基于彩色组马蹄莲多个转录组序列所开发的SSR引物组及获取方法和应用技术

本发明专利技术公开了一种基于彩色组马蹄莲多个转录组序列所开发的SSR引物组、获取方法和应用。本发明专利技术首先利用CandiSSR方法从彩色组马蹄莲三个品种转录组拼接序列中筛选多态性SSR引物，经试验验证后确定百余个多态性SSR引物，之后再利用筛选出的35对具有高多态性的SSR引物对160余份彩色组马蹄莲品种进行多态性分析。另外本发明专利技术还基于上述研究，通过最大化策略对160份彩色组马蹄莲的核心种质进行构建，最终筛选出最佳的30个彩色组马蹄莲代表性亲本，为今后彩色组马蹄莲核心亲本的筛选、育种效率的提高以及自主知识产权新品种的加快培育提供良好的帮助。

【技术实现步骤摘要】
基于彩色组马蹄莲多个转录组序列所开发的SSR引物组及获取方法和应用
本专利技术属于分子标记技术，具体地，涉及一种基于彩色组马蹄莲多个转录组序列所开发的SSR引物组及获取方法和应用。
技术介绍
近年来，第二代测序技术的发展和应用开始逐渐打破以往转录EST序列获取困难和价格昂贵的瓶颈。以Illumina/SolexaGenomeAnalyzer、Roche/454FLX和AppliedBiosystemsSOLIDsystem为代表的测序技术平台，通过捕捉新合成的末端的标记确定DNA序列的边合成边测序方法，可以在极短的时间，以最低的成本获取最大的数据量。虽然与传统Sanger测序方法相比，第二代测序序列相对较短，会增加后继序列拼接组装等分析的难度和计算量，但其通量大，成本低和特别适合基因组较短的转录产物测序的特点给无参考基因组信息的物种获得基因组信息带来了福音。SSR是转录组拼接EST序列中存在的，以几个核苷酸(多数为2-6个)为重复单位的一种功能性标记，除具有分布广的特点外，它还具有扩增位点专一、技术简单、重复性好、通用性强和共显性遗传等本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种基于彩色组马蹄莲多个转录组序列所开发的SSR引物组，其特征在于，所述SSR引物组包含如下35种引物对中的一种或多种；/nZh3引物对，其序列如SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2所示；/nZh9引物对，其序列如SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4所示；/nZh14引物对，其序列如SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6所示；/nZh15引物对，其序列如SEQ ID NO:7和SEQ ID NO:8所示；/nZh17引物对，其序列如SEQ ID NO:9和SEQ ID NO:10所示；/nZh18引物对，其序列如SEQ ID NO:11和SEQ ID NO:12...

【技术特征摘要】
1.一种基于彩色组马蹄莲多个转录组序列所开发的SSR引物组，其特征在于，所述SSR引物组包含如下35种引物对中的一种或多种；
Zh3引物对，其序列如SEQIDNO:1和SEQIDNO:2所示；
Zh9引物对，其序列如SEQIDNO:3和SEQIDNO:4所示；
Zh14引物对，其序列如SEQIDNO:5和SEQIDNO:6所示；
Zh15引物对，其序列如SEQIDNO:7和SEQIDNO:8所示；
Zh17引物对，其序列如SEQIDNO:9和SEQIDNO:10所示；
Zh18引物对，其序列如SEQIDNO:11和SEQIDNO:12所示；
Zh25引物对，其序列如SEQIDNO:13和SEQIDNO:14所示；
Zh26引物对，其序列如SEQIDNO:15和SEQIDNO:16所示；
Zh30引物对，其序列如SEQIDNO:17和SEQIDNO:18所示；
Zh40引物对，其序列如SEQIDNO:19和SEQIDNO:20所示；
Zh49引物对，其序列如SEQIDNO:21和SEQIDNO:22所示；
Zh69引物对，其序列如SEQIDNO:23和SEQIDNO:24所示；
Zh74引物对，其序列如SEQIDNO:25和SEQIDNO:26所示；
Zh79引物对，其序列如SEQIDNO:27和SEQIDNO:28所示；
Zh80引物对，其序列如SEQIDNO:29和SEQIDNO:30所示；
Zh82引物对，其序列如SEQIDNO:31和SEQIDNO:32所示；
Zh88引物对，其序列如SEQIDNO:33和SEQIDNO:34所示；
Zh93引物对，其序列如SEQIDNO:35和SEQIDNO:36所示；
Zh95引物对，其序列如SEQIDNO:37和SEQIDNO:38所示；
Zh97引物对，其序列如SEQIDNO:39和SEQIDNO:40所示；
Zh103引物对，其序列如SEQIDNO:41和SEQIDNO:42所示；
Zh104引物对，其序列如SEQIDNO:43和SEQIDNO:44所示；
Zh112引物对，其序列如SEQIDNO:45和SEQIDNO:46所示；
Zh115引物对，其序列如SEQIDNO:47和SEQIDNO:48所示；
Zh118引物对，其序列如SEQIDNO:49和SEQIDNO:50所示；
Zh125引物对，其序列如SEQIDNO:51和SEQIDNO:52所示；
Zh126引物对，其序列如SEQIDNO:53和SEQIDNO:54所示；
Zh132引物对，其序列如SEQIDNO:55和SEQIDNO:56所示；
Zh133引物对，其序列如SEQIDNO:57和SEQIDNO:58所示；
Zh134引物对，其序列如SEQIDNO:59和SEQIDNO:60所示；
Zh135引物对，其序列如SEQIDNO:61和SEQIDNO:62所示；
Zh158引物对，其序列如SEQIDNO:63和SEQIDNO:64所示；
Zh162引物对，其序列如SEQIDNO:65和SEQIDNO:66所示；
Zh164引物对，其序列如SEQIDNO:67和SEQIDNO:68所示；
Zh165引物对，其序列如SEQIDNO:69和SEQIDNO:70所示。


2.一种如权利要求1所述的SSR引物组的获取方法，其特征在于，所述获取方法包括如下步骤：
S1、获取至少两个品种的彩色组马蹄莲转录组测序的原始序列；
S2、将每个品种的所述原始序列分别进行组装拼接，取每条基因中最长的转录本作为Unigene序列；
S3、采用MISA软件对所述Unigene序列中SSR位点搜索，并用CandiSSR软件搜索候选多态性SSR标记位点；
S4、采用PrimerPremier3.0软件对所述多态性SSR标记位点进行引物设计，以获得多组引物；
S5、对所述多组引物进行验证，得到所述引物组。


3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述SSR位点的搜索标准为一核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸及以上的最小碱基重复次数分别为10、6、5、5、5和5。


4.根据权利要求...

【专利技术属性】
技术研发人员：卫尊征，周涤，王壹，王贤，熊敏，
申请(专利权)人：北京市农林科学院，
类型：发明
国别省市：北京;11