用于检测临床样本中GI.1型诺如病毒的试剂盒及专用引物制造技术

本发明专利技术公开了用于检测临床样本中GI.1型诺如病毒的试剂盒及专用引物。本发明专利技术提供了引物对Ⅱ。本发明专利技术还提供了引物组合，由引物对Ⅰ和引物对Ⅱ组成。本发明专利技术还提供了引物对Ⅰ。引物对Ⅱ由序列表的序列3所示的单链DNA分子和序列表的序列4所示的单链DNA分子组成。引物对Ⅰ由序列表的序列1所示的单链DNA分子和序列表的序列2所示的单链DNA分子组成。本发明专利技术可用于直接检测粪便中的GI.1型诺如病毒，可以极大地缩短检测的时间，减少检测的费用。本发明专利技术应用前景广阔，为检测样本诺如病毒分型信息提供了新的思路。

【技术实现步骤摘要】
用于检测临床样本中GI.1型诺如病毒的试剂盒及专用引物
本专利技术属于生物
，涉及用于检测临床样本中GI.1型诺如病毒的试剂盒及专用引物。
技术介绍
诺如病毒(norovirus)属于杯状病毒科，是一类单正链RNA病毒，基因组大小为7.5-7.7k，直径约为27-37nm，无囊膜。诺如病毒的基因组包含3个开放阅读框(openreadingframe，ORF)，ORF1编码包含RNA依赖性RNA聚合酶(RdRp)在内的非结构多聚蛋白，ORF2编码主要衣壳蛋白(VP1)，ORF3编码次要衣壳蛋白(VP2)。根据诺如病毒主要衣壳蛋白VP1的氨基酸同源性的不同，将其划分为10个基因型(GI-GX)，引起人类感染的主要是GI和GII型。不同的基因型又可以进一步划分为不同的亚型，其中GI型划分为9个亚型(GI.1-GI.9)，GII型划分为27个亚型(GII.1-GII.27)。诺如病毒是一种传染性极强的消化道病毒，随着多个国家轮状病毒疫苗计划免疫的逐步推广，诺如病毒已经取代轮状病毒，成为引起急性肠胃炎的主要病原体，对食品安全和公共卫生造成了很大的威胁。诺如病毒主要经粪-口途径传播，可通过食物、水、呕吐物形成的气溶胶及环境污染等引发疫情，容易在幼儿园、中小学、养老院、酒店及轮船等人口聚集且空间相对封闭的环境爆发流行。诺如病毒引起的临床症状主要表现为恶心、呕吐、发热、腹痛和腹泻等。诺如病毒可以感染各个年龄阶段的人群，其所引起的感染是一种自限性疾病，但在免疫低下的人群、老年人和儿童可以引起严重的并发症。到目前为止，由于没有有效的方式成功培养诺如病毒，分子水平上的检测是临床上检测诺如病毒的主要方法。不同基因分型的诺如病毒传播方式有所不同，及时得到诺如病毒的分型信息，可以帮助推断传播途径，有助于疫情的调查。目前，获得诺如病毒亚型分型信息主要基于诺如病毒全基因组的获得，耗时长并且费用高，并且市场上没有可以直接获得诺如病毒亚型分型信息的试剂盒。
技术实现思路
本专利技术的目的是提供用于检测临床样本中GI.1型诺如病毒的试剂盒及专用引物。本专利技术提供了引物对Ⅱ，由序列表的序列3所示的单链DNA分子和序列表的序列4所示的单链DNA分子组成。所述引物对Ⅱ中，两种引物的摩尔配比为1:1。本专利技术还提供了引物组合，由引物对Ⅰ和引物对Ⅱ组成；引物对Ⅰ由序列表的序列1所示的单链DNA分子和序列表的序列2所示的单链DNA分子组成；引物对Ⅱ由序列表的序列3所示的单链DNA分子和序列表的序列4所示的单链DNA分子组成。所述引物对Ⅰ中，两种引物的摩尔配比为1:1。所述引物对Ⅱ中，两种引物的摩尔配比为1:1。本专利技术还提供了引物对Ⅰ，由序列表的序列1所示的单链DNA分子和序列表的序列2所示的单链DNA分子组成。所述引物对Ⅰ中，两种引物的摩尔配比为1:1。本专利技术还保护所述引物对Ⅱ或所述引物组合或所述引物对Ⅰ在制备试剂盒中的应用。本专利技术还保护一种试剂盒，包括所述引物对Ⅱ或所述引物组合或所述引物对Ⅰ。具体的，所述试剂盒还包括：DreamTaqGreenPCRMasterMix(2X)。具体的，所述试剂盒还包括：KAPASYBRFASTqPCRMasterMix(2X)。以上任一所述试剂盒的功能为如下(a)或(b)或(c)或(d)：(a)鉴定或辅助鉴定GI.1型诺如病毒；(b)从诺如病毒中鉴别GI.1型诺如病毒；(c)鉴定临床样本中是否含有GI.1型诺如病毒；(d)筛查GI.1型诺如病毒感染者。本专利技术还保护所述引物对Ⅱ或所述引物组合或所述引物对Ⅰ或所述试剂盒在鉴定或辅助鉴定GI.1型诺如病毒中的应用。本专利技术还保护所述引物对Ⅱ或所述引物组合或所述引物对Ⅰ或所述试剂盒在从诺如病毒中鉴别GI.1型诺如病毒中的应用。本专利技术还保护所述引物对Ⅱ或所述引物组合或所述引物对Ⅰ或所述试剂盒在鉴定临床样本中是否含有GI.1型诺如病毒中的应用。本专利技术还保护所述引物对Ⅱ或所述引物组合或所述引物对Ⅰ或所述试剂盒在筛查GI.1型诺如病毒感染者中的应用。引物对Ⅱ的应用中，如果采用引物对Ⅱ进行PCR扩增显示特异扩增产物(209bp)或者采用引物对Ⅱ进行qPCR扩增显示扩增曲线且Ct值为阈值以下，即判断为GI.1型诺如病毒阳性。引物组合的应用中，引物对Ⅱ和引物对Ⅰ中的至少一个引物对满足如下条件，即判断为GI.1型诺如病毒阳性：如果采用引物对进行PCR扩增显示特异扩增产物或者采用引物对Ⅱ进行qPCR扩增显示扩增曲线且Ct值为阈值以下，即判断为GI.1型诺如病毒阳性。引物对Ⅰ的应用中，如果采用引物对Ⅰ进行PCR扩增显示特异扩增产物(116bp)或者采用引物对Ⅰ进行qPCR扩增显示扩增曲线且Ct值为阈值以下，即判断为GI.1型诺如病毒阳性。所述阈值具体可为30。本专利技术提供了一种高效、快速、准确地检测GI.1型诺如病毒的方法以及试剂盒。通过本专利技术提供的方法或试剂盒，可以快速、及时地获得临床样本中诺如病毒的分型信息，时间短且准确性高，可以帮助推断传播途径，有助于疫情的调查。本专利技术可用于直接检测粪便中的GI.1型诺如病毒，可以极大地缩短检测的时间，减少检测的费用。本专利技术应用前景广阔，为检测样本诺如病毒分型信息提供了新的思路。附图说明图1为实施例2中的琼脂糖凝胶电泳图。图2为实施例3中的琼脂糖凝胶电泳图。图3为实施例3中的测序图。图4为实施例4中的qPCR扩增曲线。具体实施方式下面结合具体实施方式对本专利技术进行进一步的详细描述，给出的实施例仅为了阐明本专利技术，而不是为了限制本专利技术的范围。以下提供的实施例可作为本
普通技术人员进行进一步改进的指南，并不以任何方式构成对本专利技术的限制。下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法，按照本领域内的文献所描述的技术或条件或者按照产品说明书进行。下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。如无特殊说明，以下实施例中的定量试验，均设置三次重复实验，结果取平均值。实施例1、GI.1型诺如病毒检测专用引物的获得经过大量序列分析设计多种引物，分别通过预实验验证引物性能，最终得到用于鉴定GI.1型诺如病毒的性能最佳的引物对。引物对Ⅰ如下(靶序列为116bp)：上游引物F1(序列1)：5’-TTGTAGTTGCAGGGCGAGTT-3’；下游引物R1(序列2)：5’-CAATGGCAGATTTGGGAGTG-3’。引物对Ⅱ如下(靶序列为209bp)：上游引物F2(序列3)：5’-GACCTGCCCTAGTCCTGATT-3’；下游引物R2(序列4)：5’-CCAAACGACCGTCCAAAGTA-3’。分别人工合成各条引物。实施例2、应用引物对检测阳性质粒一、制备阳性质粒阳性质粒Ⅰ为环形质粒，如序列表的序列本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.引物对Ⅱ，由序列表的序列3所示的单链DNA分子和序列表的序列4所示的单链DNA分子组成。/n

【技术特征摘要】
1.引物对Ⅱ，由序列表的序列3所示的单链DNA分子和序列表的序列4所示的单链DNA分子组成。


2.引物组合，由引物对Ⅰ和引物对Ⅱ组成；
引物对Ⅰ由序列表的序列1所示的单链DNA分子和序列表的序列2所示的单链DNA分子组成；
引物对Ⅱ由序列表的序列3所示的单链DNA分子和序列表的序列4所示的单链DNA分子组成。


3.引物对Ⅰ，由序列表的序列1所示的单链DNA分子和序列表的序列2所示的单链DNA分子组成。


4.权利要求1所述引物对Ⅱ或权利要求2所述引物组合或权利要求3所述引物对Ⅰ在制备试剂盒中的应用；
所述试剂盒的功能为如下(a)或(b)或(c)或(d)：
(a)鉴定或辅助鉴定GI.1型诺如病毒；
(b)从诺如病毒中鉴别GI.1型诺如病毒；
(c)鉴定临床样本中是否含有GI.1型诺如病毒；
(d)筛查GI.1型诺如病毒感染者。


5.一种试剂盒，包括权利要求1所述引物对Ⅱ或权利要求2所述引物组合或权利要...

【专利技术属性】
技术研发人员：朱宝利，毛梦雨，律娜，张瑞芬，
申请(专利权)人：中国科学院微生物研究所，
类型：发明
国别省市：北京;11