用于肺癌的体外诊断或预后的方法技术

本发明专利技术的主题是一种用于肺癌的体外诊断或预后的方法，其包括检测至少一种HERV核酸序列的至少一种表达产物的步骤，已经被分离的所述核酸序列作为分子标记物的用途，以及包括对HERV核酸序列的至少一种表达产物特异的至少一种结合配偶体的试剂盒。

【技术实现步骤摘要】
用于肺癌的体外诊断或预后的方法内源逆转录病毒构成传染性逆转录病毒的后代，其以它们的原病毒形式整合入种系细胞，并通过这种方式传染入宿主后代的基因组。人类基因组测序使显示极高丰度的转座因子或其衍生物成为可能。实际上，重复序列代表接近一半的人类基因组，而内源逆转录病毒和逆转录转座子组成所述基因组的8％，当前元件数目接近超过400,000个。目前存在于人类基因组的内源逆转录病毒元件(ERVs)的丰度是约100代内生化(endogenizations)的结果，其成功地发生在人类品系的进化过程中。在我们的时代之前，内生化的不同波动跨越范围从200万年到9000万年的周期，并通过“拷贝/粘贴”型现象继之以拷贝数目的扩增，具有错误表型的可能性，起因于，源于HERVs家族(即显示序列同源性的一组元件)形成中的遗传原病毒。根据推测最古老的元件(HERV-L家族的那些元件)在哺乳动物出现之前已经整合。两个家族(HERV-F和HERV-H)在第一代灵长类动物塑造它们的外观时期已经出现。HERV-FRD和HERV-K(HML-5)家族(在4000到5500万年前整合)是对高等灵长类动物特异的。另一方面，HERV-W和HERV-E家族，例如，在500万年到1000万年后整合，在与新大陆猴(NewWorldmonkeys)分离后，并且对狭鼻猴(似人猿的(Hominoids)和猕猴科(Cercopithecidae))是特异的。ERV序列在全部染色体上呈现，具有根据家族的不同密度，在ERVs的物理邻近性与它们的种系发生邻近性之间不存在相关性。很长一段时间内，ERVs被认为是寄生物或是简单的DNA废物。尽管如此，ERVs对生物体的影响不是仅仅限于它们过去在模式化基因组中的参与或仍能提供支持的有害重组。ERVs的丰度和结构复杂性使它们的表达分析非常复杂，并且常常难于解释。HERV表达的检测可以反映相同家族内一个或更多个基因座的转录活化。此外活化的单个基因座或多个基因座可能根据组织和/或背景而不同。本专利技术人现在已经发现和证明，对应于精确鉴定的内源逆转录病毒元件的基因座的核酸序列与肺癌有关，并且这些序列是病理性病症的分子标记物。鉴定的序列或者是原病毒，即序列包含位于长末端重复(LTRs)5'和3'位置侧翼的所有或部分gag、pol和env基因，或所有或部分的LTRs或所有或部分的分离的基因。鉴定的DNA序列在序列表中分别被称为SEQIDNO:1到242，它们的染色体位置在下文表中(NCBI36/hg18)标出，而它们的表达、过表达或低表达用癌症样本和正常样本之间的“表达比值”来表示。当核酸的表达或核酸表达的改变是对肺组织特异时，该信息用靶组织列中的符号“x”来标示。这表示，如果在除了肺组织之外的生物区室中检测到相关核酸的表达或核酸表达的改变，这远程地表示肺癌的标记物。经鉴定对肺组织特异的DNA序列在序列表中分别被称为SEQIDNOs:4，5，7，9，10，12，20，25和40。经鉴定对肺组织不特异的DNA序列分别被称为SEQIDNOs:1，2，3，6，8，11，13，14，15，16，17，18，19，21，22，23，24，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，61，62，63，64，65，66，67，68，69，70，71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，81，82，83，84，85，86，87，88，89，90，91，92，93，94，95，96，97，98，99，100，101，102，103，104，105，106，107，108，109，110，111，112，113，114，115，116，117，118，119，120，121，122，123，124，125，126，127，128，129，130，131，132，133，134，135，136，137，138，139，140，141，142，143，144，145，146，147，148，149，150，151，152，153，154，155，156，157，158，159，160，161，162，163，164，165，166，167，168，169，170，171，172，173，174，175，176，177，178，179，180，181，182，183，184，185，186，187，188，189，190，191，192，193，194，195，196，197，198，199，200，201，202，203，204，205，206，207，208，209，210，211，212，213，214，215，216，217，218，219，220，221，222，223，224，225，226，227，228，229，230，231，232，233，234，235，236，237，238，239，240，241和242。表因此本专利技术的主题是一种用于取自患者的生物样本中肺癌体外诊断或肺癌严重性体外预后的方法，其包括检测至少一种核酸序列的至少一种表达产物的步骤，所述核酸序列选自SEQIDNOs:1到242所示序列或选自与SEQIDNOs:1到242所示序列之一显示至少99％同一性，优选的至少99.5％同一性和有利地至少99.6％或至少99.7％同一性的序列。所述诊断使确定个体是否患病成为可能。所述预后使确定疾病的严重程度(分级和/或阶段)(其影响个体的生存和/或生活质量)成为可能。在本专利技术的背景下，所述诊断可以是非常早的。通过考虑基因组的核苷酸多样性确定如上所述的百分比同一性。已经知道在富含重复序列的基因组区域中其核苷酸多样性要高于不包含重复序列的区域。举例来说，NickersonD.A.等人(1)已经显示在包含重复序列的区域中大约0.3％(0.32％)的多样性。通过使用SAM方法(5)的统计学分析，继之以通过假阳性率的校正(6)和清除低于26的值，已经证明了区分上文所示每一序列的癌性状态的能力。因此，上文所示每一序列在肿瘤状态和正常状态之间的表达显示显著差异。由此可知，观察到上述序列之一的表达差异构成病理性病症的标记物。当然，有可能将上文标示的几种序列的表达差异进行组合，例如通过所示序列的2，3，4，5，6，7，8，9，10和更多直至242中的一种或更多种组合。具体来说，SEQIDNOs:1、6和50所示序列，单独或组合(配对或所有三个)构成一个或更多个优选的标记物。因此，在本专利技术的方法中，检测至少两种核酸序列的至少两种相应的表达产物，所述核酸序列选自SEQIDNOs:1到242所示序列，和具体来说选自SEQIDNOs:1，6和50所示序列，或选自与上文提及的所示序列之一显示至少99％同一性，优选至少99.5％同一性和有利地至少99.6％或至少99.7％同一性的序列。在本专利技术方法的一个实本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.至少一种核酸序列的至少一种表达产物的至少一种特异性结合配偶体用于制备试剂盒的用途，所述试剂盒用于取自患者的生物样本中肺癌体外诊断或预后，其中至少一种核酸序列的至少一种表达产物通过与至少一种表达产物的至少一种特异性结合配偶体接触来检测，所述核酸序列选自SEQ ID NOs:4，5，7，9，10，12，20，25和40所示序列或选自与SEQ ID NOs:4，5，7，9，10，12，20，25和40所示序列之一显示至少99％同一性的序列。/n

【技术特征摘要】
20111220 FR 11620891.至少一种核酸序列的至少一种表达产物的至少一种特异性结合配偶体用于制备试剂盒的用途，所述试剂盒用于取自患者的生物样本中肺癌体外诊断或预后，其中至少一种核酸序列的至少一种表达产物通过与至少一种表达产物的至少一种特异性结合配偶体接触来检测，所述核酸序列选自SEQIDNOs:4，5，7，9，10，12，20，25和40所示序列或选自与SEQIDNOs:4，5，7，9，10，12，20，25和40所示序列之一显示至少99％同一性的序列。


2.如权利要求1所述的用途，其中检测至少进一步一种核酸序列的表达产物，所述至少一种核酸序列选自如下所示的序列组：SEQIDNOs:1，2，3，6，8，11，13，14，15，16，17，18，19，21，22，23，24，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，61，62，63，64，65，66，67，68，69，70，71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，81，82，83，84，85，86，87，88，89，90，91，92，93，94，95，96，97，98，99，100，101，102，103，104，105，106，107，108，109，110，111，112，113，114，115，116，117，118，119，120，121，122，123，124，125，126，127，128，129，130，131，132，133，134，135，136，137，138，139，140，141，142，143，144，145，146，147，148，149，150，151，152，153，154，155，156，157，158，159，160，161，162，163，164，165，166，167，168，169，170，171，172，173，174，175，176，177，178，179，180，181，182，183，184，185，186，187，188，189，190，191，192，193，194，195，196，197，198，199，200，201，202，203，204，205，206，207，208，209，210，211，212，213，214，215，216，217，218，219，220，221，222，223，224，225，226，227，228，229，230，231，232，233，234，235，236，237，238，239，240，241和242，或选自与如下所示序列显示至少99％同一性的序列组：SEQIDNOs:1，2，3，6，8，11，13，14，15，16，17，18，19，21，22，23，24，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，61，62，63，64，65，66，67，68，69，70，71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，81，82，83，84，85，86，87，88，89，90，91，92，93，94，95，96，97，98，99，100，101，102，103，104，105，106，107，108，109，110，111，112，113，114，115，116，117，118，119，120，121，122，123，124，125，126，127，128，129，130，131...

【专利技术属性】
技术研发人员：菲力浦·佩罗，弗朗索瓦·马莱，塞西尔·蒙特吉哈德，娜塔莉·米尼耶，
申请(专利权)人：拜奥默里克斯公司，
类型：发明
国别省市：法国;FR