一种基于八爪金龙转录组的SSR分子标记及其鉴定方法与应用技术

一种基于八爪金龙转录组的SSR分子标记及其鉴定方法与应用，属于生物技术学领域。本发明专利技术的SSR分子标记引物包括BZJL‑44、BZJL‑47和BZJL‑49。该方法操作简单、重现性好、准确度高，可有效克服现有技术难以揭示八爪金龙基原物种间的亲缘关系，不能全面系统地进行遗传多样性和群体选择分析的问题。本发明专利技术提供的SSR分子标记可用于八爪金龙基原朱砂根、红凉伞和百两金的鉴定，在八爪金龙基原鉴别中具有重要作用，同时可用于八爪金龙指纹图谱构建、品种鉴定及遗传多样性分析，应用前景十分广阔。

【技术实现步骤摘要】
一种基于八爪金龙转录组的SSR分子标记及其鉴定方法与应用
本专利技术属于生物技术学领域，具体涉及一种基于八爪金龙转录组的SSR分子标记及其鉴定方法，和该SSR分子标记在八爪金龙基原朱砂根、红凉伞和百两金鉴别中的应用。
技术介绍
苗药八爪金龙(Jabbiklikjib，加比利吉)是贵州地区少数民族常用药，性冷，属热经，具有清热解毒、散瘀止痛、祛风除湿的功能，主要用于治疗咽喉肿痛、扁桃体炎、心胃气痛、劳伤吐血、跌扑损伤、风湿骨痛等病症，具有较高的临床药用价值。然而，在生产应用中有3个药用植物的干燥根及根茎被当作八爪金龙基原药材使用，包括紫金牛科植物朱砂根ArdisiacrenataSims、百两金Ardisiacrispa(Thunb.)A.DC.或红凉伞ArdisiacrenataSimsvar.bicolor(Walker)C.Y.WuetC.Chen。朱砂根、红凉伞和百两金在外观形态、结构上极其相似，但化学成分及含量差异明显，不同基原药材的功效也存在差异。同时原料药材市场充斥各种近缘物种的根茎冒充药材，严重影响了八爪金龙的质量和临床用本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种基于八爪金龙转录组的SSR分子标记，其特征在于，所述SSR分子标记引物名称为BZJL-44、BZJL-47和BZJL-49，各引物对应的核苷酸序列为：/n

【技术特征摘要】
1.一种基于八爪金龙转录组的SSR分子标记，其特征在于，所述SSR分子标记引物名称为BZJL-44、BZJL-47和BZJL-49，各引物对应的核苷酸序列为：

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2.一种基于八爪金龙转录组SSR分子标记的鉴定方法，其特征在于，所述鉴定方法包括如下步骤：
1)特异性引物设计：采用Trinity软件对八爪金龙基原朱砂根和百两金的转录组数据进行组装，利用MIST软件进行SSR位点筛选，按不同重复次数对2～6个碱基重复单元的微卫星片段进行筛选分离，利用Primer3软件在微卫星两端的侧翼序列设计出特异性SSR引物；
2)样品DNA提取：提取出待测样品八爪金龙基原朱砂根、红凉伞和百两金的DNA，检测DNA浓度；
3)进行PCR扩增筛选多态性引物，并对特异性引物进行荧光标记：设置PCR扩增体系以及扩增程序，分别以八爪金龙基原朱砂根、红凉伞和百两金样品DNA对特异SSR引物进行PCR扩增，筛选多态性SSR标记进行FAM荧光标记，FAM荧光标记引物序列如SEQID87、SEQID88、SEQID93、SEQID94、SEQID97、SEQID98所示；
4)利用SSR序列设计的引物进行PCR扩增：设置PCR反应体系以及反应程序，分别以裂解后的八爪金龙基原朱砂根、红凉伞和百两金样品DNA对步骤3)的荧光标记引物进行PCR扩增；
5)琼脂糖凝胶电泳检测：利用2％的琼脂糖凝胶电泳检测步骤4)PCR扩增产物，将琼脂糖凝胶置于凝胶成像系统上进行成像分析，检测八爪金龙基原样品的SSR基因序列的PCR扩增情况；
6)毛细管电泳检测八爪金龙SSR基因序列分型：采用3730xl设备分别检测PCR扩增后八爪金龙基原样品DNA的SSR基因序列的毛细管电泳峰图，检测出八爪金龙基原SSR基因序列分型；
7)SSR标准分型峰值谱图构建：利用毛细管电泳系统配套软件收集原始数据，导入基因型软件分析原始数据获得片段长度格式的基因型数据。


3.根据权利要求2所述的一种基于八爪金龙转录组的SSR分子标记的鉴定方法，其特征在于，步骤1)中，引物设计原则为：引物长度控制在20bp±2bp，退火温度60℃±2℃，GC含量为40％～60％之间。


4.根据权利要求2所述的一种基于八爪金龙转录组的SSR分子标记的...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘畅，潘婕，周英，
申请(专利权)人：贵州中医药大学，
类型：发明
国别省市：贵州;52