485的权益，其于2018年9月5日提交且名称为“COMPOSITIONOFNY-ESO-1-SPECIFICTCELLRECEPTORSRESTRICTEDONMULTIPLEMAJORHISTOCOMPATIBILITYCOMPLEXMOLECULES”，该申请案以引用的方式并入本文。关于联邦政府资助的研究与开发的声明本专利技术在国立卫生研究院(theNationalInstitutesofHealth)授予的政府资助号CA132681和CA197633的支持下完成。政府对本专利技术享有一定权利。序列表本申请含有以ASCII格式以电子方式提交的序列表并且在此以引用的方式整体并入。在2019年8月28日创建的所述ASCII副本的名称是30435_364-WO-U1_SL.txt并且大小是101,375个字节。
本专利技术涉及适用于αβT细胞受体基因疗法中的方法和材料。专利技术背景αβT细胞受体(TCR)决定了每个幼稚T细胞的独特特异性。在T细胞表面上与CD3信号蛋白组装后，TCR监视由主要组织相容性复合体(MHC)分子在有核细胞表面上呈递的肽配体。对于肽-MHC复合体，TCR的特异性是由呈递的MHC分子和呈递的肽共同决定。MHC基因座(在人类中也称为人白细胞抗原(HLA)基因座)是人基因组中最多的等位基因座，包含>18,000个MHCI类和II类等位基因，其频率在族亚群中差异很大(1,2)。MHCI类分子呈递的配体主要来源于内源表达抗原的蛋白酶体裂解。受感染的癌细胞会呈递被CD8+T细胞识别为外来或异常的肽，从而导致T细胞介导的呈递细胞杀伤。T细胞可被工程化，以通过转移肿瘤反应性αβTCR基因来杀死肿瘤细胞(3)。此方法的关键在于，患者表达治疗性TCR受其限制的MHC等位基因，并且靶向肽衍生自肿瘤相关或肿瘤特异性抗原。由肿瘤特异性突变产生的私人(患者特异性)新抗原是此类靶标的潜在来源(4)。然而，个性化TCR基因疗法的实施由于需要以下操作而变得复杂：通过测序鉴定突变，分离突变反应性患者特异性TCR以及按需对患者T细胞进行基因修饰。对于无法进行测序的肿瘤以及几乎没有或没有新抗原的低突变负荷肿瘤，这仍然更具挑战性(5)。特别是对于这些最后的肿瘤类型，用现有的TCR靶向公有的(非患者特异性的)肿瘤限制性抗原仍然是一个有吸引力的选择。临床上首个被TCR基因疗法靶向的公有抗原是黑素细胞抗原MART1/Melan-A，在2/15转移性黑色素瘤患者中产生客观反应(6)。使用更高亲和力的MART1反应性TCR(F5)可将反应率提高至30％，但由于MART1在皮肤、眼睛和中耳中的健康黑素细胞上的表达，还会产生多种副作用，包括白癜风、葡萄膜炎和短暂性听力丧失(7)。由于靶上/肿瘤外的反应性，靶向其他公有抗原的T细胞疗法已类似地产生病态或其他严重不良事件。例如，靶向癌胚抗原由于与正常结直肠组织的反应性而在转移性结直肠癌患者中产生严重的结肠炎(8)。更严重的是，针对靶标ERBB2或MAGE-A3的T细胞疗法均导致死亡，这是由于靶抗原(或类似变体)在重要器官上的表达不准确所致(9,10)。因此，这些研究强调了严格鉴定肿瘤特异性公有抗原的重要性(11)，特别是当使用治疗成功所必需的充分表达的高亲和力靶向受体时(7,12)。CTAG1B基因的产物NY-ESO-1是现有的TCR基因疗法有吸引力的靶标。作为原型癌-睾丸抗原，NY-ESO-1在正常的非生殖系组织中不表达，但在许多肿瘤中异常表达(13)。实体肿瘤中异常表达的频率范围为10-50％，黑色素瘤中为25-50％，且在滑膜肉瘤中高达80％(13-18)，在较高级别的转移性肿瘤组织中观察到表达增加(14,15,19)。此外，NY-ESO-1具有高度免疫原性，可针对多个由各种MHC等位基因呈递的表位，引发自发的和疫苗诱导的T细胞免疫应答(20-23)。因此，在基因疗法试验中，由HLA-A*02:01呈递的表位NY-ESO-1157-165(SLLMWITQC，(SEQIDNO.36))已被同源1G4TCR靶向，在转移性黑色素瘤和滑膜肉瘤患者分别产生55％和61％的客观反应率并且未产生与靶向相关的不良事件(24,25)。在多发性骨髓瘤患者中用慢病毒介导的TCR基因疗法靶向这个相同的A2限制性表位同样会产生70％完全或近完全的反应，而无明显的安全隐患(26)。然而，令人遗憾的是，据报道，大多数对疗法有反应的患者会在几个月内复发，并且MHCI基因座处杂合性的丧失是肿瘤逃逸靶向HLA-A*02:01/NY-ESO-1157-165的过继性T细胞疗法的一种机制(27)。因此，NY-ESO-1是肿瘤特异性的免疫原性公有抗原，其在多种肿瘤类型中表达，在临床中安全地靶向，但在通过单一HLA亚型靶向时很容易逃逸。由于上述原因，本领域需要适用于NY-ESO-1TCR基因疗法的另外的方法和材料。
技术实现思路
如上所述，可以将T淋巴细胞工程化以表达肿瘤特异性T细胞受体(TCR)基因，从而杀死癌细胞。这种被称为TCR基因疗法的方法是有效的，但如果靶标也在健康的非癌性组织中表达，则可能导致严重的不良事件。NY-ESO-1是肿瘤特异性抗原，其已通过用于黑色素瘤、滑膜肉瘤和骨髓瘤的TCR基因疗法而成功地且安全地被靶向。然而，迄今为止，试验仅集中在HLA-A*02:01上呈递的单个NY-ESO-1衍生表位上，从而限制了在表达该等位基因的患者中的应用。如下所公开，开发了新的TCR，它们共同识别由多个MHC等位基因呈递的多个NY-ESO-1衍生表位。因此，提供了将靶向免疫疗法扩展为更多种MHC单倍型的通用方法。本专利技术的实施方案包括用于制造和使用修饰的CD8+T细胞的方法和材料，所述修饰的CD8+T细胞包含编码某些αβT细胞受体多肽的核酸。本专利技术的实施方案包括例如安置于载体中的多核苷酸，其中所述多核苷酸编码VαT细胞受体多肽和/或VβT细胞受体多肽。在典型的实施方案中，当包含VαT细胞受体多肽和/或VβT细胞受体多肽的Vα/VβT细胞受体在CD8+T细胞中表达时，在CD8+T细胞表面上表达的异源Vα/VβT细胞受体识别与人白细胞抗原A2、人白细胞抗原B07、人白细胞抗原B18或人白细胞抗原C03相关的NY-ESO-1肽。在本文所公开的本专利技术的说明性工作实施方案中，异源T细胞受体包含命名为“3A1”、“4A2”、“5G6”、“9D2”、“1E4”、“2B8”或“3C7”的Vα/VβT细胞受体。本专利技术的实施方案还包括本文所公开的许多不同的TCR核酸和多肽(例如，αβTCR核酸和用于TCR的编码的多肽，被命名为“3A1”、“4A2”、“5G6”、9D2”、“1E4”、“2B8”和“3C7”)。例如，本专利技术的实施方案包本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种安置于载体中的多核苷酸，其中：/n所述多核苷酸编码VαT细胞受体多肽和/或VβT细胞受体多肽；并且/n当包含所述VαT细胞受体多肽和/或所述VβT细胞受体多肽的Vα/VβT细胞受体在CD 8

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20180905 US 62/727,4851.一种安置于载体中的多核苷酸，其中：
所述多核苷酸编码VαT细胞受体多肽和/或VβT细胞受体多肽；并且
当包含所述VαT细胞受体多肽和/或所述VβT细胞受体多肽的Vα/VβT细胞受体在CD8+T细胞中表达时，所述Vα/VβT细胞受体识别与以下相关的NY-ESO-1肽：
人白细胞抗原A2；
人白细胞抗原B07；
人白细胞抗原B18；或
人白细胞抗原C03。


2.如权利要求1所述的多核苷酸，其中所述T细胞受体包含：
3A1T细胞受体；
4A2T细胞受体；
5G6T细胞受体；
9D2T细胞受体；
1E4T细胞受体；
2B8T细胞受体；或
3C7T细胞受体。


3.如权利要求2所述的多核苷酸，其中所述载体包含以下中的至少一种：
(a)编码3A1Vα多肽(SEQIDNO:3)的多核苷酸；
(b)编码3A1Vβ多肽(SEQIDNO:4)的多核苷酸；
(c)编码4A2Vα多肽(SEQIDNO:7)的多核苷酸；
(d)编码4A2Vβ多肽(SEQIDNO:37)的多核苷酸；
(e)编码5G6Vα多肽(SEQIDNO:10)的多核苷酸；
(f)编码5G6Vβ多肽(SEQIDNO:11)的多核苷酸；
(g)编码9D2Vα多肽(SEQIDNO:14)的多核苷酸；
(h)编码9D2Vβ多肽(SEQIDNO:15)的多核苷酸；
(i)编码1E4Vα多肽(SEQIDNO:18)的多核苷酸；
(j)编码1E4Vβ多肽(SEQIDNO:19)的多核苷酸；
(k)编码2B8Vα多肽(SEQIDNO:22)的多核苷酸；
(l)编码2B8Vβ多肽(SEQIDNO:23)的多核苷酸；
(m)编码3C7Vα多肽(SEQIDNO:26)的多核苷酸；或
(n)编码3C7Vβ多肽(SEQIDNO:27)的多核苷酸。


4.如权利要求3所述的多核苷酸，其中所述载体包含调节所述多肽在CD8+T细胞内的表达的多核苷酸序列。


5.如权利要求4所述的多核苷酸，其中所述载体是仙台病毒载体、腺病毒载体、腺相关病毒载体、逆转录病毒载体或慢病毒载体。


6.如权利要求1所述的多核苷酸，其中所述载体包含编码Vα多肽的多核苷酸或编码Vβ多肽的多核苷酸。


7.如权利要求1所述的多核苷酸，其中所述载体包含安置于所述载体中的编码Vα多肽的多核苷酸与编码Vβ多肽的多核苷酸的组合，以使得Vα/VβT细胞受体(TCR)在CD8+T细胞的表面上表达。


8.一种物质组合物，其包含用如权利要求1-7中任一项所述的载体转导的宿主细胞。


9.如权利要求8所述的组合物，其中所述宿主细胞是人CD8+T细胞。


10.如权利要求9所述的组合物，其中所述组合物是药物组合物，其包含一种或多种药学上可接受的赋形剂，所述赋形剂选自由缓冲剂、抗微生物剂、张力调节剂、润湿剂、去污剂和pH调节剂组成的组。

...

【专利技术属性】
技术研发人员：ON维特，J麦克劳格林维特，A里巴斯，L杨，MT贝图恩，J塞邦，K伍兹，AJ奈茨，D巴尔蒂莫尔，
申请(专利权)人：加利福尼亚大学董事会，加州理工学院，奥利维亚牛顿约翰癌症研究所，
类型：发明
国别省市：美国;US